상고이유를 판단한다.

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호는 ‘대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’에 대하여 등록세를 중과세하도록 규정하고 있는데, 같은 조 제3항의 위임에 따라 등록세 중과세의 범위와 적용기준 등을 정하고 있는 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘시행령’이라 한다) 제102조는 제7항에서 "대도시안에서 설립 후 5년이 경과한 법인(이하 ‘기존법인’이라 한다)이 다른 기존법인과 합병하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니하며, 기존법인이 대도시안에서 설립 후 5년이 경과하지 아니한 법인과 합병하는 경우에는 합병 당시 기존법인에 대한 자산비율에 해당하는 부분을 중과세 대상으로 보지 아니한다."고 규정하고 있다.

이러한 법령규정의 문언 내용과 관련 규정의 전체적인 체계 및 합병에 통상적으로 수반되는 등기에 대하여 등록세 중과세의 부담을 완화하여 기업의 구조조정을 촉진하려는 시행령 제102조 제7항의 입법 취지 등을 종합하여 보면, 기존법인이 다른 법인과 합병하는 과정에서 피합병법인의 종전 본점이나 지점 소재지에 존속법인의 지점을 설치한 다음 그때부터 5년 이내에 그 지점에 관계되는 부동산을 취득하여 등기하는 경우에도 그 부동산등기에 대하여 시행령 제102조 제7항이 적용된다고 봄이 타당하다.

같은 취지에서 원심이, 기존법인인 원고가 역시 기존법인인 주식회사 000을 흡수합병하여 주식회사 000의 종전 본점 소재지에 원고의 지점을 설치한 다음 그때부터 5년 이내에 위 지점의 영업에 사용되던 부동산을 취득하여 마친 이 사건 부동산등기에 대하여도 시행령 제102조 제7항이 적용된다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 시행령 제102조 제7항의 적용범위에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2011. 4. 28. 선고 2010누35885 판결】

【주문】 처분청패소

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2009. 3. 24. 원고에 대하여 한 등록세 2,384,670,510원, 지방교육세 476,934,090원의 부과처분 중 등록세 794,890,170원, 지방교육세 158,978,030원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 1987. 3. 25. 00시 00동 1-23을 본점소재지로 하여 설립된 법인으로 주식회사 000(이하 ‘000’라 한다)를 흡수합병하여 2005. 6. 8. 합병등기를 마쳤다.

나. 000(당시 상호는 000000 주식회사였다)는 1972. 12. 21. 설립되었는데, 1993. 2. 1. 본점소재지를 00 00구 00동 1324-2로 이전하고, 주식회사 000으로부터 별지 목록 기재 각 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 및 이에 설치된 체육시설물을 임차하여 수영장, 골프연습장, 볼링장 등 각종 체육시설업을 하고 있었다.

다. 원고는 2005. 6. 1. 이 사건 부동산 중 000이 본점으로 사용하던 서울 00구 00동 1324-2를 사업장소재지로 하여 사업자등록(0000 00점)을 하는 한편, 위 흡수합병에 따라 000의 인적·물적 시설을 그대로 인수하여 이 사건 부동산에서 종전처럼 체육시설업을 하였고, 2005. 12. 29. 주식회사 000으로부터 이 사건 부동산을 양수한 신 소유자인 주식회사 0000000(이하 ‘0000000’라 한다)로부터 이 사건 부동산 및 이에 설치된 체육시설물을 임차하여 계속 영업을 하였다.

라. 그 후 원고는 2009. 1. 19. 0000000와 사이에 이 사건 부동산을 39,989,621,965원(부가가치세 포함)에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하고, 2009. 3. 24. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

마. 원고는 2009. 3. 24. 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 하면서 등록세 등을 신고·납부함에 있어, 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제138조 제1항 제3호, 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제102조 제2항에 의한 중과세율을 적용하여야 한다는 피고의 의견에 따라 과세표준액을 39,744,508,696원으로 하여 등록세 일반세율(20/1,000)의 300/100인 중과세율로 산출한 등록세 2,384,670,510원과 이를 기초로 산출한 지방교육세 476,934,090원을 납부하였다(신고·납부방식의 지방세는 납세의무자가 과세표준 및 세액을 신고한 때에 납세의무가 확정되는 것이므로 위와 같이 중과세율로 산출한 등록세 및 지방교육세 신고를 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 이에 대하여 원고는 2009. 5. 7. 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2010. 4. 8. 원고의 청구를 기각하였다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 000을 흡수합병하면서 이 사건 부동산에서 영업 중이던 000 본점을 그 소속만 원고의 지점으로 바꾸어 000의 인적·물적 시설을 그대로 인수하여 사용하였을 뿐, 대도시 내에 인구유입 또는 경제력 집중을 유발하는 효과가 있는 점포수를 증가시킨 것이 아니고 지점을 새로이 설치한 것도 아니다. 이러한 경우에는 법 제138조 제1항 제3호의 중과세 요건에 해당하는지 여부를 가리기 위해서는 소멸법인인 000의 본점 설치일을 기준으로 5년 내에 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기가 이루어졌는지 여부를 판단해야 하는데 000은 원고가 이 사건 부동산을 취득하여 등기한 때로부터 5년 훨씬 전인 1993년에 이 사건 부동산 중 서울 00구 00동 1324-2에 본점을 설치하였다. 따라서 원고의 이 사건 부동산등기에 대하여는 등록세 중과를 할 수 없음에도 이와 달리 보고 등록세 중과를 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 과세요건을 규정하고 있는 조세법규는 법문대로 해석하여야 하는바, 법 제138조 제1항 본문은 그 제3호의 ‘대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’에 대하여 등록세를 중과하도록 규정하고 있고, 시행령 제102조 제2항은 위에서 본 ‘그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’라 함은 지점이 설치된 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있으므로 종전의 회사를 흡수합병하면서 그 지점을 소속만 합병회사의 지점으로 바꾸어 유지·존속한 것은 법 제138조 제1항 제3호 후단에서 규정하는 대도시 내에서의 지점 설치에 해당한다(대법원 2004. 9. 3. 선고 2003두6566 판결 참조)고 할 것이다.

이 사건에서, 원고가 2005. 6. 8. 000을 흡수합병하면서 000이 본점으로 사용하고 있던 이 사건 부동산에 대하여 사업자 등록을 하고 합병으로 인한 000의 인적·물적 시설을 그대로 인수하여 이 사건 부동산에서 계속 영업을 하였으며, 위 지점이 설치된 때로부터 약 3년 9개월이 경과한 2009. 3. 24. 0000000로부터 이 사건 부동산을 매수하여 소유권이전등기를 경료한 사실은 앞서 본 바와 같으므로 원고의 위 지점 설치는 법 제138조 제1항 제3호 후단 및 시행령 제102조 제2항에서 규정하는 대도시 내에서의 지점 설치에 해당하고 그로부터 5년 이내에 이루어진 이 사건 부동산 취득은 일응 위 규정에 따른 중과세 대상이 된다고 볼 수 있다.

⑵ 이에 대하여 원고는, 원고와 000 사이의 합병으로 인한 이 사건 지점의 설치 또는 이 사건 부동산취득등기는 시행령 제102조 제7항에 따라 중과세의 대상이 되지 않는다고 주장하므로 아래에서 위 규정의 해석에 관하여 살핀다.

㈎ 법 제138조는 대도시 지역 내 법인등기 등의 중과에 대하여 규정하면서 제3항에서 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항을 대통령령에 위임하고 있고, 이에 따라 시행령 제102조는 "대도시 내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준"이라는 제목 아래 각 항에서 법 제138조 제1항 각호의 등기의 내용과 그 범위에 관하여 이를 구체적으로 규정하고 있는데, 제7항은 "대도시 안에서 설립 후 5년이 경과한 법인(이하 이 항에서 "기존법인"이라 한다)이 다른 기존법인과 합병하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니하며, 기존법인이 대도시 안에서 설립 후 5년이 경과되지 아니한 법인과 합병하는 경우에는 합병 당시 기존법인에 대한 자산비율에 해당하는 부분을 중과세 대상으로 보지 아니한다. 이 경우 자산비율은 자산을 평가하는 때에는 평가액을 기준으로 계산한 비율로 하고, 자산을 평가하지 아니하는 때에는 합병 당시의 장부가액을 기준으로 계산한 비율로 한다."라고 규정하면서 시행령 제102조 제2항(법 제138조 제1항 제3호 관련 규정), 제4항(법 제138조 제1항 제2호 및 제3호 관련 규정), 제5항(법 제138조 제1항 제1호 관련 규정)과는 달리 법 제138조 제1항 제1, 2, 3호에 대한 구분을 두고 있지 않다.

또한 법 제138조 제1항, 시행령 제102조에서 정한 대도시 내에서의 법인설립에 따른 부동산 등기와 그 설립 이후의 부동산 등기 등에 대한 등록세 중과세의 입법취지는 법인의 대도시 내의 설립과 전입에 따른 인구와 경제력의 집중효과가 자연인의 경우에 비하여 훨씬 더 강하게 나타날 뿐만 아니라 대도시가 가지는 고도의 집적이익을 향유함으로써 대도시 외의 법인에 비하여 더 큰 활동상의 편의와 경제적 이득을 얻을 수 있다는 점을 고려하여 인구의 새로운 유입과 경제력의 대도시 집중을 억제함으로써 대도시 주민의 생활환경을 보존·개선하고 지역간의 균형발전 내지는 지역경제의 활성화를 도모하려는 조세정책적인 목적이 있다고 할 것이고, 그러면서도 위 법 제138조 제3항이 위 등록세 중과세의 구체적 범위를 대통령령에 위임하고 있으며, 이에 따라 시행령 제102조 제6항에서 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 분할한 경우를, 제7항에서는 위와 같은 법인이 합병한 경우를 중과세 대상에서 제외하고 있는바, 이는 위 시행령 규정이 법인의 분할이나 합병의 경우에는 이미 대도시 내에서 5년 이상 지속된 영업을 하고 있는 기존의 법인이 분리하여 존속되거나 합쳐져 존속하는 경우로서 그로 인한 새로운 인구유입이나 경제력 집중의 유발의 위험이 높지 않음에도 등록세를 중과세함으로써 기업의 자유로운 구조개선을 통한 투자효율화를 방해하는 것을 억제하는 데 목적이 있다고 할 것이다(대법원 2004. 9. 24. 2003두7293 판결 참조).

㈏ 이 같은 법 제138조 중과세 규정의 입법취지, 시행령 제102조 제7항이 대도시 안에서 설립 후 5년이 경과한 기존법인과 기존법인이 합병하는 경우와 기존법인이 대도시 안에서 설립 후 5년이 경과되지 아니한 법인과 합병하는 경우를 대별하여 중과세 대상의 범위를 규율하면서 기존법인이 대도시 안에서 설립 후 5년이 경과되지 아니한 법인과 합병하는 경우에는 합병 당시 기존법인에 대한 자산비율에 해당하는 부분을 중과세 대상에서 제외하고 있는 점 및 시행령 제102조 제7항이 같은 조 제2항(법 제138조 제1항 제3호 관련 규정), 제4항(법 제138조 제1항 제2호 및 제3호 관련 규정), 제5항(법 제138조 제1항 제1호 관련 규정)과는 달리 법 제138조 제1항 제1, 2, 3호에 대한 구분을 두고 있지 않은 규정형식을 취하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 대도시 내로의 새로운 인구유입 또는 경제력 집중의 문제를 발생시키지 않는 기존법인과 기존법인이 합병하는 경우에는 법 제138조 제1항의 각 호를 적용함에 있어 그 전부가 중과세 대상이 되지 않는다고 봄이 상당하다.

㈐ 이 사건에서, 원고와 000이 모두 합병 당시 이미 대도시 내에서 설립 후 5년이 경과한 법인(법문상 ‘기존법인’)인 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 시행령 제102조 제7항에 대한 위 법리에 따르면, 기존법인인 원고와 000이 합병한 경우 구 「지방세법」제138조 제1항의 각 호를 적용함에 있어 원고와 000의 각 자산비율에 해당하는 부분(전부)을 중과세의 대상으로 삼지 않게 되므로, 결국 원고가 000을 흡수합병하여 그 지점을 설치한 후 5년 내에 이 사건 부동산을 취득등기하였다고 하더라도 원고와 000의 합병 당시 각 자산비율(전부)에 해당하는 부분은 그 합병에도 불구하고 새로운 인구 유입이나 점포수 증가를 포함한 경제력 집중을 유발하지 않으므로 이 사건 부동산취득등기에 대하여는 그 전부에 관하여 등록세를 중과할 수 없다고 할 것이다(대법원 2004. 9. 24. 선고 2003두7293 판결 참조). 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

㈑ 따라서, 원고의 이 사건 부동산등기에 대하여는 시행령 제107조 제2항에 의하여 등록세 중과를 할 수 없음에도 이와 달리 보고 등록세 중과를 한 이 사건 처분은 위법하다.

⑶ 피고는, 구체적인 사안에 따라 입법취지 등을 고려하여 해석 및 적용을 달리하는 것은 엄격히 제한되어야 할 것인바, 존속법인이 합병시 피합병법인이 기존에 소유하고 있던 부동산을 그대로 승계하는 경우에는 피합병법인이 이미 부동산등기를 할 당시 등록세가 중과되었을 것이므로 합병에 따라 포괄승계한 부동산에 대한 등기는 등록세 중과대상이 되지 않으나, 피합병법인이 아닌 다른 제3자로부터 부동산을 양수하는 경우까지 등록세 중과대상에서 제외된다고 한다면 존속법인이 실질적으로 사업장을 설치하고 부동산을 취득하면서도 일단 다른 제3자로 하여금 부동산을 취득하게 하고 피합병법인으로 하여금 이를 임차하여 일시 영업하게 하다가 합병과 동시에 위 부동산을 취득하는 형식으로 위 등록세 중과규정을 잠탈할 염려가 있으므로 이러한 경우에는 등록세 중과규정이 그대로 적용되어야 한다고 주장한다.

살피건대, ① 피고는, 존속법인이 합병시 피합병법인이 기존에 소유하고 있던 부동산을 그대로 승계하는 경우에는 피합병법인이 이미 부동산등기를 할 당시 등록세가 중과되었을 것이라고 주장하나, 피합병법인이 부동산취득등기 당시 대도시 내 설립된 후 5년이 경과한 "기존법인"이어서 그 무렵에도 등록세가 중과되지 않았다면, 존속법인이 합병시 피합병법인이 이미 소유하고 있던 부동산을 그대로 승계하더라도 시행령 제102조 제7항에 의하여 존속법인이 "기존법인"인지에 따라 중과세 여부가 결정될 뿐, 피합병법인이 이미 부동산등기를 할 당시 등록세가 중과되었는지에 따라 등록세 중과대상 여부가 결정되는 것은 아닌 점(같은 취지에서 시행령 제102조 제7조 후단은 대도시 내에서 설립된 후 5년이 경과하지 않은 법인과의 합병시에는 새로운 인구 유입 등의 사정을 들어 그 자산비율 부분에 대한 중과세를 규정하고 있다), ② 합병은 피합병법인의 인적, 물적 시설이 그 동일성을 유지한 채 존속법인으로 그대로 이전되어 인적합일을 이루는 것이므로 존속법인을 어느 법인으로 하느냐에 따라 그 경제적 효과가 달라지지 않는다고 할 것인데, 이 사건에서, 원고가 아닌 000이 존속법인으로 남았다가 이 사건 부동산을 취득하였다면 등록세 중과대상에서 제외됨에 반하여(원고와 000은 대도시 내에서 설립된 후 5년이 경과하였다), 원고가 존속법인이 되었다는 이유로 등록세의 중과대상이 된다면 이는 경제적으로 동일한 내용의 합병임에도 서로 모순된 결론에 이르는 점, ③ 피고의 위 주장과 같이 존속법인이 실질적으로 사업장을 설치하고 부동산을 취득하면서도 일단 다른 제3자로 하여금 부동산을 취득하게 하고 피합병법인으로 하여금 이를 임차하여 일시 영업하게 하다가 합병과 동시에 위 부동산을 취득하는 경우라도, 피합병법인이 위 부동산에 지점을 설치한 후 5년이 경과하지 않았다면 피합병법인이 이 사건 부동산을 취득하거나 존속법인이 합병 후 즉시 이 사건 부동산을 취득하는 어느 경우에든 시행령 제102조 제2항, 제7항 후단에 의하여 당연히 등록세 중과세 대상이 되므로 위 등록세 중과규정을 잠탈할 염려가 있다고 할 수 없는 점 등을 종합하면, 피고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

■ 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과)

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」제6조제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시에서 법인의 설립[설립 후 또는 대통령령으로 정하는 휴면법인(이하 이 항에서 "휴면법인"이라 한다)을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다]과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시 외의 법인이 대도시 내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시에서 법인의 설립(휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

4. 대도시(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 적용을 받는 공업지역을 제외한다) 안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정은 제137조 제1항 제6호의 경우에는 적용하지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

■ 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것)

제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시 내로의 전입은 대도시 내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시 내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

④ 법 제138조제1항제2호의 규정에 의한 대도시외의 법인이 대도시내로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기 및 동항제3호의 규정에 의한 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 전입이후의 부동산등기는 당해 대도시외의 법인이 당해 대도시내로의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 등기를 말한다.

⑤ 법 제138조제1항제1호의 규정에 의한 법인의 등기로서 관계법령의 개정으로 인하여 면허 또는 등록의 최저기준을 충족시키기 위한 자본 또는 출자액을 증가하는 경우에는 최저기준을 충족시키기 위한 증가액에 한하여 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다.

⑥ 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시내의 내국법인이 법인의 분할(「법인세법 시행령」제82조 제3항 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니한다.<신설 2001.3.28, 2001.12.31, 2005.1.5>

⑦ 대도시안에서 설립후 5년이 경과한 법인(이하 이 항에서 "기존법인"이라 한다)이 다른 기존법인과 합병하는 경우에는 이를 중과세 대상으로 보지 아니하며, 기존법인이 대도시안에서 설립후 5년이 경과되지 아니한 법인과 합병하는 경우에는 합병 당시 기존법인에 대한 자산비율에 해당하는 부분을 중과세 대상으로 보지 아니한다. 이 경우 자산비율은 자산을 평가하는 때에는 평가액을 기준으로 계산한 비율로 하고, 자산을 평가하지 아니하는 때에는 합병당시의 장부가액을 기준으로 계산한 비율로 한다.<신설 2001.12.31>

■ 지방세법 시행규칙

제55조의2 (사무소등)

영 제102조 제2항 후단에서 "행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은 「법인세법」ㆍ「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」ㆍ「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장과 「부가가치세법 시행령」제6조의3에 따라 승인을 얻은 사업자단위과세적용사업장의 종된 사업장으로 신고된 사업장을 포함한다)으로서 인적ㆍ물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

끝.

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【하급심-서울행정법원 2010. 10. 7. 선고 2010구합23293 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 1987. 3. 25. 설립된, 00시 00동 1-23을 본점소재지로 하는 법인인데, 주식회사 000(이하 ‘000’라 한다)를 흡수합병하여 2005. 6. 8. 합병등기를 마쳤다.

나. 000(당시 상호는 000000 주식회사였다)는 1972. 12. 21. 설립되었는데, 1993. 2. 1. 본점소재지를 서울 00구 00동 1324-2로 이전하고, 주식회사 000으로부터 별지 목록 기재 각 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 및 이에 설치된 체육시설물을 임차하여 수영장, 골프연습장, 볼링장 등 각종 체육시설업을 하고 있었다.

나. 원고는 2005. 6. 1. 이 사건 부동산 중 000이 본점으로 사용하던 서울 00구 00동 1324-2를 사업장소재지로 하여 사업자등록(0000 00점)을 하는 한편, 위 흡수합병에 따라 000의 인적·물적 시설을 그대로 인수하여 이 사건 부동산에서 종전처럼 체육시설업을 하였고, 2005. 12. 29. 주식회사 000으로부터 이 사건 부동산을 양수한 신 소유자인 주식회사 0000000(이하 ‘0000000’라 한다)로부터 이 사건 부동산 및 이에 설치된 체육시설물을 임차하여 계속 영업을 하였다.

다. 그 후 원고는 2009. 1. 19. 0000000와 사이에 이 사건 부동산을 39,989,621,965원(부가가치세 포함)에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하고, 2009. 3. 24. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

라. 원고는 2009. 3. 24. 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 하면서 등록세 등을 신고·납부함에 있어, 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제138조 제1항 제3호, 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제102조 제2항에 의한 중과세율을 적용하여야 한다는 피고의 의견을 따라 과세표준액을 39,744,508,696원으로 하여 등록세 일반세율(20/1,000)의 300/100인 중과세율로 산출한 등록세 2,384,670,510원과 이를 기초로 산출한 지방교육세 476,934,090원을 납부하였다(신고·납부방식의 지방세는 납세의무자가 과세표준 및 세액을 신고한 때에 납세의무가 확정되는 것이므로 위와 같이 중과세율로 산출한 등록세 및 지방교육세 신고를 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 이에 대하여 원고는 2009. 5. 7. 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2010. 4. 8. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 13호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 000을 흡수합병하면서 이 사건 부동산에서 영업 중이던 000 본점을 그 소속만 원고의 지점으로 바꾸어 000의 인적·물적 시설을 그대로 인수하여 사용하였을 뿐, 대도시 내에 인구유입 또는 경제력 집중을 유발하는 효과가 있는 점포수를 증가시킨 것이 아니고 지점을 새로이 설치한 것도 아니다. 이러한 경우에는 법 제138조 제1항 제3호의 중과세 요건에 해당하는지 여부를 가리기 위해서는 소멸법인인 000의 본점 설치일을 기준으로 5년 내에 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기가 이루어졌는지 여부를 판단해야 하는데 000은 원고가 이 사건 부동산을 취득하여 등기한 때로부터 5년 훨씬 전인 1993년에 이 사건 부동산 중 서울 00구 00동 1324-2에 본점을 설치하였다. 따라서 원고의 이 사건 부동산등기에 대하여는 등록세 중과를 할 수 없음에도 이와 달리 보고 등록세 중과를 한 이 사건 처분은 위법하다

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 법 제138조 제1항 본문은 그 제3호에서 ‘대도시에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’에 대하여 등록세를 중과하도록 규정하고 있고, 시행령 제102조 제2항은 법 제138조 제1항 제3호의 ‘그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다.

나아가 지방세법 시행규칙 제55조의2 본문은 시행령 제102조 제2항 후단에서 ‘행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장’이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적ㆍ물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다.

⑵ 과세요건을 규정하고 있는 조세법규는 법문대로 해석해야 하고, 구체적인 사안에 따라 입법취지 등을 고려하여 해석 및 적용을 달리하는 것은 엄격히 제한되어야 할 것인바, 영업을 양수하는 법인(이하 ‘양수법인’이라 한다) 또는 합병으로 존속하는 법인(이하 ‘존속법인’이라 한다)이 영업양수 또는 합병에 의하여 영업양도인 또는 합병으로 소멸하는 법인(이하 ‘소멸법인’이라 한다)이 기존에 소유하고 있던 부동산을 영업양수 또는 합병에 의해 포괄적으로 그대로 승계하는 경우에는 영업양도인 또는 소멸법인이 자신 앞으로 부동산등기를 할 당시에 등록세가 중과되었을 것이므로(물론 등록세 중과 요건을 갖추고 있었을 것을 전제로 한다) 영업양수 또는 합병에 따라 포괄승계한 부동산에 관한 등기는 등록세 중과 대상에 해당되지 않는다고 할 것이고 그와 같이 보더라도 법 제138조 제1항 제3호의 규정취지나 등록세를 중과하는 입법취지에 반한다고 볼 수 없지만, 양수법인 또는 존속법인이 영업양수 또는 합병과 무관하게 당해 영업양도인 또는 소멸법인이 아닌 다른 제3자로부터 부동산을 양수하는 경우까지 등록세 중과대상에서 제외된다고 볼 수는 없다[원고는 등록세 중과 대상이 아닌 영업양도인 또는 소멸법인이 제3자로부터 부동산을 취득한 후 영업양도 또는 합병이 이루어진 경우와 달리 취급하는 것은 부당하다는 취지로 주장하나, 부동산 취득의 주체 및 자금원이 다르고 부동산 취득의 태양(포괄승계, 특정승계)이 다르므로 그 실질이 동일하다고 할 수 없다. 또한 이 사건 사안과 같은 경우에 경제력 집중이나 인구유입의 효과가 없다고 단정할 수도 없다].

한편, 소멸법인을 흡수합병하면서 그 본점을 소속만 존속법인의 지점으로 바꾸어 유지·존속한 경우에도 법 제138조 제1항 제3호의 지점의 설치에 해당한다 할 것이고(대법원 2004. 9. 3. 선고 2003두6566 판결 등 참조), 그 경우 지점의 설치일은 소멸법인의 본점 설치일이 아니라 존속법인의 지점 설치일이라 할 것이다(원고의 주장처럼 소멸법인의 본점 설치일을 존속법인의 지점 설치일로 소급하여 볼 경우 합병 이후 존속법인이 취득하는 부동산은 모두 등록세 중과 대상에서 제외될 수 있는데, 이는 대도시 내로의 인구유입에 따른 인구팽창을 막고 인구분산을 기하고자 하는 법 제138조의 입법취지에 부합하지 않는다).

⑶ 이 사건에 관하여 보건대, 000이 본점으로 사용하던 서울 00구 00동 1324-2는 대도시에 설치한 원고의 지점이라 할 것이고, 위 지점의 설치일은 원고가 위 부동산을 사업장소재지로 하여 사업자등록을 한 2005. 6. 1.이라고 할 것인바, 원고가 이 사건 부동산의 취득에 따른 등기를 위 지점 설치일로부터 5년 이내에 한 사실은 앞에서 본 바와 같으므로, 원고 명의의 이 사건 부동산등기는 등록세 중과 대상에 해당한다 할 것이다(원고가 들고 있는 대법원 2004. 9. 24. 선고 2003두7293 판결은 그 사안과 취지를 달리하고 있어 이 사건에 적용할 것이 아니다). 따라서 이와 다른 전제에 서 있는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

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【관계법령】

■ 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과)

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」제6조제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시에서 법인의 설립[설립 후 또는 대통령령으로 정하는 휴면법인(이하 이 항에서 "휴면법인"이라 한다)을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다]과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시 외의 법인이 대도시 내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시에서 법인의 설립(휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

4. 대도시(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 적용을 받는 공업지역을 제외한다) 안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정은 제137조 제1항 제6호의 경우에는 적용하지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

■ 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것)

제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시 내로의 전입은 대도시 내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시 내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

■ 지방세법 시행규칙

제55조의2 (사무소등)

영 제102조 제2항 후단에서 "행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은 「법인세법」ㆍ「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」ㆍ「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장과 「부가가치세법 시행령」제6조의3에 따라 승인을 얻은 사업자단위과세적용사업장의 종된 사업장으로 신고된 사업장을 포함한다)으로서 인적ㆍ물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장