원고가 토지와 기존건물을 취득일로부터 1년 이내에 업무에 직접 사용하지 못한데에 정당한 사유가 있다고 보이는 점, 신축건물의 연면적에서 소매점 부분이 차지하는 비율에 해당하는 부분은 취득세와 등록세의 추징대상에 해당하는 점, 신축건물에 대한 등기가 대도시 내에서의 지점 설치에 다른 부동산등기에 해당하여 소매점 부분은 중과세를 피할 수 없는 점 등을 종합하여 계산한 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

1. 처분의 경위

가. 토지 및 기존건물의 취득과 면세

1) 원고는 2006. 6. 20. 건물을 신축하여 부곡지점을 개설할 목적으로 의왕시

삼동 192-7 대 446㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상건물(이하 ‘이 사건 기존건물’이라 한다)을 대금 1,618,900,000원에 매수하고, 2006. 6. 21. 이 사건 토지와 기존건물에 대한 소유권이전등기를 마쳤다.

2) 원고는 위와 같이 이 사건 토지와 기존건물을 취득할 당시 새마을금고의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다는 이유로

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제272조 제3항 본문에 따라 취득세와 등록세의 감면을 신청하면서, 아래와 같이 취득세 및 등록세 등을 신고ㆍ납부하였다(과세표준액 중 서민주택에 해당하는 742,427,540원에 대하여는 농어촌특별세 비과세 대상이므로, 나머지 876,472,460원에 대하여만 농어촌특별세를 신고ㆍ납부함).

나. 신축건물의 취득과 면세 등

1) 원고는 2007. 2. 26. 이 사건 토지 지상에 부곡지점으로 사용할 건물(이 사건 신축건물‘이라 한다)의 건축허가를 받고, 2007. 10. 13. 이 사건 기존건물을 철거한 후, 이 사건 토지와 기존건물의 소유권을 취득한 날로부터 1년이 경과한 2007. 11. 15.에 이르러서야 비로소 이 사건 신축건물의 건축공사에 착공하여 2008. 6. 4. 이 사건 신축건물{지하 1층 제1종근린생활시설(소매점) 211.92㎡, 제2종근린생활시설(금융업소) 53.58㎡, 지상 1층 제2종근린생활시설(금융업소) 265.5㎡, 지상 2층 제1종근린생활시설(소매점) 219㎡, 옥탑 물탱크/계단실 28.11㎡}의 사용승인을 받았고, 2008. 7. 4. 이 사건 신축건물에 대한 소유권보존등기를 마쳤으며, 2008. 7. 5. 이 사건 신축건물에 부곡동지점을 설치하고, 2008. 7. 25. 분사무소 설치 등기를 마쳤다.

2) 원고는 2008. 7. 3. 이 사건 신축건물에 대한 소유권보존등기를 신청하면서, 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분(이하 ‘금융업소 부분’이라 한다)에 대하여 새마을금고 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다는 이유로 취득세와 등록세의 면제를 신청하면서 아래와 같이 해당 취득세와 등록세 등을 신고ㆍ납부하였고, 소매점 부분(이하 ‘소매점 부분’이라 한다)에 대하여는

구 지방세법 제272조 제3항에 따른 면제 대상이 아니라고 보고 아래와 같이 해당 취득세와 등록세 등을 신고ㆍ납부하였다.

다. 피고의 취득세 및 등록세 등 부과처분

1) 피고는 원고가 이 사건 토지와 기존건물을 취득한 날부터 1년이 경과한 2007. 10. 16. 착공한 것을 정당한 사유 없이 1년 이내에 새마을금고 업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보고,

구 지방세법 제272조 제3항 단서에 따라 2010. 2. 3. 아래와 같이 산정한 이 사건 토지와 기존건물에 대한 취득세 및 등록세 등을 부과하는 처분(이하 ‘제1처분’이라 한다)을 하였다(과세표준액에는 종전의 매매대금 1,618,900,000원에 감정평가 및 중개수수료 12,162,950원을 추가하였다).

또한, 피고는 같은 날 이 사건 토지의 소유권이전등기는 중과세율 적용대상인

구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 ‘대도시에서 법인의 지점의 설치에 따른 부동산등기’에 해당한다는 이유로, 이 사건 토지에 대하여 아래와 같이 산정한 등록세 및 지방교육세를 부과(위 등록세 및 지방교육세 부과처분은 제1처분 중 이 사건 토지 부분의 취득과 관련된 과세처분의 증액경정처분에 해당한다. 다만 편의상 위 등록세 및 지방교육세 부과처분을 이하 별도로 ‘제2처분’이라 한다)하였다(원래 등록세 중과세율을 적용하면 세율이 과세표준액의 6%인데, 위에서 본 바와 같이 피고는 이미 일반세율인 과세표준의 2%를 부과하였으므로, 나머지 4%에 대하여만 세액을 산출하였다. 피고는 이 사건 토지와 기존건물의 총 과세표준 1,631,062,950원에서 이 사건 토지의 가격이 차지하는 비율을 적용하여 이 사건 토지의 과세표준액을 1,622,607,320원으로 산정하였다).

2) 피고는 2010. 2. 8. 이 사건 신축건물에 관한 소유권보존등기에 대하여 등록세 및 취득세 등을 신고하면서 그 과세표준에 ‘365자동화코너’ 시설(이하 ‘이 사건 시설’이라 한다) 공사비 25,300,000원을 누락하고, 간판류 5,060,000원을 과다산입하여 총 20,240,000원의 과세표준이 누락되었다면서 위와 같이 누락된 과세표준을 금융업소 부분과 소매점 부분에 안분한 뒤, 아래와 같이 소매점 부분의 취득과 관련하여 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세를 부과하는 처분을 하였다{피고는 각 과세표준액을 원고가 신고한 1,048,979,673원(= 금융업소 부분 446,235,953원 + 소매점 부분 602,743,720원)에 위 20,240,000원을 더한 1,069,219,673원 중 소매점 부분이 차지하는 비율을 적용한 금액으로 산정하였다}.

또한, 피고는 같은 날 이 사건 신축건물 중 소매점 부분의 소유권보존등기는 중과세율 적용대상인

구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 ‘대도시에서 법인의 지점의 설치에 따른 부동산등기’에 해당한다는 이유로, 이 사건 신축건물 중 소매점 부분에 대하여 아래와 같이 산정한 등록세 및 지방교육세를 증액하는 처분{이하 위와 같이 증액 경정되어 최종적으로 부과된 취득세 319,870원, 등록세 합계 13,492,760원(= 127,940원 + 13,364,820원), 농어촌특별세 29,660원, 지방교육세 합계 2,500,080원(= 23,730원 + 2,476,350원) 부과처분을 ‘제3처분’이라 한다}을 하였다(원래 등록세 중과세율을 적용하면 세율이 과세표준액의 2.4%인데, 위에서 본 바와 같이 피고는 이미 일반세율인 과세표준의 0.8%를 부과하였으므로, 나머지 1.6%에 대하여만 세액을 산출하였다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1에서 4, 7, 15에서 18호증, 을 제1에서 4, 10, 14, 17(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고 주장

1) 원고가 이 사건 토지와 기존건물을 그 취득일부터 1년 이내에 새마을금고의 업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로, 이와 다른 전제에 선 제1, 2처분은 위법하다.

2) 이 사건 시설은 금융업소의 부속시설일 뿐이지 소매점 부분과는 전혀 상관이 없으므로 이를 소매점 부분의 과세표준에 안분하여 산입할 수는 없는 점, 소매점 부분은 금융업소 부분과 마찬가지로 원고의 새마을금고 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로서 취득세와 등록세의 면제에 관한

구 지방세법 제272조 제3항의 규정이 적용되는 점, 설령 소매점 부분이 원고의 새마을금고 업무와 직접 관련이 없는 부동산이라고 보더라도 이는 등록세 중과대상인 지점의 용도로 사용하기 위한 등기에 해당하지 않으므로 중과세 대상이 될 수 없는 점 등에 비추어 보면, 제3처분 역시 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 제1, 2처분의 위법 여부에 관한 판단

1)

구 지방세법 제272조 제3항 단서는 새마을금고가 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산을 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 업무에 직접 사용하지 아니한 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 본문에 규정된 새마을금고가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 새마을금고에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애 정도, 새마을금고가 부동산을 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이다(

대법원 2012. 12. 13. 선고 2011두1948 판결 등 참조).

한편 새마을금고가 업무에 직접 사용하기 위한 건물을 신축할 목적으로 기존건물과 토지를 취득한 후 기존건물을 철거하고 그 토지 위에 건물을 신축하는 경우에 기존건물과 토지의 취득일부터 1년 이내에 건물을 신축하지 못하였더라도 거기에 정당한 사유가 있다면 기존건물과 토지에 대하여 구 지방세법 제272조 제3항 단서가 규정하는 추징사유가 발생하였다고 볼 수 없지만, 일단 건물이 신축되고 나면 특별한 사정이 없는 한 그때는 바로 신축건물을 업무에 직접 사용하여야 할 것이므로 신축건물의 전부 또는 일부를 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 기존건물과 토지 중 신축건물의 연면적에서 업무에 직접 사용되지 아니하는 건물 부분이 차지하는 비율에 해당하는 부분도

구 지방세법 제272조 제3항 단서가 규정하는 취득세와 등록세의 추징대상이 된다고 봄이 타당하다(

대법원 1992. 6. 23. 선고 91누13281 판결 참조).

2) 우선 원고가 이 사건 토지와 기존건물을 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 업무에 직접 사용하지 아니하였는지 본다.

갑 제8에서 13호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 토지와 기존건물을 취득한 무렵인 2006. 6. 29. 및 같은 해 7. 26. 2차례에 걸쳐 종전의 상가임차인인 조규용, 강순옥에게는 임대차기간 만료일(조규용은 2006. 12. 15., 강순옥은 2006. 9. 15.)에 해당 기존건물 부분을 인도할 것을, 가정호에게는 건물을 신축하려고 할 경우 조건 없이 해당 기존건물 부분을 인도한다는 종전 소유자와의 특약에 따라 2006. 11. 15.까지 위 기존건물 부분을 인도하여 달라고 통고한 사실, ② 그런데 위 임차인들은 종전 소유자와의 사이에 5년의 임대차기간 보장, 시설투자비용 보상 등의 구두약정을 하였다면서 해당 기존건물 부분의 인도를 거부한 사실, ③ 원고는 2006. 8. 30. 위 임차인들을 상대로 점유이전금지가처분 집행을 한 후 해당 기존건물 부분을 인도받기 위하여 노력하였으나, 2006. 12. 15. 조규용으로부터(700만 원의 이사비용을 주었다) 해당 기존건물 부분을 인도받았을 뿐, 나머지 임차인들과는 합의를 이루지 못한 사실, ④ 이에 원고는 2006. 12. 21. 나머지 임차인들을 상대로 인도소송을 제기하여 2007. 5. 1. 승소한 후 그들에게도 이사비용으로 각 500만 원씩을 지급하고 2007. 6. 10.에 이르러서야 해당 기존건물 부분을 모두 인도받게 된 사실, ⑤ 한편 원고는 2007. 7. 6. 주식회사 미래지반기술로부터 지하 1.2m에 지하수면이 존재한다는 지반조사 실시 결과를 통보받은 사실, ⑥ 이후 원고는 2007. 8월경 착공을 시도하였으나 장마로 인한 물고임으로 토사가 무너질 우려가 있다는 판단에 따라 착공을 가을로 미루게 되었고, 2007. 10.경에는 위 물고임이 장마로 인한 것이 아님을 확인하고 설계공법을 바꾸고, 2007. 10. 16.에 이르러서야 비로소 이 사건 신축건물의 신축공사에 착공한 사실 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지와 기존건물을 그 취득일부터 1년 이내에 업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 봄이 옳다.

3) 다음으로 원고가 이 사건 신축건물의 전부 또는 일부를 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 업무에 직접 사용하지 아니하였는지 본다.

구 지방세법 제272조 제3항 본문은 새마을금고법에 의하여 설립된 새마을금고가

같은 법 제28조 제1항 제1호 내지

제4호의 규정에 의한 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있고,

구 새마을금고법(2011. 3. 8. 법률 제10437호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제1항은 “새마을금고는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 행한다.”고 규정하면서 그 각 호에서 신용사업(제1호), 문화복지 후생사업(제2호), 회원에 대한 교육사업(제3호), 지역사회 개발사업(제4호) 등을 들고 있다. 한편

구 새마을금고법 제1조,

제2조 제1항은, 같은 법에 따라 설립된 새마을금고는 국민의 자주적인 협동 조직을 바탕으로 우리나라 고유의 상부상조 정신에 입각하여 자금의 조성과 이용, 회원의 경제적ㆍ사회적ㆍ문화적 지위의 향상, 지역사회 개발을 통한 건전한 국민정신의 함양과 국가경제 발전에 이바지함을 목적으로 하는 비영리법인이라고 규정하고 있다.

이러한 규정의 문언 내용과 취지 등에 비추어 보면, 구 새마을금고법에 의하여 설립된 새마을금고가 취득하는 부동산이

구 새마을금고법 제28조 제1항 제1호 내지

제4호의 규정에 의한 업무에 사용하기 위한 것으로서

구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하기 위하여는 그 부동산을 취득하여 직접 사용하기 위한 업무의 주된 목적이 자금의 조성과 이용, 회원의 경제적ㆍ사회적ㆍ문화적 지위의 향상과 지역사회개발 등에 있어야 한다.

갑 제3, 20호증, 을 제5호증의 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 이 사건 신축건물을 건축하면서 소매점 부분에 대하여는 금융업소 부분과 달리 제1종 근린생활시설인 소매점 용도로 건축허가를 받았고, 취득세 등도 스스로 납부하였던 사실, ② 원고는 이 사건 신축건물이 준공된 이후 1년이 경과하도록 소매점 부분을

구 새마을금고법 제28조 제1항 제1호 내지

제4호에서 정하는 사업에 사용하지 아니하고 공실로 남겨 두었던 사실, ③ 이 사건 신축건물이 준공되기 전에 개최된 원고의 이사회에서 소매점 부분을 임대하자는 의견이 제시되기도 한 사실 등을 위와 같은 법리에 비추어 살펴볼 때, 이 사건 기존건물의 취득 당시 원고의 이사회에서 소매점 부분을 회원들이나 인근 주민들의 복지시설 등으로 사용하기로 하는 논의가 있었다거나 현재는 소매점 부분을 실제로 지역사회단체의 무료국악연습실이나 회의실 용도로 사용하고 있다는 사정만으로는 이 사건 신축건물 중 소매점 부분이

구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당한다고 보기 어렵다.

4) 따라서 이 사건 토지와 기존건물 중 이 사건 신축건물의 연면적에서 소매점 부분이 차지하는 비율에 해당하는 부분은

구 지방세법 제272조 제3항 단서가 규정하는 취득세와 등록세의 추징대상이 된다고 봄이 옳다. 이를 기준으로 산정한 정당한 세액은 별지 과세처분목록 순번 1, 2 정당세액란 기재와 같다. 제1, 2처분 중 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

라. 제3처분의 위법 여부에 관한 판단

1) 우선 이 사건 시설의 공사비를 금융업소 부분과 소매점 부분의 취득가액에 안분하여 소매점 부분의 취득과 관련하여 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 부과처분을 한 것이 적법한지 본다.

구 지방세법 제272조 제3항 본문의 문언 내용과 취지, 그리고 같은 항 단서가 ‘취득한 부동산을 그 사용일부터 2년 이상 그 업무에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 면제된 세액을 추징’하도록 별도로 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면,

구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하는지는 원칙적으로 부동산의 취득 당시를 기준으로 그 현황과 용도, 취득목적 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

앞서 인정한 사실과 증거들에 따르면, 이 사건 시설은 1층 금융업소 부분의 내부와 연결되어 있는 무인자동화점포로서 현금자동출납기 등이 설치되어 영업시간 중에는 금융업소 부분과 일체로 사용되고 영업시간 후에는 여닫이문으로 구분되어 무인점포로 사용되고 있는 반면, 소매점 부분은 2층 또는 지하에 위치하고 있어 이 사건 시설과는 분리되어 있는 사실, 원고는 이 사건 신축건물에 관하여 내부시설공사비 107,010,000원 외에 별도로 이 사건 시설의 설치비용 27,830,000원을 지출한 사실 등을 알 수 있다.

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 시설은 그 현황과 용도, 취득목적 등을 종합적으로 고려할 때 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분의 일부분으로서 원고가 새마을금고의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 봄이 타당하므로, 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당한다. 따라서 그 설치비용은 취득세와 등록세의 과세대상인 이 사건 소매점 부분의 사실상 취득가액에 포함될 수 없고, 그 전부가 취득세와 등록세의 면제 대상인 금융업소 부분의 사실상 취득가액에 포함되어야 한다.

2) 다음으로 이 사건 신축건물 중 소매점 부분의 소유권보존등기를 중과세율 적용대상으로 보아 등록세, 지방교육세 부과처분을 한 것이 적법한지 본다.

구 지방세법 제138조 제1항 제3호는 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세하도록 규정하고,

구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제2항 전단은 ‘법인 또는 지점 등의 설립ㆍ설치ㆍ전입에 따른 부동산등기’란 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다. 여기서 말하는 ‘일체의 부동산등기’란 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립 등과 관련하여 그 이전에 취득한 부동산에 관한 등기이면 그 요건이 충족되고, 그 부동산의 전부가 당해 업무에 사용될 것인지의 여부를 묻지 아니한다고 해석된다(

대법원 1994. 6. 14. 선고 92누15796 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 본다. 원고가 부곡지점을 설치하기 위하여 이 사건 신축건물을 취득하는 등기를 하였으므로 이 사건 신축건물에 대한 등기는 금융업소 부분과 소매점 부분을 모두 포함하여

구 지방세법 제138조 제1항 제3호,

구 지방세법 시행령 제102조 제2항 전단이 규정하는 대도시 내에서의 지점 설치에 따른 부동산등기에 해당하고, 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분은 새마을금고 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로서 등록세 면제 대상에 해당되어 중과세가 문제 될 여지가 없지만, 소매점 부분은 등록세 면제 대상에 해당하지 아니하는 이상 중과세를 면할 수 없다.

3) 이를 기준으로 산정한 정당한 세액은 별지 과세처분목록 순번 3 정당세액란 기재와 같다. 제3처분 중 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

제1에서 3처분 중 정당한 세액 범위 내 부분은 적법하고 이를 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 제1심 판결 중 이 법원의 심판범위에 포함된 부분은 이와 결론이 일부 다르므로 원고와 피고의 항소를 일부씩 받아들여 주문과 같이 변경한다.