1. 원고의 상고이유를 판단한다.

가. 소매점 부분이 취득세 및 등록세 면제 대상인지에 관하여

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제272조 제3항 본문은 새마을금고법에 의하여 설립된 새마을금고가 같은 법 제28조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있고, 구 새마을금고법(2011. 3. 8. 법률 제10437호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘새마을금고법’이라 한다) 제28조 제1항은 "새마을금고는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 행한다."고 규정하면서 그 각 호에서 신용사업(제1호), 문화복지 후생사업(제2호), 회원에 대한 교육사업(제3호), 지역사회 개발사업(제4호) 등을 들고 있다. 한편 새마을금고법 제1조, 제2조 제1항은, 같은 법에 따라 설립된 새마을금고는 국민의 자주적인 협동 조직을 바탕으로 우리나라 고유의 상부상조 정신에 입각하여 자금의 조성과 이용, 회원의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상, 지역사회 개발을 통한 건전한 국민정신의 함양과 국가경제 발전에 이바지함을 목적으로 하는 비영리법인이라고 규정하고 있다.

이러한 규정의 문언 내용과 취지 등에 비추어 보면, 새마을금고법에 의하여 설립된 새마을금고가 취득하는 부동산이 새마을금고법 제28조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 업무에 사용하기 위한 것으로서 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하기 위하여는 그 부동산을 취득하여 직접 사용하기 위한 업무의 주된 목적이 자금의 조성과 이용, 회원의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 지역사회개발 등에 있어야 한다.

원심은 그 채택 증거에 의하여, ① 원고가 이 사건 신축건물을 건축하면서 소매점 부분에 대하여는 금융업소 부분과 달리 제1종 근린생활시설인 소매점 용도로 건축허가를 받았고, 취득세 등도 스스로 납부하였던 사실, ② 원고는 이 사건 신축건물이 준공된 이후 1년이 경과하도록 소매점 부분을 새마을금고법 제28조 제1항 제1호 내지 제4호에서 정하는 사업에 사용하지 아니하고 공실로 남겨 두었던 사실, ③ 이 사건 신축건물이 준공되기 전에 개최된 원고의 이사회에서 소매점 부분을 임대하자는 의견이 제시되기도 한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 기존건물의 취득 당시 원고의 이사회에서 소매점 부분을 회원들이나 인근 주민들의 복지시설 등으로 사용하기로 하는 논의가 있었다거나 현재는 소매점 부분을 실제로 지역사회단체의 무료국악연습실이나 회의실 용도로 사용하고 있다는 사정만으로는 이 사건 신축건물 중 소매점 부분이 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당한다고 보기 어렵다고 판단하였다.

앞서 본 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 원고가 상고이유에서 주장하는 바와 같이 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.

나. 365 자동화코너 시설의 설치비용을 소매점 부분과 금융업소 부분의 사실상 취득가액에 안분하여야 하는지에 관하여

(1) 원심은, 이 사건 신축건물 중 365 자동화코너 시설(이하 ‘이 사건 시설’이라 한다)은 그 구조와 위치, 용도 등에 비추어 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분의 부속시설에 해당한다고 봄이 상당하지만, 향후 내부시설의 교체나 용도 변경 등에 따라 이 사건 신축건물 전체에 공하는 부속시설로도 얼마든지 사용될 수 있으므로, 피고가 그 설치비용 중 이 사건 신축건물의 연면적에서 소매점 부분과 금융업소 부분이 각 차지하는 비율에 해당하는 금액을 안분하여 취득세와 등록세의 과세 대상인 이 사건 소매점 부분의 사실상 취득가액과 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상인 금융업소 부분의 사실상 취득가액을 산정한 것은 옳고, 따라서 피고가 이 사건 신축건물 중 소매점 부분의 취득과 관련하여서 한 취득세 319,870원, 등록세 합계 13,492,760원(= 127,940원 + 13,364,820원), 지방교육세 합계 2,500,080원(= 23,730원 + 2,476,350원) 및 농어촌특별세 29,660원의 각 부과처분(이하 ‘소매점 관련 부과처분’이라 한다)과 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분의 취득세 및 등록세의 면제를 이유로 한 농어촌특별세 합계 61,480원(= 43,910원 + 17,570원)의 부과처분(이하 ‘금융업소 관련 부과처분’이라 한다)은 모두 적법하다고 판단하였다.

(2) 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.

구 지방세법 제272조 제3항 본문의 문언 내용과 취지, 그리고 같은 항 단서가 ‘취득한 부동산을 그 사용일부터 2년 이상 그 업무에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 면제된 세액을 추징’하도록 별도로 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하는지는 원칙적으로 부동산의 취득 당시를 기준으로 그 현황과 용도, 취득 목적 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

원심판결 이유 및 기록에 의하면, 이 사건 시설은 1층 금융업소 부분의 내부와 연결되어 있는 무인자동화점포로서 현금자동출납기 등이 설치되어 영업시간 중에는 금융업소 부분과 일체로 사용되고 영업시간 후에는 여닫이문으로 구분되어 무인점포로 사용되고 있는 반면, 소매점 부분은 2층 또는 지하에 위치하고 있어 이 사건 시설과는 분리되어 있는 사실, 원고는 이 사건 신축건물에 관하여 내부시설공사비 107,010,000원 외에 별도로 이 사건 시설의 설치비용 27,830,000원을 지출한 사실 등을 알 수 있다.

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 시설은 그 현황과 용도, 취득 목적 등을 종합적으로 고려할 때 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분의 일부분으로서 원고가 새마을금고의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 봄이 타당하므로, 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당한다. 따라서 그 설치비용은 취득세와 등록세의 과세대상인 이 사건 소매점 부분의 사실상 취득가액에 포함될 수 없고, 그 전부가 취득세와 등록세의 면제 대상인 금융업소 부분의 사실상 취득가액에 포함되어야 한다.

(3) 그럼에도 원심은, 그 판시와 같은 이유로 피고가 이 사건 시설의 설치비용을 안분하여 소매점 부분과 금융업소 부분의 사실상 취득가액을 산정한 것이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 규정하는 취득세와 등록세의 면제 대상인지를 판단하는 기준시점 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 있고, 이는 소매점 관련 부과처분 부분의 판결 결과에 영향을 미쳤음이 분명하다(아울러 소매점 관련 부과처분 중 등록세 127,940원 및 13,364,820원 부분과 지방교육세 23,730원 및 2,476,350원 부분은 각각 동일한 과세단위를 대상으로 하는 것으로서 세목별로 후자가 전자의 증액경정처분임을 지적하여 둔다).

다만 금융업소 관련 부과처분은 구 농어촌특별세법(2010. 12. 30. 법률 제10422호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1호, 제5조 제1항 제1호에 따라 금융업소 부분의 취득과 관련하여 감면된 취득세액 또는 등록세액을 과세표준으로 하여 거기에 20%의 세율을 곱하여 산정한 농어촌특별세를 부과한 것이므로, 이 사건 시설의 설치비용 전부를 금융업소 부분의 사실상 취득가액에 포함하여 정당한 세액을 산정하더라도 그 세액은 피고가 당초 부과한 세액(합계 61,480원)을 초과할 것임이 분명하다. 따라서 원심의 위와 같은 잘못은 금융업소 관련 부과처분 부분의 판결 결과에는 영향을 미치지 아니하였다 할 것이다.

결국, 이 부분 원고의 상고이유의 주장은 소매점 관련 부과처분 부분에 대하여만 이유 있다.

다. 등록세 중과 대상 여부에 관하여

구 「지방세법」제138조 제1항 제3호는 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세하도록 규정하고, 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제102조 제2항 전단은 ‘법인 또는 지점 등의 설립·설치·전입에 따른 부동산등기’란 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다. 여기서 말하는 ‘일체의 부동산등기’란 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립 등과 관련하여 그 이전에 취득한 부동산에 관한 등기이면 그 요건이 충족되고, 그 부동산의 전부가 당해 업무에 사용될 것인지의 여부를 묻지 아니한다고 해석된다(대법원 1994. 6. 14. 선고 92누15796 판결 등 참조).

원심은, 원고가 00지점을 설치하기 위하여 이 사건 신축건물을 취득하는 등기를 하였으므로 이 사건 신축건물에 대한 등기는 금융업소 부분과 소매점 부분을 모두 포함하여 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호, 구 「지방세법 시행령」제102조 제2항 전단이 규정하는 대도시 내에서의 지점 설치에 따른 부동산등기에 해당하고, 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분은 새마을금고 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로서 등록세 면제 대상에 해당되어 중과세가 문제 될 여지가 없지만, 소매점 부분은 등록세 면제 대상에 해당하지 아니하는 이상 중과세를 면할 수 없다고 판단하였다.

원심의 판단은 앞서 본 법리에 따른 것으로서 정당하고, 거기에 원고가 상고이유에서 주장하는 바와 같이 등록세가 중과세되는 부동산등기에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.

2. 피고의 상고이유를 판단한다.

구 지방세법 제272조 제3항 단서는 새마을금고가 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산을 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 업무에 직접 사용하지 아니한 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 그 본문에 규정된 새마을금고가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 새마을금고에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애 정도, 새마을금고가 부동산을 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2011두1948 판결 등 참조).

한편 새마을금고가 업무에 직접 사용하기 위한 건물을 신축할 목적으로 기존건물과 토지를 취득한 후 기존건물을 철거하고 그 토지 위에 건물을 신축하는 경우에 기존건물과 토지의 취득일부터 1년 이내에 건물을 신축하지 못하였더라도 거기에 정당한 사유가 있다면 기존건물과 토지에 대하여 구 지방세법 제272조 제3항 단서가 규정하는 추징사유가 발생하였다고 볼 수 없지만, 일단 건물이 신축되고 나면 특별한 사정이 없는 한 그때는 바로 신축건물을 업무에 직접 사용하여야 할 것이므로 신축건물의 전부 또는 일부를 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 기존건물과 토지 중 신축건물의 연면적에서 업무에 직접 사용되지 아니하는 건물 부분이 차지하는 비율에 해당하는 부분도 구 지방세법 제272조 제3항 단서가 규정하는 취득세와 등록세의 추징대상이 된다고 봄이 타당하다(대법원 1992. 6. 23. 선고 91누13281 판결 참조).

원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 이 사건 기존건물 임차인들의 인도 거부와 이 사건 토지 지하 1.2m에 존재하는 지하수면 등으로 인하여 이 사건 신축건물 건축공사의 착공이 지연된 사실 등을 인정한 다음, 원고가 이 사건 토지와 기존건물을 그 취득일부터 1년 이내에 업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로, 피고가 구 지방세법 제272조 제3항 단서를 적용하여 원고에게 이 사건 토지 및 기존건물의 취득과 관련하여 취득세와 등록세 등을 부과한 것은 위법하다고 판단하였다.

앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 원고가 이 사건 토지와 기존건물을 그 취득일부터 1년 이내에 업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 판단한 부분은 정당하고, 거기에 피고가 상고이유에서 주장하는 바와 같이 구 지방세법 제272조 제3항 단서가 규정하는 ‘정당한 사유’에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.

다만 원심이 인정한 사실관계에 의하더라도, 이 사건 토지 위에 건축된 이 사건 신축건물 중 소매점 부분은 그 건축공사가 완료되어 원고가 이를 취득한 날부터 1년이 경과하도록 정당한 사유 없이 업무에 직접 사용하지 아니하였으므로, 이 사건 토지와 기존건물 중 이 사건 신축건물의 연면적에서 소매점 부분이 차지하는 비율에 해당하는 부분은 구 지방세법 제272조 제3항 단서가 규정하는 취득세와 등록세의 추징대상이 된다고 할 것이다.

그럼에도 원심은, 이와 다른 전제에서 이 사건 토지 및 기존건물의 취득과 관련된 취득세와 등록세 등의 부과처분은 그 전부가 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 구 지방세법 제272조 제3항 단서가 규정하는 취득세와 등록세의 추징대상에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 피고의 상고이유 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있다.

4. 결론

그러므로 원심판결의 원고 패소 부분 중 소매점 부분의 취득과 관련된 취득세 319,870원, 등록세 합계 13,492,760원, 지방교육세 합계 2,500,080원 및 농어촌특별세 29,660원의 각 부과처분 부분과 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 원고의 나머지 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2011. 7. 8. 선고 2010누35465 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 원고와 피고의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 각자 부담한다.

【이유】

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 판결에 적을 이유는, 제1심 판결 이유 중 제2의 라.항을 아래(제2항)와 같이 고쳐 쓰고, 피고의 당심에서의 새로운 주장에 관하여 아래(제3항)에서 추가로 판단하는 부분 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 이를 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

『라. 제3, 4처분의 위법 여부에 대한 판단

먼저, 원고의 ①주장에 관하여 보건대, 이 사건 시설은 그 구조와 설치된 위치 및 그 위치에 해당하는 건물의 용도, 건물의 형태, 목적, 용도에 대한 관계를 종합하여 볼 때, 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분의 부속시설에 해당한다고 봄이 상당하다. 그렇지만 위 시설은 건물과 일체를 이루고 있어서 이를 쉽게 분리하거나 철거할 수 없는데다가, 위 시설이 현재에는 금융업소 용도로 사용되고 있기는 하나 이는 원고가 위 시설 내에 현금지급기 등을 설치하여 야간이나 휴일에도 이용할 수 있는 무인점포로 활용하고 있는 사정에 기인한 것이고, 향후 내부시설의 교체나 용도 변경 등에 따라 이 사건 건물 전체에 공하는 부속시설로도 얼마든지 사용될 수도 있는 이상 이 사건 시설의 위치나 현재 용도에만 기초하여 위 시설에 관한 설치비용을 이 사건 건물의 신축비용에서 제외할 수는 없다. 따라서 이 사건 시설을 설치하는 데 들어간 비용을 이 사건 신축건물의 과세표준에 포함시킨 피고의 조치는 정당하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

다음으로, 원고의 ②주장에 관하여 보면, 갑 3, 20호증, 을 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ⓐ 원고는 이 사건 신축건물을 신축하면서 소매점 부분을 금융업소 부분과 달리 제1종 근린생활시설인 소매점 용도로 건축허가를 받은 다음 스스로 등록세, 취득세 등을 납부하였던 점, ⓑ 이 사건 신축건물이 준공된 이후 1년이 경과할 때까지 소매점 부분을 새마을금고법 제28조 제1항 제1호 내지 제4호에서 정하는 사업에 사용하지 아니하고 공실로 남겨 두었던 점, ⓒ 이 사건 신축건물이 준공되기 전 원고 임원들은 소매점 부분을 임대할 것인지 여부를 논의하기도 한 점 등의 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 기존건물 취득 당시 이사회에서 신축건물의 소매점 부분을 새마을금고 회원들이나 인근 주민들의 복지시설 등으로 사용하기로 하는 논의가 있었다거나 현재에는 소매점 부분을 실제로 지역사회단체의 무료국악연습실이나 회의실 용도로 사용하고 있다는 사정만으로는 이 사건 신축건물 중 소매점 부분이 원고가 새마을금고의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 피고가 취득세 및 등록세의 면제에 관한 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 소매점 부분에는 적용되지 않는다는 전제에서 한 제3, 4처분은 적법하고, 이와 다른 원고의 위 주장은 이유 없다.

끝으로, 원고의 ③주장에 관하여 살피건대, 구 「지방세법」제138조 제1항 본문 제3호, 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항에서는 대도시내에서 지점 또는 분사무소의 설치 이전에 취득하는 일체의 부동산등기의 경우에는 그 세율을 당해 세율의 100분의 300으로 하도록 규정하고 있는데, 여기에서 말하는 일체의 부동산등기라 함은 지점의 그 설치와 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 의미하고, 반드시 그 부동산의 전부가 지점의 업무에 사용되어야 하는 것은 아니다(대법원 2006. 9. 8. 선고 2005두4205 판결 참조). 앞서 본 바와 같이 원고는 00지점을 설치하기 위하여 이 사건 신축건물을 취득하는 등기를 하였으므로, 이 사건 신축건물에 대한 등기는 금융업소 부분과 소매점 부분을 모두 포함하여 구 「지방세법」제138조 제1항 본문 제3호에 의한 대도시내에서 지점 설치 이전에 취득하는 일체의 부동산등기에 해당한다. 다만, 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분은 앞서 본 바와 같이 새마을금고 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로서 등록세 면제대상에 해당되어 중과세가 문제될 여지가 없는 반면, 소매점 부분은 중과세 면제대상에 해당하지 아니하는 이상 중과세를 면할 수 없다고 봄이 상당하다. 결국 피고의 제4처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.』

3. 추가 판단 부분

가. 원고의 주장 및 이에 대한 판단

원고는 당심에서 추가로, 원심이 이 사건 신축건물 중 소매점 부분을 ‘금고업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산’으로 보지 않는다면, 위 부분에 관한 등기는 ‘지점 설치 이전에 취득한 일체의 부동산등기’에도 해당하지 않게 되므로, 결국 소매점 부분에 관한 등기는 일반세율의 등록세 납부대상일 뿐 중과세 대상이 될 수 없다고 주장한다.

살피건대, 이 사건 신축건물에 적용되는 법령은 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것)으로서 앞서 본 바와 같이 당시 제102조 제2항은 "대도시내에서 지점 또는 분사무소의 설치 이전에 취득하는 일체의 부동산등기"라고 규정하고 있을 뿐이어서 그 이후 개정된 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정된 것) 같은 조항의 "대도시내에서 지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기"와는 그 표현과 내용이 다른 점, 새마을금고 등에 대한 고유업무 사용 부동산에 대한 취득세 등 면제규정과 대도시내에서 법인지점설치에 따른 등록세 중과세규정은 그 입법취지가 같지 않은 점, 등록세 중과세의 대상이 되는 건물 전체 중 일부가 면제대상이라고 하여 나머지 과세부분에 대해서는 일반세율로 과세할 수 있다는 법률상 근거가 없는 점 등에 비추어 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

나. 피고의 주장 및 이에 대한 판단

피고는 당심에서 추가로, 비록 원심에서 원고가 이 사건 신축건물의 착공이 늦어진 데 대하여 정당한 사유가 있다고 판단하였더라도, 원심이 소매점 부분은 감면 목적 용도에 해당하지 않는다고 본 이상 이 사건 토지 중 금융업소 부분에 해당하는 비율만큼만 취소되어야 하는데, 위 토지 전체에 대하여 취득세 등을 면제한 것은 법리오해의 위법이 있다고 주장한다.

살피건대, 제1, 2처분과 관련하여 면제 여부가 문제되는 세금은, 원고가 건물을 신축하여 00지점을 개설할 목적으로 취득한 이 사건 토지 및 기존건물에 대한 취득세, 등록세 등이다. 그 이후에 원고가 신축한 건물에 대하여는 따로 취득세, 등록세 등이 부과되는 것이므로 원고가 이 사건 토지 및 기존건물을 취득할 당시에 부과되는 취득세, 등록세 등을 감면함에 있어서 향후 그 토지 위에 신축된 건물의 용도나 면세 여부까지 고려할 이유나 필요는 없다고 봄이 상당하다. 따라서 피고의 위 주장도 받아들이지 아니한다.

4. 결 론

그렇다면, 제1심 판결은 정당하고 원고의 피고의 항소는 이유 없으므로, 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-수원지방법원 2010. 9. 8. 선고 2010구합4316 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 피고가 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 순번 1, 2 부과처분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 30%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 토지 및 기존건물의 취득과 면세

⑴ 원고는 2006. 6. 20. 건물을 신축하여 00지점을 개설할 목적으로 의왕시 삼동 192-7 대 446㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 기존건물’이라 한다)을 대금 1,618,900,000원에 매수하고, 2006. 6. 21. 이 사건 토지 및 건물에 대한 소유권이전등기를 경료하였다.

⑵ 원고는 위와 같이 이 사건 토지 및 건물을 취득할 당시 새마을금고의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다는 이유로 지방세법 제272조 제3항 본문에 따라 취득세와 등록세의 감면을 신청하면서, 아래와 같이 취득세 및 등록세 등을 신고·납부하였다(과세표준액 중 서민주택에 해당하는 742,427,540원에 대하여는 농어촌특별세 비과세 대상이므로, 나머지 876,472,460원에 대하여만 농어촌특별세를 신고·납부함).

나. 신축건물의 취득과 면세 등

⑴ 원고는 2007. 2. 26. 이 사건 토지 지상에 00지점으로 사용할 건물(이 사건 신축건물‘이라 한다)의 건축허가를 받고, 2007. 10. 13. 이 사건 기존건물을 철거한 후, 이 사건 토지 및 건물의 소유권을 취득한 날로부터 1년이 경과한 2007. 11. 15.에 이르러서야 비로소 이 사건 신축건물의 건축공사에 착공하여 2008. 6. 4. 이 사건 신축건물{지하 1층 제1종근린생활시설(소매점) 211.92㎡, 제2종근린생활시설(금융업소) 53.58㎡, 지상 1층 제2종근린생활시설(금융업소) 265.5㎡, 지상 2층 제1종근린생활시설(소매점) 219㎡, 옥탑 물탱크/계단실 28.11㎡}의 사용승인을 받았고, 2008. 7. 4. 이 사건 신축건물에 대한 소유권보존등기를 경료하였으며, 2008. 7. 5. 이 사건 신축건물에 00동지점을 설치하고, 2008. 7. 25. 분사무소 설치 등기를 마쳤다.

⑵ 원고는 2008. 7. 3. 이 사건 신축건물에 대한 소유권보존등기를 신청하면서, 이 사건 신축건물 중 금융업소 부분(이하 ‘금융업소 부분’이라 한다)에 대하여 새마을금고 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다는 이유로 취득세와 등록세의 면제를 신청하면서 아래와 같이 해당 취득세와 등록세 등을 신고·납부하였고, 소매점 부분(이하 ‘소매점 부분’이라 한다)에 대하여는 지방세법 제272조 제3항에 따른 면제 대상이 아니라고 보고 아래와 같이 해당 취득세와 등록세 등을 신고·납부하였다.

다. 피고의 취득세 및 등록세 등 부과처분

⑴ 피고는 원고가 이 사건 토지 및 이 사건 기존건물을 취득한 날부터 1년이 경과한 2007. 10. 16. 착공한 것을 정당한 사유 없이 1년 이내에 새마을금고 업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보고, 지방세법 제272조 제3항 단서에 따라 2010. 2. 3. 아래와 같이 산정한 이 사건 토지 및 이 사건 기존건물에 대한 취득세, 등록세 등을 부과하는 처분(이하 ‘제1처분’이라 한다)을 하였다(과세표준액에는 종전의 매매대금 1,618,900,000원에 감정평가 및 중개수수료 12,162,950원을 추가하였다).

또한, 피고는 같은 날 이 사건 토지의 소유권이전등기는 중과세율 적용대상인 「지방세법」제138조 제1항 제3호의 ‘대도시에서 법인의 지점의 설치에 따른 부동산등기’에 해당한다는 이유로, 이 사건 토지에 대하여 아래와 같이 산정한 등록세 및 지방교육세를 부과하는 처분(이하 ‘제2처분’이라 한다)을 하였다(원래 등록세 중과세율을 적용하면 세율이 과세표준액의 6%인데, 위에서 본 바와 같이 피고는 이미 일반세율인 과세표준의 2%를 부과하였으므로, 나머지 4%에 대하여만 세액을 산출하였다. 피고는 이 사건 토지와 기존건물의 총 과세표준 1,631,062,950원에서 이 사건 토지의 가격이 차지하는 비율을 적용하여 이 사건 토지의 과세표준액을 1,622,607,320원으로 산정하였다).

⑵ 피고는 2010. 2. 8. 이 사건 신축건물에 관한 소유권보존등기에 대하여 등록세 및 취득세 등을 신고하면서 그 과세표준에 ‘365자동화코너’ 시설(이하 ‘이 사건 시설’이라 한다) 공사비 25,300,000원을 누락하고, 간판류 5,060,000원을 과다산입하여 총 20,240,000원의 과세표준이 누락되었다면서, 위와 같이 누락된 과세표준을 아래와 같이 금융업소 부분과 소매점 부분에 안분하여 취득세 319,870원, 농어촌특별세 91,140원(= 43,910원+17,570원+29,660원), 등록세 127,940원, 지방교육세 23,730원을 부과하는 처분(이하 ‘제3처분’이라 한다)을 하였다{피고는 각 과세표준액을 원고가 신고한 1,048,979,673원(= 금융업소 부분 446,235,953원 + 소매점 부분 602,743,720원)에 위 20,240,000원을 더한 1,069,219,673원 중 각 부분이 차지하는 비율을 적용한 금액으로 산정하였다}.

또한, 피고는 같은 날 이 사건 신축건물 중 소매점 부분의 소유권보존등기는 중과세율 적용대상인 「지방세법」제138조 제1항 제3호의 ‘대도시에서 법인의 지점의 설치에 따른 부동산등기’에 해당한다는 이유로, 이 사건 신축건물 중 소매점 부분에 대하여 아래와 같이 산정한 등록세 및 지방교육세를 부과하는 처분(이하 ‘제4처분’이라 한다)을 하였다(원래 등록세 중과세율을 적용하면 세율이 과세표준액의 2.4%인데, 위에서 본 바와 같이 피고는 이미 일반세율인 과세표준의 0.8%를 부과하였으므로, 나머지 1.6%에 대하여만 세액을 산출하였다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 4, 7, 15 내지 18호증, 을 1 내지 4, 10, 14, 17(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

⑴ 원고가 이 사건 토지 및 기존건물을 그 취득일부터 1년 이내에 새마을금고의 업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로, 이와 다른 전제에 선 제1, 2처분은 위법하다.

⑵ ① 이 사건 시설은 금융업소의 부속시설일 뿐이지 소매점 부분과는 전혀 상관이 없는 것이므로, 이를 소매점 부분의 과세표준에 안분하여 산입할 수는 없는 점, ② 소매점 부분은 금융업소 부분과 마찬가지로 원고의 새마을금고 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로서 취득세와 등록세의 면제에 관한 지방세법 제272조 제3항의 규정이 적용되는 점, ③ 설령, 소매점 부분이 원고의 새마을금고 업무와 직접 관련이 없는 부동산이라고 하더라도, 이는 등록세 중과대상인 지점의 용도로 사용하기 위한 등기에 해당하지 않으므로, 중과세 대상이 아닌 점에 비추어 보면, 제3, 4처분 역시 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령의 기재와 같다.

다. 제1, 2처분의 위법 여부에 대한 판단

구 지방세법(2007. 5. 25. 법률 제8485호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제272조 제3항에 규정된 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 그러한 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과세하는 입법 취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 해당 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2009. 1. 15. 선고 2006두14926 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 갑 8 내지 13호증(각 가지번호 포함)의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, ① 원고는 이 사건 토지와 기존건물을 취득한 무렵인 2006. 6. 29. 및 같은 해 7. 26. 2차례에 걸쳐 종전의 상가임차인인 조규용, 강순옥에게는 임대차기간 만료일(조규용은 2006. 12. 15., 강순옥은 2006. 9. 15.)에 해당 기존건물 부분을 인도할 것을, 가정호에게는 건물을 신축하려고 할 경우 조건없이 해당 기존건물 부분을 인도한다는 종전 소유자와의 특약에 따라 2006. 11. 15.까지 위 기존건물 부분을 인도하여 달라고 통고한 사실, ② 그런데 위 임차인들은 종전 소유자와의 사이에 5년의 임대차기간 보장, 시설투자비용 보상 등의 구두약정을 하였다면서 해당 기존건물 부분의 인도를 거부하기 시작한 사실, ③ 원고는 2006. 8. 30. 위 임차인들을 상대로 점유이전금지가처분 집행을 한 후 해당 기존건물 부분을 인도받기 위하여 노력하였으나, 2006. 12. 15. 조규용으로부터(7,000,000원의 이사비용을 주었다) 해당 기존건물 부분을 인도받았을 뿐, 나머지 임차인들과는 합의가 이루어지지 못한 사실, ④ 이에 원고는 2006. 12. 21. 나머지 임차인들을 상대로 인도소송을 제기하여 2007. 5. 1. 승소판결(수원지방법원 2006가단118490 판결)을 선고받았고, 이후 위 임차인들과도 이사비용으로 각 5,000,000원씩을 지급하고 항소를 포기받기로 합의하여 2007. 6. 10.에 이르러서야 해당 기존건물 부분을 모두 인도받게 된 사실, ⑤ 한편 원고는 2007. 7. 6. 주식회사 미래지반기술로부터 지하 1.2m에 지하수면이 존재한다는 지반조사 실시 결과를 통보받은 사실, ⑥ 이후 원고는 2007. 8월경 착공을 시도하였으나 장마로 인한 물고임으로 토사가 무너질 우려가 있다는 판단에 따라 착공을 가을로 미루게 되었고, 2007. 10월경에는 위 물고임이 장마로 인한 것이 아닌 것임을 확인하고 설계공법을 바꾸고, 2007. 10. 16.에 이르러서야 비로소 이 사건 신축건물의 신축공사에 착공한 사실을 인정할 수 있다. 사정이 이와 같다면, 원고가 이 사건 토지 및 기존건물을 취득한 날부터 1년 이내에 그 업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 제1, 2처분은 위법하다. 원고의 위 주장은 이유 있다.

라. 제3, 4처분의 위법 여부에 대한 판단

먼저, ① 주장에 관하여 보건대, 이 사건 시설은 그 용도, 설치된 위치와 그 위치에 해당하는 건물의 용도, 건물의 형태, 목적, 용도에 대한 관계를 종합하여 볼 때, 이 사건 신축건물에 연결되거나 부착하는 방법으로 설치되어 이 사건 신축건물의 효용과 기능을 다하기에 필요불가결한 시설로서 이 사건 신축건물의 상용에 제공된 종물에 해당하므로, 이 사건 시설을 설치하는 데 들어간 비용을 과세표준에 포함시킨 피고의 조치는 정당하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

다음으로, ② 주장에 관하여 보건대, 갑 3, 20호증, 을 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ⓐ 원고는 이 사건 신축건물을 신축하면서 소매점 부분을 금융업소 부분과 달리 제1종근린생활시설인 소매점 용도로 건축허가를 받은 점, ⓑ 이 사건 신축건물이 준공된 이후 현재까지 새마을금고법 제28조 제1항 제1호 내지 제4호에서 정하는 사업에 사용하고 있지 않고 공실로 남겨 둔 상태인 점, ⓒ 이 사건 신축건물이 준공되기 전 원고의 임원들은 소매점 부분을 임대할 것인지 여부를 논의하기도 한 점 등의 사정에 비추어 보면, 원고가 소매점 부분을 새마을금고의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하였다고는 보기 어렵다. 따라서 피고가 취득세 및 등록세의 면제에 관한 구 지방세법 제272조 제3항 본문이 소매점 부분에는 적용되지 않는다는 전제에서 한 제3, 4처분은 적법하고, 이와 다른 원고의 위 주장은 이유 없다.

끝으로, ③ 주장에 관하여 보건대, 구 「지방세법」제138조 제1항 본문 제3호, 구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항에서는 대도시내에서 지점 또는 분사무소의 설치 이전에 취득하는 일체의 부동산등기의 경우에는 그 세율을 당해 세율의 100분의 300으로 하도록 규정하고 있는데, 여기에서 말하는 일체의 부동산등기라 함은 지점의 그 설치와 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 의미하고, 반드시 그 부동산의 전부가 지점의 업무에 사용되어야 하는 것은 아닌바(대법원 206. 9. 8. 선고 2005두4205 판결 참조), 앞서 본 바와 같이 원고는 00지점을 설치하기 위하여 그 이전에 이 사건 신축건물을 취득하는 등기를 하였으므로, 이 사건 신축건물에 대한 등기는 금융업소 부분과 소매점 부분을 모두 포함하여 구 「지방세법」제138조 제1항 본문 제3호에 의한 대도시내에서 지점 설치 이전에 취득하는 일체의 부동산등기에 해당하고, 따라서 이 사건 신축건물에 대한 등기 중 소매점 부분은 중과세 면제 대상에 해당하지 아니하는 이상 중과세를 면할 수 없다. 결국 피고의 제4처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

구 지방세법(2007. 5. 25. 법률 제8485호로 개정되기 전의 것)

제138조(대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

③제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

제272조 (사회교육시설 등에 대한 감면)

③「신용협동조합법」에 의하여 설립된 신용협동조합(중앙회를 제외한다)이 동법 제39조제1항제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 업무와 「새마을금고법」에 의하여 설립된 새마을금고(연합회를 제외한다)가 동법 제26조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제하며, 사업소세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것)

제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)

②법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

구 새마을금고법(2007. 5. 25. 법률 제8485호로 개정되기 전의 것)

제26조 (사업의 종류 등) ① 금고는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각호에 게기하는 사업의 전부 또는 일부를 행한다.

1. 신용사업

가. 회원으로부터의 예탁금·적금의 수납

나. 회원에 대한 자금의 대출

다. 내국환 및 「외국환거래법」에 의한 환전업무

라. 국가, 공공단체 및 금융기관의 업무대리

마. 회원을 위한 보호예수

2. 문화복지후생사업

3. 회원에 대한 교육사업

4. 지역사회개발사업. 끝.