1. 인정 사실

가. 원고 중흥건설산업 주식회사(이하 ‘ 중흥건설’이라 한다)은 광주 광산구 신가동 1305 수완택지개발지구 11-2블록에 아파트를 신축·분양하는 사업을 시행하고, 원고 합자회사 중흥주택(이하 ‘ 중흥주택’이라 한다)은 광주 광산구 흑석동 518 수완택지개발지구 10-2블럭, 같은 동 503 수완택지개발지구 9-2블럭에 각 아파트를 신축·분양하는 사업을 시행하였다.

나. (1) 원고 중흥주택은 위 아파트를 완공한 후에 2008. 11. 28. 취득세를 신고함에 있어 주택분양보증수수료를 건축물의 취득가격에 산입하여 취득세를 산정하여 이를 신고하고, 과세관청인 피고에게 2008. 12. 15. 등록세(지방교육세 포함)를, 2008. 12. 29. 취득세(농어촌특별세 포함)를 각 납부하였다.

(2) 원고 중흥주택의 아파트 취득가격에 포함된 주택분양보증수수료는 수완택지개발지구 10-2블럭 아파트 부분이 190,162,470원, 수완택지개발지구 9-2블럭 아파트 부분이 166,436,040원인데, 이 부분에 해당하는 취득세 등은 취득세 합계 7,131,969원, 등록세 합계 2,852,787원, 지방교육세 합계 570,556원이다.

다. (1) 원고 중흥건설은 수완택지개발지구 11-2블럭에 아파트를 완공한 후에 2009. 6. 3. 취득세를 신고함에 있어 주택분양보증수수료를 건축물의 취득가격에 산입하여 취득세를 산정하여 이를 신고하고, 과세관청인 피고에게 2009. 6. 10. 등록세(지방교육세 포함)를, 2009. 6. 29. 취득세(농어촌특별세 포함)를 각 납부하였다.

(2) 원고 중흥건설의 아파트 취득가격에 포함된 주택분양보증수수료는 938,121,630원인데, 이 부분에 해당하는 취득세 등은 취득세 18,762,432원, 등록세 7,504,973원, 지방교육세 1,500,994원이다.

【인정 근거】갑 제1 내지 3호증의 각 1, 2, 갑 제4호증의 1 내지 6, 을 제1 내지 3호증의 각 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들의 주장

원고들은 취득세, 등록세, 지방교육세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)를 신고ㆍ납부함에 있어 주택분양보증수수료를 건축물의 취득가격에 산입하여서는 아니 됨에도 피고 측 담당 공무원의 잘못된 자진신고 유도로 말미암아 이를 건축물의 취득가격에 산입하여 취득세 등을 신고ㆍ납부하였으므로, 원고들의 위 취득세 등 신고ㆍ납부행위는 그 하자가 중대ㆍ명백하여 당연무효라 할 것이어서, 피고는 원고들에게 원고들이 납부한 취득세 등 중 주택분양보증수수료에 해당하는 부분을 부당이득으로 반환하여야 한다.

3. 판 단

가. 주택분양보증수수료의 취득가격 산입의 위법성 여부

구 지방세법 시행령 (2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제82조의3 제1항에서 말하는 ‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세 과세표준으로 삼을 수 없다( 대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 등 참조).

살피건대, 주택분양보증은 사업주체가 파산 등의 사유로 분양계약을 이행할 수 없게 되는 경우 수분양자들에게 당해 주택의 분양의 이행 또는 입주금의 환급을 책임지는 보증으로서 사업주체의 신축건물 취득을 보증하기 위한 제도가 아니라 사업주체의 수분양자에 대한 분양계약 이행을 보증하기 위한 제도인 점, 주택분양보증수수료는 그 본질에 있어 주택분양을 위한 비용이라고 할 수 있는 점, 주택분양보증을 통해 착공과 동시에 분양을 하여 그 분양대금을 미리 지급받는다고 하더라도 주택분양보증수수료 자체를 건설자금에 충당한 금액에 대한 이자로 보기 어려운 점, 일반적으로 인정된 기업회계기준에 따르면 주택분양보증수수료는 건물의 취득원가로 회계 처리하는 것이 아니라 판매비와 일반관리비로 처리하고 있는 점 등을 종합해 보면, 주택분양보증수수료는 건축물 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 이 사건 건축물 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용 등 간접비용에도 포함된다고 할 수 없으므로 취득세 산정에 있어 이를 취득가격에 산입하여 한 과세부과처분은 위법하다( 대법원 2010. 12. 23. 선고 2009두12150 판결 참조).

위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 앞에서 인정한 사실관계에 의하면, 원고들은 주택분양보증수수료를 취득가격에 산입하지 아니하여야 함에도 이를 건축물의 취득가격에 산입하여 취득세 등을 산정하고 이를 신고ㆍ납부하였으므로, 원고들의 이러한 취득세 등 신고ㆍ납부행위는 위법하다고 할 것이다.

나. 원고들의 취득세 등 신고ㆍ납부행위가 당연무효에 해당하는지 여부

나아가 원고들의 취득세 등 신고ㆍ납부행위가 위법하여 당연무효인지 여부에 관하여 살펴본다.

어떤 행정처분에 법률을 위반한 하자가 있다고 하여 곧바로 그 행정처분이 당연무효로 되는 것은 아니고, 그 행정처분이 당연무효가 되기 위하여는 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하는바, 하자가 중대하고 명백한 것인지 여부를 판별함에 있어서는 그 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요한다. 행정청이 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법규를 적용하거나 그 적용을 배제하여 행정처분(처분성이 인정되는 신고ㆍ납부행위를 포함한다)을 한 경우에, 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법규의 적용 여부에 관한 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 불구하고 행정청이 위 법규를 적용하거나 그 적용을 배제하여 처분을 한 때에는 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법규의 적용 여부에 관한 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분 요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다( 대법원 2005. 7. 22. 선고 2003다62088 판결 등 참조).

또한, 취득세는 신고ㆍ납부방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다( 대법원 1995. 12. 5. 선고 94다60363 판결, 대법원 2005. 5. 12. 선고 2003다43346 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 이 법원에 현저하거나 갑 제6, 7, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 피고는 2006.경부터 주택분양보증수수료를 건축물의 취득가격에 산입하여 취득세 등을 산정하도록 내부방침을 정하고 이에 따라 납세의무자에 대하여 주택분양보증수수료를 취득가격에 산입하도록 행정지도를 하여 온 사실, ② 감사원과 조세심판원은 주택분양보증수수료를 취득가격에 포함하여 취득세를 산정한 과세관청의 처분에 대하여 제기된 심사 및 심판청구 사건에서 ‘일반적으로 건물의 신축에 있어 공사비 외에 법령상 이행 또는 부담하여야 할 환경ㆍ영향평가 등의 용역비ㆍ부담금 등을 취득가격에 포함시키고 있음을 볼 때, 주택분양보증수수료는 공동주택의 판매촉진을 위한 판매비가 아니라 공동주택의 건설에 따른 간접비(보험료)로서 취득가격에 포함시키는 것이 타당하다’는 결정을 한 바 있는 사실, ③ 그러나 그 후 대법원이 2010. 12. 23. 선고한 2009두12150 판결에서 위 제3의 가.항에서 본 바와 같이 ‘취득세 산정에 있어 주택분양보증수수료를 취득가격에 산입하여 한 과세부과처분은 위법하다’고 판단함으로써 위와 같은 과세 관행이 변경되기에 이른 사실을 각 인정할 수 있는바, 위 인정 사실에다가 위 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉, ④ 과세관청은 2006.경 이후부터 주택분양보증수수료가 취득가격에 포함된다고 판단하여 그에 따라 납세의무자에 대해 행정지도를 하여 왔고, 이에 대하여 감사원과 조세심판원 모두 같은 판단을 한 바 있으나, 이와 같은 판단이 대법원 판결에 의하여 잘못된 것으로 밝혀진 점에 비추어, 주택분양보증수수료의 취득가격 포함 여부에 대한 법률해석이 일의적(一義的)으로 명확하다고 보이지는 않는 점, ⑤ 원고들이 주택분양보증수수료 부분에 관하여 취득세 납세의무가 없음을 알았음에도 부득이한 사정으로 신고ㆍ납부하였다고 볼 만한 특별한 사정은 발견되지 않는 점, ⑥ 이 사건의 경우 원고들이 건축물의 소유권을 취득한 이상 법이 규정하고 있는 과세요건이 완성된 것은 분명하고, 다만 그 과세표준 산정에 있어 취득가격에 포함될 세부 비용에 관한 판단에 일부 잘못이 있는 것에 불과한 점 등을 종합하여 보면, 원고들이 주택분양보증수수료를 취득가격에 포함하여 산정한 취득세 등을 신고ㆍ납부한 후 주택분양보증수수료가 취득가격에 포함된다는 판단이 대법원 판결에 의해 잘못된 판단으로 밝혀졌다고 하여도 그 하자가 객관적으로 명백한 것이었다고는 볼 수 없고, 이는 원고들의 취득세 등 신고ㆍ납부행위가 피고의 잘못된 행정지도에서 비롯된 것이라고 하더라도 달리 볼 것은 아니므로, 결국 원고들의 위 취득세 등 신고ㆍ납부행위는 당연무효라고 볼 수 없다.

따라서 원고들의 위 취득세 등 신고ㆍ납부행위가 당연무효임을 전제로 하는 이 사건 청구는 더 나아가 살펴볼 필요 없이 모두 이유 없다.

4. 결 론

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론이 달라 부당하므로, 제1심판결을 취소하고 원고들의 청구를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.