1. 인정사실

갑 제1 내지 3호증의 각 1, 2, 갑 제4호증의 1 내지 6, 을 제1 내지 3호증의 각 1 내지 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 중흥건설산업 주식회사(이하, ‘ 중흥건설산업’이라 한다)가 광주 광산구 신가동 1305 수완택지개발지구 11-2블록에 아파트를 신축·분양하는 사업을 시행한 사실, 원고 합자회사 중흥주택(이하, ‘ 중흥주택’이라 한다)이 광주 광산구 흑석동 518 수완택지개발지구 10-2블럭, 같은 동 503 수완택지개발지구 9-2블럭에 각 아파트를 신축·분양하는 사업을 시행한 사실, 원고 중흥주택이 위 아파트를 완공한 후에 2008. 11. 28. 취득세를 신고하면서 주택분양보증수수료를 건축물의 취득가격에 산입하여 취득세를 산정한 다음 이를 신고하고 2008. 12. 15. 과세관청인 피고에게 등록세(지방교육세 포함), 2008. 12. 29. 취득세(농어촌특별세 포함)를 납부한 사실, 원고 중흥주택의 아파트 취득가격에 포함된 주택분양보증수수료는 수완택지개발지구 10-2블럭 아파트 부분이 190,162,470원, 수완택지개발지구 9-2블럭 아파트 부분이 166,436,040원인데, 이 부분에 해당하는 취득세 등은 취득세 합계 7,131,969원, 농어촌특별세 합계 6,679원, 등록세 합계 2,852,787원, 지방교육세 합계 570,556원인 사실, 중흥건설산업이 수완택지개발지구 11-2블럭에 아파트를 완공한 후에 2009. 6. 3. 취득세를 신고하면서 주택분양보증수수료를 건축물의 취득가격에 산입하여 취득세를 산정한 다음 이를 신고하고 2009. 6. 10. 과세관청인 피고에게 등록세(지방교육세 포함), 2009. 6. 29. 취득세(농어촌특별세 포함)를 납부한 사실, 중흥건설산업의 아파트 취득가격에 포함된 주택분양보증수수료는 938,121,630원인데, 이 부분에 해당하는 취득세 등은 취득세 18,762,432원, 농어촌특별세 8,255원, 등록세 7,504,973원, 지방교육세 1,500,994원인 사실을 인정할 수 있다.

2. 주택분양보증수수료의 취득가격 산입의 위법성 여부

주택분양보증은 사업주체가 파산 등의 사유로 분양계약을 이행할 수 없게 되는 경우 수분양자들에게 당해 주택의 분양의 이행 또는 입주금의 환급을 책임지는 보증으로서 사업주체의 신축건물 취득을 보증하기 위한 제도가 아니라 사업주체의 수분양자에 대한 분양계약 이행을 보증하기 위한 제도인 점, 주택분양보증수수료는 그 본질에 있어 주택분양을 위한 비용이라고 할 수 있는 점, 주택분양보증을 통해 착공과 동시에 분양을 하여 그 분양대금을 미리 지급받는다고 하더라도 주택분양보증수수료 자체를 건설자금에 충당한 금액에 대한 이자로 보기 어려운 점, 일반적으로 인정된 기업회계기준에 따르면 주택분양보증수수료는 건물의 취득원가로 회계 처리하는 것이 아니라 판매비와 일반관리비로 처리하고 있는 점 등을 종합해 보면, 주택분양보증수수료는 건축물 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나, 그에 준하는 취득절차비용 등 간접비용에도 포함된다고 할 수 없으므로 취득세 산정에 있어 이를 취득가격에 산입하여 한 과세부과처분은 위법하다( 대법원 2010. 12. 23. 선고 2009두12150 판결 참조).

앞서 인정한 사실에 의하면, 원고들은 주택분양보증수수료를 건축물의 취득가격에 산입하여 취득세를 산정한 다음 피고에게 취득세 등을 납부하였다.

그런데 앞서 살펴본 법리에 비추어 보면, 원고들은 주택분양보증수수료를 취득가격에 산입하지 아니하여야 함에도 이를 건축물의 취득가격에 산입하여 취득세 등을 산정하고 이를 신고하였으므로, 원고들의 이러한 취득세 등 신고행위는 위법하다.

3. 원고들의 취득세 신고행위가 당연 무효에 해당하는지 여부

나아가 원고들의 취득세 등 신고행위가 위법하여 당연 무효인지 여부에 관하여 살펴본다.

취득세는 신고납부방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것인바, 이러한 납세의무자의 신고행위가 당연 무효라고 하기 위해서는 그 하자가 중대하고 명백하여야 함이 원칙이다. 그리고 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연 무효에 해당하는지 여부에 대해서는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다( 대법원 1995. 2. 28. 선고 94다31419 판결 등 참조).

한편, 취득세 신고행위는 납세의무자와 과세관청 사이에 이루어지는 것으로서 취득세 신고행위의 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 그 신고행위를 당연 무효라고 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않는 반면, 과세요건 등에 관한 중대한 하자가 있고 그 법적 구제수단이 국세에 비하여 상대적으로 미비함에도 위법한 결과를 시정하지 않고 납세의무자에게 그 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것이 과세행정의 안정과 그 원활한 운영의 요청을 참작하더라도 납세의무자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 때에는 예외적으로 이와 같은 하자 있는 신고행위가 당연 무효라고 함이 타당하다( 대법원 2009. 2. 12. 선고 2008두11716 판결 참조).

이러한 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 앞서 인정한 사실 및 갑 제5호증의 1 내지 4, 갑 제6 내지 8호증, 을 제4, 5호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 행정안전부에서 취득세 신고 및 취득가격 산정과 관련하여 통일적인 지침을 마련하였고, 피고를 포함한 지방자치단체들이 사실상 이 지침에 의거하여 취득세 신고를 유도하고 이와 관련한 행정지도가 이루어져온 점, ② 2006년경부터 주택분양보증수수료를 건축물의 취득가격에 산입하여 취득세를 산정하는 내용의 예규가 전국적으로 시행되었고, 위 예규에 따라 통일적으로 조세행정이 이루어져온 점, ③ 주택분양보증수수료의 취득가격 산입이 위법하다고 판결한 앞선 든 대법원 2010. 12. 23. 선고 2009두12150 판결 이전에는 조세행정 및 조세심판의 실무가 주택분양보증수수료의 취득가격 산입을 전제로 하였기 때문에 원고들과 같은 납세의무자들도 취득세를 신고함에 있어 주택분양보증수수료를 건축물의 취득가격에 산입하여 취득세를 산정하였고, 설령 이와 다른 견해를 가지고 있더라도 주택분양보증수수료를 취득가격에서 산입하지 않고 취득세를 산정, 신고하는 것을 기대하는 것이 사실상 어려웠던 점, ④ 원고들의 취득세 등 신고행위가 위법하여 취소할 수 있는 행정처분에 해당할 뿐이라면, 위 대법원판결 이전에 주택분양보증수수료를 취득가격에 산입하여 신고한 행위는 위법하지만 이미 이의신청기간이 도과함으로써 이에 대한 시정을 요구할 수 없게 되어 사실상 권리구제가 불가능한 반면에 과세관청인 피고는 위법한 행정처분으로 인한 이익을 그대로 보유하게 되는 불합리하고 공정하지 못한 결과를 낳는 점, ⑤ 주택분양보증수수료를 취득가격에 산입하여 취득세를 산정하는 것의 하자가 중대하여 이러한 신고행위로 인한 불이익을 원고들에게 그대로 감수시키는 것이 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하게 보이는 점, ⑥ 원고들의 취득세 등의 신고행위가 그 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 그 신고행위를 당연 무효로 보더라도 법적 안정성이 저해되지 않는 점, ⑦ 원고들의 신고행위를 당연 무효로 보더라도 조세행정의 원활한 운영에 지장이 있다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고들이 주택분양보증수수료를 취득가격에 산입하여 취득세 등을 신고한 신고행위는 이를 당연 무효라고 봄이 타당하다.

4. 부당이득의 반환과 그 범위

원고들이 주택분양보증수수료를 취득가격에 산입하여 취득세 등을 신고한 신고행위가 당연 무효이므로, 피고는 원고들에게 주택분양보증수수료를 취득가격에 산입하여 산정한 부분의 취득세 등을 부당이득으로 반환할 의무가 있다.

피고가 반환할 부당이득의 액수를 보면, 앞서 인정한 바와 같이 중흥건설산업에게 반환할 부당이득이 합계 27,776,654원(=취득세 18,762,432원 + 농어촌특별세 8,255원 + 등록세 7,504,973원 + 지방교육세 1,500,994원), 원고 중흥주택에게 반환할 부당이득이 합계 10,561,991원(=취득세 7,131,969원 + 농어촌특별세 6,679원 + 등록세 2,852,787원 + 지방교육세 합계 570,556원)이다.

따라서 피고는 부당이득으로 중흥건설산업에게 27,776,654원, 원고 중흥주택에게 10,561,991원 및 각 납세일 이후로서 원고들이 구하는 바에 따라 위 27,776,654원에 대해서는 2009. 6. 29.부터, 10,561,991원에 대해서는 2008. 12. 29.부터 이 사건 소장부본이 피고에게 송달된 각 2011. 4. 18.까지 민법이 정한 연 5%, 각 그 다음날부터 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 20%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

5. 결론

그렇다면, 원고들의 이 사건 각 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.