공사중 증축 및 개보수에 해당하지 않는 부분까지 과세대상으로 삼거나 그 부분에 소요된 금액까지 포함하여 과세표준을 정한 잘못이 있고, 공사에 관한 취득세 과세표준이 원고의 취득세 신고ㆍ납부 당시의 과세표준을 넘는다고 볼 수 없으므로, 처분은 부당하다.

1. 이 사건 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑1, 2호증, 갑3호증의 2, 갑4호증, 갑5호증의 1, 2, 을1, 2, 3호증의 각 기재를 종합하여 인정된다.

가. 원고는 전기통신사업법에 따른 정보통신사업 등의 목적을 수행하기 위하여 설립된 법인으로서, 2004. 12. 28.

경남 창녕군 창녕읍 술정리 297-3지상에 위치한

케이티창녕지점 건물(당시에는 지하 1층, 지상 3층, 옥탑, 부속창고 2개, 수위실로 구성된 건물이었다. 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 대한 증축 및 보수공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 완료한 후, 2005. 1. 21. 증축 및 개수로 인하여 취득한 가액을 1,762,828,6

07원으로 하여 산출한 취득세 35,256,570원과 농어촌특별세 3,525,650원을 피고에게 신고ㆍ납부하였다.

나. 피고는, 경상남도의 원고에 대한 세무조사 결과 원고가 가.항의 취득세와 농어촌특별세를 납부할 당시 과세표준을 산정하면서 이 사건 공사비용 중 개수비용 1,650,141,886원을 누락한 사실이 밝혀졌다는 이유로, 2006. 5. 11. 원고에게 취득세 42,965,930원과 농어촌특별세 3,630,300원(각 가산세 포함)을 부과고지하였다(이하 ‘이 사건 당초처분’이라 한다).

다. 한편, 피고는 2006. 11. 21. 이 사건 당초처분을 취득세 31,350,870원, 농어촌특별세 2,652,150원으로 감액경정 하였다(이하 이 사건 당초처분 중 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

(1) 원고의 주장 요지

원고는 이 사건 처분에는 아래와 같이 과세대상이나 과세표준을 그르친 위법이 있으므로 취소되어야 한다고 주장한다.

(가) 이 사건 처분은 이 사건 공사 중 별지 관계 법령

구 지방세법 제104조 제10호소정의 개수에 해당하지 않는 발전시설, 배전시설, 냉난방시설 설치공사 부분을 과세대상으로 삼아 개수로 인하여 증가된 가액이 아닌 부분까지 과세표준으로 삼은 잘못이 있다.

(나) 그렇지 않다 하더라도 피고가 현재까지 제출한 과세자료에 비추어, 이 사건 공사 중 취득세 부과대상이 되는 증축 부분에 지출된 가액과 개수 부분에 지출된 가액의 합계가 원고가 자진 신고한 과세표준인 1,762,828,607원을 넘는다고 보기도 어려우므로 이 사건 처분의 과세표준에 잘못이 있다.

(2) 피고의 주장 요지

원고가 이 사건 건물에 대한 증축 및 유지ㆍ보수공사를 하면서

구 지방세법 제104조 제10호의 개수에 해당되는 발전시설, 배전시설, 냉난방시설 등을 설치하거나 수선한 사실이 건물계정명세서, 공사내역서 등에서 확인되고 있는 이상, 이 사건 공사에 지출된 비용 중 피고가 비과세 대상이라고 제외한 부분을 빼면 모두 취득세 부과대상인 증축 내지 개수비용에 해당하므로 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 인정 사실

다음 사실은 갑1호증, 갑4호증, 을3호증, 을5호증의 3, 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

(가) 원고는 이 사건 공사비로 총 2,084,491,812원( = 증축 공사 및 정화조 공사비 50,844,123원 + 설비공사비 939,635,350원 + 전기공사비 694,016,809원 + 구내통신비 180,369,349원 + 소방비 205,506106원 + 소방감리비 14,120,076)를 지출하였는데, 그 중 비과세 대상 금액이 159,513,203원{ = 발전기비용 56,116,232원 + 구내통신비 9,584,097원 + 냉방설비비 69,120,516원 + 기계설비(폐기물) 1,490,369원 + 기계설비(가설건물) 18,258,287원 + 소방비 (소화기, 폐기물) 4,943,702원}이고, 부가가치세 162,150,002원도 과세대상 금액에서 제외해야 하므로, 이 사건 공사로 인한 취득세 과세표준은 1,762,828,607원( = 총 공사금액 2,084,491,812원 - 비과세금액 159,513,203원 - 부가가치세 162,150,002원)이라고 판단하여 2005. 1. 21. 지방세법에 정한 세율로 계산한 취득세 35,256,570원(과세표준의 2%)과 농어촌특별세 3,525,650원(취득세의 10%)을 피고에게 신고ㆍ납부하였다.

(나) 피고는, 경상남도의 세무조사결과 이 사건 공사와 관련하여 원고의 취득금액(계정증가 금액)은 건축물 3,579,776,201원, 구축물 241,025,254원인데, 건축물 계정증가금액 중 163,769,131원은 비과세 대상이며, 원고가 기신고납부한 과세표준 1,762,828,607원, 기납부세금(취득세 및 농어촌특별세) 38,782,220원, 구축물 중 241,025,254원이 비과세 대상이라는 이유로 원고가 1,650,141,886원( = 건축물 계정증가금액 3,579,776,201원 + 구축물 계정증가금액 241,025,254원 - 원고가 기신고납부한 과세표준 1,762,828,607원 - 건축물비과세대상 163,769,131원 - 기납부세금 38,782,220원 - 구축물비과세대상 241,025,254원)의 증축 또는 개수비용을 누락하였다면서 이 사건 당초처분을 하였고, 이에 대하여 원고가 행정자치부 장관에게 심사청구를 하자, 행정자치부 장관은 2006. 10. 3. 이 사건 당초처분의 과세표준 1,650,141,886원 중 건축물의 부수시설로 볼 수 없는 개별적으로 분리된 담장 등 설치비용과 옥내소화전 등의 설치비 444,612,705원이 포함되어 있다는 이유로 이를 제외한 1,205,529,181원(= 1,650,141,886원 - 444,612,705원)을 과세표준으로 하여, 이 사건 당초처분을 취득세 31,350,870원, 농어촌특별세 2,652,150원으로 경정하는 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 이 사건 당초처분을 감액하는 내용의 이 사건 처분을 하였다.

(다) 피고가 건축물의 계정증가분으로 본 3,579,776,201원에는 사무동 공사비 1,780,721,511원이 포함되어 있으며, 피고가 이 사건 처분의 과세대상으로 삼은 것은 을3호증 상의 과세물건 목록 중 난방설비 6건 284,479,187원, 수배전설비 11건 127,598,201원, 발전기시설 1건 88,767,968원, 급배수시설 10건 108,522,779원, 기타냉난방설비(공기조화, 자동제어설비 포함) 11건 419,025,432원, 기타전기시설 4건 177,135,614원이고 그 합계 금액은 1,205,529,181원이다.

(2) 판단

(가)

구 지방세법 제104조, 제111조에 의하면, 이 사건 공사로 인하여 이 사건 건물을 건축(

건축법 제12조 제1항 제9호의 규정에 의한 신축, 증축, 재축, 개축 또는 이전)하거나 개수(

건축법 제2조 제1항 제10호의 규정에 의한 대수선과 건축물에 부수되는 시설물 중 대통령령이 정하는 시설물의 1종 이상을 설치하거나 수선하는 것)한 경우, 그 건축 또는 개수 부분이 취득세 과세대상이 되고, 그로 인하여 증가된 가액이 취득세 과세표준이 되는데, 이 사건 공사는 기존 건물의 증축 및 개수가 포함된 보수공사(다만 이 부분 공사가 대수선에 해당하지 않음은 피고도 인정하고 있다)를 혼합한 형태의 공사로서, 그 취득세 부과대상이 될 수 있는 부분은 “증축” 및 “개수”로 인한 계정증가분인데, 그 금액(과세표준)이 원고가 자진 신고ㆍ납부할 당시의 과세표준 1,762,828,607원을 넘는다는 것에 대한 입증책임은 과세관청인 피고에게 있다.

(나) 그런데,

구 지방세법 제104조 제10호,

같은법 시행령 제76조의 규정 내용과 을4호증의 1, 2, 을6호증의 1 내지 13, 을7호증의 1 내지 29의 각 기재 또는 영상, 이 법원의 현장검증결과에 비추어, 피고 주장과 같이 이 사건 공사 중 발전시설, 배전시설 및 냉난방시설 설치공사 부분이 취득세 과세대상인 개수, 즉 건축물에 부수되는 시설물 중 대통령령이 정하는 시설물을 설치한 것에 해당하는 것으로 보아 준다 하더라도, 이 사건 공사와 같이 기존건물의 보수, 증축을 개수와 함께 한 경우 그 총공사비중 취득세의 과세표준은 증축공사비 및 개수공사비 부분, 즉 그에 소요되는 금액 또는 그로 인항 증가된 가액만으로 하는 것이지, 그러한 증축, 개수공사와 함께 이루어진 전체보수공사가 과세대상이 되거나 그 보수비가 과세표준에 포함될 수는 없다(

대법원 1995. 9. 29. 선고 95누3626 판결 참조).

(다) 이러한 입장에서 보건대, 피고는 그 주장과 같이 이 사건 공사 중 개수 등과 함께 이루어진 보수공사 부분도 과세대상이 된다는 전제하에, 구체적으로는 을3호증 상의 건축물계정증가분과 을5호증의 4 상의 구축물계정증가분 합계 금액에서 을3호증 상의 과세물건 중 비과세 대상금액과, 행정자치부 장관이 비과세로 인정한 금액, 을5호증의 4 상의 비과세 대상금액, 원고가 기납부한 세금을 제외한 2,968,357,788원을 과세표준으로 삼은 것이나, 이 과세표준에 포함된 을3호증 상의 사무동 공사비 1,780,721,511원 부분만 하여도, 이 금액 전부가 취득세 과세대상인 증축 또는 개수에 해당하고 그에 소요된 금액이라고 볼 아무런 증거가 없다.

물론 위 공사비 1,780,721,511원 부분에 취득세 과세표준에 포함되지 않는 보수비용 외에도 취득세 과세표준에 포함되는 증축비용 또는 개수와 관련된 비용이 포함되어 있을 수도 있다고 생각되지만, 피고는 이 사건 공사 중 개수에 해당하는 부분이 있으면 위 공사비 부분에 보수비용이 있더라도 그 전부가 과세표준에 포함된다는 입장이고, 달리 위 공사비 중 증축 또는 개수로 인한 공사비가 얼마인지 알 수 있는 자료를 제출하지 못하고 있는 이 사건의 경우, 위 금액은 그 전부를 이 사건 공사에 관한 취득세 과세표준에 산입할 수 없다{그렇게 되면 이 사건 처분의 과세표준 금액은 1,187,636,277원( = 2,968,357,788원 - 1,780,721,511원)이 남은 셈이다}.

그리고 피고 주장대로 이 사건 공사 중 원고 신고 누락분이라고 하는 이 사건 발전시설 등의 개수비용이 을3호증 상의 1,205,529,181원에 이른 것으로 보아 준다 하더라도, 거기에 원고가 인정하는 증축 등 공사비 50,844,123원과 을5호증의 3 상의 구축물 계정 증가분 중 비과세 부분을 제외한 금액 35,745,643원을 더하여도 위 과세표준 1,762,828,607원에 훨씬 못미치고 있음을 알 수 있다.

(라) 위와 같은 사정하에서, 갑1호증, 을3호증, 을4호증의 1, 2, 을5호증의 1 내지 4의 각 기재만으로는 이 사건 공사 중 취득세 과세대상인 증축 및 개수에 소요된 금액이 원고가 신고한 과세표준을 1,762,828,607원을 넘는다는 점을 인정하기 부족하고, 달리 이를 뒷받침할 증거가 없다.

(마) 이상의 사정을 종합하면 이 사건 처분은 이 사건 공사중 증축 및 개수에 해당하지 않는 부분까지 과세대상으로 삼거나 그 부분에 소요된 금액까지 포함하여 과세표준을 정한 잘못이 있고, 이 사건 공사에 관한 취득세 과세표준이 원고의 취득세 신고ㆍ납부 당시의 과세표준 1,762,828,607원을 넘는다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.