교육을 목적으로 하는 비영리법인이 유예기간이 경과하도록 정당한 사유없이 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 않은 이상 부동산은 비과세 대상에 해당하지 않는다고 할 것이므로, 부동산을 취득목적 이외의 목적으로 전용한 사실이 없고, 양도하지 않았다고 하더라도 취득세 등의 부과처분은 타당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 종교, 교육을 목적으로 하는 비영리법인으로서, 2003. 1. 10. 학교법인 대진대학교로부터

충북 괴산군 괴산읍 동부리 9번지 외 148필지 합계 272,621㎡를 증여받아 같은 달 28. 소유권이전등기를 경료하였고, 같은리 10-1 외 13필지 합계 23,710㎡를 토지수용으로 취득하여 2003. 11. 27. 등기이전을 완료하였다(이하 위 각 필지를 ‘이 사건 부동산’이라 한다).

나. 이에 대하여 피고는, 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 것으로 보아,

구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제107조,

제127조에 따라 취득세 및 등록세 등 지방세를 비과세하였다가, 원고가 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한다는 이유로 2007. 1. 19. 신청취지 기재와 같은 이 사건 각 처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 각 기재

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

원고는, ① 원고는 대학설립에 필요한 토지를 수차례에 걸쳐서 매수하였는바 그 최종매수시점이 2006. 9. 22.이므로 3년의 기산점은 2006. 9. 22.로 봄이 타당하고, ②원고는 이 사건 부동산 위에 건물을 신축하지는 못하였으나, 진입도로 공사와 토목공사를 완료하였으므로 이 사건 부동산을 그 용도에 사용하고 있다고 보아야 하며, ③ 애초에 원고가 설립하고자 한 대학은 일반대학이었으나 교육인적자원부가 발표한 교육정책의 변화를 반영하여 2005. 8. 1.경 의공학분야의 특수대학을 설립하기로 변경하였기 때문에 설계변경을 위하여 상당한 시간이 소요되었고, 학교부지로 필요한 토지들을 매수하는데 상당한 시일이 소요되었으며, 학교부지를 매입하는 데만 30억 원 이상이 소요되었으므로 원고가 이 사건 부동산을 그 용도에 사용하지 않고 있는 데는 정당한 이유가 있다고 보아야 하고, ④ 설령 원고가 정당한 이유 없이 3년 이내에 이 사건 부동산을 그 용도에 사용하지 아니하였다고 하더라도 원고가 이 사건 부동산을 취득목적 이외의 목적으로 전용하거나, 양도할 가능성이 전혀 존재하지 않으므로 이 사건 처분은 지나치게 가혹한 것으로 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

■ 지방세법(2007. 1. 19. 법률 제8260호로 개정되기 전의 것)

제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

■ 지방세법시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19897호로 개정되기 전의 것)

제79조 (비영리사업자의 범위)

① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

2. 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

제94조 (비영리사업자의 범위 등)① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

■ 농어촌특별세법

제3조 (납세의무자) 다음 각 호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.5. 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자

다. 인정사실

(1) 원고는 2002. 8. 5. 중원대학교 건립을 위한 법인설립허가를 받은 다음, 2003. 1. 10. 학교법인 대진대학교로부터

충북 괴산군 괴산읍 동부리 9 외 148필지를 증여받고, 같은 달 20. 피고로부터 중원대학교건축허가를 받았다.

(2) 그 후 원고는

충북 괴산군 괴산읍 동부리 10-1 외 13필지 합계 23,710㎡를 토지수용으로 취득하여 2003. 11. 27. 등기이전을 완료하였다.

(3) 원고는 교육인적자원부로부터 2003. 7. 9., 2004. 7. 3., 2005. 8. 1., 2006. 8. 3., 총 4차례에 걸쳐 개교예정일 연기승인을 받았다.

(4) 피고는 원고가 건축허가를 득하고서도 공사를 하지 아니하여 2003. 11. 14. 원고에 대하여 같은 달 29. 공사계획을 수립하여 제출할 것을 명하였고, 원고가 계속하여 공사를 착공하지 아니하자 2004. 12. 6.과 2005. 1. 14. 원고에 대하여 2005. 1. 19.까지 공사를 착공하지 아니하면 건축허가가 취소된다는 내용을 고지하였으며, 2005. 4. 19.과 같은 해 5. 9. 원고에 대하여 사업추진계획서를 작성하여 제출할 것을 명하고, 원고가 계속하여 공사를 착공하지 아니하자 2005. 9. 30.까지 공사를 착공하지 아니하면 건축허가 등을 모두 취소하겠다고 통지하였으나 원고가 이를 이행하지 아니하였다.

(5) 피고는 원고에 대한 건축허가를 취소하기 위하여 2005. 10. 6. 청문을 개최하였고, 원고는 위 청문절차에 출석하여 2005. 11.에 건축공사를 시작하여 2007. 3.경 개교하겠다고 약속하고 행정처분을 유보하여 줄 것을 요청하였다.

(6) 그러나 원고가 2005. 11. 11. 토목공사를 일부 진행하였을 뿐 공사를 하지 아니하자 피고는 원고에 대하여 2006. 5. 25.까지 공사를 하지 아니하면 건축허가 등을 취소하겠다고 통지하였고, 원고는 2006. 6. 첫째 주까지 반드시 공사를 착공하겠으며 그때까지 공사를 하지 아니하면 피고의 처분을 감수하겠다고 통지하였다.

(7)

충북 괴산군 괴산읍 동부리 297-1, 같은 리 752-2, 같은 리 752-4, 같은 리 752-5는 모두 국유지로서 피고가 위 각 국유지에 대하여 2003. 1.경부터 용도폐지를 추진하여 2004. 5. 21. 건설부소관 국유재산에서 용도폐지하여 재정경제부소관 국유재산으로 변경하였고, 같은 해 6. 9. 충청북도지사에게 원고가 매수를 희망하여 총괄청의 승인을 원한다는 2004년도 총괄청승인사항 관리계획을 제출하였고, 충청북도는 2004. 10. 26. 이를 승인하였는데, 위 각 국유지에 대한 원고 명의의 소유권이전등기는 2006. 9. 22. 경료되었다.

(8) 원고는 피고의 이 사건 처분이 있을 때까지 공사를 하지 아니하다가 2007. 4. 30. 공사를 시작하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 5호증, 을 제4, 5, 7, 8, 10 내지 15, 20, 23호증의 각 기재, 을 제21호증의 영상, 교육인적자원부에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 원고의 ① 주장에 관한 판단

살피건대, 원고가 학교부지 중 일부인 동부리 297-1, 같은 리 752-2, 같은 리 752-4, 같은 리 752-5에 대한 소유권을 취득한 것이 2006. 9. 22.인 것은 사실이나, 이를 정당한 사유를 판단함에 있어 하나의 요소로 고려하는 것은 별론으로 하고 취득세와 등록세는 각 부동산 별로 부과되는 것인 만큼 유예기간의 시기도 각 부동산의 취득시기를 기준으로 판단함이 상당하므로, 이 사건 부동산에 대한 유예기간인 3년의 기산점을 2006. 9. 22.로 보아야 한다는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 ② 주장에 관한 판단

살피건대, 원고는 이 사건 부동산에 대한 진입도로공사 및 토목공사를 완료하였다고 주장하나, 이를 인정할 증거가 없고, 설령 진입도로공사와 토목공사를 완료했다 하더라도 그 후로 다시 장기간 공사를 방치하고 있는 이상 원고가 이 사건 부동산을 그 용도에 사용하고 있다고 볼 수 없으므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 원고의 ③ 주장에 관한 판단

살피건대,

구 지방세법(2007. 1. 19. 법률 제8260호로 개정되기 전의 것) 제107조가 규정하는 ‘정당한 사유’의 판단 기준은 법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당 사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유 목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유 목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유와 장애 정도, 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(

대법원 1996. 3. 12. 선고 95누18314 판결,

2002. 4. 26. 선고 2000두10038 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 원고는 2003. 1. 10. 이 사건 부동산 중

동부리 9 외 148필지를 취득하고 같은 달 20. 피고로부터 건축허가를 받았으며, 피고의 적극적인 지원으로 2003. 11. 27. 이 사건 부동산 중 나머지인 동부리 10-1 외 13필지를 수용하고서도 2년이 경과하도록 착공을 하지 아니한 사실, 피고가 수차례에 걸쳐 건축허가 등 각종 인허가를 취소하겠다고 통보하자 2005. 11. 11.에 이르러서야 토목공사 중 일부를 시행하고 다시 전혀 공사를 하지 아니하다가 이 사건 처분이 있고 난 후인 2007. 4. 30.에 이르러서야 공사를 시작한 사실, 교육인적자원부가 대학구조조정 및 대학M&A 등의 정책을 발표한 것은 원고가 이 사건 부동산을 취득하고 1년 이상 경과한 이후에 있었던 사실, 원고가 추가로 매입하였다고 주장하는

동부리 297-1 외 3필지는 대학 부지의 극히 일부분에 불과하고, 위 각 부지가 건설부소관 국유재산에서 용도폐지되어 재정경제부소관 국유재산으로 변경된 것은 2004. 5. 21.이고, 그 매각에 대한 총괄청의 승인이 2004. 10. 26.경 이미 있었던 사실은 앞서 본 바와 같은 바, 그렇다면 원고가 이 사건 부동산을 취득한 뒤 법령상 또는 위와 같은 사실상의 장애가 없는데도 착공을 하지 아니하고 있다가 2년이 지나서야 일부 토목공사를 하고, 다시 유예기간이 종료할 때까지 공사를 전혀 시행하지 아니한 점에 비추어 볼 때 원고는 이 사건 부동산을 자신의 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 할 수 없을 뿐 아니라, 단지 설립하고자 하는 대학의 특성을 바꾸어 그 설계변경을 위하여 상당한 시일이 소요되었다거나 학교부지를 매수함에 있어 많은 시간과 비용이 필요하였다는 이유만으로는 원고가 이 사건 부동산을 그 용도에 사용하지 않고 있는 데에 정당한 사유가 있다고 할 수 없으므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(4) 원고의 ④ 주장에 관한 판단

살피건대, 원고가 유예기간이 경과하도록 정당한 사유없이 이 사건 부동산을 그 용도에 사용하지 않은 이상, 원고가 이 사건 부동산을 취득목적 이외의 목적으로 전용한 사실이 없거나 양도하지 않았다고 하더라도 피고의 이 사건 처분이 지나치게 가혹하여 위법하다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.