비영리사업자가 대지 및 건물을 취득한 후 3년 이내에 취득 목적인 청소년수련시설로 직접 사용하지 아니한 데에 법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서 소정의 ‘정당한 사유’가 있다고 할 수 없으므로 토지는 비과세 대상에 해당하지 않는다고 할 것이다.

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

가. 원고는 대한민국의 교육이념과 해원상생이라는 대순진리회의 종교이념을 바탕으로 국가와 사회에 기여할 수 있는 유능한 인재양성을 목적으로 하여 설립된 학교법인으로서 그 산하에

중원대학교를 설치운영하고 있다.

나. 원고는 2003. 7. 21.

영풍산업영 주식회사로부터

경북 봉화군 석포면 대현리 87-1대 18,967㎡ 외 6필지(이하 ‘이 사건 대지’라 한다.) 및 그 지상 건물 3개동(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다.)을 청소년수련시설로 사용하기 위하여 130억 원에 매수하고, 그 달 30. 이 사건 대지 및 건물에 관하여 그 매매를 원인으로 한 원고 명의의 각 소유권이전등기를 마침으로써 이 사건 대지 및 건물을 취득하였다.

다. 원고는 2003. 7. 30. “원고가 학술을 목적으로 하는 비영리사업자로서 그 사업에 사용하기 위해서 앞서 본 바와 같이 이 사건 대지 및 건물을 매수취득하고 이를 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.”는 이유로 용도구분에 의한 비과세 규정인

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘법’이라 한다.) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 등의 각 규정에 기하여 피고에게 원고의 이 사건 대지 및 건물의 각 취득과 그에 관한 원고 명의의 각 소유권이전등기에 관한 취득세, 농어촌특별세 및 등록세, 지방교육세의 비과세신고를 하였다.

라. 그런데 피고는 2006. 11. 10. 원고에게 “원고가 비영리사업자로서 이 사건 대지 및 건물을 취득한 후 정당한 사유 없이 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 아니하였기 때문에 원고의 이 사건 대지 및 건물의 취득과 그에 관한 원고 명의의 각 소유권이전등기가 비과세대상에 해당하지 않는다.”는 이유로

법 제107조 단서, 제127조 제1항 단서의 각 규정에 기하여 원고의 이 사건 대지 및 건물의 각 취득에 관한 취득세 31,831,800원[본세 26,000,000원{13,000,000,000원(취득가액) × 20/1,000(세율)} + 가산세 5,831,800원] 및 농어촌특별세 2,860,000원[본세 2,600,000원{26,000,000원(취득세액) × 10/100(세율)} + 가산세 260,000원] 및 이 사건 대지 및 건물에 대한 원고 명의의 각 소유권이전등기에 관한 등록세 47,642,400원[본세 39,000,000원{13,000,000,000원(취득가액) × 30/1,000(세율)} + 가산세 8,642,400원] 및 지방교육세 8,748,480원[본세 7,800,000원{39,000,000원(등록세액) × 20/100(세율)} + 가산세 948,480원]을 각 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다.)을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 이 사건 처분이 관련 법령의 규정에 따른 처분으로서 적법하다고 주장한다.

이에 대하여 원고는, “원고가 비영리사업자로서 이 사건 대지 및 건물을 매수취득한 후 3년 이내에 이를 그 당초 용도인 청소년수련시설을 위한 부지 및 건물로 직접 사용하지 못한 것은 사실이지만, 이는 청소년수련시설을 건축하기 위한 건설공사에 필요한 용수원과 청소년수련시설에 필요한 수도시설을 위한 취수원이 확보되지 않아 이를 확보하기 위한 지하수 개발이 늦어졌기 때문이다. 따라서 원고가 이 사건 대지 및 건물을 취득한 후 3년 이내에 이를 그 용도인 청소년수련시설의 부지 및 건물로 직접 사용하지 아니한 데에는

법 제107조 단서 및 제127조 제1항단서 소정의 각 정당한 사유가 있다고 할 것이다. 그렇다면 원고의 이 사건 대지 및 건물의 각 취득과 그에 관한 원고 명의의 각 소유권이전등기는 취득세, 농어촌특별세 및 등록세, 지방교육세의 비과세대상에 해당한다고 할 것임에도 불구하고, 원고가 이 사건 대지 및 건물을 취득한 후 정당한 사유도 없이 3년 이내에 이를 그 용도인 청소년수련시설의 부지 및 건물로 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 원고에게 원고의 이 사건 대지 및 건물의 각 취득과 그에 관한 원고 명의의 각 소유권이전등기에 관하여 취득세, 농어촌특별세 및 등록세, 지방교육세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.”고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제3, 4호증, 갑 제5호증의 1 내지 9, 갑 제6 내지 10호증, 을 제8, 9, 11호증의 각 기재, 을 제10호증의 영상 및 증인 구본철의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있고, 이에 반하는 듯한 증인 구본철의 다른 일부 증언은 이를 믿기 어려우며, 그 밖에 달리 반증이 없다.

⑴ 이 사건 대지는 용도지역이 관리지역 및 농림지역이었기 때문에 그 곳에 기반시설로서 공공문화체육시설에 해당하는 일정한 규모 이상의 청소년수련시설을 설치하려면, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국계법’이라 한다.)의 관련 규정상 기반시설에 관한 군관리계획입안권자인 피고의 신청에 따른 경상북도지사의 군관리계획(청소년수련시설)결정을 받아야만 하였는데, 원고는 이 사건 대지와 건물을 취득할 당시 그러한 사정을 잘 알고 있었다.

⑵ 한편 피고는 원고가 이 사건 대지 및 건물을 취득할 당시 기반시설인 청소년수련시설 설치를 위한 군관리계획입안을 계획하고 있지 않았다. 따라서 원고가 이 사건 대지 및 건물의 각 취득과 그에 관한 원고 명의의 각 소유권이전등기에 대하여 법의 관련 규정에 따른 비과세의 규정을 적용받기 위해서는 이 사건 대지 및 건물의 취득일인 2003. 7. 30.부터 최대한 빠른 시일 내에 피고에게 국계법 제27조 소정의 환경성검토와 토지적성평가가 포함된 기초조사를 거쳐 마련된 청소년수련시설의 설치를 위한 군관리계획안을 제출하여 피고로 하여금 그 내용대로 군관리계획안을 입안하도록 한 다음, 피고의 신청을 통해 전항과 같이 경상북도지사의 군관리계획(청소년수련시설)결정을 받아야만 하였다.

⑶ 그런데 원고는 음용수 개발을 위하여 2004. 9. 3.부터 2005. 1. 13.까지 사이에 피고에게 이 사건 대지 중 일부에서 6개 공의 지하수 영향조사를 하기 위한 굴착행위신고를 하였고, 그 중 한 곳에서 지하수 개발을 성공하자 2005. 5. 17. 피고로부터 그에 대한 지하수개발이용허가를 받았으며, 그 해 7. 12.부터 그 해 11. 24.까지 추가로 4개 공의 지하수 영향조사를 하기 위한 굴착행위신고를 하였을 뿐이었다.

⑷ 한편 원고는 이 사건 대지 및 건물을 취득한 2003. 7. 30.부터 약 2년 2개월이 지난 2005. 10. 7.경에 이르러서야 비로소 도시계획업무대행업을 하는 구본철에게 2억 2천만 원에 이 사건 대지 및 건물을 청소년수련시설부지와 그 시설물로 사용하기 위하여 필요한 군관리계획(청소년수련시설)안의 수립에 관한 용역을 의뢰하였다.

⑸ 원고는 2006. 8.경 구본철로부터 그가 이 사건 대지 및 그 인근 토지에 관하여

국계법 제27조 소정의 기초조사와 환경성검토 및 토지적성평가를 실시한 후 작성한 이 사건 대지를 비롯한

경북 봉화군 석포면 대현리 88-8일대 77,710㎡에 청소년수련시설(유스호스텔)을 설치하기 위한 군관리계획(안) 입안서를 넘겨받은 다음, 그 달 7. 피고에게 이를 제출하였고, 그 해 9. 7. 피고의 그 해 8. 28.자 보완요구에 따라 피고에게 위 군관리계획(안) 입안서에서 누락된 토지적성평가서를 제출하였다.

라. 판단

⑴

법 제107조 단서 및 제127조 제1항단서 소정의 각 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다(

대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 등 참조).

⑵ 그런데 앞서 인정한 사실에서 볼 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 이 사건 대지 및 건물을 그 당초 용도인 청소년수련시설의 부지 및 그 시설물로 사용하기 위해서는 피고에게

국계법 제27조소정의 환경성검토와 토지적성평가가 포함된 기초조사를 거쳐 마련된 청소년수련시설의 설치를 위한 군관리계획안을 제출하여 피고로 하여금 그 내용대로 군관리계획안을 입안하도록 한 다음, 피고의 신청을 통해 경상북도지사의 군관리계획(청소년수련시설)결정을 받아야만 하는 관계 법령상의 제약이 있었기 때문에 최우선적으로 이와 같은 법령상의 제약사유를 해소하는 조치를 취하여야 하였던 점, ② 그런데 원고는 이 사건 대지 및 건물을 취득할 당시 그러한 사정을 잘 알고 있었음에도 불구하고, 이 사건 대지 및 건물을 취득한 2003. 7. 30.로부터 약 1년 1개월이 지난 2004. 9. 3.에 이르러서야 피고에게 처음으로 이 사건 대지에 관하여 음용수로 이용할 지하수 개발을 위한 굴착행위신고를 하였고, 또 그로부터 다시 약 1년 1개월이 경과한 2005. 10. 7.에 이르러서야 비로소 도시계획업무를 대행하는 구본철에게 청소년수련시설을 설치하기 위한 군관리계획안에 관한 기초조사, 환경성검토 및 토지적성평가를 의뢰하였던 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 대지 및 건물을 그 취득 목적인 청소년수련시설로 사용하기 위하여 진지한 노력을 기울였다고 볼 수 없다고 할 것이다.

⑶ 따라서 원고가 이 사건 대지 및 건물을 취득한 후 3년 이내에 이를 그 취득 목적인 청소년수련시설로 직접 사용하지 아니한 데에

법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서 소정의 ‘정당한 사유’가 있다고 할 수 없으므로, 원고의 이 사건 대지 및 건물의 각 취득과 그에 관한 원고 명의의 각 소유권이전등기가 비과세대상에 해당되지 아니한다는 이유로 원고에게 원고의 이 사건 대지 및 건물의 각 취득과 그에 관한 원고 명의의 각 소유권이전등기에 관한 취득세, 농어촌특별세 및 등록세, 지방교육세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이를 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분이 위법하다는 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 각 청구는 이유가 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.