부동산 취득에 따른 취득세와 등록세의 납세의무 성립일 당시 법인등기부의 목적사업이 창업중소기업 업종에 해당하지 않았다고 하더라도, 목적사업을 변경하고 실질적으로 영위한 사업의 내용에 비추어 볼 때 부동산은 창업중소기업인 도장 및 표면처리업을 영위하기 위하여 취득한 사업용 재산이라고 봄이 상당하다. 따라서 창업중소기업에 해당하지 않는다고 하여 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 3호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제7 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 2004. 1. 16. 건설업, 부동산 매매 및 임대업, 도료 도·소매업, 이에 부수하는 사업 일체를 목적사업으로 하여 설립되었다.

나. 원고는 2004. 4. 21.

화성시 서신면 광평리 221-54 공장용지 12,939㎡,

같은 리 221-59공장용지 284㎡ 및 양 지상 공장건물 1동(이하 모두 합쳐 ‘이 사건 부동산’이라고 한다.)을 낙찰받아 소유권이전등기를 마쳤다. 원고는 그 직후인 2004. 4. 30. 법인등기부상 목적사업을 전자제품 생산업, 치공재료기기 생산업 및 이에 부수하는 사업 일체로 변경하였다.

다. 피고는 원고의 지방세감면신청에 따라 이 사건 부동산이

구 조세특례제한법(2004. 7. 26. 법률 제7216호로 개정되기 전의 것, 이하 별지 관계법령에 인용된 조세특례제한법의 개정 전후 법률을 통칭하여 ‘법’이라고 한다.) 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항 소정의 창업중소기업이 취득하는 사업용 재산에 해당한다고 보고 2004. 5. 24. 취득세와 등록세의 감면결정을 하고 원고에게 앞서 납부한 등록세와 지방교육세를 전액 환급해 주었다.

라. 그 뒤 피고는 원고가 당초 취득세 등의 감면대상이 되지 않는 업종을 목적사업으로 하여 창업하였다가 이 사건 부동산 취득 후 감면대상 업종을 목적사업으로 추가한 데 불과하여 법 소정의 창업중소기업에 해당하지 않는다고 보고 2007. 7. 16. 원고에 대하여 이 사건 부동산의 취득에 따른 취득세 47,424,000원(= 본세 39,520,000 + 가산세 7,904,000원), 농어촌특별세 4,347,200원(= 본세 3,952,000원 + 가산세 395,200원), 등록세 71,136,000원(= 본세 59,280,000원 + 11,856,000원), 지방교육세 13,041,600원(= 본세 11,856,000원 + 1,185,600원)을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다.).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 설립 당시 법인등기부상 목적사업으로 기재된 건설업 등을 영위하지 않고 있던 중 이 사건 부동산을 낙찰받은 직후인 2004. 4. 30. 그 목적사업을 제조업에 해당하는 전자제품 생산업 등으로 변경하였다가 2004. 6. 24. 철구조물 제작 및 시공업, 도장 및 표면처리업 등을 목적사업에 추가하였다. 원고는 2004. 7.경부터 위와 같이 변경된 목적사업 중 하나인 도장 및 표면처리업을 실제로 영위하기 시작하여 그 무렵 최초로 매출실적을 올리고 그 해 말에 이를 기초로 하여 2기분 부가가치세 신고도 마쳤다. 이와 같이 원고가 설립 후 2년 이내에 이 사건 부동산을 사업용 재산으로 취득한 후 비로소 이를 이용하여 법 소정의 감면대상에 해당하는 업종을 실질적인 목적사업으로서 영위하였으므로, 원고가 이 사건 부동산 취득 당시 창업중소기업에 해당하지 아니함을 이유로 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 원고로서는 피고가 이 사건 부동산 취득에 따른 취득세와 등록세의 감면결정을 하고 원고에게 앞서 납부한 등록세 등을 환급해 주면서 취득세 등에 대해서는 납부하지 말 것을 통보하여 이를 신뢰하였던 것인데, 피고가 그 때로부터 3년이나 지난 시점에서 앞서의 감면결정을 번복하고 이 사건 처분을 하는 것은 신뢰보호의 원칙에 반하여 위법하다.

(3) 설사 취득세 등 본세에 대한 부과처분이 적법하다고 하더라도 앞서 피고의 감면결정을 신뢰한 원고로서는 취득세 등의 본세를 납부할 의무가 있음을 알지 못한 데 정당한 사유가 있으므로, 적어도 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판 단

(1) 인정사실

갑 제3 내지 7호증, 갑 제10호증의 1, 2, 을 제7 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음의 사실을 인정할 수 있다.

(가) 원고는 2004. 1. 16. 건설업, 부동산 매매 및 임대업, 도료 도·소매업, 이에 부수하는 사업 일체를 목적사업으로 하여 설립되었다가 이 사건 부동산을 낙찰받은 후인 2004. 4. 30. 목적사업을 전자제품 생산업, 치공재료기기 생산업 및 이에 부수하는 사업 일체로 변경한 데 이어 2004. 6. 24. 철구조물 제작 및 시공업, 도장 및 표면처리업, 프렌트 제작업을 목적사업에 추가하였다.

(나) 원고는 2004. 1. 29. 사업의 종류를 도료 도·소매업으로 하여 사업자등록을 하였다가 2004. 5. 7. 사업의 종류를 전자제품 제조업으로 변경한 후 2004. 6. 30. 사업의 종류 중에 치공재료기 제조업, 도장 및 표면처리업, 철구조물 제조업, 프렌트 제작 및 시공업을 추가하는 내용으로 사업자등록 사항을 변경하였다.

(다) 원고는 이 사건 부동산을 취득한 2004. 4. 21. 피고에게 등록세 59,280,000원, 지방교육세 11,856,000원을 신고·납부하고 취득세 39,520,000원, 농어촌특별세 3,952,000원을 신고하였다.

(라) 원고의 감면신청에 따라 피고는 2004. 5. 24. 원고가 제조업을 영위하는 법 소정의 창업중소기업으로서 취득세와 등록세의 감면대상에 해당하는 것으로 보고 감면결정을 한 데 이어서 2004. 6. 14. 원고에게 등록세와 지방교육세를 환급해 주었다.

(마) 이에 앞서 원고는 2004. 4. 25.자 1기분 부가가치세 예정신고와 2004. 7. 25.자 1기분 부가가치세 확정신고를 함에 있어 무실적 신고를 하는 등 2004. 6.까지 실제로 최초의 법인등기부상 목적사업인 건설업 등을 영위한 바가 없었다.

(바) 이 사건 부동산 중 공장건물은 종래 페인트 도장업에 사용되던 공장으로서, 원고는 법인등기부상 목적사업 변경 후인 2004. 7.경부터 위 공장건물에서 도장 및 표면처리업을 영위하기 시작하여 2004. 7. 218,535,217원, 2004. 8. 260,835,443원, 2004. 9. 266,446,810원 상당의 각 매출실적을 올렸고, 이를 기초로 하여 2004. 10. 25. 매출금액을 745,817,470원으로 한 2기분 부가가치세 예정신고를, 2005. 1. 25. 매출금액을 716,686,952원으로 한 2기분 부가가치세 확정신고를 각 하였다.

(2) 판 단

(가)

법 제119조 제3항 제1호와 제120조 제3항은 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산과 관련한 등록세와 취득세를 면제하도록 규정하고 있다. 한편

법 제6조 제1항, 제3항은 2006. 12. 31. 이전에

수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업으로서 제조업 등을 영위하는 기업에 대하여 일정 기간 동안 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하도록 하면서,

같은 조 제4항에서는 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 그 각 호의 1에 해당하는 경우를 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 따라서

법 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항 소정의 창업중소기업에 해당하는지 여부도 법 제6조의 규정에 의하여 판단하여야 할 것인데, 이 사건에 있어 원고가 2006. 12. 31. 이전에

수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역 외의 지역에서 창업된 기업인 점, 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 법인등기부상의 목적사업 변경을 거쳐 실제로 영위해 온 도장 및 표면처리업이 창업중소기업으로서의 조세감면 혜택이 주어지는

법 제6조 제3항소정의 업종에 해당하는 점, 이 사건 부동산이 원고의 목적사업에 사용되는 사업용 재산에 해당하는 점에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없고, 한편 창업일은 법인설립일을 뜻하므로 이 사건 부동산이 원고의 설립일인 2004. 1. 16.부터 2년 이내에 취득되었음은 역수상 분명하다.

(나) 문제는 원고가

법 제6조 제3항 소정의 제조업 등 조세감면대상 업종에 해당하지 않는 건설업 등을 목적사업으로 하여 설립되고 이 사건 부동산을 사업용 재산으로 취득한 후 비로소 목적사업을 제조업에 해당하는 업종으로 변경하여 영위한 것을 두고 과연 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 사업용 재산을 취득하였다고 볼 수 있는지 여부이다.

그런데

법 제119조 제3항 제1호와 제120조 제3항에서 창업중소기업에 대하여 등록세와 취득세를 감면하는 취지가 중소기업이 새로운 사업을 영위하기 위하여 취득하는 사업용 재산에 대하여 조세지원을 하고자 하는 데 있다고 볼 때,

법 제6조 제3항 소정의 창업중소기업에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 법인등기부나 사업자등록증상의 형식적 기재만을 가지고 판단할 것이 아니라 실제 영위하는 사업의 실질적인 내용에 따라 판단함이 옳다 할 것이다.

앞서 인정한 사실관계에서 드러나는 다음과 같은 사정, 즉 원고가 2004. 1. 16. 설립될 당시 법인등기부에 기재된 목적사업은

법 제6조 제3항소정의 창업중소기업 업종에 해당하지 않는다고 볼 것이나, 원고가 위와 같은 목적사업을 실제로 영위한 바 없는 점, 원고는 이 사건 부동산을 취득한 직후에 법인등기부상 기존의 목적사업을 삭제하고

법 제6조 제3항 소정의 제조업에 해당하는 전자제품 생산업 등으로 목적사업을 변경하였다가 다시 얼마 지나지 않아 역시 제조업의 일종인 도장 및 표면처리업 등을 목적사업에 추가한 점, 원고는 이와 같이 목적사업을 변경한 후 비로소 이 사건 부동산을 이용하여 도장 및 표면처리업을 실제로 영위하여 최초의 매출실적을 올린 이래로 계속하여 위 업종을 영위하여 온 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 부동산 취득에 따른 취득세와 등록세의 납세의무 성립일인 2004. 4. 21. 당시 법인등기부의 기재상 형식적으로는

법 제6조 제3항 소정의 창업중소기업에 해당하지 아니하였다고 하더라도, 원고가 이 사건 부동산을 이용하여 실질적으로 영위한 사업의 내용에 비추어 볼 때 이 사건 부동산은 창업중소기업인 원고가 도장 및 표면처리업을 영위하기 위하여 취득한 사업용 재산이라고 봄이 상당하다.

따라서 원고가 법 소정의 창업중소기업에 해당하지 아니함을 전제로 한 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장을 살펴볼 필요 없이 위법하다고 할 것이다(피고는, 원고가 피고에게 취득세 등의 감면신청을 할 때 설립 당시 목적사항의 말소사실이 기재되어 있지 아니한 법인등기부 등본을 제출하는 바람에 이를 모르는 피고가 사후에 변경된 목적사업을 전제로 취득세 등을 면제하였던 것이니만큼 그러한 오류를 바로잡기 위하여 한 이 사건 처분이 적법하다는 취지의 주장을 하나, 위와 같이 원고가 법 소정의 창업중소기업에 해당한다고 볼 것인 이상 피고의 주장과 같은 사정만으로는 이 사건 처분이 정당하다고 할 수 없다.).

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.