[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 3호증의 각 1 내지 6, 을 제6호증의 1, 2, 을 제8호증의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 토지 및 건물을 취득하여 원고의 종교목적에 사용하고자 하였으나 피고가 건축공사 중지를 명하면서 건축물 사용승인을 거부하였고, 납골당설치신고를 반려하여 종교목적에 사용하지 못하였으므로 3년 내에 종교목적에 사용하지 못한 점에 대한 정당한 사유가 있고, 설립 당시 설립 목적에 따라 비과세하였음에도 그 후 교육, 사회복지 및 납골당 설치, 운영 등의 사업은 비과세 대상이 아니라는 이유로 비과세처분을 취소함은 신뢰보호원칙에 반하여 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 불교문화의 대중화 및 생활화를 통한 불교진흥, 불교포교, 교육사업 및 사회복지사업 등을 위하여 필요한 재산 및 시설의 유지, 관리함을 목적으로 하여 2003. 3. 27. 설립허가를 받아 2003. 4. 2. 설립된 재단법인으로 그 목적 사업의 하나로 납골당 설치 운영사업을 두고 있다.

(2) 원고는 2003. 4. 2. 1녹야원으로부터 이 사건 건물을 증여받아 2003. 4. 8. 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였고, 2003. 4. 14. 2녹야원으로부터 이 사건 토지를 증여받아 같은 날 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였다.

(3) 피고는 2004. 7. 20. 이 사건 건물 중 3층 건물 부분이 피난계단 1개소 미설치, 연면적 186.2㎡ 및 각 층고 높이 증가, 입문(창문) 변경 및 주차장법 위반, 전기 및 설비시설 미비 등 건축법 위반에 해당한다고 보아 원고에게 건축공사 중지 및 시정명령을 하였고, 원고는 이 법원에 위 행정처분의 집행정지신청 및 행정소송을 제기하였으나 2004. 8. 5. 집행정지 신청이 기각되었고, 2004. 8. 30. 서울고등법원에서 항고가 기각되자 2004. 8. 31. 이 법원에 계속 중인 행정소송을 취하하였다.

(4) 원고 법인의 이사장인

(5) 피고는 2004. 10. 20. 원고가 납골당설치신고도 하지 않은 상태에서 허위의 분양광고를 한다는 이유로 원고를 형사고발하였고, 이 사건 건물을 건축물관리대장에 위반건축물로 등재하였다.

(6)

(7) 그런데 원고가 실측도 및 구적도 대신 일반건축물관리대장과 이 사건 토지 위에 3층 건물을 신축할 당시 김출장이 2녹야원의 대표자 자격으로 작성하여 준 이 사건 토지 외 2필지에 대한 사용승낙서 사본을 제출하자 피고는 2004. 11. 1. 원고가 법령이 요구하는 실측도 및 구적도를 제출하지 아니하였고, 위 사용승낙서도 건축물 증축허가와 관련된 토지사용승낙서의 사본이므로 2004. 11. 8.까지 실측도 및 구적도, 납골당 설치와 관련한 토지사용승낙서 원본과 그 사실 여부 확인을 위한 승낙자 및 사용자의 인감증명원을 제출하도록 2차 보완통보를 하였다.

(8) 원고는 2004. 11. 8. 피고에게 실측도와 구적도 대용으로 대한지적공사 성북 지사가 작성한 측량성과도면과 종전의 토지사용승낙서 사본을 그대로 제출하였고, 피고가 2004. 11. 12. ① 구적도와 법적 요건을 갖춘 토지사용승낙서 미제출, ② 군사시설보호구역으로 납골당 설치제한 구역에 해당, ③ 위반건축물 지정으로 납골시설 활용 제약 등의 사유로 신고를 반려하자 2004. 11. 22. 이 법원 2004구합35998호로 피고를 상대로 위 신고반려처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다.

(9) 위 법원은 2005. 10. 4. 피고가 위 ②, ③항을 이유로 신고를 반려할 수 없으나 ①항의 사유는 법령상 요구되어 있고, 원고가 피고의 보완요청을 통하여 이를 보완하여야 한다는 점을 알고 있었으므로 이를 이유로 위 신고를 반려한 것은 적법하다고 보아 원고 청구를 기각하였으며, 위 판결은 항소취하간주로 확정되었다.

(10) 한편 피고 소속 공무원이 2006. 6. 12. 이 사건 토지 및 건물에 대한 현장확인 결과 3층의 일부분(165.37㎡, 이하 3층 일부라 한다)만 종교시설일 뿐 대부분이 공실상태로서 종교목적에 사용되고 있지 않았고, 건축물관리대장상 그 용도가 사무소의원독서실 용도로 등재되어 있었다.

(11) 원고는 이 사건 처분에 대하여는 서울특별시장에게 각 이의신청을 제기하였고, 피고는 2006. 12. 14. 기각결정을, 서울특별시장은 2006. 12. 18. 이 사건 건물 중 종교시설로 사용하는 면적의 착오(실제 165.37㎡이나 135.37㎡로 착오)를 시정하여 취득세, 등록세 등을 다음과 같이 감액경정하는 결정을 하였다.

(단위, 원)