2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 주차장은 관계법령에 따라 원고가 반드시 설치하여야 할 의무가 있는 시설이고, 원고는 이 사건 주차장을 터미널 부설주차장으로 설치한 후 터미널 이용승객을 위한 주차장 및 박차장 등의 용도로 사용하고 있으므로, 이 사건 주차장 면적 합계 15,207㎡도 원고가 터미널 용도에 직접 사용하는 감면대상 토지로 보아야 한다.

(2) 폐수처리를 위한 건물 및 정수조(시설물바닥면적 : 294.22㎡)가 위치한 바닥면적을 제외한 주변 토지 758.58㎡(별지 도면 표시 ⑦ 부분)도 폐수처리시설의 특성상 폐수처리를 위한 시설물 전용 부속토지로서 감면대상 토지로 보아야 한다.

(3) 피고는 터미널 부속토지 중 터미널 용도에 사용하는 박차장 면적을 32,775㎡(별지 도면 표시 ⓐ~ⓔ 부분)에 불과하다고 보았으나, 위 박차장 이외에도 무허가 영동선 대합실(별지 도면 표시 ㉠ 부분) 300㎡ + 도착화물 조업장(별지 도면 표시 ㉡ 부분) 384.6㎡ + 노상 박차장 동선(별지 도면 표시 ㉢ 부분) 3,584.5㎡(3,642㎡에서 서울특별시로 수용된 19-19 토지 57.5㎡를 뺀 나머지 면적임) 합계 4,269.1㎡는 원고가 터미널 이용승객을 위한 공간, 화물조업장 및 고속버스의 주차장 등으로 사용하는 부지이므로, 위 ⓐ~ⓔ, ㉠, ㉡, ㉢ 부분의 합계인 37,044.1㎡가 모두 터미널 용도에 직접 사용하는 토지로서 감면대상 토지로 보아야 한다.

(4) 피고는 이 사건 토지 위에 건축된 본관과 하차장 건물 중 원고가 터미널 용도에 사용하는 부분을 원고가 피고에게 도시계획시설사업 실시계획인가 신청을 하면서 첨부한 자료를 기준으로 산정하였으나, 위 자료는 원고가 향후 용도변경 등 편의를 위하여 터미널 용도로 사용하고자 하는 부분을 임의로 표시한 것일 뿐 실제와 일치하지 아니하고, 피고가 1998. 6.경 터미널 부지와 건축물에 대한 사용현황을 직접 조사하여 작성한 서울고속버스터미널종합토지세추징현황 및 건축물 층별 용도구분내역에 의하면 본관의 터미널 직접사용 면적은 40,445.27㎡, 하차장 건물의 터미널 직접사용 면적은 6,366.09㎡에 이르며, 그 이후 본관건물 3층의 승하차장과 대합실을 폐쇄하고 꽃시장 판매시설로 용도변경한 것을 제외하고는 나머지 부분은 변동이 없는바, 도시계획시설의 결정구조 및 설치기준에 관한 규칙에서 자동차정류장의 편익시설로서 식당, 다방, 매점을 비롯하여 44개 종류의 시설을 포함하고 있는 점 등에 비추어 보면, 본관 건물 및 하차장 건물의 식당, 매점, 대합실, 홀 등을 모두 직접사용 면적으로 보아야 하므로 7동의 건물 중 타용도로 사용하는 부분은 본관 건물 중 위 직접사용 부분을 제외한 나머지 부분의 면적에 판매시설로 변경한 3층 면적을 더한 57,052㎡(=86,633.87㎡ - 40,445.27㎡ + 10,863.4㎡)와 하차장 건물 중 직접사용 부분을 제외한 나머지 부분인 4,394.83㎡(10,760.92㎡ - 6,366.09㎡)이므로 위 타용도로 사용하는 부분을 제외한 나머지 부분에 대하여서만 안분하여 경감대상 토지를 산정하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 주차장 부분

여객자동차운수사업법 제2조 제5호는 ‘여객자동차터미널’이라 함은 도로의 노면 기타 일반교통에 사용되는 장소 외에서 승합자동차를 정류시키거나 여객을 승하차시키기 위하여 설치된 시설 및 장소를 말한다고 규정하고 있고,

이 사건에서 보건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 주차장은 원고가 관계법령에 따라 터미널 부지 내에 설치하여 터미널 이용승객 및 시설물 이용자의 이용에 제공하여야 할 의무가 있는 시설이라는 점, 원고는 주차장법의 규정에 따라 주차장 이용승객들로부터 주차요금을 징수하고 있는 것에 불과하므로 단순히 이 사건 주차장이 유료화 되었다는 사정만으로 그 본래의 기능이 달라졌다고 볼 수 없는 점, 이 사건 주차장은 터미널의 정상적인 기능을 유지하기 위한 필수적인 시설이므로 이 사건 주차장이 부분적으로 터미널을 이용하는 승객 이외의 사람들의 이용에 제공된다 하더라도 그러한 사정만으로 그 본질적인 기능이 좌우된다고 볼 수 없는 점, 여객자동차터미널 시설 이용객은 자동차를 이용하여 터미널 시설을 이용하는 경우가 많을 것으로 보이는 점, 여객자동차터미널은 공공복리의 증진과 국민의 삶의 질을 향상하게 함을 목적으로 하는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률상의 기반시설(

한편 피고는, 원고가 노상박차장 및 동선으로서 터미널 용도에 사용되는 부지라고 주장하는 별지 도면 표시 ⓔ 부분은 이 사건 주차장을 이용하는 차량의 주요 통로로 사용되고 있으므로 이 사건 주차장의 일부라고 주장하므로 보건대, 앞서 보는 바와 같이 이 사건 주차장이 터미널 용도에 사용되는 토지라고 보는 이상 그 이용 차량들의 통로로 사용하는 토지 역시 터미널 용도에 사용하는 토지라고 보아야 하므로, 감면대상 토지로 되는 것은 마찬가지이므로 피고의 위 주장은 이유 없고, 이 부분에 관한 원고의 주장은 이유 있다.

(2) 폐수처리시설 부속토지 부분

갑28호증의 4, 갑30호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이 사건 토지 내 폐수처리장에는 폐수처리기계를 설치한 4동의 건물과 옥외에 저수조, 중수도 처리시설 및 건조시설이 설치되어 있는데, 원고는 폐수처리장 내의 건물과 폐수처리시설을 관리함에 있어 외부인의 출입을 통제하고 터미널 이용객의 안전과 폐수처리시설의 보호를 위하여 일정 면적의 토지에 담장을 설치하고 있는 사실, 바닥면적이 294.22㎡인 폐수처리를 위한 시설물의 외연 부분을 직선으로 연결하면 바닥면적을 제외한 나머지 토지 면적은 758.58㎡인 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없는바, 폐수처리시설은 그 일부가 지하에 매장되어 있으나, 각 시설은 서로 관으로 연결되어 있고 그 관리를 위해서는 필연적으로 지상의 일정한 공간이 필요하다는 점, 폐수처리장 내에 있는 건물과 폐수처리장 시설 등은 고속버스정류장 사업에 필요한 필수 시설인 점 등을 고려하여 보면 위 758.58㎡ 부분도 폐수처리를 위한 시설물에 전용되는 토지로 보아야 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 있다.

(3) 노상 박차장 및 동선 부분

(가) 먼저 별지 도면 표시 ㉠ 부분을 보건대, 갑 제27호증의 1 내지 3, 갑28호증의 2의 각 기재에 의하면 원고는 2004. 5. 1. 윤상노와 사이에 ㉠ 부분 토지 중 8.48㎡(원래 계약서에는 9.8평으로 기재되어 있으나, 갑28호증의 2, 갑30호증의 각 기재에 의하면 그 면적은 8.48㎡이다)에 관하여 임차보증금 76,700,000원, 월차임 803,000원, 임대차기간 2004. 5. 1.부터 2005. 4. 30.까지로 정하여 임대차계약을 체결하였다가 2005. 4. 8. 다시 임대차보증금을 76,700,000원, 월 차임을 850,000원, 임대차기간을 2005. 5. 1.부터 2006. 4. 30.까지로 하는 임대차계약을 체결하고, 윤상노는 위 임차목적물에서 약국을 운영하고 있는 사실, 원고는 2005. 11. 3. 석진숙과 사이에 위 ㉠ 부분 중 9.45㎡에 관하여 임차보증금 10,000,000원, 월차임 490,000원, 임대차기간 2005. 11. 11.부터 2006. 11. 10.까지로 정하여 임대차계약을 체결하고, 석진숙은 위 임차목적물에서 매점을 운영하고 있는 사실(다만 위 매점은 위 ㉠ 부분이 증축되기 이전부터 설치되어 있었다)을 인정할 수 있는바, 위 약국과 매점은 원고가 제3자에게 부지를 임대함으로써 수익을 얻고 있는 공간으로서 터미널의 용도에 직접적으로 사용되는 토지라고 보기 어려우므로, 위 약국과 매점이 점유하는 부지 면적 17.93㎡(8.48㎡ ＋ 9.45㎡)는 감면대상 토지에서 제외되어야 한다.

㉠ 부분 중 위 부지 17.93㎡를 제외한 나머지 부분에 관하여 보면, 갑26호증의 1, 2, 갑30호증, 갑31호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 위 부분은 원고가 1981.경부터 2000. 7.경까지 본관 건물과 하차장동 건물 사이의 고속버스 승객의 연결통로로 사용해 오다가, 2000. 7.경 영동선 고속버스가 원고에 통합되자 무허가로 영동선 고속버스 대합실을 설치하여 사용한 사실, 그 후 원고는 2004. 3.경 위 무허가 대합실을 철거하고 관할관청인 피고로부터 증축허가를 받아 대합실을 신축하고 2005. 9. 23.경 임시사용승인을 받아 현재까지 영동선 고속버스 대합실로 사용하고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 사정이 위와 같다면 위 부분은 원고가 2000. 7.경부터 현재까지 터미널 이용승객의 직접적인 편의를 위하여 사용하는 토지로서 감면대상 토지로 보아야 할 것이다.

(나) 다음으로 별지 도면 표시 ㉡ 부분을 보건대, 갑30호증, 갑31호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 위 ㉡ 부분은 원고가 1988년경부터 각 고속버스 회사들로 하여금 알루미늄 박스를 설치하여 고속버스의 도착화물 취급소 및 화물조업장으로 사용하도록 하다가, 2004. 3.경 관할관청으로부터 증축허가를 받아 2005. 10.경 동일한 위치에 도착화물 조업장을 완공하였으나, 현재 사용허가를 받지 못하여 사용하지 못하는 사실을 인정할 수 있는바, 사정이 위와 같다면 위 ㉡ 부분은 비록 이 사건 부과처분의 기준시점인 2005. 6. 1.에는 증축공사가 진행되고 있어 원고가 사용하고 있지는 않았지만, 증축공사의 목적이 위 ㉡ 부분을 도착화물 조업장이라는 터미널 용도에 사용하기 위한 것이었으므로, 그 본질은 터미널에 사용하는 토지로서 감면대상 토지라고 보아야 할 것이다.

(다) 끝으로 별지 도면 표시 ㉢ 부분 3,584.5㎡을 보건대, 위 ㉢ 부분은 고속버스터미널 본관 건물 건축허가 신청시 부설주차장으로 사용할 목적으로 건축허가신청도면에서 노상 박차장과 분리하여 주차장으로 도면표시를 한 부분이나, 실제로는 그때부터 2005. 1.경까지 고속버스 박차장으로 사용하여 왔고, 2005. 2.부터 지하철 건설본부가 일부 부지를 점유하면서 지하철 9호선 공사현장으로 사용하고 있다가 나머지 토지는 종전처럼 고속버스박차장으로 사용하고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 사정이 위와 같다면 위 ㉢ 부분은 원고가 터미널 용도에 직접 사용하고 있는 토지로서 감면대상토지라고 보아야 할 것이다.

(라) 이에 대하여 피고는, 위 ㉠, ㉡ 부분은 하차장 건물의 일부로서 하차장 건물 전체에 대하여 터미널 용도에 사용하는 비율로 안분한 면적만큼 감면대상 토지로 보아야 한다고 주장하므로 보건대, 갑30호증의 기재에 의하면 위 ㉠, ㉡ 부분이 하차장 건물과 연접하여 있는 것은 사실이나, 위 ㉠, ㉡ 부분은 본래 하차장 건물과 함께 축조된 것이 아니라 하차장 건물 옆 공간 부지로서 화물조업장, 승객의 통로 등으로 사용하여 오다가, 후에 원고가 단층으로 신축한 부분인 사실을 인정할 수 있고, 따라서 이를 하차장의 일부에 포함된다고 보기 어려우므로 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(4) 건물 중 터미널 용도에 직접 사용하는 토지 면적 부분

이 사건 토지 지상의 7동의 건물 중 제1별관은 모두 고속버스의 운행배차, 소화물취급소 등 고속버스사의 현장사무실로 사용하는 업무용 건물이고, 제2별관은 1층은 고속버스 정비고이며, 2, 3층은 고속버스 운전기사들의 휴게실 겸 숙소로 사용되고 있으고, 박차데크 건축물은 고속버스의 세차장과 박차장 및 정비고로 사용되고 있으며, 정비고 건물은 고속버스를 정비하는 건축물이고, 폐수처리장은 폐수처리기계를 설치한 건축물과 옥외의 저수조, 중수도 처리시설, 건조장 등이 설치되어 있어 5개 동은 모두 고속터미널 용도에 사용되고 있는 점은 당사자 사이에 다툼이 없다.

원고는 7동의 건물 중 나머지 2개 동인 본관과 하차장 건물 중 터미널에 직접 사용하는 부분은 대합실복도홀 등 터미널시설(주시설), 식당다방매점약국 등 편의시설, 코아카리프트비상계단기계실 등 공용시설을 포함하여야 하므로, 이 사건 부과처분에서와 같이 전체 연면적 중 25,583.89㎡(본관 22,999.63㎡ ＋ 하차장 2,584.26㎡)이 아닌 57,509.90㎡(본관 40,445.27㎡ + 하차장 6,366.09㎡)에 이른다고 주장하나, 갑제12호증의 1 내지 3, 갑13호증의 1 내지 9, 갑제14호증의 1 내지 갑16호증의 2, 갑17호증의 1 내지 갑18호증의 3, 갑25, 26호증의 각 1 내지 3의 각 기재만으로는 원고 주장 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 을1호증(원고는 위 증거가 편의를 위하여 사실과 다르게 작성되었다고 항변하나 이를 인정할 증거가 없다), 을6호증의 1 내지 3, 을7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2003. 5. 21.경 피고에게 이 사건 여객자동차터미널의 증축 및 용도변경공사를 위한 공사시행인가 및 도시계획시설사업 실시계획인가신청을 하면서 이 사건 토지 지상 7개동의 건축물의 사용현황에 관하여 건축물용도변경 전후 용도별 면적표를 작성하여 피고에게 제출하였는데, 위 용도별 면적표에 의하면 7동의 건물의 연면적 108,093.33㎡에서 터미널 시설은 36,282.42㎡, 비시설은 71,810.91㎡로 분류하여 기재하고, 그 중 본관 및 하차장 2개 동에 관하여는 본관의 터미널 시설을 22,999.63㎡, 하차장의 터미널 시설을 2,584.26㎡로 분류, 기재한 사실, 실제로 본관 건물 중 2 내지 4층의 터미널 시설은 현재 모두 1층으로 이전되고 2-4층은 제3자에게 분양 또는 임대되어 터미널과 관련 없는 판매시설 등으로 사용되고 있는 사실을 인정할 수 있다. 따라서 본관 건물과 하차장 건물 중 터미널에 직접 사용하는 부분은 이 사건 부과처분에서와 같이 전체 연면적 중 25,583.89㎡(본관 22,999.63㎡ ＋ 하차장 2,584.26㎡)이라고 할 것이므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(5) 경감대상 토지 산정 방법

다음으로 여객자동차터미널에 직접 사용하는 토지로서 경감대상 토지면적 산정 부분을 보건대, 건축물 중 터미널 용도로만 사용되는 것은 그 바닥면적 전부가, 터미널 용도와 타용도로 함께 사용되고 있는 경우에는 그 바닥면적 중 터미널에 사용되는 부분의 안분비율에 의한 부분이 터미널에 사용되는 것으로 보아야 하고, 건축물 바닥면적을 제외한 부속토지의 경우 특정 건축물의 전용성 여부를 따져 특정 건축물에 전용되는 부분은 앞서 본 바와 같은 방법으로 터미널에 사용되는 면적 부분을 산출하여야 할 것이다{피고는, 여객자동차터미널용에 직접 사용하는 토지는 개별건물의 바닥면적을 단위로 하는 것이 아니라 전체 건물을 일체로 보아 그 용도에 따라 안분하여 계산하는 것이 타당하다고 하면서 원고 소유의 터미널용 부지상에 세워져 있는 7동의 건물 중 본관 건물과 하차장 건물을 제외한 5개동의 건축물이 모두 터미널 시설로서 직접 터미널용에 제공되고 있는 건물이라 할지라도 그 바닥면적이 바로 경감대상 토지면적이라고 볼 수 없다고 주장하나, 수개의 건축물 중 일부의 건축물은 터미널용 전용으로 사용되고 나머지 건축물은 터미널용과 타용도로 사용되고 있는 경우 위 각 건축물에서 터미널용 전용으로만 사용되는 건축물은 그 바닥면적 전부를 여객자동차터미널용에 직접 사용하는 토지로 보고, 터미널용과 타용도에 공동으로 사용되는 건축물의 경우에는 그 용도에 따라 그 바닥면적 중 안분비율에 의한 바닥면적 부분을 합하여 재산세(토지)의 감경대상에 해당하는 직접 사용하는 토지 면적을 산출하는 것이 합리적이라 할 것이므로(

(6) 정당세액의 계산

앞서 본 사실관계와 법리에 비추어 이 사건 토지 중 감면 및 비감면 대상 토지 면적과 원고에 대한 2005년 귀속 재산세, 지방교육세의 정당한 세액을 산정하면 별지 ‘정당세액’ 기재와 같으므로, 결국 이 사건 부과처분의 2005년 귀속 재산세 861,197,280원 중 724,631,847원, 지방교육세 172,239,450원 중 144,926,369원을 각 초과하는 부분은 모두 위법하다(한편 피고는 이 사건 부과처분과 함께 원고에게 도시계획세 467,956,640원도 부과하였으나, 원고가 청구취지에서 그 취소를 구하고 있지 아니하므로 나아가 판단하지 아니한다).

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.