1. 처분의 경위

가. 원고는 종교 사업을 하는 단체로서 2006. 9. 11. 고양시 일산서구 덕이동 329, 329-2, 329-3번지 지상 공장건물 및 근린생활시설 1,089㎡(이하 ‘제1부동산’이라고 한다)를, 같은 달 28. 같은 동 329, 329-2, 329-3, 329-4, 329-5번지 대지 5,514㎡(이하 ‘제2부동산’이라고 한다)를, 2007. 10. 2. 같은 동 329-11 대지 430㎡(이하 ‘제3부동산’이라고 한다)를 각 취득하였고, 2008. 4. 28. 제2부동산 지상에 있던 제1부동산을 철거하고 건물 2개동 4,995.38㎡(이하 ‘제4부동산’이라고 한다)를 신축하였으며, 2008. 10. 14. 제2부동산의 지목을 종교용지로 변경하였다(이하 제1, 2, 3, 4부동산을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라고 한다).

나. 원고는 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 등록세에 대하여 종교용도에 직접 사용하기 위하여 취득등기하는 경우에 해당된다는 이유로 지방세법(2008. 12. 26. 법률 제9182호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 따라 비과세신청을 하였고, 이에 대하여 피고는 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 등록세 등을 비과세 처리하였다.

다. 피고는 2010. 7. 5. 현지조사 결과 제4부동산을 미인가대안학교( 광성드림학교) 및 유치원( 한나래선교원)으로 사용하고 있는 사실을 확인하고, 원고가 이 사건 부동산을 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하는 것으로 보아 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 규정의 적용을 배제하여, 2010. 10. 19. 원고에게 이 사건 부동산에 대한 취득세 222,650,890원, 농어촌특별세 22,265,070원, 등록세 127,970,390원, 지방교육세 23,843,680원(각 가산세 포함)의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 12. 8. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2012. 2. 29. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 포함), 을 제15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는, 제4부동산을 평일에는 초중등과정의 광성드림학교 및 미취학아동을 위한 한나래선교원으로 사용하고 있는데 위 광성드림학교와 한나래선교원은 기독교 교육을 가장 중요한 교육목표로 삼고 있어 일반학교에 비하여 예배와 성경 수업시간이 많고, 토요일과 주일에는 교회 주일학교의 일부와 성인예배, 교인들의 교육관으로 사용하는 등 예배장소로 활용하고 있으므로, 제4부동산을 종교용도로 직접 사용하고 있다고 보아야 함에도, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 가사 원고가 제4부동산을 종교용도 이외에 학교용도로 사용하고 있다고 하더라도, 지방세법에서 학교용도로 사용하는 경우 등록세 등을 부과하지 않는 것으로 규정하고 있으므로, 등록세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단

지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 지방세법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조 제1항 제1호, 제94조 제1항에 의하면, 종교 사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하고, 다만 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 취득 부동산의 전부 또는 일부를 그 용도에 직접 사용하지 않는 경우, 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과하도록 되어 있고, 지방세법 제260조의2에 의하면 지방세법에 의한 등록세 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 지도록, 농어촌특별세법 제3조 제5호에 의하면 지방세법에 의한 취득세 납세의무자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 지도록 되어 있는바, 여기서 비영리사업자가 당해 부동산을 "그 사업에 사용"한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, "그 사업에 사용"의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다( 대법원 2009. 6. 11. 선고 2007두20027 판결 등 참조).

한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다( 대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 참조).

이러한 법리를 토대로 이 사건에 대하여 보건대, 을 제1 내지 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 월요일에서 금요일까지 제4부동산을 미인가대안학교로서 초중등과정을 교육하는 광성드림학교 및 미취학아동을 위한 한나래선교원으로 사용하고 있는 점, ② 광성드림학교에서는 초등과정의 경우 입학금 300만 원, 분기별 수업료 135만 원을 받고 있고, 중등과정의 경우 입학금 300만 원, 발전기금 200만 원, 분기별 수업료 180만 원을 받고 있으며, 한나래선교원은 5세에서 7세까지 미취학 아동의 생활지도 및 교육을 담당하는 일반유치원의 형태로 운영되고 있는데 매월 24만 원의 원비를 받고 있는 점, ③ 광성드림학교는 교장, 교감, 교사 등 일반학교와 같은 교직원의 조직을 갖추고 있고, 일반 교사를 고용하고 국어, 수학 등 일반 교과목을 가르칠 뿐만 아니라 과학, 영어, 음악, 미술, 체육 교과를 전공한 교사가 특별교실에서 전담 지도하는 교과 전담 교사제를 실시하고 있는 점, ④ 광성드림학교는 고양교육청에 대안학교 설립인가를 받기 위한 신청서까지 제출한 점, ⑤ 건축물대장상 제4부동산의 주용도가 교육연구시설로 되어 있고, 전체적인 내부시설 및 외부시설이 종교용도라기 보다는 교육시설에 적합하게 설치되어 있는 점(내부시설은 교장실, 교무실, 행정실, 상담실, 도서실, 학부모실, 강당 및 각급 교실 등으로 구성되어 있다), ⑥ 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정은 종교단체의 종교 활동 자체를 보호하기 위한 것일 뿐 종교단체 자체를 보호하기 위한 입법취지를 갖고 있지 아니한 점 등에 비추어 보면, 제4부동산은 종교 활동과는 별다른 관련성이 없는 교육시설로 사용되고 있고, 이와 같은 교육시설이 종교 사업에 필요불가결한 시설에 해당한다고 볼 수도 없으므로, 제4부동산을 종교용도로 직접 사용하고 있다는 취지의 원고의 첫 번째 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 대한 판단

지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호, 지방세법 시행령 제79조 제1항 제2호, 제94조 제1항은 "초중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교" 등이 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 취득하는 경우 취득세 및 등록세 등을 부과하지 아니하는 것으로 규정하고 있는바, 광성드림학교와 한나래선교원이 인가받지 못한 대안학교 또는 유치원이라는 점에 위에서 본 바와 같으므로, 원고가 제4부동산을 학교용도로 사용하고 있어 등록세 등을 부과하여서는 아니 된다는 취지의 원고의 두 번째 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.