1. 제1심 판결의 인용

이 법원의 판결 이유는 아래 2.항에서 원고가 당심에서 새로 제기하거나 강조하는 주장에 대한 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 원고의 당심 주장에 대한 추가 판단

가. 원고는 먼저, 비영리사업자가 취득 당시 비영리사업 자체에 직접 사용할 목적이 없더라도 비영리사업에 직접 또는 간접이든 사용할 목적으로 부동산을 취득하기만 하면, 그 부동산의 취득 및 그 등기는 구 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 소정의 취득세ㆍ등록세 비과세 사유에 해당하는데, 원고가 비영리사업자로서 이 사건 토지를 노인복지시설의 설치 또는 운영에 사용할 목적으로 취득하고 그에 대한 등기를 경료하였으므로, 원고의 이 사건 토지의 취득 및 그 등기는 구 지방세법 각 규정 소정의 취득세ㆍ등록세 비과세 사유에 해당한다고 주장한다.

그러므로 살피건대, 구 「지방세법」제120조와 제121조는 취득세 납세의무자가 과세물건을 취득한 날로부터 30일 이내에 취득세를 신고납부하지 아니한 때에는 가산세를 보통징수의 방법에 의하여 징수하도록 규정하고 있고, 구 「지방세법」제107조 및 제127조 제1항은 용도구분에 의한 취득세ㆍ등록세 비과세 사유를 규정하면서 그 중의 하나로 제1호에서 ‘제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기’를 들고 있고, 각 본문 단서에서는 취득ㆍ등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세ㆍ등록세를 부과한다고 규정하고 있는데, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 비영리사업자가 현실적으로 당해 부동산을 비영리사업 자체에 직접 사용하는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다( 대법원 2009. 6. 1. 선고 2007두20027 판결 등 참조).

위와 같은 구 지방세법 관련 규정 및 법리에 비추어 보면, 비영리사업자가 비영리사업 자체에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하고 그에 대한 등기를 경료받은 경우 그 부동산의 취득 및 그 등기는 구 「지방세법」제107조 제1호 및 제120조 제1항 제1호 소정의 취득세ㆍ등록세 비과세 사유에 해당한다고 볼 것인바, 이 법원의 판결 이유로 인용한 제1심 판결 이유에서 알 수 있듯이 원고가 당초 이 사건 토지를 노인복지시설을 신축하기 위한 목적으로 취득한 것이 아니라, 그 신축에 소요되는 경비에 충당하기 위한 목적으로 취득한 것이 분명한 이상, 이 사건 토지는 비영리사업자인 원고가 비영리사업 자체에 직접 사용할 목적으로 취득ㆍ등기한 것이 아니라고 할 것이어서, 원고의 이 사건 토지의 취득 및 그 등기는 구 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 소정의 취득세ㆍ등록세 비과세 사유에 해당하지 않는다고 볼 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

나. 원고는 또한, 피고는 당초 원고에 대하여 ‘원고가 이 사건 토지를 취득ㆍ등록일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하였다’는 이유로 취득세ㆍ등록세를 부과하는 이 사건 처분을 하였다가, 원심에서 ‘원고가 이 사건 토지를 비영리사업 자체에 직접 사용할 목적으로 취득하지 않았다’고 주장하면서 처분사유를 추가하였는데, 피고가 추가한 위 처분사유와 당초의 처분사유 사이에 동일성을 인정하기 어려워 피고의 처분사유 추가는 허용되지 않는다고 주장한다.

그러므로 살피건대, 과세처분 취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적인 존부이므로, 과세관청으로서는 과세처분 이후는 물론 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 처분사유를 추가ㆍ교환ㆍ변경할 수 있다고 할 것이다( 대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두1994 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 비추어 살피건대, 피고가 당초 처분사유로 ‘원고가 비영리사업자인 사회복지법인으로서 이 사건 토지를 그 취득ㆍ등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 비영리사업에 직접 사용하지 않았다’는 사유를 내세워 구 소득세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 소정의 용도구분에 의한 취득세ㆍ등록세 비과세 요건을 갖추지 못하였다고 주장하다가, 원심에서 ‘원고가 이 사건 토지를 사회복지사업 자체에 직접 사용할 목적으로 취득하지 않았다’는 이유로 위 취득세ㆍ등록세 비과세 요건을 갖추지 못하였다고 주장하는 것은 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에 있다고 할 것이므로, 피고의 위 처분사유 추가는 허용된다고 할 것이어서, 원고의 위 주장도 이유 없다.

다. 원고는 다음으로, 원고가 이 사건 토지를 노인복지시설 신축 등 사회복지사업에 사용할 목적으로 취득하였는데, 그 이후 이 사건 토지는 화성남양뉴타운 도시개발사업의 부지로 편입되어 2008. 12. 24. 한국토지공사에게 공공용지의 협의취득을 원인으로 매각되었으므로, 원고가 이 사건 토지를 취득ㆍ등기일로부터 3년 이내에 사회복지사업 용도에 직접 사용하지 아니한 데에는 정당한 사유가 있다고 주장한다.

그러므로 살피건대, 사회복지사업에 사용하기 위한 부동산을 취득ㆍ등기하여 취득세ㆍ등록세가 비과세된 후 취득ㆍ등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우 취득세ㆍ등록세가 부과되는바, 그 ‘정당한 사유’의 유무를 판단함에 있어서 그 사업자에 의하여 수행되는 업무의 공익성을 감안함은 물론 취득세ㆍ등록세를 비과세하는 입법취지, 토지의 취득목적에 비추어 그 목적 사업에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 사업자가 토지를 목적 사업 에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다. 이를 판단함에 있어 그 사업자가 토지를 취득할 당시 그 고유 업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설령 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 토지를 취득한 것이고, 취득 후 3년 이내에 당해 토지를 그 고유 업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제로 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다( 대법원 1995. 6. 30. 선고 94누6901 판결, 1992. 7. 14. 선고 91누12219 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 비추어 살피건대, 앞서 본 사실관계와 관계 법령의 규정 내용 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 토지를 포함한 화성시 남양동, 신남동 일원의 토지가 2005. 12. 15. 건설교통부 고시 제2005-417호로 화성남양뉴타운 도시개발구역으로 지정되었는데, 구 도시개발법(2008. 3. 21. 법률 제8970호로 전부 개정되기 전의 것) 제9조 제2항, 제5항에 의하면, 도시개발구역이 지정ㆍ고시된 경우 당해 도시개발구역은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 도시지역과 대통령령이 정하는 지구단위구역으로 결정ㆍ고시된 것으로 보게 되고, 도시개발구역 안에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 토석의 채취, 토지분할, 물건을 쌓아놓는 행위 등 대통령령이 정하는 행위는 일반적으로 금지되며, 그러한 행위를 하고자 하는 자는 특별시장·광역시장·시장 또는 군수의 허가를 받아야 하는 점, ② 도시개발구역의 지정ㆍ고시일 후에 신축된 건물은 사업 시행에 지장을 초래할 뿐만 아니라 수용이나 사용의 대상이 되므로, 도시개발구역의 지정ㆍ고시일 후에 그 구역 내에서 건축물의 건축허가를 신청하는 경우는 상정하기 어렵고, 설령 신청이 있더라도 허가를 받는 예는 사실상 없다고 보이는 점(실제로 화성시장은 위 도시개발구역의 지정ㆍ고시 직후 인ㆍ허가 부서에 도시개발구역 내에서는 토지의 형질변경 및 건축물의 신축ㆍ개축ㆍ증축 등 각종 개발행위가 불가하므로 각종 인ㆍ허가 및 신고 등 업무 처리 시 반드시 지역개발사업단장과 사전 협의 후 처리하고, 위 도시개발구역 지정ㆍ고시 전에 이미 허가된 사항이더라도 건축물 착공 신고를 수리하지 말라는 등의 지시를 하였다), ③ 위 도시개발사업에 관하여 구 도시개발법의 규정에 따라 구역 내의 토지ㆍ건축물에 대한 기초조사, 주민 등의 의견청취, 도시계획위원회의 심의 등 절차를 거쳐 2007. 12. 13. 개발계획 수립과 사업인정 및 사용 또는 수용의 대상이 되는 토지의 세목 고시가 이루어졌는데, 위 고시일로부터 불과 이틀 전인 2007. 12. 11. 이 사건 토지에 관하여 원고와 원고의 대표이사 봉준석 사이에 증여계약이 체결되고, 위 고시일에 원고 앞으로 소유권이전등기가 마쳐진 점, ④ 그 후 이 사건 토지에 관하여 위 도시개발사업의 시행자인 한국토지공사 앞으로 2008. 12. 24.경 공공용지의 협의취득을 원인으로 한 소유권이전등기가 경료된 점 등을 종합하면, 원고는 이 사건 토지가 이미 위 도시개발구역에 편입되어 그 지상에 건축물을 신축하는 등의 개발행위가 법령상 또는 사실상 불가능하다는 사정을 잘 알고 있었다고 보이고, 설령 그러한 사정을 알지 못하였다고 하더라도 관계 관청에의 문의 등으로 조금만 주의를 기울였더라면 이를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 이 사건 토지를 취득한 것으로 봄이 상당하고, 그 취득일로부터 3년 이내에 이 사건 토지를 고유업무에 직접 사용하지 못한 것도 동일한 사유로 인한 것임을 자인하고 있으므로, 위와 같은 법령상 또는 사실상의 장애사유는 원고가 이 사건 토지를 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.