1. 처분의 경위

가. 원고는 양로시설이나 노인전문병원의 설치운영 등을 목적으로 하여 설립된 사회복지법인으로서, 2007. 12. 13. 화성시 남양동 1683 외 8필지 토지 16,453㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)에 관하여 원고의 대표이사인 봉준석으로부터 2007. 12. 11.자 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료받았다.

나. 원고는 2007. 12.경 피고에게 이 사건 각 토지에 관하여 ‘공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산’이라는 이유로 지방세 비과세 신청을 하여 피고로부터 취득세 및 등록세 등을 면제받았다.

다. 그런데 이 사건 토지는 한국토지공사가 시행하는 화성남양뉴타운 도시개발사업의 부지로 편입되었고, 2008. 12. 24. 공공용지의 협의취득을 원인으로 한국토지공사에게 소유권이전등기가 경료되었다.

라. 피고는 원고가 이 사건 토지를 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 2010. 12. 9. 원고에 대하여 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호에 따라 취득세 386,285,100원, 농어촌특별세 38,628,500원, 등록세 155,505,560원 및 지방교육세 28,897,680원(각 가산세 포함)을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 6. 2. 이의신청을 거쳐 2011. 8. 10. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2011. 10. 25. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1 내지 9, 을 제1, 2, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 당초 양로시설의 설치 등 목적사업에 사용하기 위하여 취득한 이 사건 토지를 그 목적사업에 사용하지 못한 것은 위 토지가 ‘ 화성남양뉴타운 도시개발사업’의 사업부지에 포함되어 한국토지공사에 협의취득되었기 때문이므로 그 용도에 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하고, 취등록세 등의 비과세 대상이다.

원고는 이 사건 토지에 당초 계획한 노인복지시설을 설치할 수 없게 되자 그 대체부지로 경기 양평군 청운면 비룡리 263-5 외 7필지 토지 6,107㎡를 취득하는 등 이 사건 토지의 손실보상금을 노인복지시설 건립비용에 충당하였으므로, 여전히 이 사건 토지를 노인복지사업 용도에 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

갑 제3호증의 1 내지 9, 갑 제7, 8호증, 을 제10, 12, 13호증, 을 제14호증의 1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 당초 사회복지법인 한빛복지재단(대표이사 봉준석이)라는 명칭으로 대전 중구 용두동 35-9 7층에 주사무소를 두고 있었으나, 2007. 11. 20.경 주무관청인 대전광역시장에게 주사무소 소재지를 "경기 양평군 양평읍 양근리 422-2 태강빌딩 2층"으로 변경하는 내용의 사회복지법인 정관변경인가신청서를 제출한 사실, ② 당시 원고가 제출한 사업계획서(을 제14호증의 5)에는 경기도 양평군 내에 연면적 1,750㎡의 지하 1층, 지상 3층 규모의 노인복지시설을 신축하는 내용의 시설 설치계획과 대표이사 봉준석으로부터 이 사건 토지를 출연받아 위와 같은 노인복지시설의 부지를 구입하고 건축비용을 충당하는 내용의 세입세출예산서(2007. 11. ~ 2008. 12.) 및 원고의 대표이사 봉준석이 원고의 주사무소가 대전광역시에서 경기도 양평군으로 이전되는 시점에 이 사건 토지를 원고에게 출연할 계획이라는 2007. 11. 5.자 ‘재산출연확약서’(을 제14호증의 6)가 포함되어 있는 사실, ③ 대전광역시장은 그 무렵 경기도지사에게 원고의 주사무소 이전에 관한 정관변경에 관하여 협의를 요청하였으나, 경기도지사로부터 요양원 부지 건립 부지 및 건립 비용 미확보를 이유로 주사무소 이전에 부동의한다는 회신을 받았고, 2007. 12. 4. 이를 원고에게 통지한 사실(을 제10호증), ④ 이에 원고의 대표이사 봉준석은 2007. 12. 11. 원고와의 사이에 이 사건 토지에 관한 증여계약을 체결하고, 2007. 12. 13. 원고에게 이 사건 토지에 관하여 증여를 원인으로 소유권이전등기를 마쳐주었으며, 원고는 2007. 12. 12. 이 사건 토지를 노인주거복지시설 운영을 목적으로 사용할 것이라는 내용의 취지의 용도확인서를 제출하여 등록세 등을 면제받은 사실, ⑤ 이 사건 토지가 화성남양뉴타운 도시개발사업 부지로 편입됨에 따라 2008. 12. 14.경 한국토지공사에 협의취득된 사실, ⑥ 원고는 2009. 3. 24.경 주사무소 이전에 관한 정관변경인가를 받아 주사무소를 "경기 양평군 양평읍 양근리 422-2 태강빌딩 2층"으로 이전하였으며, 2009. 6. 12. 그 명칭을 현재와 같이 변경한 사실, ⑦ 원고는 2010. 1.경 경기 양평군 청운면 비룡리 263-5 외 7필지 토지 6,107㎡를 취득한 후 2010. 11.경 양평군수로부터 건축허가를 받아 연면적 4,585.06㎡ 규모의 노인복지시설을 건축한 사실 등이 인정된다.

위 인정사실에 의하면 원고는 당초 이 사건 토지를 노인복지시설의 신축 목적으로 취득한 것이 아니라 경기도 양평군에 주사무소를 이전하고 노인복지시설을 신축하기로 계획하면서 그 건립비용을 충당하기 위한 출연재산으로 증여받은 것임이 분명하고, 또한 실제로 취득등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당하며, 이 사건 토지에 관한 보상금을 재원으로 하여 별도의 토지를 취득등기하여 원고의 목적사업에 사용하고 있다고 하더라도 "이 사건 토지"를 목적사업에 직접 사용하고 있다고 볼 수 없다.

따라서 이 사건 토지는 원고가 사회복지사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산이라고 할 수 없고, 실제로 그 용도에 직접 사용되지 않았으므로 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.