토지상에 집합건물이 존재하고 구분소유자가 당해 토지를 사용할 수 있는 권리가 있으며 건물과 분리하여 처분할 수 없다는 일체분가분성을 갖추면 소지 소유권 등이 대지권으로서 성립하는 것이지 대지권 취득이나 그 등기에 의하여 종전 토지 소유권 등과 별개의 권리로서 대지권이 창설되는 것이 아니라고 할 것이므로 대지권 취득을 새로운 취득행위로 보아 취득세 및 농어촌특별세를 부과한 처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 갑 제3호증, 을 제1 내지 5호증, 을 제6호증의 1 내지 8, 을 제7 내지 15호증, 을 제16호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 재건축아파트 건축 경위

원고는

서울 양천구 신정동 128-150 외 8필지 9,649.70㎡(이하 ‘이 사건 구 토지’라 한다) 지상에 재건축아파트를 건립할 목적으로 설립되어 2001. 1. 15. 피고로부터 인가받은 재건축조합으로서(이하 ‘원고 조합’이라 한다), 2001. 9. 10.부터 2003. 5. 28.까지 사이에 조합원들로부터 이 사건 구 토지 각 지분을 신탁받아 원고 조합 명의로 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 신탁등기’라 한다)를 마치고, 재건축사업을 진행한 후 건축된 아파트 일반분양분 78세대와 조합원분양분 152세대에 관하여 2004. 11. 30. 피고로부터 사용승인을 받았으며, 한편 원고 조합 조합원들은 그 무렵 원고 조합에 대하여 이 사건 구 토지에 관한 신탁을 해지하였다.

나. 취득세 부과 경위

원고 조합은 피고에게, 2004. 12. 20. 이 사건 구 토지 중 조합원용 아파트 부속토지를 제외한 나머지 토지로서 일반분양용 아파트 부속토지 3,059.08㎡(이하 ‘이 사건 일반분양용 토지’라 한다)에 관하여 취득일자를 2004. 11. 30.로, 취득원인을 ‘매매’로 기재하고(을 제1호증), 과세표준을 7,188,837,060원으로 산정한 다음, 위 과세표준에 관계법령에 따른 세율을 적용하여 취득세 143,776,740원 및 농어촌특별세 1,826,630원을 각 산출하여 신고한 후, 2004. 12. 30. 이를 자진 납부하였다(신고납부방식의 조세에 있어서 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고하고, 과세관청이 신고납부서를 교부함으로써 확정되는 것이므로, 이하 위 2004. 12. 20.자 취득세 및 농어촌특별세 신고를 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 대지권 등기 경료 경위

그 후 이 사건 구 토지에 관하여 2005. 1. 19. 새로이 지번이 부여되어

서울 양천구 신정동 1309 대 9,649.70㎡(이하 ‘이 사건 신 토지’라 한다)가 되었고, 원고 조합은 같은 날 이 사건 신 토지 중 일반분양분 지분에 관하여 2004. 11. 30. 대지권을 등기원인으로 하여 원고 조합 명의로 대지권 등기를 마침과 동시에 일반분양용 아파트에 관하여 역시 원고 조합 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.

라. 전심절차

원고 조합은 이의신청을 거쳐 2005. 7. 21. 이 사건 처분에 관하여 행정자치부장관에게 심사청구를 하였는데, 행정자치부장관은 2005. 9. 26. 원고 조합의 심사청구를 기각하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 조합의 주장

이 사건 처분은 원고 조합의 신탁에 의한 토지취득이 아닌 재건축아파트에 관한 사용승인 또는 보존등기를 취득으로 보거나, 일반분양분 토지에 대한 대지권 취득을 별도의 새로운 취득으로 보아 과세처분의 대상으로 삼은 것인데 이는 실질적 취득이 없는 행위에 대하여 취득세를 부과한 것이 되어 실질과세 및 형평과세의 원칙에 반하고 따라서 위법하다.

나. 관계법령

별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 이 사건 처분대상이 된 원고 조합의 취득행위

위 인정사실에 의하면, 원고 조합은 취득세 신고시 취득원인인 법률행위를 ‘2004. 11. 30. 매매’로 기재하였고, 한편 피고가 위 날짜에 재건축아파트에 관하여 사용승인 처분을 하였으며, 역시 그 무렵 조합원들이 이 사건 구 토지에 관한 신탁관계를 해지한 점을 알 수 있기는 하나, 앞서 본 다른 사실관계에 의하면 원고 조합이 2004. 11. 30.경 이 사건 일반분양용 토지에 관하여 소유권이전등기의 원인행위가 될만한 어떠한 법률행위를 하지 아니하였음이 분명할 뿐만 아니라, 사용승인은 건물에 대한 것으로

구 지방세법 시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것) 제73조 제4항에 따라 신축건물에 대한 취득일 간주요건에 해당할 뿐 토지에 대한 독립된 취득원인이 될 수 없고, 신탁관계 해지로 이 사건 구 토지에 관하여 당초 신탁등기가 마쳐졌던 원고 조합 명의 중 조합원분양분에 관하여 조합원들에게 그 소유권이전등기 명의가 다시 돌아가고, 그 나머지인 이 사건 일반분양용 토지에 관하여 원고 조합 명의가 그대로 남아 있게 되는 것에 불과하여 조합원들의 신탁관계 해지 또는 신탁관계의 종료로 인하여 원고 조합이 이 사건 일반분양용 토지를 새롭게 취득한다고 보기 어려운 반면, 이 사건 일반분양용 토지에 관한 대지권 등기에 ‘2004. 11. 30. 대지권’을 등기원인으로 기재한 점 등에 비추어 볼 때, 원고 조합은 편의상 취득세 신고시 취득원인을 ‘매매’로 기재하였을 뿐 사실상 대지권 취득을 취득원인으로 삼았고, 이에 따라 피고의 이 사건 처분이 이루어졌다고 봄이 상당하다.

⑵ 원고 조합의 대지권 취득을 취득세 과세대상으로 볼 수 있는지 여부에 관한 판단

부동산등기법 제42조 제4항은 대지권은 ‘집합건물의 소유 및 관리에 관한

법률 제2조 제6호의 대지사용권으로서 건물과 분리하여 처분할 수 없는 것’을 가리킨다고 규정하고, 집합건물의 소유 및 관리에 관한

법률 제2조 제6호는 대지사용권은 ‘집합건물의 구분소유자가 전유부분을 소유하기 위하여 건물의 대지에 대하여 가지는 권리’를 가리킨다고 규정하며, 같은 법률 제20조 제1항은 ‘구분소유자의 대지사용권은 그가 가지는 전유부분의 처분에 따른다.’고 규정하고 있다.

한편, 대지권 등기에 관한 부동산등기법의 규정을 보면,

부동산등기법 제57조 제1항은 ‘표시란에 등기를 함에는 신청서접수의 연월일, 신청서에 기재된 사항으로서 부동산의 표시에 관한 사항을 기재하여야 하며 구분건물에 대지권이 있을 때에는 그 권리의 표시에 관한 사항을 기재하고 등기관이 날인하여야 한다.’고 규정하고 있으며,

제57조의2 제1항은 ‘건물의 등기용지에 대지권의 등기를 한 때에는 그 권리의 목적인 토지의 등기용지 중 해당 구 사항란에 대지권인 취지를 등기하여야 한다.’고 규정하고 있다(어떤 토지가 대지권의 목적이 된다고 하여 토지 등기부가 폐쇄되거나 건물과 토지가 합체되어 1개의 부동산이 되는 것이 아니며, 여전히 토지와 건물이 별개의 물건으로서 각각 권리의 객체가 된다).

위와 같은 법 규정 등에 비추어 볼 때, 대지권은 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 혹은 부동산등기법에 의하여 창설된 별개의 물권이 아니고 집합건물의 대지에 관하여 구분소유자들이 갖고 있는 소유권, 지상권, 전세권, 임차권 등 권리를 가리키는 것이되, 어떤 토지가 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 소정의 대지권 성립 요건을 갖추면 그때부터는 그 권리의 처분을 전유부분과 분리하여 할 수 없도록 하고 이를 등기부에 공시하기 위하여 대지권이라는 별도의 이름으로 부르는 것이라고 보아야 한다.

따라서, 토지상에 집합건물이 존재하고 구분소유자가 당해 토지를 사용할 수 있는 권리가 있으며 건물과 분리하여 처분할 수 없다는 일체불가분성(구분소유자들 사이에 별다른 규약이 없으면 집합건물의 소유 및 관리에 관한

법률 제20조 제2항에 의하여 당연히 일체불가분성은 갖추어 진다고 본다)을 갖추면 토지 소유권 등이 대지권으로서 성립하는 것이지, 대지권 취득이나 그 등기에 의하여 종전 토지 소유권 등과 별개의 권리로서 대지권이 창설되는 것이 아니라 할 것이다.

그 뿐만 아니라,

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제110조 제1호에 의하면 주택조합이 조합원으로부터 토지를 신탁받은 경우 일반분양용 토지에 관하여 취득세 납세의무가 성립하게 되는데, 이때 일반분양용과 조합원용 토지의 구별이 곤란하여 토지 신탁취득에 대한 과세가 사실상 어렵다면, 조합원용 토지와 일반분양용 토지의 구별이 가능해진 이후에 그 구분이 명확해지는 것을 해제조건으로 하여 구체적인 신탁등기일을 과세기준 시점으로 삼아, 해당 토지에 관하여 신탁등기로 인한 취득에 대하여 취득세를 부과하는 것이 가능하다고 할 것인바, 이와 달리 이 사건처럼 대지권 취득을 새로운 취득행위로 보고 그 대지권 취득시점을 기준으로 취득세를 부과할 수는 없으므로, 결국 피고가 원고 조합의 신고에 따라 그 대지권 취득을 취득세 과세대상으로 삼아 취득세 및 이에 대한 부가세인 농어촌특별세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 피고의 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고 조합의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.