국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산은 취득세 및 등록세가 면제된다. 따라서 취득세 및 등록세 면제대상인 아파트 및 상가에 대한 취득세 및 등록세 등의 부과처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

다음의 각 사실은 갑 제1 내지 9호증의 각 기재(가지번호 있는 경우, 각 가지번호 포함)와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 전신인 대한주택공사와 한국토지공사가 2009. 10. 1. 합병되어 설립된 공법인이다.

나. 제주도는 2004. 8. 4. 제주도 북제주군 애월읍

하귀1리 166 일대 401,014㎡를 도시개발구역으로 지정한 후, 2006. 3. 15. 실시계획을 수립하여 이를 고시하였다.

다. 정부투자기관인 대한주택공사는 2006. 12. 20. 건설교통부장관에게 제주 하귀1지구 도시개발지구에 기금지원임대주택 150호, 민간임대주택 95호 등 합계 245호의 공공주택을 건설하는 내용의 주택건설사업계획을 작성하여 제출하였다.

라. 건설교통부장관은 2007. 3. 16. 제주도에 임대주택 1,452호, 국민임대주택 1,152호, 공공임대주택 300호, 분양주택 2,500호, 민영주택 2,500호 등 합계 3,952호의 공동주택을 건설하는 내용의 2007년도 시ㆍ도별 주택종합계획을 확정하였다.

마. 대한주택공사는 2008. 10. 27. 제주특별자치도지사로부터 제주시 하귀1리 제주하귀도시 개발사업지구 37-1 블록상 공공임대아파트의 건축규모를 6동 246세대로, 55-1 블록상 공공분양아파트의 건축규모를 10동 445세대로 변경하는 내용으로 사업계획변경승인을 받았다.

바. 원고는 위 마.항의 각 아파트 및 상가 건물을 신축한 뒤, 각 건물에 관한 소유권보존등기를 함에 있어

구 지방세법 제289조 제1항의 규정에 따라 피고에게 지방세 감면신청을 하였으나, 피고는 위 각 아파트 및 상가 건물이

구 지방세법 제289조 제1항이 규정하고 있는 취득세 등의 감면대상이 아니라는 이유로 원고에게 2010. 10. 12. ① 제주시 애월읍

하귀1리 167 건물 63,494.72㎡(이하 ‘이 사건 제1아파트’라 한다)에 관하여 취득세 1,565,999,080원, 등록세 626,399,630원, 지방교육세 125,279,920원의, ② 제주시 애월읍

하귀1리 167 건물 262.48㎡(이하 ‘이 사건 제1상가’라 한다)에 관하여 취득세 8,227,300원, 등록세 3,290,920원, 지방교육세 658,180원, 농어촌특별세 822,730원의 각 부과처분을, 2010. 10. 14. ③ 제주시 애월읍

하귀1리 166-1 건물 37,224.25㎡(이하 ‘이 사건 제2아파트’라 한다)에 관하여 취득세 852,921,940원, 등록세 341,168,770원, 지방교육세 68,233,750원의, ④ 제주시 애월읍

하귀1리 166-1 건물 168.65㎡(이하 ‘이 사건 제2상가’라 한다)에 관하여 취득세 6,212,040원, 등록세 2,484,810원, 지방교육세 496,960원, 농어촌특별세 621,200원의 각 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

사. 원고는 2011. 1. 5. 이 사건 각 처분에 대하여 이의신청을 하였으나 2011. 2. 23. 기각결정을 받았다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

피고는 관계법령 및 처분사유를 들어 이 사건 각 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 이 사건 각 아파트 및 상가는 ‘국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산’에 해당되므로,

구 지방세법 제289조 제1항의 규정에 따라 취득세 및 등록세의 감면대상이고, 구 지방세법 및 농어촌특별세법 규정에 따라 지방교육세와 농어촌특별세의 면제대상이므로, 이 사건 각 처분은 모두 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 각 아파트 및 상가가 취득세 및 등록세의 감면대상인지 여부

1) 건설교통부장관의 주택종합계획 및 원고의 주택건설사업계획이 국가 또는 지방자치단체의 계획에 해당되는지 여부

먼저, 원고가 신축한 이 사건 각 아파트 및 상가가

구 지방세법 제289조 제1항이 규정한 감면대상이 되기 위해서는 그 근거가 된 2007년도 주택종합계획 및 주택건설사업계획이 ‘국가 또는 지방자치단체의 계획’에 해당되어야만 한다.

살피건대, 대한주택공사가 2006. 12. 20. 건설교통부장관에게 제주 하귀1지구 도시개발지구에 기금지원임대주택 150호, 민간임대주택 95호 등 합계 245호의 공동주택을 건설하는 내용의 주택건설사업계획서를 작성하여 제출한 사실, 건설교통부장관은 위 주택건설사업계획의 내용을 반영하여 제주특별자치도에 임대주택 1,452호, 국민임대주택 1,152호, 공공임대주택 300호, 분양주택 2,500호, 민영주택 2,500호 등 합계 3,952호의 공동주택을 건설하는 내용의 ‘2007년도 시ㆍ도별 주택종합계획’을 수립ㆍ확정하여 2007. 3. 16. 원고에게 통보한 사실을 앞서 본 바와 같은바, 위 각 인정사실에 더하여

구 주택법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제7조가 건설교통부장관이 국민의 주거안정과 주거수준의 향상을 도모하기 위하여 국민주택ㆍ임대주택의 건설 및 공급에 관한 사항이 포함된 주택종합계획을 수립ㆍ시행하여야 한다고 규정하고 있는 점,

구 주택법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20722호로 개정되기 전의 것) 제8조는

구 주택법 제7조 제4항의 규정에 의하여 소관별 계획서의 제출을 요청받은 관계 행정기관의 장 및 시ㆍ도지사는 매년 12월말까지 다음 연도의 주택종합계획에 반영되어야 할 정책 및 사업에 관한 소관별 계획서를 작성하여 건설교통부장관에게 제출하여야 하며, 정부투자기관 관리기본법에 의한 정부투자기관(이하 "정부투자기관"이라 한다)의 장은 주택을 건설하고자 하거나 그 소속직원을 위하여 주택을 건설ㆍ공급하고자 하는 때에는 건설교통부령이 정하는 바에 따라 주택건설사업계획을 작성하여 매년 12월말까지 건설교통부장관에게 제출하여야 한다고 규정하고 있는 점 등을 아울러 고려하여 보면, 이 사건 각 아파트 및 상가의 신축과 관련된 건설교통부장관의 2007년도 주택종합계획은 법 규정에 따른 구체적인 행정계획으로 국가의 계획에 해당된다고 할 것이고, 그에 민간부문이 포함되어 있다고 하여 이를 달리 볼 것은 아니며, 원고의 주택건설사업계획이 건설교통부장관의 위 주택종합계획에 반영된 이상 원고의 주택건설사업계획 역시 건설교통부장관의 주택종합계획에 편입되어 국가계획의 일부가 되었다고 봄이 상당하다.

2) 이 사건 각 아파트 및 상가가 ‘일시 취득하는 부동산’에 해당되는지 여부

다음으로,

구 지방세법 제289조 제1항은 ‘일시 취득하는 부동산’에 한하여 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고 있으므로, 이 사건 각 아파트 및 상가를 원고가 일시 취득한 부동산으로 볼 수 있는지 여부가 문제된다.

가) 이 사건 제1아파트 및 제1상가

이 사건 제1아파트가 공공분양아파트인 점, 원고의 주택(복리시설 포함) 건설 및 공급 사업은

구 지방세법 제289조 제1항에 규정된 대통령령이 정하는 사업의 범위에 포함되는 점은 앞서 본 바와 같고, 공공분양아파트는 분양을 목적으로 신축되는 것인바, 원고로서는 이 사건 제1아파트 및 제1상가를 신축한 후 분양될 때까지 잠정적ㆍ임시적으로 이를 소유하는 것에 불과하므로, 이 사건 제1아파트 및 제1상가는 원고가 일시 취득하는 부동산에 해당된다.

나) 이 사건 제2아파트 및 제2상가

이 사건 제2아파트가 공공임대아파트인 점, 원고의 주택(복리시설 포함) 건설, 공급 및 임대 사업은 모두

구 지방세법 제289조 제1항에 규정된 대통령령이 정하는 사업의 범위에 포함되는 점은 앞서 본 바와 같다.

다만, 이 사건 제2아파트의 경우 분양을 목적으로 한 것이 아니라 10년의 임대기간이 지나면 임차인에게 감정평가액으로 분양전환해 주는 공공임대아파트라는 점에서, 원고가 이를 ‘일시 취득’하였다고 볼 수 있는지 여부가 문제가 된다.

살피건대, ① 원고가 이 사건 제2아파트를 신축한 것은 장기 임대주택을 확보하여 무주택 서민의 주거안정을 도모하려는 정부의 정책에 따른 것인 점, ② 위 공공임대주택의 임대기간인 10년은

임대주택법 제 제16조 제1항 제3호가 정하고 있는 임대의무기간으로 보이는 점, ③

구 지방세법 제289조 제1항의 입법 취지는 국가 등이 공공사업으로 시행하여야 할 사항을 원고 등으로 하여금 대행하도록 한 경우 당해 사업용 부동산에 대하여 취득세 등을 면제함으로써 당해 공공사업을 지원하고자 하는 데 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 공공임대주택을 계속 보유하는 것이 아니라 10년 임대 후 분양전환을 예정하고 있는 이상 비록 임대기간이 10년의 장기라 하더라도

구 지방세법 제289조 제1항이 규정한 ‘일시 취득하는 부동산’에 해당한다고 봄이 상당하다.

따라서, 이 사건 제2아파트 및 제2상가 역시 원고가 일시 취득하는 부동산에 해당된다.

3) 소결

따라서, 이 사건 각 아파트 및 상가는 원고가 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 해당되므로,

구 지방세법 제289조 제1항에 따라 위 각 건물에 대한 취득세 및 등록세는 면제된다.

라. 이 사건 각 아파트 및 상가가 농어촌특별세 및 지방교육세의 감면대상인지 여부

살피건대, 지방교육세는 등록세 등의 납세의무자에게 부과되는 세금인 점,

구 지방세법 제289조 제1항의 규정에 따라 취득세가 감면되는 경우에는 농어촌특별세 역시 감면되는 점은 앞서 나.항에서 본 바와 같고, 이 사건 각 아파트 및 상가가

구 지방세법 제289조 제1항에 따른 취득세 및 등록세 면제대상임은 앞서 다.항에서 본 바와 같으므로, 이 사건 각 아파트 및 상가에 대한 농어촌특별세 및 지방교육세 역시 면제된다.

마. 소결론

따라서, 이 사건 각 아파트 및 상가는 취득세, 등록세, 농어촌특별세 및 지방교육세의 면제대상임에도, 이와는 다른 전제에서 위 각 건물에 대하여 세금을 부과한 이 사건 각 처분은 모두 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.