상고이유를 판단한다.

1. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제2항은 부동산의 취득에 관하여 민법 등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 여기서 ‘사실상 취득’이란 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말한다(대법원 2001. 2. 9. 선고 99두5955 판결 등 참조). 한편 ·국토의 계획 및 이용에 관한 법률·에 의한 토지거래계약허가구역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 지급한 경우, 비록 그 매매계약이 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 효력이 발생하지 아니하지만, 그 후 허가를 받거나 그 토지가 토지거래계약허가구역에서 해제되었다면 그 매매계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로, 취득세 부과에 있어서의 토지의 취득시기는 잔금지급일로 보아야 할 것이다.

2. 원심은, 주식회사 0000은 00 0동 도시개발사업을 추진하기 위하여 토지거래계약허가구역 내에 있는 00시 00구 0동 산61-16 일대 토지 196,360.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’)를 매수하는 내용의 매매계약을 체결하고, 2006. 12. 29.부터 2007. 4. 19.까지 매도인에게 잔금 총 177,107,748,105원을 지급한 사실, 원고는 주식회사 0000의 발행주식 74,000주 중 37,740주를 취득하여 51%의 지분을 소유한 대주주였는데, 2007. 10. 9. 추가로 22,260주를 취득하여 총 60,000주, 지분으로는 81.08%를 소유하게 된 사실, 주식회사 0000은 이 사건 토지 중 일부에 대하여는 2009. 1. 8.과 2009. 1. 30.에 토지거래계약허가를 받았고, 그 나머지 부분은 2009. 1. 30. 토지거래계약허가구역에서 해제된 사실을 인정하였다.

원심은, 위 인정사실에 터 잡아 피고가 구 「지방세법」제105조 제6항 등에 따라 주식회사 0000의 과점주주인 원고가 2007. 10. 7. 주식 22,260주를 추가로 취득함으로써 당시 주식회사 0000이 잔금 지급을 완료해 놓은 이 사건 토지 중 증가된 주식의 비율 30.08% 만큼을 취득한 것으로 간주된다고 보고 원고에 대해 취득세 등을 부과ㆍ고지한 이 사건 처분에 대하여, 그 판시와 같은 이유를 들어 주식회사 0000은 원고가 주식을 추가로 취득한 2007. 10. 9. 이후로서 토지거래계약허가 또는 토지거래계약허가구역 해제 무렵인 2009. 1.경 이 사건 토지를 취득하였다고 보아야 하고, 따라서 이 사건 토지의 취득에 대하여는 구 「지방세법」제105조 제6항이 적용되지 않는다고 판단하였다.

3. 그러나 원심이 인정한 위와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 보면, 주식회사 0000이 이 사건 토지를 취득함에 따른 취득세 부과에 있어서는 그 취득시기는 주식회사 0000이 그 매매 잔대금을 지급한 날로 보아야 하므로, 주식회사 0000의 과점주주인 원고가 주식회사 0000의 발행주식 중 22,260주를 추가로 취득한 2007. 10. 7. 당시에는 이미 주식회사 0000이 이 사건 토지를 취득한 상태에 있었다고 보아야 할 것이다.

그럼에도 불구하고 원심은 과점주주인 원고가 주식회사 0000의 발행주식을 추가로 취득한 이후에 주식회사 0000이 이 사건 토지를 취득하였다고 보아야 한다는 이유로 이 사건 토지의 취득에는 구 「지방세법」제105조 제6항이 적용되지 않는다고 판단하였으니, 원심판결에는 토지거래계약허가구역 내의 토지 취득에 따른 취득세에 있어서 그 취득시기에 관한 법리를 오해한 위법이 있고, 이러한 위법은 판결에 영향을 미쳤음이 분명하다. 이를 지적하는 취지의 상고이유 주장은 이유 있으므로, 나머지 상고이유 주장에 대하여 나아가 판단을 할 필요 없이 원심판결은 파기를 면할 수 없다.

4. 이에 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2012. 7. 11. 선고 2012누4144 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한 다. 피고가 2010. 12. 15. 원고에게 한 취득세 1,640,735,770원 부과처분 중 본세 1,065,482,030원, 농어촌특별세 164,073,570원 부과처분 중 본세 106,548,200원을 취소한다.

2. 피고가 한 항소를 기각한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

【이 유】

1. 처분 경위

가. 주식회사 0000은 주택건설 및 부동산 분양업을 목적사업으로 하여 설립된 회사로서, 00 0동 도시개발사업(이하 ’이 사건 사업‘이라고 한다)을 추진하기 위하여 토지거래계약 허가구역 내에 있는 00시 00구 0동 산 61-16일대 토지 196,360.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 매수하는 내용의 매매계약을 체결하고, 2006. 12. 29.부터 2007. 4. 19.까지 매도인에게 잔금 총 177,107,748,105원을 지급하였다.

나. 원고는 2006. 3. 31. 주식회사 0000의 발행주식 74,000주 중 37,740주를 취득하여 51%의 지분을 소유하는 대주주였는데, 2007. 10. 9. 추가로 22,260주(지분 30.08%)를 취득하여 총 60,000주, 지분으로는 81.08%를 소유하게 되었다.

다. 주식회사 0000은 이 사건 토지 중 00시 00구 0동 650-3 토지 등 일부에 대하여는 2009. 1. 8.에, 같은 동 653-2 토지 등 일부에 대하여는 2009. 1. 30.에 토지거래계약 허가를 받았고, 나머지 토지들은 2009. 1. 30. 국토해양부 공고 제2009-48호로 토지거래계약 허가구역에서 해제되었다.

라. 피고는 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제6항, 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제2항에 따라 주식회사 0000의 과점주주인 원고가 2007. 10. 9. 추가로 주식 22,260주를 취득함으로써 당시 회사가 잔금지급을 완료해 놓은 이 사건 토지 중 증가된 주식의 비율 30.08% 만큼을 취득한 것으로 보고, 2010. 12. 15. 원고에게 53,274,101,629원을 과세표준으로 하여 취득세 1,640,735,770원(= 본세 1,065,482,030원 + 가산세 575,253,740원), 농어촌특별세 164,073,570원(= 본세 106,548,200원 + 가산세 57,525,370원) 합계 1,804,809,340원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). 이 사건 처분 당시 가산세는 취득세 신고기한이 원고의 주식 추가취득일인 2007. 10. 9.로부터 30일 후인 2007. 11. 8.이라는 것을 전제로 계산되었다.

【인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1에서 6호증, 을 제1, 2호증의 기재, 변론 전체의 취지】

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고가 한 주장

1) 토지거래계약 허가구역 내의 토지를 매수하고 잔금을 지급한 후 토지거래계약 허가를 받거나 토지거래계약 허가구역에서 해제된 경우, 취득세법상 취득시기는 잔금지급일이 아니라 토지거래계약 허가일 또는 토지거래계약 허가구역 해제일로 보아야 한다. 따라서 주식회사 0000이 이 사건 토지를 취득한 시기는 원고가 회사 주식을 추가로 취득한 이후로서 토지거래계약 허가일 또는 토지거래계약 허가구역 해제일인 2009. 1.경으로 보아야 하므로, 원고가 한 주식 취득은 구 「지방세법」제105조 제6항에서 정한 과세대상이 아니다. 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 주식회사 0000은 이 사건 토지를 국가 또는 지방자치단체에 귀속 또는 기부채납할 것을 조건으로 취득하였다. 따라서 이 사건 토지 취득은 구 「지방세법」제106조 제2항에 따라 취득세 비과세대상이다. 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

3) 구 「지방세법」제105조 제6항은 ‘법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때’ 취득세를 부과한다고 규정하고 있다. 위 규정은 문언상 과점주주가 아닌 자가 주식을 취득하여 최초로 과점주주가 된 경우만을 과세대상으로 보는 것인데, 구 「지방세법 시행령」제78조 제2항은 이미 과점주주인 자가 주식의 비율을 증가시킨 경우까지 과세대상으로 하고 있으므로, 모법의 위임을 벗어나 무효이다. 따라서 무효인 위 시행령 조항을 근거로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

4) 설령, 이 사건 토지의 취득시기를 잔금지급일로 보더라도, 토지거래계약 허가일을 기준으로 과세하는 것이 과세관청의 실무였던 점 등에 비추어 보면, 원고가 취득세를 신고·납부하지 않고 있었던 데에는 정당한 사유가 있다. 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

토지거래계약 허가구역 내에 있는 토지를 매수하고 잔금을 지급한 후 토지거래계약 허가를 받거나 토지거래계약 허가구역에서 해제된 경우, 그 토지 취득시기는 토지거래계약 허가를 받거나 토지거래계약 허가구역에서 해제된 때라고 보아야 한다. 따라서 주식회사 0000은 원고가 회사 주식을 추가로 취득한 2007. 10. 9. 이후로서 토지거래계약 허가 또는 토지거래계약 허가구역 해제 무렵인 2009. 1.경 이 사건 토지를 취득하였으므로, 이 사건 토지 취득에는 구 「지방세법」제105조 제6항이 적용되지 않는다. 따라서 이 사건 처분은 원고가 한 나머지 주장을 살필 필요 없이 위법하다. 그 이유는 다음과 같다.

1) 구 「지방세법」제105조 제2항에 의하면 부동산 취득에서 민법 등 관계법령 규정에 의한 등기 등을 이행하지 않은 경우라도 사실상 취득한 때에는 이를 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, ‘사실상 취득’이란 등기와 같은 소유권 취득에 관한 형식상 요건을 갖추지는 못하였으나 대금 지급과 같은 소유권 취득을 위한 실질상 요건을 갖춘 경우를 말하고(대법원 2001. 2. 9. 선고 99두5955 판결 참조), 국토의 계획 및 이용에 관한 법률상 토지거래계약 허가구역 안에 있는 토지에 관한 매매계약 등 거래계약은 관할 관청의 허가를 받아야만 효력이 발생하며 허가를 받기 전에는 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 아니하여 무효이다. 매수인이 대금을 전액 지급하였다 하더라도 토지거래계약 허가를 받지 아니한 상태에서는 소유권 이전 청구도 하지 못하므로 토지를 취득한 것이 아니다(소유권 이전 청구를 할 수 있는데도 형식상 요건인 소유권 이전 청구를 하지 않는 것과 다르다).

2) 매매계약이 토지거래계약 허가를 받지 아니하여 무효인 상태에 있다면 그 대금 전액이 먼저 지급되었다 하더라도 아직은 취득세의 과세대상인 취득이 존재하지 않으므로 매수인에게 취득세의 신고·납부의무가 발생하였다고 할 수 없고, 토지거래계약 허가를 받거나 토지거래계약 허가구역에서 해제된 이후에야 취득세의 과세대상인 취득이 인정되어 취득세 부과가 가능하므로, 이 경우 구 「지방세법」제120조 제1항에서 취득세 신고·납부의무의 발생일로 정한 ‘취득한 날’은 그 계약이 확정적으로 유효하게 된 토지거래계약 허가일 또는 토지거래계약 허가구역 해제일로 보는 것이 타당하다.

3) 구 「지방세법」제120조 제1항은 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일 이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있다. 피고 주장과 같이 잔금을 지급한 날을 취득시기로 보는 경우, 매수인은 토지거래계약 허가를 받을 수 있는지가 확실하지 않은 상태에서 취득세를 신고·납부하여야 하는 결론에 이르게 되어 부당하다. 또, 피고 주장과 같이 해석하는 경우, 사실상 과세관청은 이 사건과 같이 토지거래계약 허가를 받게 된 이후 취득시기를 잔금지급일로 보아 소급하여 과세하게 될 것인데, 잔금을 지급한 날과 토지거래계약 허가를 받게 된 날이 5년 이상 차이가 나는 경우에는 제척기간 도과로 취득세 부과처분을 할 수 없게 된다는 점에서도 부당하다(대법원 2003. 7. 8. 선고 2001두9776 판결 등 참조).

4) 소득세법 제105조 제1항 제1호에서는 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약 허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세과세표준 예정신고를 하도록 규정하고 있다. 취득세의 경우에도 토지거래계약 허가를 받은 날을 기준으로 취득세를 신고하도록 하는 것이 위 소득세법 규정의 취지와 맞다.

3. 결론

제1심 판결 중 취득세와 농어촌특별세 본세 부분에 관한 원고 패소 부분을 취소하고, 이 사건 처분 중 취득세와 농어촌특별세 본세 부분을 취소한다. 피고가 한 항소를 기각한다.

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【하급심-수원지방법원 2011. 12. 22. 선고 2011구합3051 판결】

【주 문】 처분청일부승소

1. 피고가 2010. 12. 15. 원고에 대하여 한 취득세 1,640,735,770원 중 가산세 575,253,740원의 부과처분, 농어촌특별세 164,073,570원 중 가산세 57,525,370원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 2/3는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이 유】

1. 처분의 경위

가. 주식회사 0000은 주택건설 및 부동산 분양업을 목적사업으로 하여 설립된 회사로서, ‘00 0동(동진원) 도시개발사업(이하 ’이 사건 사업‘이라고 한다)’을 추진하기 위하여 토지거래허가구역 내에 위치한 00시 00구 0동 산61-16 일대 토지 196,360.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 매수하는 내용의 매매계약을 체결하고, 2006. 12. 29.부터 2007. 4. 19.까지 사이에 그에 따른 잔금 총 177,107,748,105원을 지급하였다.

나. 원고는 2006. 3. 31. 주식회사 0000의 발행주식 74,000주 중 37,740주를 취득하여 51%의 지분을 소유하는 대주주였는데, 2007. 10. 9. 추가로 22,260주(지분 30.08%)를 취득하여 총 60,000주, 지분으로는 81.08%를 소유하게 되었다.

다. 주식회사 0000은 이 사건 토지 중 00시 00구 0동 650-3 토지 등 일부에 대하여는 2009. 1. 8.에, 같은 동 653-2 토지 등 일부에 대하여는 2009. 1. 30.에 각 토지거래허가를 받았고, 나머지 토지들은 2009. 1. 30. 토지거래허가구역에서 국토해양부 공고 제2009-48호로 해제되었다.

라. 피고는 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제6항, 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제2항에 따라 주식회사 0000의 과점주주인 원고가 2007. 10. 9. 추가로 주식 22,260주를 취득함으로써 당시 위 회사가 잔금지급을 완료해 놓은 이 사건 토지 중 증가된 주식의 비율 30.08% 만큼을 취득한 것으로 보고, 2010. 12. 15. 원고에게 이 사건 토지의 총 가액인 177,107,748,105원 중 30.08%인 53,274,101,629원을 과세표준으로 하여 취득세 1,640,735,770원(= 본세 1,065,482,030원 + 가산세 575,253,740원), 농어촌특별세 164,073,570원(= 본세 106,548,200원 + 가산세 57,525,370원)합계 1,804,809,340원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장

(1) 토지거래허가구역 내 토지의 취득시기 관련 주장

토지거래허가구역 내에 있는 토지에 관한 매매계약은 토지거래허가를 받기 전까지는 무효이므로 매수인이 해당 토지를 취득하였다 볼 수 없고(사실상 취득하였다고도 할 수 없다), 그에 따른 취득세를 신고납부할 지위에 있지도 않다.

또한, 토지거래허가가 있기 이전에 매수인이 잔금을 지급하였다 하더라도 이는 무효인 매매계약에 따른 대금지급이어서 매도인이 대금을 보관하고 있다고 보아야 할 뿐, 이를 취득세에 있어서 취득시기를 규정하고 있는 「지방세법 시행령」제73조 제1항 제1호, 제2호 소정의 ‘잔금지급’이라고 볼 수 없다.

취득은 거래상대방의 양도를 전제로 하는 것인데, ‘매매계약이 토지거래계약허가를 받지 아니하여 무효의 상태에 있다면 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도에 해당한다거나 자산의 양도로 인한 소득이 있다고 할 수 없다’는 대법원 2000. 10. 27. 선고 98두13492 판결이나, 양도소득세 부과의 제척기간과 관련하여 ‘토지거래허가구역의 지정이 해제되는 등의 사유로 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 때에 양도인에게 비로소 자산의 양도로 인한 소득이 있게 된다‘는 대법원 2003. 7. 8. 선고 2001두9776 판결의 내용에 비추어 보면, 취득세의 취득시기를 유동적 무효 상태에서의 잔금지급일로 보는 것은 위 양도소득세에서의 법리와도 논리적으로 부합하지 않는다.

나아가, 과세관청도 토지거래허가구역 내의 토지 취득일을 토지거래허가일로 보아 왔다.

위와 같은 제반사정을 고려할 때, 토지거래허가구역 내의 토지를 매수하고 잔금을 지급한 후 토지거래허가를 받거나 토지거래허가구역에서 해제된 경우, 취득세법에서의 취득시기는 잔금지급일이 아닌, 토지거래허가일 내지 토지거래허가구역 해제일로 보아야 한다. 따라서 이 사건에서 주식회사 0000이 이 사건 토지를 취득한 시기는 원고가 위 회사의 주식을 추가로 취득한 이후로서 토지거래허가일 내지 토지거래허가구역 해제일인 2009. 1.경으로 보아야 하므로, 원고는 「지방세법」제105조 제6항 소정의 과세대상이 아니라 할 것임에도, 이와 반대의 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 기부채납 조건부 취득이어서 비과세라는 주장

아울러 주식회사 0000은 이 사건 토지를 국가 또는 지방자치단체에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 것이어서 「지방세법」제106조 제2항에 따라 취득세 비과세대상인바, 주식회사 0000에 대한 과세를 전제로 한 과점주주의 간주취득세 납무의무 또한 비과세대상으로 보아야 한다.

(3) 「지방세법 시행령」제78조 제2항 무효 주장

「지방세법」제105조 제6항은 ‘법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때’ 취득세를 부과한다고 규정하고 있는바, 이는 문언상 과점주주가 아닌 자가 주식을 취득하여 최초로 과점주주가 된 경우만을 의미한다 할 것인데, 위 시행령 제78조 제2항은 이미 과점주주인 자가 주식의 비율을 증가시킨 경우까지 과세대상으로 하고 있으므로, 모범의 위임을 벗어난 것으로 무효이다. 따라서 무효인 위 시행령을 근거로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

(4) 가산세 부과의 위법 주장

가사, 취득시기를 잔금지급일로 보더라도, 토지거래허가일을 기준으로 과세하는 것이 지금까지의 과세관청의 실무이었던 점 등에 비추어 보면, 원고가 취득세를 신고·납부하지 않고 있었던 데에는 정당한 사유가 있다 할 것이므로, 적어도 이 사건 처분 중 가산세를 부과한 부분이라도 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 토지거래허가구역 내 토지의 취득시기 관련 주장에 관하여

결론적으로 토지거래허가구역 내에 있는 토지를 매수하고 잔금을 지급한 후 토지거래허가를 받거나 토지거래허가구역에서 해제된 경우라도 아래와 같은 이유에서 취득세를 부과함에 있어 토지의 취득시기는 잔금지급일로 보아야 하므로, 원고는 주식회사 0000이 이 사건 토지를 취득한 후 위 회사의 주식을 추가로 취득하였다 할 것이어서 원고는 「지방세법」제105조 제6항 소정의 간주취득세의 납세의무자에 해당하고, 이에 반하는 원고 주장은 받아들일 수 없다.

(가) 「지방세법」제105조 제2항은, 부동산은 관계법령의 규정에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 이를 취득한 것으로 본다고 규정하여 사법상 완전한 소유권 취득을 전제로 하지 않음을 알 수 있는바, 이 같은 사법상 효력과 세법 해석 사이의 비정합성에 비추어 볼 때, 해당 부동산이 토지거래허가구역 내에 있어 그 매매의 사법상 효력이 유동적 무효라는 이유만으로 취득세에 있어서의 취득이 없다고 해석할 수는 없다.

(나) 더욱이, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조), 위 지방세법의 위임에 따라 제정된 「지방세법 시행령」제73조 제1항은 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일 또는 그 계약상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 토지거래허가구역 내의 토지의 취득의 경우에도 그 문언대로 사실상 또는 계약상의 잔금지급일을 취득시기로 보는 것이 위 법리에도 부합한다.

(다) 국토이용관리법상 토지거래허가구역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 잔금을 지급한 다음 허가를 받은 경우에, 비록 그 매매계약은 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 소유권 등 권리의 이전에 관한 계약의 효력이 전혀 발생하지 아니하지만 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로, 취득세 중과대상이 되는 법인의 비업무용 토지의 취득시기는 「지방세법 시행령」제73조 제1항의 규정에 의하여 계약상 또는 사실상의 잔금지급일로 보아야 하는바(대법원 2000. 6. 27. 선고 98두3174 판결 참조), 이는 토지거래허가구역 내에 있는 법인의 비업무용 토지의 취득시기에 대한 설시이기는 하지만, 이 사건과 같이 토지거래허가구역 내에 있는 일반적인 토지에 관한 취득시기를 판단하는 데에도 그 기준이 된다고 봄이 상당하고, 위와 같은 법리는 잔금을 지급한 다음 토지거래허가를 받은 경우 뿐 아니라 토지거래허가구역이 해제된 경우에도 마찬가지로 볼 것이다.

(라) 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용, 수익, 처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것이다(대법원 1995. 1. 24. 선고 94누10627 판결 참조). 이러한 점에서 취득세의 취득시기가 양도소득세에 있어서 양도로 인한 소득이 실현되는 시기와 같아야 하는 것은 아니므로, 원고가 들고 있는 양도소득세 관련 대법원 판결들은 이 사건에서 취득시기를 정하는 기준을 제시하는 것이라 할 수 없다. 오히려, 대법원 1997. 6. 27. 선고97누5145호 판결에 의하면 "국토이용관리법상 토지거래허가지역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 청산한 다음 허가를 받아 소유권이전등기를 마친 경우에, 비록 그 매매계약은 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 소유권 등 권리의 이전에 관한 계약의 효력이 전혀 발생하지 아니하지만 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로, 양도소득 산정의 기준이 되는 토지의 양도시기는 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것) 제27조 및 구 소득세법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14083호로 개정되기 전의 것) 제53조 제1항의 각 규정에 의하여 등기접수일이 아니라 대금청산일이다"라고 판시하고 있다(이에 의하면 잔금지급후 허가를 받은 토지거래허가구역 내 토지의 매매에 있어서 양도시기와 취득시기는 모두 잔금지급일이 되어 서로 일치하게 된다).

(마) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률상의 토지거래허가를 받지 않아 거래계약이 유동적 무효의 상태에 있는 경우 그와 같은 유동적 무효 상태의 계약은 관할 관청의 불허가처분이 있을 때뿐만 아니라 당사자 쌍방이 허가신청협력의무의 이행거절 의사를 명백히 표시한 경우에는 허가 전 거래계약관계, 즉 계약의 유동적 무효 상태가 더 이상 지속된다고 볼 수 없고 그 계약관계는 확정적으로 무효가 된다고 할 것이고, 그와 같은 법리는 거래계약상 일방의 채무가 이행불능임이 명백하고 나아가 그 상대방이 거래계약의 존속을 더 이상 바라지 않고 있는 경우에도 마찬가지이다(대법원 2010. 8. 19. 선고 2010다31860, 31877 판결 참조). 그런데 대개의 경우 계약당사자의 의사는 장래 토지거래허가를 받아 매매계약이 유효하게 되기를 바랄 것이고, 실제로도 이 사건에서처럼 대부분 나중에 토지거래허가를 받아 매매계약이 소급하여 유효하게 될 것으로 보이며, 위와 같이 무효가 되는 것은 예외적인 경우이므로, 토지거래허가를 받기 전이라도 원칙대로 잔금을 지급한 때에 매수인에게 취득세의 납세의무가 발생한다고 보는 것이 특별히 불합리하다고 볼 수도 없다.

(2) 「지방세법 시행령」제78조 제2항 무효 주장에 관하여

「지방세법」제105조 제6항은 문언적으로 과세요건인 ‘법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때’를 규정함에 있어 그 주어를 ‘과점주주가 아닌 자’로 특정하여 그 범위를 한정하고 있지 않을 뿐 아니라, 「지방세법」제105조 제6항이 법인의 과점주주에 대하여 그 법인의 재산을 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것은 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 되면 당해 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 취득하는 것과 다를 바 없으므로 그 과점주주에게 담세력이 있다고 보았기 때문인데, 이 같은 취지를 고려해 보면 이미 과점주주였던 자라도 주식을 추가로 취득하였다면 그 증가분만큼 법인의 재산을 추가 취득하였다고 볼 수 있으므로, 이미 과점주주인 자가 주식의 비율을 증가시킨 경우도 과세대상에 해당할 수 있음을 충분히 예측할 수 있다 할 것이어서 「지방세법 시행령」제78조 제2항은 모법의 위임을 벗어난 것이라 할 수 없다. 따라서 이에 반하는 원고 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 기부채납 등 조건 관련 비과세 주장에 관하여

「지방세법」제106조 제2항은 "국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다"고 규정하고 있고, 지방자치단체장이 도시개발사업의 실시계획을 인가·고시할 무렵에 기부채납의 대상이 되는 공공시설용지의 위치나 면적이 어느 정도 특정되고, 구체적으로 공공시설용지로 편입된 토지에 관하여 기부채납을 하도록 승인조건을 부과한 때 비로소 기부채납에 대한 의사의 합치가 있었던 것으로 볼 수 있으므로, 그 실시계획의 인가·고시 이후에 취득하는 토지만이 「지방세법」제106조 제2항 소정의 취득세 비과세대상이 된다 할 것이다.

그런데 갑 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 사업의 실시계획인가·고시일은 2008. 12. 2.인 사실을 인정할 수 있고, 주식회사 0000은 그 전에 이미 이 사건 토지에 대한 잔금지급을 마쳤음은 앞서 본 바와 같으므로, 위 법리에 비추어 주식회사 0000에 대한 취득세는 「지방세법」제106조 제2항 소정의 비과세대상에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 이를 전제로 한 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

(4) 가산세 부과 위법 주장에 관하여

(가) 토지거래허가일 내지 토지거래허가구역 지정 해제일에 기초한 신고의무기간 이전

자산의 양도에 따른 양도소득세 부과의 제척기간은 원칙적으로 그 과세표준확정신고기한이 종료하는 시점의 다음날인 자산의 양도시기 다음 연도 6. 1.부터 진행하지만, 토지거래허가지역 내의 토지거래계약이 허가를 받지 아니하여 무효의 상태에 있다면 단지 매매대금이 먼저 지급되어 양도인이 이를 보관하고 있다 하여도 이를 두고 양도소득세 과세대상인 자산의 양도에 해당한다거나 자산의 양도로 인한 소득이 있었다고 할 수 없으므로, 이와 같은 경우의 양도인은 구 소득세법(1999. 12. 28. 법률 제6051호로 개정되기 전의 것) 제110조 제1항 소정의 당해 연도의 양도소득금액이 있는 거주자가 아니어서 과세표준확정신고의무가 없고, 그 후 토지거래허가지역의 지정이 해제되는 등의 사유로 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 때에 양도인에게 비로소 자산의 양도로 인한 소득이 있게 되는 것이므로, 양도인은 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 다음 연도 5. 1.부터 5. 31.까지 같은 법 제110조 제1항 소정의 과세표준확정신고를 하여야 하고, 양도소득세 부과의 제척기간은 그 다음날부터 진행한다(대법원 2003. 7. 8. 선고 2001두9776 판결 참조).

아울러 2009. 12. 29. 법률 제6282호로 개정된 소득세법 제110조 제1항에서는 ‘당해 연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지거래계약허가일이 속하는 다음 연도의 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다’라고 규정하고 있다.

위와 같은 양도소득세에 있어서의 법리, 토지거래허가를 받지 못하여 계약이 (유동적) 무효인 상태에 있음에도 잔금지급일에 신고의무가 발생하고 부과제척기간이 그 때로부터 진행하게 된다고 보면 잔금청산 이후 장기간 토지거래허가를 받지 아니한 경우 제척기간이 도과하여 부과권을 행사할 수 없게 되는 결과가 초래될 수 있는 점 등에 비추어 보면, 토지거래허가구역 내 취득세에 있어서도 비록 앞서 본 바와 같이 그 취득시기는 ‘잔금지급일’로 본다 하더라도, 그 신고의무는 토지거래허가를 받은 후(또는 토지거래허가구역 지정이 해제된 이후) 30일 내 발생한다고 봄이 상당하고(이는 원래부터 매매계약이 무효인 경우에는 별론으로 한다), 양도소득세와 마찬가지로 토지거래허가구역 내 토지에 대한 취득세에 있어서도 취득시기와 신고의무의 발생시기가 필연적으로 동일해야 된다고 볼 필요는 없다고 판단된다.

따라서 원고가 이 사건 추가주식을 취득한 이후 토지거래허가를 받거나 허가구역 지정이 해제되어 그로 인한 신고의무기간까지에 관하여 부과된 가산세는 발생조차 하지 않은 것이어서 이를 부과한 부분은 위법하다.

(나) 위 (가)항 기간 이후

한편, 세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부의 의무를 부과하면서 그 확보책으로 그 의무이행을 게을리하였을 경우에 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이다. 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법의 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니라고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 도저히 당사자에게 기대할 수 없다고 평가되는 사정이 있을 때와 같이 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 1995. 6. 16. 선고 94누11019 판결, 대법원 2011. 2. 10. 선고 2008두2330 판결 등 참조).

그런데, 본래 광범하고 항상 변동하는 경제적 현상과 거래를 그 규제대상으로 하고 있는 세법은 기술적이어서 그 해석이 극히 어렵고, 특히 이 사건과 같이 취득토지가 국토계획법상 토지거래허가구역 내에 있어 매매의 효력에 관하여 유동적 무효의 법리가 적용되는 경우, 취득세 부과에 있어 그 취득시기를 언제로 볼 것인지부터 취득시기와 신고의무의 발생시기가 분리될 수 있는지 등의 제반 문제는 단순한 법률상의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 생길 수 있다 분야라 할 것이어서 납세의무자가 다른 견해를 취하였다 하여 가산세의 부과요건에 해당한다고 본다면 납세의무자에게 너무 가혹하다고 여겨진다. 더구나 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 과세관청도 지금까지 잔금지급 이후에 토지거래허가를 받은 경우 토지거래허가일 내지 토지거래허가구역의 지정 해제일을 취득시기로 해석하여 취득세를 부과해 온 사정이 엿보이고, 더구나 원고와 같은 과점주주의 간주취득세의 경우에는 주식취득 후에 토지거래허가가 이루어졌다면, 아예 간주취득세 신고대상이 아니라고 판단했을 가능성이 매우 크다.

위와 같은 사정을 종합하여 보면, 원고가 결과적으로 토지거래허가일 내지 토지거래허가구역 지정 해제일에 기한 신고의무기간 이후부터는 이 사건 취득세 신고·납부의무의 이행을 해태하였다고 하더라도, 원고에게 그 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하므로, 이 사건 처분 중 위 기간에 관하여 부과·결정된 가산세 부분은 위법하다.

(다) 결국, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 전부 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지는 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

■ 지방세법 {2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정(시행일 2011. 1. 1.)되기 전의 것}

제104조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 의의는 다음 각호와 같다.

8. 취득 : 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.

제105조(납세의무자등)

②부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는 민법·광업법·수산업법·선박법·「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」·건설기계관리법·자동차관리법 또는 항공법등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비·항공기 및 주문에 의하여 건조하는 선박은 승계취득의 경우에 한한다.

⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.

제106조 (국가등에 대한 비과세)

② 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다

제120조 (신고 및 납부)

① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일[상속으로 인한 경우는 상속개시일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일부터 각각 6월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9월)]이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

제121조 (부족세액의 추징 및 가산세)

① 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하 "가산율"이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

■ 지방세법 시행령{2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전문개정(시행일 2011. 1. 1.)되기 전의 것}

제73조(취득의 시기등)

① 유상승계취득의 경우에는 다음 각호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제111조제5항제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 30일이 경과되는 날). 다만, 취득후 30일 이내에 「민법」제543조 내지 제546조의 규정에 의한 원인으로 계약이 해제된 사실이 화해조서ㆍ인낙조서ㆍ공정증서 등에 의하여 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.

제78조(과점주주의 취득등)

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율(이하 이 절에서 "주식 또는 지분의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

■ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제117조(허가구역의 지정)

① 국토해양부장관은 국토의 이용 및 관리에 관한 계획의 원활한 수립과 집행, 합리적인 토지 이용 등을 위하여 토지의 투기적인 거래가 성행하거나 지가(지가)가 급격히 상승하는 지역과 그러한 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에 대하여는 5년 이내의 기간을 정하여 제118조제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역(이하 "허가구역"이라 한다)으로 지정할 수 있다.

⑥ 국토해양부장관은 허가구역의 지정 사유가 없어졌다고 인정되거나 관계 시ㆍ도지사, 시장ㆍ군수 또는 구청장으로부터 허가구역의 지정 해제 또는 축소 요청이 이유 있다고 인정되면 지체 없이 허가구역의 지정을 해제하거나 지정된 허가구역의 일부를 축소하여야 한다.

제118조(토지거래계약에 관한 허가)

① 허가구역에 있는 토지에 관한 소유권ㆍ지상권(소유권ㆍ지상권의 취득을 목적으로 하는 권리를 포함한다)을 이전하거나 설정(대가를 받고 이전하거나 설정하는 경우만 해당한다)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 "토지거래계약"이라 한다)을 체결하려는 당사자는 공동으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑥ 제1항에 따른 허가를 받지 아니하고 체결한 토지거래계약은 그 효력이 발생하지 아니한다.