상고이유를 판단한다.

1. 가. 구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항에서 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득을 양도소득으로 본다고 한 후, 제1호 및 제2호에서는 구체적인 양도소득의 유형과 요건을 규정하면서도, 제4호에서는 "주식 또는 출자지분(이하 ‘주식 등’이라 한다)의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주 구성, 특정 자산의 보유 현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산(이하 ‘기타자산’이라 한다)의 양도로 발생하는 소득"이라고 규정함으로써 소득이 발생하는 양도 대상인 기타자산에 관하여 구체적인 요건을 직접 규정하지 아니하고 대통령령에서 정하도록 위임하고 있다. 이는 기타자산 양도소득세에 대하여는 구 소득세법 제104조 제1항에서 차별적으로 높은 세율이 적용되도록 하고 있는 등의 입법 목적에 부합되게 과세될 수 있도록, 주식 등의 소유 비율이나 주식 등 발행법인의 부동산 보유 비율 등 기타자산에 관한 요건을 대통령령에서 정할 수 있도록 한 것으로서, 그 위임에 따라 구 소득세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제158조 제1항은 제1호에서 ‘법인의 자산총액 중 부동산과 그에 관한 권리가액의 합계가 100분의 50 이상이고, 그 법인의 주식 등의 합계액 중 주주 1인 및 그 특수관계인이 소유하고 있는 주식 등 합계액이 100분의 50 이상이며, 주주 1인 및 그 특수관계인이 그 법인의 주식 등 합계액의 100분의 50 이상을 타인에게 양도하는 경우의 당해 주식 등’을, 제3호에서 일정한 영업권을, 제4호에서 일정한 시설물 이용권을, 제5호에서 ‘법인의 자산총액 중 부동산과 그에 관한 권리 가액의 합계액이 100분의 80 이상이며, 체육시설업 및 휴양시설관련업과 부동산업·부동산개발업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 영위하는 법인의 주식 등을 타인에게 양도하는 경우의 당해 주식 등’을 기타자산으로 규정하고 있다.

나. 한편 외국법인의 법인세 과세대상인 국내원천소득을 정하고 있는 구 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조는 제7호에서 그 원천소득의 하나로 ‘소득세법 제94조에서 규정하는 양도소득(동조 제1항 제3호의 소득을 제외한다)’이라고 규정함으로써, ‘대통령령에서 구체적 요건을 정하도록 한 구 소득세법 제94조 제1항 제4호의 기타자산 양도소득’을 국내원천소득으로 규정하고 있을 뿐, 구 소득세법에 의하여 소득세 과세 대상이 되는 기타자산의 양도소득을 국내원천소득으로 규정하고 있지 않다. 이는 과세 입법 목적에 부합되게 기타자산에 관하여 대통령령으로 정할 수 있도록 한 구 소득세법의 취지와 마찬가지로, 구 법인세법의 경우에도 부동산 과다보유 법인의 주식 등의 양도로 인하여 실질적으로 부동산 양도소득이 발생되는 성격이 짙은 양도소득에 관하여 차별적으로 높은 세율이 적용되도록 한 구 법인세법 제95조 등 구 법인세법의 외국법인에 대한 과세 입법 목적 등을 고려하여 외국법인의 국내원천소득으로서 과세 대상이 되는 주식 등을 비롯한 기타자산의 구체적인 요건을 대통령령으로 정할 수 있도록 한 것으로 해석된다.

다. 이러한 규정의 내용과 취지에 비추어 보면, 구 법인세법 제93조 제7호는 구 소득세법 제94조에서 규정하는 양도소득의 유형과 아울러 그 속에 있는 위임의 근거 규정을 인용한 것으로 볼 수 있고, 여기서 말하는 ‘소득세법 제94조에서 규정하는 양도소득(동조 제1항 제3호의 소득을 제외한다)’으로서 ‘소득세법 제94조 제1항 제4호에서 규정하고 있는 소득’(이하 이에 해당하는 국내원천소득을 ‘이 사건 국내원천소득’이라 한다)이란 ‘주식 등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주 구성, 특정 자산의 보유 현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기타자산의 양도로 발생하는 소득’을 의미한다고 해석할 수 있다.

이에 따라 구 법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것) 제132조 제10항은 ‘법인세법 제93조 제7호의 규정을 적용함에 있어서 소득세법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타자산 중 주식 등은 동법 시행령 제158조 제1항의 규정에 불구하고 양도일이 속하는 사업연도 개시일 현재 당해 법인의 자산총액 중 부동산과 그에 관한 권리 가액의 합계액이 100분의 50 이상인 법인의 주식 등(유가증권시장 등에 상장 또는 등록된 주식 등을 제외한다)으로 한다’라고 규정(이하 ‘이 사건 시행령 규정’이라 한다)함으로써, 이 사건 국내원천소득과 관련하여 위에서 본 구 소득세법 시행령 규정에서 정한 여러 기타자산 중 주식 등에 관한 요건을 일부 수정하여 그 요건을 정하고 있다. 이는 앞서 본 바와 같이 이 사건 국내원천소득과 관련하여 외국법인에 대한 과세 입법 목적 등을 고려하여 기타자산의 구체적인 요건을 대통령령으로 정할 수 있도록 한 구 법인세법 제93조 제7호에 근거한 것으로서 유효하다고 할 것이다.

결국 이 사건 국내원천소득과 관련하여 주식 등이 기타자산에 해당하는지 여부를 판단할 때에는 이 사건 시행령 규정이 위 구 소득세법 시행령 규정에 우선하여 적용된다 할 것이고, 구 법인세법 제93조 제7호 본문의 적용 대상인 이 사건 국내원천소득 중 기타자산인 주식 등에 관한 소득은 ‘이 사건 시행령 규정에서 정한 요건에 해당하는 주식 등의 양도로 발생하는 소득’이라 할 것이다.

2. 그럼에도 원심은 이와 달리 이 사건 시행령 규정에서 위 구 소득세법 시행령 규정과 달리 기타자산 중 주식 등의 요건을 정할 수 있도록 위임한 법률 규정이 없다고 보아, 이 사건 시행령 규정이 법률의 위임 없이 구 법인세법에 규정된 과세 대상을 함부로 확장하는 것으로서 조세법률주의의 원칙에 위배되어 무효라고 판단하고, 이를 전제로 하여 이 사건 시행령 규정을 근거로 삼아 부과된 법인세를 과세표준으로 한 이 사건 주민세 부과처분이 위법하다고 판단하였다. 따라서 이러한 원심판단에는 이 사건 시행령 규정의 효력에 관한 법리 등을 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 취지의 상고이유 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2010. 10. 8. 선고 2009누40027 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이 유】

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 제9면 제6행의 ‘이에 대한’을 ‘그러므로, 이 사건 법인세 부과처분에 대한 취소 확정판결이 있기 전까지는 이 사건 처분이 적법하다는’으로, 제9면 제11행의 ‘제94조’를 ‘제93조’로 각 고치는 외에는 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2009. 11. 12. 선고 2007구합17021 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고가 2006. 4. 28. 원고에 대하여 한 264,551,270원의 주민세 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이 유】

1. 이 사건 처분의 경위

가. 원고와 00000000 홀딩 컴퍼니(00000 Holding Company)는 미국 법인인 000000(00000 0000000)와 00000(00000 00000s)에 의하여 영국령 000 0000에 설립된 법인이고, 00 0000 00 00000 펀드 0000 00(00000 000000 0000 000000 00000 0.0.), 0000 0000 00 00000 00 00(000), 0000 화이트 000 00000 00 00(00)는 미국 법인인 000000에 의하여 미국 0000주에 설립된 유한 파트너쉽이다(이하, 원고와 위 법인 및 유한 파트너쉽들을 통칭하여 ‘원고 등’이라 한다).

나. 원고 등은 2000. 6. 20. 대한민국에 있는 부동산에 투자할 목적으로 공동으로 출자하여 말레이시아 000에 00 00000 Ⅱ 0000 000(이하 ‘00Ⅱ’라고 한다)를 설립하였다.

다. 00Ⅱ는 2000. 10. 9. 0000 주식회사(2001. 6. 1. 유한회사로 전환되었다. 이하 ‘0000’이라고 한다)의 전체 주식 40,000주 중 34,000주(85%)를 인수한 후, 같은 달 16. 0000을 통하여 00 00구 00동 1-7 외 다수 필지의 토지 및 그 지상에 소재하고 있는 00빌딩을 매수하여 보유하다가, 2003. 5. 15. 네덜란드 법인인 000 000 000 000(00)에게 위와 같이 85%에 해당하는 0000의 출자지분(이하 ‘이 사건 출자지분’이라고 한다)을 각 50%와 35%씩 나누어 양도하여 13,066,630,000원의 양도차익을 취득하였다.

라. 00Ⅱ는 말레이시아 거주자의 출자지분 양도소득이 「대한민국과 말레이시아 정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약」(이하 ‘한ㆍ말 조세조약’이라고 한다) 제13조에 따라 양도인의 거주지국인 말레이시아에서만 과세된다는 이유로 대한민국 과세당국에 이 사건 출자지분 양도소득에 관한 법인세를 신고하지 않았다.

마. 00세무서장은 "실질과세의 원칙상 00Ⅱ는 원고 등이 국내투자이익에 대한 조세회피 목적으로 말레이시아 000에 설립한 도관회사(Conduit)에 불과하여 말레이시아에서 실질적으로 관리·통제되고 있는 거주자에 해당하지 않으므로, 이 사건 출자지분 양도소득에 관하여는 한ㆍ말 조세조약의 적용이 배제되고, 미국 및 케이만 아일랜드의 거주자인 원고 등이 위 양도소득의 실질적인 귀속자에 해당한다"는 이유로, 2006. 3. 1. 원고에 대하여 구 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제93조 제7호, 구 법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제132조 제10항 등에 따라 2003 귀속년도 법인세 2,645,512,790원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다).

바. 이 사건 법인세 부과처분에 따라 원고는 2006. 4. 28. 피고에게 위 법인세액을 과세표준으로 하여 법인세할 주민세 264,551,270원을 신고·납부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 한편 원고 등의 00Ⅱ 및 0000에 대한 각 출자지분의 내역은 아래 표와 같다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 3, 11, 13, 17, 25호증, 을 1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같음)의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

⑴ 원고

이 사건 법인세 부과처분이 아래와 같은 이유로 위법하므로, 위 처분에 상응하여 이루어진 이 사건 처분 역시 위법하다.

㈎ 법인세법 제93조 제7호에 규정된 과세요건 불충족

법인세법 시행령 제132조 제10항은 외국법인의 국내원천소득으로 인정되는 출자지분 양도소득의 요건으로 구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법’이라 한다) 제94조 제1항 제4호와 그 위임에 의한 구 소득세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법 시행령’이라 한다) 제158조 제1항 제1호에 규정된 요건 중 주식소유비율 요건(당해 법인의 주식 등의 합계액 중 주주 1인과 기타 주주가 소유하고 있는 주식 등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인)과 주식양도비율 요건(주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 50 이상을 주주 1인 및 기타 주주 외의 자에게 양도하는 경우)을 배제한 규정이 아니라 자산비율 요건(당해 법인의 자산총액 중 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인)과 관련하여 그 산정 기준일만을 양도일이 속하는 사업연도 개시일로 추가한 규정이다. 따라서 이 사건 출자지분 양도소득이 외국법인의 국내원천소득으로 인정되기 위하여는 자산비율 요건뿐만 아니라 주식소유비율 요건과 주식양도비율 요건도 모두 갖추어야 하는데, 서로 기타주주의 관계에 있지 않은 원고와 다른 투자자들의 0000에 대한 출자지분은 각 50%에 미달되므로, 결국 이 사건 출자지분 양도소득은 위와 같은 주식소유비율 요건과 주식양도비율 요건을 갖추지 못하여 법인세법 제93조 제7호와 소득세법 제94조 제1항 제4호에 규정된 외국법인의 국내원천소득으로 인정되는 출자지분 양도소득의 요건을 충족하지 못하고 있다.

만일 피고의 해석과 같이 법인세법 시행령 제132조 제10항이 외국법인의 국내원천소득으로 인정되는 출자지분 양도소득의 요건으로 소득세법 제94조 제1항 제4호와 소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호에 규정된 요건 중 자산비율 요건만 남겨두고 주식소유비율 요건과 주식양도비율 요건을 배제한 규정으로 해석하는 경우 법인세법 시행령 제132조 제10항은 법률의 위임 없이 법률에 규정된 과세대상을 함부로 확장하는 것으로서 조세법률주의의 원칙에 위배되어 무효이다.

㈏ 실질과세원칙 적용의 위법성

1) 조세조약은 국내 조세법규에 대한 특별법으로서 조세법률주의의 원칙상 엄격하게 해석되어야 하고, 조약법에 관한 비엔나 협약 규정에 의하면 조약의 문구는 그 통상적 의미에 따라 해석되어야 하며, 조세조약의 주된 목적은 원천지국 과세를 제한하고 국제거래에 예측가능성을 부여함으로써 상호교류와 투자를 촉진하는 데 있으므로, 원천지국 과세당국이 외국 투자자의 자금 원천을 따져 조약 적용을 달리하는 것은 위와 같은 조약해석의 원칙에 위배된다. 따라서 대한민국 과세당국은 말레이시아 거주자의 출자지분 양도소득에 대하여 양도인의 거주지국인 말레이시아에서만 과세된다고 규정하고 있는 한·말 조세조약 제13조에 따라 00Ⅱ의 이 사건 출자지분 양도소득에 대하여 과세권을 행사하여서는 안 된다.

2) 국세기본법 제14조 제1항과 법인세법 제4조 제1항의 실질과세원칙은 국내법상의 일반규정으로서 조약남용 방지규정에 해당하지 않으므로 국내법에 대하여 특별법적 지위에 있는 조세조약의 해석에 적용될 수 없고, 2003년도에 변경된 경제개발협력기구(Organization for Economic Cooperation and Development, 이하 ‘OECD’라고 한다) 조세조약 모델협약(Model Convention)의 관련 주석은 대한민국 헌법이 예정하고 있는 조세법규의 법원(法源)이 아니고 법적 기속력이 인정되는 국제법규도 아니며 한·말 조세조약의 체결 당시 존재하고 있던 것도 아니므로 한·말 조세조약의 해석에 소급 적용될 수 없다.

3) 설령 이 사건 출자지분 양도소득의 귀속에 관하여 실질과세의 원칙이 적용될 수 있다고 하더라도, 그 실질이란 법적 실질을 의미하는 것이므로 당사자의 거래행위를 그 법 형식과 달리 재구성할 수는 없고, 00Ⅱ는 단순히 조세회피 목적으로 설립된 것이 아니라 투자의 효율성 및 사업상의 목적에 따라 설립된 것이므로 00Ⅱ가 이 사건 출자지분 양도소득의 실질적 귀속주체에 해당한다.

⑵ 피고

법인세할 주민세는 세무서장이 결정한 법인세를 과세표준으로 하는 것으로서 과세표준이 되는 법인세 부과처분이 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정결정이 있기 전까지는 적법한 것으로 추정되므로 이 사건 법인세 부과처분이 취소되지 않는 이상 이 사건 주민세의 신고, 납부는 적법하다.

나. 관계 법령

◆ 대한민국과 말레이시아 정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약

제13조 (양도소득)

1. 제6조에 언급되고 타방체약국내 소재하는 부동산의 양도로부터 일방체약국의 거주자에게 발생하는 이득에 대하여는 동 타방체약국에서 과세할 수 있다.

2. 일방체약국의 기업이 타방체약국에 가지고 있는 고정사업장의 사업용 재산의 일부를 형성하는 동산의 양도나 독립적 인적 용역의 수행목적상 일방체약국의 거주자가 이용할 수 있는 타방체약국 내에 고정시설에 속하는 동산의 양도로부터 발생되는 이득 및 그러한 고정사업장 (단독으로 또는 기업체와 함께) 또는 고정시설을 양도함으로써 발생하는 이득에 대하여는 그 타방체약국에서 과세할 수 있다.

3. 국제운수에 운행되는 선박 또는 항공기 및 그러한 선박이나 항공기의 부수되는 동산의 양도로부터 발생하는 이득에 대하여는 그 기업이 거주자로 되어 있는 체약국에서만 과세한다.

4. 제1항, 제2항 및 제3항에 언급된 재산 이외의 재산의 양도로부터 발생하는 이득에 대하여는 그 양도인이 거주자로 되어 있는 체약국에서만 과세한다.

◆ 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약

제16조 (양도소득)

(1) 일방체약국의 거주자는, 아래의 경우에 해당되지 아니하는 한 자본적 자산의 매각·교환 또는 기타의 처분으로부터 발생하는 소득에 대하여 타방체약국에 의한 과세로부터 면제된다.

(a) 타방체약국에 소재하는 재산으로서 제15조(부동산소득)에 규정된 재산의 매각·교환 또는 기타의 처분으로부터 일방체약국의 거주자에 의하여 동소득이 발생하는 경우

(b) 일방체약국의 거주자인 동소득의 수취인이 타방체약국내에 고정사업장을 가지며 또한 동소득을 발생시키는 재산이 동고정사업장과 실질적으로 관련되는 경우

ⓒ 일방체약국의 거주자인 개인으로서 동소득의 수취인이

(ⅰ) 과세연도 중 총 183일 이상의 단일기간 또는 제기간동안 타방체약국내에 고정시설을 유지하며 또한 동소득을 발생시키는 재산이 동고정시설과 실질적으로 관련되어 있거나 또는

(ⅱ) 동수취인이 과세연도 중 총 183일 이상의 단일기간 또는 제기간동안 타방체약국에 체재하는 경우

(2) 상기 (1)(a)항에 규정된 소득의 경우에는 제15조(부동산소득)의 규정이 적용된다. 상기 (1)(b)항에 규정된 소득의 경우에는 제8조(사업소득)의 규정이 적용된다.

◆ 조약법에 관한 비엔나협약

제26조 (약속은 준수하여야 한다)

유효한 모든 조약은 그 당사국을 구속하며 또한 당사국에 의하여 성실하게 이행되어야 한다.

제27조 (국내법과 조약의 준수)

어느 당사국도 조약의 불이행에 대한 정당화의 방법으로 그 국내법 규정을 원용해서는 아니된다. 이 규칙은 제46조를 침해하지 아니한다.

제31조 (해석의 일반규칙)

1. 조약은 조약문의 문맥 및 조약의 대상과 목적으로 보아 그 조약의 문면에 부여되는 통상적 의미에 따라 성실하게 해석되어야 한다.

◆ 구 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것)

제4조 (실질과세)

① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득·수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

제93조 (국내원천소득)

외국법인의 국내원천소득은 다음 각호와 같이 구분한다.

7. 소득세법 제94조에 규정하는 양도소득(동조 제1항 제3호의 규정에 의한 소득을 제외한다). 다만, 그 소득을 발생하게 하는 자산이 국내에 있는 경우에 한한다.

◆ 구 법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것)

제132조 (국내원천소득의 범위)

⑩ 법 제93조 제7호의 규정을 적용함에 있어서 소득세법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타 자산 중 주식 등은 동법 시행령 제158조 제1항의 규정에 불구하고 양도일이 속하는 사업연도 개시일 현재 당해 법인의 자산총액 중 동법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 100분의 50 이상인 법인의 주식 또는 출자지분(유가증권시장 등에 상장 또는 등록된 주식 또는 출자지분을 제외한다)으로 한다.

⑪ 제10항의 규정에 의한 자산총액 및 자산가액은 소득세법 시행령 제158조 제3항을 준용하여 계산한다.

◆ 구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것)

제94조 (양도소득의 범위)

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권

다. 전세권과 등기된 부동산임차권

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 증권거래법에 의한 협회등록법인(이하 "협회등록법인"이라 한다)의 주식 등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 협회중개시장(이하 "협회중개시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

다. 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식 등

4. 주식 등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 특정자산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산(이하 이 장에서 "기타 자산"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 모두 해당되는 경우에는 제4호의 규정을 적용한다.

◆ 구 소득세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것)

제157조 (대주주의 범위)

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령이 정하는 대주주"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타 주주"라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

제158조 (기타 자산의 범위)

① 법 제94조 제1항 제4호에서 "기타 자산"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 50 이상을 주주 1인 및 기타 주주 외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식 등

가. 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인

나. 당해 법인의 주식 등의 합계액 중 주주 1인과 기타 주주가 소유하고 있는 주식 등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인

5. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주식 등을 양도하는 경우의 당해 주식 등

가. 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80이상인 법인

③ 제1항 제1호 가목 및 동항 제5호 가목의 규정에 의한 자산총액 및 자산가액은 당해법인의 장부가액(토지의 경우에는 기준시가)에 의한다. 이 경우 다음 각호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다. (각호 생략)

◆ 국세기본법

제14조 (실질과세)

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

◆ 국세기본법 시행령

제20조 (친족 기타 특수관계인의 범위)

법 제39조 제2항에서 "대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다. 다만, 주주 또는 유한책임사원이 출가녀인 경우에는 제9호 내지 제13호의 경우를 제외하고 그 남편과의 관계에 의한다.

12. 주주 또는 유한책임사원이 법인인 경우에는 그 법인의 소유주식수 등이 발행주식총수 등의 100분의 50 이상인 법인(정부가 주주인 경우에는 정부를 제외한다)과 소유주식수 등이 당해 법인의 발행주식총수 등의 100분의 50 이상인 법인(정부가 주주인 경우에는 정부를 제외한다) 또는 개인

◆ 지방세법

제172조 (정의)

주민세에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

4. "법인세할"이라 함은 함은 「법인세법」의 규정에 의하여 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 주민세를 말한다.

다. 인정사실

⑴ 세계적인 투자은행인 00000와 00000는 사모투자펀드를 모집하여 운영하는 과정에서 원고 등을 설립하였고, 원고 등은 대한민국 내 부동산 투자 시 조세부담을 피할 수 있는 방법을 구체적으로 모색한 후, 2000. 6. 20. 공동으로 출자하여 말레이시아 000에 00Ⅱ를 설립하였다.

⑵ 00Ⅱ는 사무실이나 상주직원 없이 신탁회사(00)의 직원에 의해 설립대행·서류보관·기장대리·법정신고 및 연간 수수료 대납 등의 업무가 수행되었다.

⑶ 00Ⅱ의 임원들은 위 신탁회사의 대표이사로서 00Ⅱ의 대표이사로 등재되어 있던 00 00(00)를 제외하고는 모두 말레이시아 거주자가 아닌 00000와 00000의 임직원들이었고, 00Ⅱ는 위 임원들에게 급여 등을 전혀 지급한 바 없다.

⑷ 0000은 이 사건 출자지분 양도 당시 00빌딩 외에 별다른 자산을 보유하고 있지 않았고, 00Ⅱ는 0000의 주식인수 및 이 사건 출자지분의 양도 이외에 다른 사업활동을 한 바 없다.

⑸ 00Ⅱ는 00빌딩에 대한 투자 목적으로 설립된 투자지주회사로서 그 투자가 종료되면 곧바로 청산하게 되어 있었고, 조성된 자금을 투자하여 얻은 소득은 청산과 함께 청산배당금 형태로 투자자에게 분배되도록 되어 있었기 때문에, 이 사건 출자지분의 양도가 이루어진 직후인 2003. 6. 6. 이사회 결의를 거쳐 자진해산하기로 한 다음, 투자자인 원고에게 투자로 인한 소득을 청산배당금으로 지급하고 2005. 2. 6. 투자목적 달성을 이유로 청산하였다.

⑹ 한편 서울지방국세청의 조사결과, 말레이시아 000에서는 2~3일이면 00Ⅱ와 같은 회사를 설립할 수 있고, 설립비용도 300만 원 정도로 저렴하며, 주주 등에 대한 비밀유지가 법적으로 보장되기 때문에, 다수의 외국계 사모투자펀드들이 대한민국에 투자하기 직전에 대한민국의 과세권 행사를 피하기 위하여 말레이시아 000에 도관회사를 설립한 후, 이를 통해 대한민국에 투자를 하고 있는 것으로 확인되었다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 11, 12, 18, 20 내지 28호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

라. 판단

⑴ 법인세 부과처분이 취소되기까지 주민세 부과처분의 취소를 구할 수 없는지 여부

법인세할 주민세는 법인세법의 규정에 의하여 부과되는 법인세액을 과세표준으로 하여 당해 시·군 내에서 법인세의 납세의무가 있는 법인에게 부과하는 것이어서 법인세의 납세의무의 존재를 전제로 하고 있는 것이나, 법인세법에 의하여 부과되는 법인세액은 법인세할 주민세의 과세표준에 지나지 아니하므로, 법인세 부과처분에 대한 불복과는 별개로 과세표준이 되는 당해 법인세액의 결정이 위법하다는 이유로 그 취소를 구함과 동시에 별도로 그 위법을 이유로 법인세할 주민세의 부과처분의 취소를 구할 수 있다(대법 1996. 9. 24. 선고 95누15445 판결 참조).

따라서 원고는 이 사건 법인세 부과처분에 대한 불복과는 별개로 과세표준이 되는 당해 법인세액의 결정이 위법하다는 이유로 이 사건 처분의 취소를 구할 수 있다고 할 것이다. 이에 대한 피고의 주장은 이유 없다.

⑵ 이 사건 출자지분 양도소득이 법인세법 제93조 제7호와 소득세법 제94조 제1항 제4호에 규정된 외국법인의 국내원천소득으로 인정되는 출자지분 양도소득의 요건을 충족하는지 여부

㈎ 법인세법 시행령 제132조 제10항의 해석

1) 법인세법 제94조 제7호는 외국법인의 국내원천소득의 하나로 소득세법 제94조에 규정하는 양도소득을 규정하고 있는바, 소득세법 제94조 제1항 제4호는 "주식 등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 특정자산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산(이하 이 장에서 "기타 자산"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득"을 양도소득의 하나로 규정하고 있고, 위 조항에 따른 기타 자산 중 주식 등에 관하여 소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호는 "당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인(자산비율 요건)" 및 "당해 법인의 주식 등의 합계액 중 주주 1인과 기타 주주가 소유하고 있는 주식 등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인(주식소유비율 요건)"의 "주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 50 이상을 주주 1인 및 기타 주주 외의 자에게 양도하는 경우(주식양도비율 요건)의 당해 주식 등으로 규정하고 있다.

2) 그런데, 법인세법 시행령 제132조 제10항은 "법 제93조 제7호의 규정을 적용함에 있어서 소득세법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타 자산 중 주식 등은 동법 시행령 제158조 제1항의 규정에 불구하고 양도일이 속하는 사업연도 개시일 현재 당해 법인의 자산총액 중 동법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 100분의 50 이상인 법인의 주식 또는 출자지분(유가증권시장 등에 상장 또는 등록된 주식 또는 출자지분을 제외한다)으로 한다"고 규정하고 있는 바, 위 규정이 소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호에서 규정하고 있지 아니한 자산총액의 산정시점을 양도일이 속하는 사업연도 개시일 현재로 특정 지우고 있기는 하나 근본적으로는 그 문언의 취지상 소득세법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타 자산 중 주식 등에 관하여는 자산비율 요건, 주식소유비율 요건 및 주식양도비율 요건을 규정하고 있는 소득세법 시행령 제158조 제1항을 배제하고 자산비율 요건만을 과세요건으로 정한 것으로 봄이 상당하다(만일 위 규정이 원고의 주장과 같이 "사업연도 개시일 현재"의 자산비율 요건을 별도로 규정하고자 한 것이었다면, 소득세법 시행령 제158조 제1항이 자산비율 요건의 산정 기준일에 관하여 아무런 규정도 하고 있지 않은 상황에서 "동법 시행령 제158조 제1항의 규정에도 불구하고"라는 문구를 둘 필요가 없다).

㈏ 법인세법 시행령 제132조 제10항의 효력

한편, 법인세법 제93조 제7호는 "소득세법 제94조의 규정에 의한 양도소득"을 외국법인의 국내원천소득으로 규정함으로써 외국법인의 국내원천소득으로 인정되는 출자지분 양도소득을 소득세법 제94조 제1항 제4호와 그 위임에 의한 법인세법 시행령 제158조 제1항 제1호에 규정된 자산비율 요건, 주식소유비율 요건, 주식양도비율 요건을 모두 갖추고 있는 경우로 한정하고 있는데, 법인세법 시행령 제132조 제10항은 앞서 살펴본 바와 같이 소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호의 규정을 배제하고 외국법인의 국내원천소득으로 인정되는 출자지분 양도소득을 위 3가지 요건 중 자산비율 요건만 갖추면 되는 것으로 규정함으로써 그 과세대상의 범위를 확장하고 있는바, 이와 같은 법인세법 시행령 제132조 제10항 규정은 법인세법상 그 위임의 근거규정이 없이(소득세법 제94조 제1항 제4호가 기타 자산의 범위를 대통령령에 위임하고 있고, 그 위임에 따라 소득세법 시행령 제158조가 기타 자산의 범위를 규정하고 있는 이상, 소득세법 제94조 제1항 제4호를 그 위임의 근거규정으로 볼 수는 없다) 법률에 규정된 과세대상을 함부로 확장하는 것으로서 조세법률주의의 원칙에 위배되어 무효라 할 것이다.

㈐ 이 사건 출자지분에 대한 양도소득이 국내원천소득인지 여부

이와 같이 법인세법 시행령 제132조 제10항은 그 규정의 내용과 그 형식에 비추어 무효로 볼 수밖에 없으므로, 이 사건 출자지분의 양도소득을 법인세법 제93조 제7호, 소득세법 제94조 제1항 제4호, 소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호의 규정에 따라 국내원천소득으로 볼 수 있는지 살펴본다.

소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호에 의하면, 외국법인의 국내원천소득으로 인정되는 출자지분 양도소득은 자산비율 요건, 주식소유비율 요건, 주식양도비율 요건을 모두 갖추고 있는 경우로 한정하고 있는바, 원고 등 00 II에 대한 투자자들의 경우 서로 간에 소득세법 시행령 제157조 제4항, 국세기본법 시행령 제20조 소정의 특수관계에 해당하지 아니함은 명백하므로 출자지분 보유비율을 산정함에 있어 개개의 출자지분 보유비율에 따를 수 밖에 없고, 앞서 본 바와 같이 원고의 0000에 대한 투자지분 비율은 50%에 미달하므로 이 사건 출자지분의 양도에 따른 소득은 법인세법 제93조 제7호가 규정하는 외국법인의 국내원천소득으로 볼 수 없다.

㈑ 소결

따라서 이 사건 출자지분에 관한 양도소득이 외국법인의 국내원천소득임을 전제로 한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하고, 위 법인세 부과처분이 위법한 이상, 위 법인세를 과세표준으로 하여 이루어진 이 사건 처분 역시 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 나머지 주장에 대하여는 판단할 필요 없이 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.