1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 7. 29. 원고의 대표이사 000이 1989. 6. 1.부터 0000라는 상호로 운영해 온 사업장을 법인으로 전환하기 위하여 설립한 법인이다.

나. 000은 2008. 9. 30. 원고와 사이에 ‘0000’의 사업에 관한 일체의 권리ㆍ의무를 원고가 포괄적으로 양수한다는 내용의 사업포괄양도양수계약을 체결하였는바, 그 주요 내용은 아래와 같다.

「제2조(방법) ‘갑(000, 이하 같다)’은 2008. 9. 30. 현재 확정된 평가자산 총액을 ‘을(원고, 이하 같다)’에게 포괄적으로 양도하고, 원고는 이를 포괄적으로 양수한다.

제3조(재산의 평가 및 확정) 양도양수 자산부채의 평가는 2008. 9. 30. 현재 부동산(토지와 건물)은 감정가액으로 하고 예적금과 부채의 평가는 기말잔액으로 하며 기타는 장부가액으로 한다.

제4조(정산) 확정된 양도양수자산부채 차액 일금 일억칠천삼백이십팔만칠천팔백이십육원 (173,287,826원)은 원고가 000로부터 양수한 외상매출금 입금시 우선하여 지급하기로 한다.」

다. 원고는 사업양수도대상 자산 중 사업용고정자산인 00시 00구 00동 218 0000000 801, 802, 803호를 취득하면서 조세특례제한법(2009. 5. 21. 법률 제9671호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조 제2항, 제119조 제4항, 제120조 제5항의 규정에 따라 취득세, 등록세 등을 면제받았다.

라. 이후 피고는 법인전환시 000이 출자한 가액은 168,000,000원으로 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 173,287,826원에 미달하므로 원고의 위 부동산의 취득은 위 조세특례제한법 소정의 취득세 등 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 2009. 9. 1. 원고에게 기 면제한 취득세 31,134,030원, 농어촌특별세 3,113,380원, 등록세 31,134,030원, 지방교육세 5,744,760원 합계 71,126,200원을 부과고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 9. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 위 청구는 2010. 9. 17. 기각되었다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증의 각 전부 또는 일부 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장

법인전환일인 2008. 9. 30. 기준 000의 개인사업장의 대차대조표에 의하면 그 사업장의 순자산가액은 36,302,256원으로 000의 출자금 168,000,000원에 미달하므로, 조세특례제한법 소정의 취득세 등 감면대상에 해당한다고 보아야 한다. 사업포괄양도양수계약을 체결하면서 기존 사업장의 일부 자산 및 일부 채무가 그 승계대상에서 제외되어 전환된 법인이 양수한 순자산가액은 173,287,826원이지만, 조세특례제한법 소정의 취득세 등 감면대상에 해당하는지 여부를 판단하기 위해서는 소멸하는 사업장의 순자산가액을 기준으로 출자금액을 비교하여야 한다.

나. 관련법령

■ 조세특례제한법(2009. 5. 21. 법률 제9671호로 일부개정되기 전의 것)

제32조 (법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 따라 2009년 12월 31일까지 법인(소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액이상인 경우에 한하여 이를 적용한다.

제119조 (등록세의 면제등) ④ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

제120조 (취득세의 면제등) ⑤ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년이내에 대통령령이 정하는 정당한 사유없이 당해 사업을 폐지하거나 당해 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

■ 조세특례제한법 시행령(2009. 6. 19. 대통령령 제21545호로 일부개정되기 전의 것)

제28조 (중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 법 제31조제1항에서 "대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합"이라 함은 제130조제2항의 규정에 의한 소비성서비스업(당해 사업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 당해 사업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국제기본법 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

제29조 (법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ② 법 제32조제1항에서 "대통령령이 정하는 사업양수도방법"이라 함은 법인설립일부터 소급하여 1년이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항의 규정에 의한 금액이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

④ 법 제32조제2항에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

다. 판단

(1) 원고가 주장하는 순자산가액 36,302,256원은 000이 위와 같이 법인으로 전환하면서 조세특례제한법 제28조 및 제29조에 따라 양도소득세 이월과세적용신청을 하면서 첨부한 사업용자산 및 부채명세서에 기재된 금액으로 이는 대차대조표에 기초한 금액임에 반하여, 피고가 주장하는 순자산가액 173,287,826원은 이 사건 사업포괄양도양수계약상 법인으로 전환하는 사업장의 2008. 9. 30. 확정된 순자산가액으로, 부동산(토지와 건물)은 감정가액으로, 예적금과 부채의 평가는 기말잔액으로, 기타 자산은 장부가액을 각 기준으로 하여, 대차대조표상의 자산 및 부채를 적정하게 재평가ㆍ조정하여 확정된 금액으로 보이는바(즉, 원고 주장과 같이 사업포괄양도양수계약을 체결하면서 기존 사업장의 일부 자산 및 일부 채무가 그 승계대상에서 제외되었다고 보이지도 아니한다), 이러한 경우에는 대차대조표상에 기초한 가액보다는 당사자들이 사업의 양도시에 자산과 부채를 재평가한 금액을 위의 순자산가액으로 인정하는 것이 더 합리적이라고 보인다.

따라서 원고가 주장하는 대차대조표상 자산가액인 36,302,256원이 아니라 위 사업포괄양도양수계약서상의 금액인 173,287,826원을 조세특례제한법 소정의 취득세 등 감면대상에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 ‘순자산가액’으로 봄이 상당하여 개인사업자인 000의 출자금액 168,000,000원은 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 173,287,826원에 미달하므로, 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 한편, 원고 주장과 같이 사업포괄양도양수계약을 체결하면서 기존 사업장의 일부 자산 및 일부 채무가 그 승계대상에서 제외되었다고 본다 하더라도, 여전히 다음과 같은 이유로 취득세 등 감면대상에 해당하지 않는다 할 것이다. 즉, 조세특례제한법 시행령 제29조 제2항에 따르면 취득세 등의 감면대상이 되기 위한 법인전환에 있어서 사업양수도방법이라 함은 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다 할 것인데, 원고의 위 주장은 ‘모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것’이 아니라며 스스로 위 법령 소정의 사업양수도방법에 의한 법인전환에 해당하지 않는다고 주장하는 것과 같기 때문이다.

결국 이 사건 처분은 적법하고, 원고 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.