복지시설을 운영하기 위하여 취득한 부동산을 장애인복지시설의 운영을 목적으로 설립한 복지재단에 증여하여 복지시설을 운영하게 한 것은 지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1호에서 말하는 ‘그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우'에 해당하지 않는다고 할 것이다. 따라서 별개의 법인격과 목적을 가진 복지재단에 증여하였다고 하여 취득세 및 등록세 등을 부과한 처분은 부당하다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2005. 6. 3.

과천시 중앙동 17-4대 248.6㎡ 및 위 대지에 위치한 지하1층, 지상2층 주택(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 매수하여 같은 해 7. 11. 소유권이전등기를 마쳤다가 이 사건 부동산을 출연하여

사회복지법인과천교회복지재단(이하 ‘이 사건 복지재단’이라고 한다)을 설립한 후 2006. 3. 11. 이 사건 복지재단에 위 부동산을 증여하고 같은 달 14. 소유권이전등기를 마쳐주었다.

나. 피고는 원고가 이 사건 부동산을 종교용으로 사용하기 위해 취득한 것으로 보고 취득세와 등록세 등을 비과세하였다가 위와 같이 원고가 위 부동산을 이 사건 복지재단에 증여하자 2년 이상 종교용으로 직접 사용하지 아니하고 매각하였다는 이유로 2007. 6. 8. 원고에 대하여 취득세 20,000,000원 및 농어촌특별세 2,000,000원을, 등록세 20,000,000원 및 지방교육세 4,000,000원을 각 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007. 7. 2. 경기도지사에게 이의신청을 하였으나 같은 해 8. 22. 기각되었고, 같은 해 11. 8. 행정자치부장관에게 심사청구를 하였으나 같은 해 12. 26. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 갑 제12, 13호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계법령 : 별지 기재와 같다.

3. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 원고는 사회복지법인을 설립하여 복지시설을 운영하고자 이 사건 부동산을 매수하였으나 사회복지법인의 설립이 지연되는 바람에 원고의 명의로 등기를 하였다가 이 사건 복지재단이 설립된 후 위 부동산을 위 복지재단에 증여하였고, 위 복지재단은 위 부동산을 취득한 후 1년 이내에 위 부동산에 장애인주간보호시설을 설치하여 운영하고 있는바, 이러한 경우에도 취득세 등을 부과하는 것은 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 부과하지 아니한다고 규정하고 있는

지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1호의 취지에 반하여 위법하다.

⑵ 원고는 위 주장 이외에도 이 사건 부동산을 이 사건 복지재단에 증여하였을 뿐 매각한 것이 아니므로,

지방세법 제107조, 제127조단서에서 규정하고 있는 취득세와 등록세를 과세하는 경우에 해당하지 아니한다거나, 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다는 등의 주장도 하고 있다.

나. 피고의 주장

원고는 이 사건 부동산을 교회 교육관 용도로 취득하였으나, 이러한 용도로 사용하지 아니한 채 별개의 법인격과 목적을 가진 이 사건 복지재단에 증여하였으므로, 위 부동산에 대하여는

지방세법 제107조, 제127조 각 단서에 의하여 취득세와 등록세가 부과되어야 한다.

다. 판단

지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1호,

같은 법 시행령 제79조 제1항 제1호, 제3호, 제94조는 종교를 목적으로 하는 단체와 사회복지사업법의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 사업에 사용하기 위하여 취득(등기)한 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하되, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있는바, 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득(등기)한 경우 취득세와 등록세 비과세 규정을 둔 것은 사회공공의 욕구를 충족시켜 주는 긍정적인 역할을 하고 있는 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 수행하는 공익사업을 장려, 육성하기 위한 것이라는 점을 감안해 보면, 이러한 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득하였다가 동일한 공익사업을 목적으로 하는 비영리법인을 설립하고 위 비영리법인에게 위 부동산을 증여하여 위 비영리법인으로 하여금 위 부동산을 사용하여 그 공익사업을 수행하게 하였다고 하여 이를 두고 ‘그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우’에 해당한다고 할 수는 없다.

이 사건에서 보건대, 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 사회복지법인을 설립하여 복지시설을 운영하고자 2005. 6. 3. 이 사건 부동산을 매수하였으나 사회복지법인의 설립이 지연되는 바람에 같은 해 7. 11. 원고의 명의로 등기하였다가, 2006. 2. 23. 경기도지사로부터 사회복지법인의 설립허가를 받아 그 무렵 대표이사를 원고의 대표자인 김찬종으로 하는 이 사건 복지재단을 설립한 다음, 같은 해 3. 11. 위 복지재단에 위 부동산을 증여하여 같은 달 14. 소유권이전등기를 마친 사실, 위 복지재단은 그 무렵부터 위 부동산에 장애인주간보호시설을 설치하여 운영하고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 위와 같이 원고가 복지시설을 운영하기 위하여 위 부동산을 취득하였다가 장애인복지시설의 운영을 목적으로 하는 위 복지재단을 설립하고 위 복지재단에게 위 부동산을 증여하여 위 복지재단으로 하여금 위 부동산을 사용하여 복지시설을 운영하게 한 이상 이를 두고

지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1호에서 말하는 ‘그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우’에 해당한다고 할 수는 없고, 원고의 정관에 사회복지사업이 그 목적으로 규정되어 있지 않다고 하여 달리 볼 것도 아니다.

4. 결론

그렇다면 원고의 위 부동산의 증여가 위의 경우에 해당한다고 보고 행한 이 사건 처분은 위법하므로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 원고 주장의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.