공장의 등기가 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 동법 시행령 제102조 제2항에 의하여 등록세 중과세 대상에 해당한다면, 납세의무자가 등록세 등이 법령상 중과세 대상에 해당함을 알지 못하여 기본세율에 의하여 등록세 등을 자진 신고·납부하였다고 하더라도, 단지 그러한 사정만으로는 등록세 등의 자진신고 납부의무를 이행하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없으므로, 행정청의 가산세를 부과처분은 정당하다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 12. 14. 사출금형 제작업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 2004. 12. 30.

부천시 오정구 내동 140 공장용지 2915.8㎡를 취득한 뒤 위 공장용지를 2005. 3. 17. 같은 동 140 공장용지 2153㎡(이하 ‘이 사건 제1 토지’라고 한다) 및 같은 동 140-3 공장용지 762.8㎡(이하 ‘이 사건 제2 토지’라고 한다)로 분할하여, 2005. 10. 26. 이 사건 제1 토지상에 연면적 3595.8㎡인 건축물(이하 ‘이 사건 제1 공장’이라 한다)을, 2005. 11. 10. 이 사건 제2 토지상에 연면적 1551.9㎡인 건축물(이하 ‘이 사건 제2 공장’이라 한다)를 각 신축하였다.

나. 원고는 2005. 11. 14. 이 사건 제1 공장에 대하여, 2005. 11. 24. 이 사건 제2공장에 대하여 각 소유권보존등기를 경료하고, 위 각 공장이 도시형공장에 해당하는 것으로 신고하여 등록세를 표준세율로 자진신고, 납부하였다.

다. 이후 피고가 2007. 12.경 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 원고는 이 사건 제2 공장을 2005. 11. 24. 매각하였고, 이 사건 제1 공장 중 1485㎡를 타에 임대하고 있음을 확인하고, 이 사건 제1, 2 토지 및 공장은 대도시 내에서 법인 설립 이후 5년 이내에 공장의 신설을 위하여 취득한 것으로서 원칙적으로 등록세 중과세 대상이고, 다만 도시형공장에 해당하는 경우에는 예외적으로 등록세 중과대상에서 제외되는 것인데, 원고는 이 사건 제2 공장을 취득 후 바로 매각하였고, 제1 공장의 일부는 타인에게 임대하고 있어 위 매각 및 임대부분은 도시형공장으로 취득, 사용한 것에 해당하지 않는다는 이유로, 이 사건 제1, 2 공장에 관한 전체 등록세 과세표준에서 위 매각 및 임대부분의 면적을 안분하여 산출한 과세표준에 대하여 지방세법 제138조 제1항 제3호의 중과세율을 적용하여 세액을 다시 산정한 뒤, 원고의 기납부세액을 차감하여 2008. 3. 6. 원고에 대하여, 이 사건 제2 공장에 관한 등록세 101,896,820원(가산세 26,080,720원 포함), 지방교육세 18,863,020원(가산세 3,699,810원 포함) 및 이 사건 제1 공장에 관한 등록세 58,174,740원(가산세 14,986,360원 포함), 지방교육세 10,771,170원(가산세 2,133,500원 포함)을 각 부과하였다(이하 모두 합쳐 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1 내지 4, 갑 제5호증의 1, 2, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 주위적 청구 부분에 관하여

원고는

지방세법 제138조 제1항 단서,

동법 시행령 제101조 제1항 제19호 소정의 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의한 협동화사업으로서

산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제34조 제1호 규정에 의한 도시형공장을 영위하는 사업을 위하여 이 사건 제1, 2 공장을 취득한 것이므로 그 부동산등기는 대도시내 법인 중과세 예외대상에 해당하고, 원고는 당초 도시형공장을 신설하려는 목적으로 이 사건 제1, 2 공장을 각 취득하였다가 감당할 수 없는 자금난을 겪게 되어 부득이하게 이 사건 제1 공장의 일부를 임대하고, 제2 공장을 송병수에게 매도하게 되었으나, 원고로부터 공장을 임차하거나 매수한 자들도 원고와 마찬가지로 도시형업종의 공장을 그대로 운영하고 있으므로 원고의 경우는

지방세법 시행령 제101조 제2항에서 규정하는 바와 같이 정당한 사유 없이 등기일로부터 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당하지 않는다고 할 것임에도 피고가 위 임대 및 매각 부분에 관하여 등록세 등을 중과세한 것은 위법하다.

(2) 예비적 청구 부분에 관하여

원고는 도시형업종의 공장을 운영하기 위하여 건물을 신축하였다가 이를 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 이를 매각하는 등의 경우에 등록세 등을 중과세하여 추징한다는 사실을 전혀 몰랐고, 이 사건 제1, 2 공장에 관하여 최초에 표준세율로 자진신고, 납부할 당시 담당공무원으로부터 그와 같은 사실을 고지받은 사실도 없었던 점 등에 비추어 원고에게 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 피고가 사후적으로 세금부과의 잘못이 드러나 추가로 과세하면서 원고에 대하여 가산세를 부과하는 것은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 주위적 청구 부분에 관하여

(가)

지방세법 제138조 제1항 제3호,

동법 시행령 제101조 제1항,

제102조 제2항의 각 규정을 종합하면, 대도시 내에서 법인이 설립 후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산에 대한 등기(공장의 신설증설, 공장의 승계취득 등에 따른 부동산 취득등기를 포함)를 하는 때에는 그 세율을

제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 중과세하되, 대도시 안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서

지방세법 시행령 제101조 제1항 제19호 소정의「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」에 의한 협동화사업으로서

「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」제34조 제1호의 규정에 의한 도시형공장을 영위하는 사업을 비롯한

시행령 제101조 제1항 각호에서 정하는 업종에 대하여는 중과세 대상에서 제외하도록 규정하고 있는바, 위에서 든 증거에 의하면, 원고가 취득한 이 사건 제1, 2 토지 및 공장은 원고 법인의 설립 후 5년 이내에 대도시 안에서 취득한 부동산인 사실을 인정할 수 있으므로 이는 원칙적으로

지방세법 제138조 제1항 제3호에 의한 중과세율을 적용한 등록세 납부대상에 해당한다고 할 것이고, 원고는 이 사건 제1, 2 공장에서 영위하는 사업이

지방세법 시행령 제101조 제1항 제19호소정의「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」에 의한 협동화사업으로서

「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」제34조 제1호의 규정에 의한 도시형공장을 영위하는 사업이므로 중과세 제외 대상에 해당한다고 주장하나, 원고가 영위하는 사업이 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의한 협동화사업에 해당한다고 볼 아무런 증거도 없을 뿐만 아니라, 그밖에 원고가

지방세법 시행령 제101조 제1항 제19호 이외의 나머지 각호에서 규정하는 업종을 영위한다고 볼 증거도 없으므로 원고가 취득한 이 사건 제1, 2 공장에 관한 등기가

지방세법 제138조 제1항단서,

동법 시행령 제101조 제1항소정의 중과세 제외 대상에 해당한다고 할 수 없다.

따라서 원고는

지방세법 제138조 제1항 제3호에 의하여 이 사건 제1, 2 토지 및 공장의 등기에 관하여 중과세율을 적용한 등록세 등을 납부할 의무가 있다고 할 것이므로, 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 이 사건 제1, 2 토지 및 공장에 관한 등기가 중과세 제외 대상에 해당한다는 원고의 주위적 주장은 이유 없다. (한편,

지방세법 제138조 제1항 제4호,

제3항,

동법 시행규칙 제55조,

제47조에서는 대도시 안에서 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기에 대하여 중과세율을 적용하도록 규정하면서, 다만 산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조 규정에 의한 도시형 공장은 중과세 대상에서 제외하도록 규정하고 있는바,

지방세법 제138조 제1항 제3호 후단에서 ‘법인 등의 설립설치전입 이후의 부동산등기’라고 규정함으로써 중과세 대상이 되는 부동산에 대하여 아무런 제한을 두고 있지 아니하면서도,

동조 제4호에서 대도시 안에서의 공장의 신설을 따로 규정하고 있는 점에 비추어 보면,

동법 시행령 제102조 제2항에 규정된 ‘공장의 신설’에서 말하는 ‘공장’은

동법 제138조 제1항 제4호에 규정된 요건을 충족한 공장을 제외한 그 밖의 공장을 뜻한다고 할 것이므로, 신설된 공장이

동법 시행규칙 제47조 제1항 괄호 속에 규정된 ‘

공업의 배치 및 공장설립에 관한 법률 제28조 규정에 의한 도시형 공장’에 해당하여

동법 제138조 제1항 제4호에 근거하여 중과세할 수 없다 하더라도, 그 공장이 대도시 내에서의 법인 설립 후 5년 이내에 신설된 것이라면, 이는

동법 제138조 제1항 제3호,

동법 시행령 제102조 제2항에서 정한 공장의 신설에 해당하여 그 신설된 공장이

동법 제138조 제1항 단서,

동법 시행령 제101조 제1항 각 호의 중과세율 적용 제외 대상에 해당하지 아니하는 한, 그 공장 신설에 따른 부동산등기에 대해서는

동법 제138조 제1항 제3호에 따라 중과세할 수 있다 할 것이므로 설령 원고가 이 사건 제1, 2 공장을 취득한 뒤에 매각 및 일부 임대한 것이

동법 제138조 제1항 제4호에 의한 중과세 대상에서는 제외된다고 하더라도 대도시 내에서 법인 설립 후 5년 이내에 취득한 이 사건 제1, 2 공장은

지방세법 제138조 제1항 제3호에 의한 중과세대상에 해당한다고 할 것이다.)

(2) 예비적 청구 부분에 관하여

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 것이고, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없으나, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(

대법원 2004. 9. 24. 선고 2003두10350 판결,

대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 등 참조).

(나) 위에서 본 바와 같이 이 사건 제1, 2 공장의 등기는

지방세법 제138조 제1항 제3호,

동법 시행령 제102조 제2항에 의하여 등록세 중과세 대상에 해당한다고 할 것이고, 신고납세방식의 조세에 있어 원고가 이 사건 제1, 2 공장에 관한 등록세 등이 법령상 중과세 대상에 해당함을 알지 못하여 기본세율에 의하여 등록세 등을 자진 신고, 납부하였다고 하더라도 그러한 사정만으로 등록세 등의 자진신고 납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없으므로 이 사건 처분 중 가산세를 부과한 부분도 적법하다고 할 것이고, 이와 다른 전제에 선 원고의 예비적 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 주위적 청구 및 예비적 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.