토지 위에 3개동의 공장을 건축하고 그 소유권보존등기까지 마친 점 등을 감안하면, 토지를 그 취득일로부터 3년 이내에 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않은 데에 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있으므로, 행정청의 취득세 부과처분은 부당하다.

이 유

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증 내지 갑제15호증(각 가지번호 포함), 을제1, 2, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 개인기업인

덕용상사의 대표자로서 2003. 6. 9. 한국산업단지공단과 사이에 공장시설용지로 이용하기 위해 녹산국가산업단지 내에 소재한 토지 중

부산 강서구 송정동 1454-2 공장용지 9,129㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 공급가액 1,686,570,000원에 연부로 취득하는 분양계약을 체결하였고, 2003. 6. 16. 한국산업단지공단과 녹산국가산업단지 입주계약을 체결하였다.

나. 원고는 2004. 5. 13. 이 사건 토지대금을 모두 납부하여 원고 앞으로 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마친 후, 지방세법 제276조 제1항 본문의 규정에 따라 피고로부터 이 사건 토지에 대한 취득세와 등록세를 면제받고 재산세를 경감받았다.

다. 원고는 2006. 5. 1. 이 사건 토지를 현물출자하여 2006. 7. 4. 주식회사

미경금속전자(이하 ‘

미경금속’이라고 한다)를 설립한 후 대표이사로 취임하였고, 2006. 7. 19. 한국산업단지공단과 사이에 입주업체를

덕용상사에서

미경금속으로 입주계약을 변경하였으며, 2006. 7. 25.

미경금속 앞으로 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

라.

미경금속은 원고가 2003. 3. 3.자로 취득해 놓은 건축허가에 따라 이 사건 토지 위에 3개동의 공장을 건축하고 2007. 4. 10. 그 소유권보존등기를 마쳤다.

마. 그런데 피고는 2007. 7. 10. 원고에 대한 세무조사를 실시한 후, 개인사업자가 현물출자로 법인전환 하였으나 나대지 또는 건설 중인 자산은 조세특례제한법 제32조 규정에 의한 사업용 고정자산으로 볼 수 없으므로 일반매매로 보아 당초

지방세법 제276조 제1항에 따라 감면하였던 취득세 등을 같은 항 단서 규정에 따라 추징하기로 하고, 할부이자를 포함한 이 사건 토지의 분양금액 1,776,571,420원(분양금액 1,686,570,000원 + 할부이자 90,001,420원)을 과세표준액으로 하여 원고에게 2008. 3. 14. 취득세 49,598,300원, 농어촌특별세 3,908,450원, 2008. 3. 17. 재산세 6,094,650원, 지방교육세 1,218,930원, 2008. 3. 24. 등록세 74,397,460원, 지방교육세 13,813,540원을 각 부과(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라고 한다)하였다.

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 피고는, 나대지 상태인 이 사건 토지는

조세특례제한법 제32조 규정에 의한 사업용 고정자산이 아니므로, 비사업용 고정자산을 현물출자한 것은

지방세법 제276조 제1항 단서 규정의 ‘매각’에 해당하는 것으로 보고 감면되었던 취득세 등을 추징하는 이 사건 각 부과처분을 한 것으로 보인다.

(2) 그러나, 감면되었던 취득세 등을 추징할 것인지는 이 사건 토지가 사업용 고정자산에 해당하는지와는 아무런 관련이 없고,

지방세법 제276조 제1항 단서에 규정되어 있는 추징사유가 있는지에 따라 결정되어야 하는데, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 공장을 신축하지 못하고 있는 상태에서 원고의 개인기업인

덕용상사를 법인인

미경금속으로 전환하면서 이 사건 토지를 현물출자하였고, 이후

미경금속이 이 사건 토지 위에 공장을 신축하여 사용하고 있는 점에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 3년 이내에 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

지방세법 제276조 제1항단서는 ‘그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세ㆍ등록세 및 재산세를 추징한다’고 되어 있는바, 앞에서 본 바와 같이 원고는 2004. 5. 13. 이 사건 토지의 소유권을 취득한 다음 현물출자를 통해 2006. 7. 25.

미경금속에게 이 사건 토지의 소유권이전등기를 마쳐 줌으로써 이 사건 토지를 그 취득일로부터 3년 이내에 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않은 경우에는 해당한다.

그렇다면,

지방세법 제276조 제1항단서의 정당한 사유가 있는지에 관하여 살피건대, ①

조세특례제한법 제32조 제1항은 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 당해 사업용 고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있도록 하고,

조세특례제한법 제119조 4항은

제32조의 규정에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하고,

조세특례제한법 제120조 제5항은

제32조의 규정에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하도록 각 규정하고 있는 점, ② 그러나 조세특례제한법 위 각 규정이 현물출자되는 사업용 재산에 대하여 등록세, 취득세를 면제하는 취지는 이 경우 실질적으로는 동일한 사업주가 사업의 운영형태만을 바꾸는 것에 불과하여 재산이전에 따르는 등록세 등을 부과할 필요가 적음과 더불어 개인사업의 법인전환을 장려함에 있는 반면,

지방세법 제276조 제1항의 규정이 산업단지 안에서 산업용 건축물 등을 신축하는 자가 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 감면하는 취지는 산업단지에 입주하는 사업자에게 적은 비용으로 사업용 재산을 취득할 수 있도록 조세를 감면해 주는 혜택을 부여함으로써 산업의 집적을 활성화하고 공장의 원활한 설립을 지원하기 위한 것으로 그 입법취지가 다른 점, ③ 원고가 나대지 상태인 이 사건 토지를 현물출자하는 방법으로 법인으로 전환하여 그 법인이 공장을 건축한 경우 이 사건 토지가 사업용 재산에 해당하지 아니하여 조세특례제한법 위 각 규정의 적용을 받지 못한다고 하더라도

지방세법 제276조 제1항 단서 규정의 정당한 사유가 있는지는 반드시 이와 동일하게 판단해야 하는 것은 아닌 점(한편, 피고는 원고가 이 사건 토지를 미경금속에게 현물출자한 것이

조세특례제한법 제32조 소정의 현물출자가 아니라고 주장하나,

미경금속은 조세특례제한법 위 각 규정에 따라 이 사건 토지에 대한 취득세 및 등록세를 감면받았다), ④ 위와 같은

지방세법 제276조 제1항의 취지에 비추어 보면, 개인사업자가 나대지인 토지 위에 공장을 건축한 후 이를 현물출자하여 법인을 설립하는 경우와 나대지인 토지를 현물출자하여 법인을 설립한 후 그 토지 위에 공장을 신축하는 경우를 달리 취급할 이유가 없는 점, ⑤

미경금속은 실제로 이 사건 토지 위에 3개동의 공장을 건축하고 그 소유권보존등기까지 마친 점 등을 감안하면, 원고가 이 사건 토지를 그 취득일로부터 3년 이내에 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않은 데에 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있으므로, 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.