종교법인이 건물의 일부를 영유아보육시설로 이용하기 위해 취득하였으나, 취득 전 건물의 소유자와의 분쟁 및 행정청의 공사중단 지시로 인하여 부동산의 취득일로부터 1년 이내에 부동산을 영유아보육시설로 사용하지 못했다면, 이는 건물을 고유목적에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있으므로, 이러한 건물에 대해 취득세 등을 부과한 행정청의 부과처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고의 담임목사인

류광수는 2005. 7. 26. 부산 해운대구

우동 280 답 1,478㎡, 같은 동 281-1 답 253㎡ 및 위 토지 지상의 철근 콘크리트조 슬래브지붕 4층 지하층 147.85㎡, 1층 507.05㎡, 2층 507.05㎡, 3층 507.05㎡, 4층 153.30㎡의 건물(이하 위 토지와 건물을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 경락받은 후 같은 해 9. 12. 경락대금을 납부하고 이 사건 부동산의 소유권을 이전받았다.

류광수는 2006. 3. 12. 원고에게 이 사건 부동산을 증여하고 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하여 주었다.

나. 원고는

류광수로부터 이 사건 부동산을 증여받으면서 이 사건 부동산 중 지상 1, 2층은 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 설치ㆍ운영하기 위한 부동산으로, 지하 1층 및 지상 3, 4층은 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체의 사업용 부동산으로 신고하였고, 피고는 이 사건 부동산 지상 1, 2층 부분에 대한 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세(이하 위 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 교육세를 합하여 ‘취득세 등’이라 한다)를 감면하고, 지상 3, 4층 부분에 대한 취득세 등을 비과세하였다.

다. 피고는 원고가 이 사건 부동산 중 지상 1, 2층 부분을 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 영유아 보육시설에 직접 사용하지 아니한다는 이유로 2007. 5. 28. 원고에게 이미 감면한 취득세 등의 부과처분을 과세예고하고, 2007. 9. 10. 959,683,060원을 과세표준(이 사건 부동산의 1, 2층의 각 과세표준 479,841,530원)으로 하여 취득세 23,947,920원(가산세 4,754,260원 포함), 농어촌 특별세 2,334,320원(가산세 414,960원 포함), 등록세 9,579,120원(가산세 1,901,660원 포함), 지방교육세 1,762,170원(가산세 226,680원 포함)을 부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼없는 사실, 을 2호증, 을 4호증의 3, 6, 을 14호증, 을 17호증의 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, 이 사건 부동산을 취득하기 이전에 이 사건 부동산 1, 2층에서 ‘해운대

선민어린이집’을 운영하고 있던

김철수와의 분쟁 및 피고의 공사중단 지시로 인하여 이 사건 부동산의 취득일로부터 1년 이내에 이 사건 부동산 중 1층을 영유아보육시설로 사용하지 못한 것이므로 당해 용도에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있음에도 취득세 등을 부과한 이 사건 각 부과처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 이 사건 부동산은 원고의 담임목사인

류광수가 경락받기 전 해운대

선민교회에서 사용하고 있었고, 해운대

선민교회의 담임목사

김철수는 1997. 3. 22. 이 사건 부동산 중 1, 2층에 민간 영유아보육시설인 ‘

선민어린이집’의 설치인가를 받고 ‘

선민어린이집’의 대표자 및 시설장의 자격으로 2006. 2. 말경까지 ‘

선민어린이집’을 운영하였다.

(2)

김철수는 이 사건 부동산이

류광수에게 경락된 후, 이 사건 부동산을 자신이 소속되어 있는 교회에서 계속해서 사용하게 하기 위하여 원고와 여러 차례 협상을 시도하면서 부동산의 인도를 거부하였고, 이에 원고는 부산지방법원 동부지원에서 경락부동산의 인도명령을 받아 강제집행을 통해 이 사건 부동산을 점유하였다.

(3) 원고는 위 과정에서

김철수에게 ‘

선민어린이집’의 신규 원생 모집 등을 중단하라고 요구하고, 피고에게 2006. 1. 18.과 2006. 2. 9.에 2006. 1. 27. 이후 이 사건 부동산의 강제집행을 시행할 예정이니 ‘

선민어린이집’의 학부모들이 피해를 입지 않도록 지도ㆍ감독해 달라는 공문을 보냈고, 피고는 2006. 2. 16. 원고에게 ‘

선민어린이집’의 장에게 보육중인 영유아를 전원조치 하도록 명령하였다고 회시하였다.

(4)

김철수는 이 사건 부동산의 경락 및 강제집행으로 ‘

선민어린이집’의 운영이 불가능하게 되자 2006. 2.말 보육아동 77명을 타 보육시설로 전원 조치하고, 2006. 3. 27. 피고에게 ‘시설이 경매처분된 이후 강제집행됨으로 말미암아 기존 시설의 교육기자재를 비롯한 모든 비품, 실내외 놀이시설 전반에 대한 재사용ㆍ인수인계 등의 문제를 놓고 소유주와 협의중에 있으므로 4월말까지는 방안이 나올 예정’이라는 내용의 시설ㆍ재산에 관한 사용 또는 처분계획서를 첨부하여 2006. 3. 1.부터 2007. 2. 28.까지 ‘

선민어린이집’의 휴지 신고를 하였고, 피고는 이를 수리하였다.

(5)

김철수는 2007. 3.경부터 원고와 보육시설의 대표자 명의변경에 관하여 협의를 한 끝에 원고에게 ‘

선민어린이집’을 대표자 명의변경을 해 주기로 합의하고 2007. 1. 4. 보육시설 재개신고를 하였고, 피고는 같은 달 15. 이를 수리하였다.

(6) 이에 원고는 교사모집, 내부 시설공사 등 보육시설의 개원 준비를 시작하였으나,

김철수가 피고에게 ‘

선민어린이집’의 권리는 자신에게 있는데 원고가 ‘

선민어린이집’을 운영하는 것은 부당하다고 이의를 제기하였다. 이에 피고는 보육시설 재개사항 등을 확인하기 위하여 ‘

선민어린이집’을 방문하였고, 현장방문 후

김철수에게 2006. 3.부터는 종교단체의 장이 보육시설의 장을 겸임하는 것이 불가능하므로 보육시설장을 자격이 있는 사람으로 변경신청하고, 보육종사자를 배치하라는 내용의 시정명령을 하였다.

(7)

김철수는 피고의 위 시정명령에 응하거나 ‘

선민어린이집’의 대표자 명의변경을 하지 않고 ‘보육시설 경매로 1년간 휴지하고 재개신고하였으나 요건이 불비하다’는 사유를 들어 2007. 2. 28. 피고에게 보육시설의 폐지신고를 하였다.

(8) 원고는

김철수가 ‘선민어린이집’의 폐지신고를 하여 명의변경이 불가능해지자 신규 영유아보육시설 인가를 받기로 하고 내부공사를 마친 후 2007. 6. 22. 이 사건 부동산 중 1층에 대표자

류광수, 보육시설의 장 심영미로 하여 ‘해운대

새싹어린이집’ 이라는 명칭으로 영유아보육시설 인가신청을 하였고, 피고는 같은 달 29. 이를 인가하였다.

(8) 원고는 인가를 받은 이후 현재까지 이 사건 부동산의 1층에서 영유아보육시설인 ‘해운대

새싹어린이집’을 운영하고 있고, 이 사건 부동산의 2층에서 6-7세 어린이를 대상으로 한

영어선교학교를 운영하고 있다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 17호증의 1, 2, 을 6호증의 1, 3, 을 8호증, 을 9호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 정당한 사유의 존부

(가)

구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제 8835호로 개정되기 전의 것) 제272조 제5항에서는「영유아보육법」에 의한 영유아보육시설을 설치 · 운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 다만, 부동산 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 위

지방세법 제272조 제5항의 입법 취지는 영유아보육사업이라는 사회복지서비스의 확대, 발전을 위하여 위 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하는 세제상의 혜택을 부여하려는 것으로서 실제로 부동산을 위 사업에 사용하지도 않으면서 세제상의 혜택만을 받는 경우를 방지하기 위하여 단서에 부동산을 직접 사용하는 것으로 볼 수 없는 경우 취득세 등을 추징할 수 있다는 규정을 둔 것이다. 다만, 취득 단계에서 부과되는 취득세 제도 자체의 특성상 부동산을 취득하는 단계에서 이를 당해 용도에 직접 사용할 것을 기대할 수는 없으므로 취득 후 1년의 유예기간을 허용하되, 유예기간 내에 당해 용도에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있음에도 취득세와 등록세를 부과한다면 위 입법 목적에 부합하지 아니한다는 점을 감안하여 유예기간 내에 사용하지 못한 구체적 사유를 따져 취득세와 등록세의 추징 여부를 결정한다는 취지로 해석할 수 있다.

한편, 위 ‘정당한 사유’의 판단 기준은 법령에 의한 금지 · 제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 당해 용도에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하고, 나아가 정당한 사유가 있는지를 판단함에 있어서는 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령 · 사실상의 장애사유와 장애 정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(

대법원 2000. 5. 12. 선고 2000두1300 판결 등 참조).

(나) 이 사건에서, 원고가 이 사건 부동산의 1층을 취득일로부터 1년 이내에 영유아 보육시설로 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지에 관하여 본다.

영유아보육법(2007. 10. 17. 법률 제8654호로 개정되기 전의 것) 제13조,

동법 시행규칙 제5조 제4항에 의하면, 민간 보육시설을 운영하고자 하는 사람은 구청장의 인가를 받아야 하고, 보육시설의 설치인가를 받아 보육시설을 운영하는 자는 보육시설의 대표자 또는 보육시설의 장, 보육시설의 종류·명칭·소재지 또는 보육정원을 변경하고자 하는 경우 구청장의 인가를 받아야 하며, 인가된 보육시설을 폐지하거나 일정기간 운영을 중단하거나 운영을 재개하려는 자는 미리 시장ㆍ군수 ㆍ 구청장에게 신고하여야 하고, 위 신고를 하지 아니하고 보육시설을 폐지하거나 일정기간 운영을 중단하거나 운영을 재개한 경우 여성가족부장관, 시·도지사 또는 시장 · 군수 · 구청장은 보육시설의 장 또는 그 설치 · 운영자에게 기간을 정하여 그 시정 또는 변경을 명할 수 있고, 위 시정 또는 변경명령을 위반할 경우 1년 이내의 시설운영정지를 명하거나 시설의 폐쇄를 명할 수 있다.

살피건대, 앞서 본 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ① 원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 ‘

선민어린이집’의 대표자인

김철수로부터 대표자 명의변경 절차를 거쳐 ‘

선민어린이집’을 계속 운영하려고 하였으나

김철수가 대표자 명의변경을 거부하고 ‘

선민어린이집’의 휴지신고를 함으로써 원고로서는 휴지신고기간 동안 대표자 명의변경 절차를 거칠 수 없었던 점, ② 영유아보육법에 의하여 대표자 등의 변경 인가신청을 할 수 있는 사람은 인가를 받아 보육시설을 운영하는 자로서 그로부터 보육시설 등을 양수한 사람은 명의변경 신청 등을 할 수 있는 자격이 없어 명의변경 등을 이행할 수 있는 별다른 방법이 없고, 양도인이 영유아보육시설의 폐지신고를 하거나 행정청에 의하여 어린이집의 폐쇄명령이 내려질 때까지 기다렸다가 신규 설치인가를 받을 수밖에 없는 점, ③ 피고는

김철수가 ‘

선민어린이집’의 명의변경 절차를 이행하지 않는다고 하더라도 원고가 영유아보육법 시행규칙에 맞게 이 사건 부동산 1층의 내부를 수리한 후 새로운 영유아보육시설의 인가신청을 하면 되는 것이므로 원고가 이 사건 부동산을 당해 용도에 사용하기 위하여 정당한 노력을 다하였다고 볼 수 없다고 주장하나,

김철수가

영유아보육법 제43조에 따라 2007. 2. 28.까지 ‘선민어린이집’의 휴지신고를 한 이상 피고가 운영 중지를 이유로 ‘선민어린이집’에 대하여

영유아보육법 제44조의 시정명령 및

동법 제45조에 의한 폐쇄명령은 할 수 없었을 것으로 보이고 그에 따라 원고의 신규인가신청 역시 받아들여지기 어려웠을 것으로 보이는 점, ④ 원고는 이 사건 부동산의 취득 이후

김철수로부터 명의 이전을 받기 위하여 협의를 계속 하였고

김철수가 2007. 1. 4. ‘선민어린이집’의 재개신고를 하여 수리가 되었으나, 그 이후에도

김철수는 여전히 대표자의 변경을 거부하고 자신에게 권리가 있다고 주장하며 원고의 영유아보육시설 개원 준비에 대하여 민원을 제기하는 등 대표자 변경절차에 협조하지 않았고 끝내 2007. 3. 12. ‘

선민어린이집’의 폐지 신고를 하여 원고는 어쩔 수 없이 새로운 영유아보육시설의 설치인가 신청을 하게 된 점, ⑤ 원고는 이 사건 부동산 1층에 영유아보육법 시행규칙에서 정하는 보육시설의 시설기준에 맞도록 내부공사를 마치고 보육시설의 장과 보육교사를 채용한 후 2007. 6. 22. ‘해운대

새싹어린이집’이라는 명칭의 영유아보육시설의 인가를 신청하여 같은 달 29. 피고로부터 인가를 받아 현재까지 이 사건 부동산 1층 부분을 영유아 보육시설로 사용하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 부동산의 1층을 영유아 보육시설로 사용하기 위하여 취득일 이후 진지하고 꾸준한 노력을 하였다고 볼 수 있으므로, 취득일로부터 1년 이내에 이 사건 부동산의 1층을 영유아 보육시설로 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 할 것이다. 따라서 이 사건 부동산의 1층 부분은 추징해야 할 취득세 등의 과세대상이 된다고 할 수 없으므로 원고의 위 주장은 이유 있다.

(2) 정당한 세액

위에서 본 바와 같이 이 사건 부동산의 1층 부분은 영유아 보육시설로 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있으므로 추징해야 할 취득세 등의 과세표준에 들어가지 아니한다. 따라서 이 사건 부동산 2층 부분에 대한 취득세 등을 다시 산출하여 보면 다음과 같다[(원고가 이 사건 부동산을 취득한 때가 2006. 3. 12.인 사실은 앞서 본 바와 같은바,

구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것) 제272조 제5항에 의하면 이 사건 부동산의 2층에 대한 취득세 등의 추징사유 발생일은 취득일로부터 1년이 경과한 날인 2007. 3. 13.이고,

지방세법 제120조 제3항에 따라 원고가 추징사유 발생일인 2007. 3. 13.부터 30일(2007. 4. 12.) 이내에 추징세액을 신고ㆍ납부하지 아니하였으므로 이 사건 취득세 등의 납부불성실 가산세의 기산일은 위 신고ㆍ납부기한 다음날인 2007. 4. 13.이다)].

(가) 취득세

1) 본세 9,596,830원(과세표준 479,841,530원 × 세율 0.02, 10원 미만 버림, 이하 같다)

2) 가산세 2,354,090원{신고불성실 가산세 1,919,360원(본세 9,596,830원 × 0. 2)} + 납부불성실 가산세 434,730원(본세 9,596,830원 × 납부지연일인 2007. 4. 13.부터 부과일인 2007. 9. 10.까지 151일 × 0.0003)}

3) 합계 11,950,920원(본세 9,596,830원 + 가산세 2,354,090원)

(나) 농어촌특별세

1) 본세 959,680원(과세표준 9,596,830원 × 세율 0.1)

2) 가산세 223,020원{신고불성실 가산세 191,930원(본세 959,680원 × 0.2) + 납부불성실 가산세 31,090원(본세 959,680원 × 납부지연일인 2007. 4. 13.부터 부과일인 2007. 9. 10.까지 151일 × 0.0003으로 계산하면 43,470원이 되나, 피고가 당초 부과한 농어촌특별세에 대한 납부불성실 가산세액 31,090원을 초과하여 인정할 수는 없으므로 피고가 부과한 금액인 31,090원으로 한다)}

3) 합계 1,182,700원(본세 959,680원 + 가산세 223,020원)

(다) 등록세

1) 본세 3,838,730원(과세표준 479,841,530원 × 세율 0.008)

2) 가산세 941,630원{신고불성실 가산세 767,740원(본세 3,838,730원 × 0.2) + 납부불성실 가산세 173,890원(본세 3,838,730원 × 납부지연일인 2007. 4. 13.부터 부과일인 2007. 9. 10.까지 151일 × 0.0003)}

3) 합계 4,780,360원(본세 3,838,730원 + 가산세 941,630원)

(라) 지방교육세

1) 본세 767,740원(과세표준 3,838,730원 × 0.2)

2) 가산세 111,540원{신고불성실 가산세 767,70원(본세 767,740원 × 0.1) + 납부불성실 가산세 34,770원(본세 767,740원 × 납부지연일인 2007. 4. 13.부터 부과일인 2007. 9. 10.까지 151일 × 0.0003)}

3) 합계 879,280원(본세 767,740원 + 가산세 111,540원)

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이 사건 각 부과처분 중 위 각 정당한 세액을 초과하는 부분의 취소를 구하는 범위 내에서는 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.