1. 처분의 경위

가. 현대건설 주식회사는 피고로부터 서울특별시 강남구 압구정동 456 외 8필지 상에 분양을 목적으로 구 주택건설촉진법 제38조 제2항·구 공동주택관리령(2003. 6. 25. 대통령령 18020호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제2항의 규정에 의하여 공동주택 행위허가(대수선){세대당 10평형(전용면적 30.67㎡)인 공동주택 455세대(15,485.89㎡)를 세대당 80평형(전용면적 243.96㎡)인 공동주택 56세대(15,485.89㎡)로 변경}를 받았다.

나. 원고는 2002. 3. 18. 위 공동주택을 리모델링하여 분양하기 위하여 현대건설 주식회사 소유로 되어 있던 이 사건 토지를 취득하였고, 2002. 7. 15. 피고에게 공동주택 행위변경허가신청서를 제출하였다. 피고는 2002. 8. 5. 연면적을 늘리기 위한 공동주택 행위변경허가{행위변경허가 전 : 공동주택(아파트) 56세대, 연면적 15,485.89㎡ → 행위변경 허가 후 : 공동주택(아파트) 56세대, 연면적 16,954.62㎡}가 처리되었음을 통보하였다.

다. 원고는 2002. 8. 8. 피고에게 착공신고서를 제출하여, 2002. 8. 21. 피고로부터 착공신고필증을 교부받았고, 2004. 2. 28. 리모델링 행위허가 사용검사필증을 교부받았다.

라. 피고는 2002년도, 2003년도, 2004년도에 종합토지세 과세기준일(매년 6. 1.) 현재 원고가 소유하고 있는 이 사건 토지를 주거용 건축물의 부속토지로 보고 종합합산 과세(2002년 193,834,690원, 2003년 251,279,930원, 2004년 113,295,130원)하였다. 그런데, 피고는 2004. 11. 2. 및 2004. 11. 11. 이 사건 토지를 분리과세 대상인 “주택건설촉진법에 의하여 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 동법에 의한 사업계획 승인을 받은 후 그 사업에 공여되고 있는 토지”로 보고 2002년도, 2003년도 및 2004년도 종합토지세 등을 감액결정하여 환급(2002년분 161,572,180원, 2003년분 214,016,800원, 2004년분 74,276,810원)하였다.

마. 피고는 2006년도 행정자치부의 강남구 특별감사에서, 2002년도, 2003년도, 2004년도 종합토지세 과세기준일 당시 이 사건 토지는 분리과세 대상인 구 주택건설촉진법 제33조에 의한 사업계획 승인 대상 사업에 공여된 토지가 아니고, 같은 법 제38조에 의한 공동주택 행위허가(리모델링) 대상 사업에 공여된 토지로서 종합합산 과세 대상인 주거용 건축물의 부속토지에 해당되는데도 분리과세 대상으로 분류되었다는 지적을 받았다. 이에 피고는 2006. 5. 15. 원고에게 2002년분 합계 161,572,180원(= 종합토지세 119,683,100원 + 지방교육세 23,936,620원 + 농어촌특별세 17,952,460원), 2003년분 합계 214,016,800원(= 종합토지세 158,530,960원 + 지방교육세 31,706,190원 + 농어촌특별세 23,779,650원), 2004년분 합계 74,276,810원(= 종합토지세 55,019,860원 + 지방교육세 11,003,970원 + 농어촌특별세 8,252,980원)을 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 갑1~12, 을1~3의 각 기재·영상(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 2002년도 및 2004년도의 경우, 구 지방세법 시행령(2004. 6. 29. 대통령령 제18445호로 개정되기 전의 것) 제194조의17 제1항에서 종합토지세의 과세대상 토지가 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 부과하도록 하고 있고, 구 지방세법(2004. 12. 31. 법률 제7311호로 개정되기 전의 것) 제82조에서 준용하도록 한 국세기본법 제14조도 실질과세를 규정하고 있으므로, 주거용 건축물의 부속토지에 해당되는지 여부는 종합토지세 과세기준일 현재 실제로 주거용 건축물로 사용하고 있는지 여부에 따라 판단하여야 한다.

이 사건 토지는 공부상 용도가 공동주택(아파트)으로 되어 있으나, 원고는 이 사건 토지상에 기존의 공동주택을 리모델링하여 일반분양을 하면서 이를 주거용으로 사용하기 위하여 취득하지도 않았고, 취득시부터 분양시까지 실제로 주거용 건축물로 사용한 바도 없으므로 그 부속토지는 별도합산 과세대상인데도 공부상 주택으로 되어 있다거나 앞으로도 주거용으로 사용할 것이라는 등의 이유로 주거용 건축물로 판단하여 종합합산 과세대상으로 종합토지세를 부과한 이 사건 처분은 실질과세의 원칙과 현황부과의 원칙의 법리를 오해해서 부과한 처분으로서 위법하다.

(2) 2003년도의 경우는 건축법 제2조 제1항 제9호에서 건축은 건축물을 증축 등을 하는 것이라 규정하고 있고 원고의 공동주택 리모델링공사는 증축행위를 수반하는 건축행위에 해당하므로, 과세기준일 현재 이 사건 토지는 “건축 중인 토지”로서 별도합산 과세대상 토지로 보아야 함에도, 이와 다른 견해에 선 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 구 지방세법 시행령 제194조의14 제1항에서 건축 중인 경우를 건축물에 포함시키고 있는 것은 건축 중인 경우를 종합합산과세대상에서 제외하고자 하는 취지이지, 건축 중인 주거용 건축물도 주거용 건축물에 포함시킴으로써 종합합산과세하고자 하는 취지가 아니고 리모델링도 건축에 해당하므로, 위 공동주택을 리모델링하고 있는 동안은 이 사건 토지는 종합합산과세대상에 포함되지 않는 것이어서, 이와 다른 견해에 선 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 규정

■ 지방세법 (2004. 12. 31. 법률 제7311호로 개정되기 전의 것)

제234조의15 (과세표준)

① 종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준·별도합산과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다.

② 종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지중 별도합산 또는 분리과세의 대상이 되는 건축물의 부속토지로서 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 한다. 다만, 다음 각호에 해당하는 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다.

1. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 종합토지세가 비과세 또는 면제되는 토지의 가액

2. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 종합토지세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지가액

3. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지의 가액

4. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야의 가액

5. 제112조 제2항의 규정에 의한 골프장(동조 동항 본문 후단의 규정을 적용하지 아니한다)용 토지의 가액과 동조 동항의 규정에 의한 별장·고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는 토지의 가액 및 제188조 제1항 제2호(1)의 규정에 의한 주택의 부속토지로서 대통령령이 정하는 기준면적을 초과하는 토지의 가액

6. 제3호 내지 제5호의 규정에 의한 토지와 유사한 토지 및 종합토지세를 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지의 가액

③ 별도합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 건축물의 부속토지중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합산한 금액으로 한다. 다만, 제2항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다.

④ 분리과세표준은 제2항 제3호 내지 제6호의 가액으로 한다.

⑤ 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 토지의 가액은 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가(개별공시지가가 없는 토지의 경우에는 시장·군수가 동법 제10조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 산정한 지가를 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

⑥ 제5항의 규정에 의한 과세표준액 적용비율의 결정에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하되, 제5항의 규정에 의한 토지의 가액이 개별공시지가를 초과하지 아니하도록 하여야 한다.