토지의 취득 당시 현황이 사회통념상 본점 건축물과 경제적 일체를 이루면서 사실상 해당 건축물에 부속되어 사용되고 있으면, 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산으로서의 부속토지로 볼 수 있으므로, 해당 토지가 증축 허가에 따른 본점 증축 부분의 부속토지에 해당함을 원인으로 취득세 등을 중과세한 행정청의 처분은 정당하다.

1. 이 사건 각 처분의 경위

가. 원고는 각종 차량 및 차량 부분품의 제조ㆍ판매업 등을 목적으로 설립된 법인인바, 2000. 11. 30. 본점 이전을 위하여 서울 서초구

양재동 231 토지 22,298.2㎡ 및 그 지상 건축물 연면적 82,344.45㎡(이하 ‘이 사건 기존 토지 및 건물’이라 한다)를

농업협동조합중앙회로부터 매수하고, 2000. 12. 26. 그에 따른 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2005. 4. 29.

서울특별시장으로부터 이 사건 기존 건물에 대한 업무동 및 주차동 증축허가(이하 ‘1차 증축허가’라 한다)를 받았고, 완공 순서에 따라 주차동(지상 8층, 연면적 20,796.75㎡) 부분에 관하여 우선 피고로부터 2006. 5. 12. 임시사용승인을 받고, 나머지 업무동 부분(지상 21층, 지하 3층, 연면적 43,189.49㎡)에 관하여는 2006. 11. 2. 사용승인을 받아 각 취득하였다.

다. 한편 원고는 2005. 11. 25.

농업협동조합중앙회로부터 이 사건 기존 토지에 연접한 서울 서초구

양재동 230-1 토지 중 942.3㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 금 6,620,000,000원에 추가로 매수하고 2005. 11. 30. 그에 따른 소유권이전등기를 마쳤는바, 이 사건 토지는 당초 도시계획 상 용도가 ‘

농수산물유통센터’에 해당하였으나 2006. 10. 9. 서울특별시 고시 제2006-332호로 그 용도가 ‘자동차매매업 및 도매업에 제공되는 사무소 또는 점포, 창고, 유통업무와 관련된 연구시설’로 변경되었고, 2006. 12. 6. 서울 서초구

양재동 230-1로부터 분할되어 서울 서초구

양재동 230-8로 이기되었다가 2007. 6. 21. 이 사건 기존 토지(서울 서초구

양재동 231)로 합병되었다.

라. 이에 원고는 이 사건 토지가 ‘과밀억제권역 내 본점 부속토지’에 해당하게 된 것으로 보아 아래와 같이 이 사건 기존건물에 증축 부분 전부를 포함한 연면적에 각 증축 면적의 비율에 따라 각 취득세 및 농어촌 특별세를 계산하였고, 그에 따라 2006. 12. 4. 이 사건 토지의 취득세로 총 115,789,510원(= 37,633,796원1)1) 37,633,796원 = 토지의 총 취득가액 6,620,000,000원 × {주차동 증축부분 연면적 20,796.75㎡/전체 건축물 연면적 146,330.69㎡(= 기존 부분 82,344.45㎡ + 증축 업무동 43,189.49㎡ + 증축 주차동 20,796.75㎡} × 4%(중과세율 6% - 일반세율 2%)

+ 78,155,714원2)2) 78,155,714(정확한 계산액은 78,155,696원이나 원고의 계산착오인 것으로 보인다) = 토지의 총 취득가액 6,620,000,000원 × {당해 증축부분의 연면적 43,189.49㎡/ 전체 건축물 연면적 146,330.69㎡(= 기존 부분 82,344.45㎡ + 증축 업무동 43,189.49㎡ + 증축 주차동 20,796.75㎡} × 4%(중과세율 6% - 일반세율 2%)

), 농어촌특별세로 11,578,950원(취득세의 10%, 계산 결과에서 십 원 미만 버림, 이하 같다)을 각 신고ㆍ납부하였다.

마. 그런데 피고는 원고에게, 주차동 취득 당시 업무동이 아직 미준공 상태였으므로 주차동 관련 취득세 계산 시 전체 건축물 연면적에서 업무동 면적을 제외하여야 한다고 지적하였고, 원고는 위 지적에 따라 취득세 등을 다시 계산하여 2007. 2. 26. 신고한 뒤 2007. 3. 2. 취득세(가산세 포함)로 29,253,590원, 농어촌 특별세로 2,850,110원을 추가로 납부하였다(이하 최종적으로 2007. 3. 2.자 신고ㆍ납부를 통하여 의제된 취득세 및 농어촌 특별세 부과처분을 ‘이 사건 취득세 및 농어촌 특별세 부과처분’이라 한다).

바. 한편 원고는 2007. 1. 17. 이 사건 기존 토지에 이 사건 토지를 포함하여 계산한 건폐율 및 용적율을 적용하여 추가로 업무동 2층에 대한 증축허가(증축 면적 : 2,915.33㎡, 이하 ‘2차 증축허가’라 한다)를 받았다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제12호증의 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 이유를 들어 이 사건 각 처분이 부당하다고 주장한다.

⑴ 이 사건 토지가 1차 증축 허가에 따른 증축 부분의 부속토지가 될 수 없다는 주장

이 사건 토지는 2005. 4. 29. 1차 증축 허가 당시에는 여전히

농업협동조합중앙회의 소유였고, 또 그 도시계획상 용도 역시 ‘

농수산물유통센터’로서 도저히 ‘차량 및 차량 부분품의 제조ㆍ판매업 등’을 목적으로 하는 원고 본점의 부속 토지가 될 수 없는 상태였다. 이후 원고가 이 사건 토지를 취득하고, 또 2006. 10. 9. 서울특별시 고시 제2006-332호로 이 사건 토지의 용도가 변경되어 비로소 원고 본점의 부속토지로 사용될 수 있게 되었으나, 그 취득이나 용도 변경 이전에 이미 이 사건 토지와 아무런 관계 없이 증축 허가를 받은 부분까지 부속토지로 보아 취득세 등을 중과세하는 것은 부당하다.

⑵ 미 준공된 부분도 전체 건축물 연면적에는 산입하여야 한다는 주장

하나의 증축허가에 의하여 2개 이상의 부분을 증축하는 경우 총 증축 면적은 이미 결정되어 있는 것이므로, 부분적으로 먼저 완공하여 취득한 부분이 있다 하더라도 그 부분의 취득세를 계산할 때 증축 허가된 전체 면적(미 준공된 부분 포함)을 전체 건축물의 연면적에 감안하여야 하며, 그렇게 계산하지 아니할 경우에는 하나의 증축허가에 따라 동일한 면적을 증축하는 경우에도 어느 부분이 먼저 완공되느냐 하는 우연한 사정에 따라 그 취득세 액수가 전혀 달라지게 되므로 부당하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 이 사건 토지가 1차 증축 허가에 따른 증축 부분의 부속토지가 될 수 없다는 주장에 대한 판단

㈎ 살피건대,

구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제112조 제1항은 취득세의 세율을 취득물건 가액의 1,000분의 20으로 한다고 규정하면서

제3항에서

수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우 그 취득세율은 위

제1항 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있고,

법 제112조의2 제1항은 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 당해 토지나 건축물이 위 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산에 해당하게 된 경우에는 해당 각 호에서 인용한 세율을 적용하여 취득세를 추징하도록 하고 있으며,

지방세법 시행령 제84조의2 제3항은

법 제112조 제3항에서 ‘대통령령이 정하는 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산’이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사·합숙소·사택·연수시설·체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고를 제외한다)을 말한다고 규정하고 있고, 한편 달리 부속토지의 개념을 명확히 정의하고 있는 규정은 없으나

지방세법 시행령 제77조는 부동산과 관련된 취득세 등의 부과에 있어, 공부상의 등재 또는 등록사항에 불구하고 사실상으로 취득한 때 당해 물건의 현황에 의하여 부과하도록 정하고 있으므로, 결국 어떠한 토지가 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산으로서의 부속토지에 해당하기 위하여는 그 도시계획상 용도와 무관하게 그 취득 당시(이 사건 토지는 취득 후 5년 이내에 이 사건 기존 건물의 증축에 따라 부속토지에 해당하게 된 경우이므로, 건물 증축 부분의 취득 시점을 기준으로 판단하게 될 것이다)의 현황이 사회통념상 당해 본점 건축물과 경제적 일체를 이루고 있으면서 사실상 해당 건축물에 부속되어 사용되고 있다고 볼 수 있으면 족하다 할 것이다.

㈏ 그런데 위에서 든 증거들 및 을 제3호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 이 사건 토지는 이 사건 기존 토지에 접하여 폭 4m, 길이 235m 정도 되는 길쭉한 형상을 하고 있고, 기존 토지와 인근

농협 하나로마트 부지 사이의 경계를 이루고 있었던 사실, 원고는 이 사건 토지를

농업협동조합중앙회로부터 매수하기 이전부터도 이 부분에 수목을 심고 화단을 조성하여 이 사건 기존 토지와 일체로 점유하여 왔던 사실이 각 인정되는바, 결국 이 사건 토지는 당초부터 이 사건 기존 토지와 함께 원고의 본점 건물을 위한 부속토지로 이용되고 있었던 것으로 보여지고, 1차 증축허가 당시 농업협동조합의 소유였다거나 주차동 부분의 임시사용승인 당시 도시계획상 용도가 ‘

농수산물유통센터’였다는 사정만으로는 이 사건 토지를 1차 증축허가에 따른 업무동 및 주차동 증축 부분의 부속토지에서 제외하여야 한다고 볼 수 없다.

㈐ 따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

⑵ 미 준공된 부분을 전체 건축물 연면적으로 산입하여야 하는지 여부

㈎

법 제112조,

제112조의 2에 의하면 본점 사무소용 건축물을 증축할 경우 증축 부분은 그 부속토지와 함께 중과세대상이 되고, 한편

지방세법 시행령 제73조 제4항은 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어 그 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고 있으며, 한편

지방세법 시행령 제77조는 부동산과 관련된 취득세 등은 공부상의 등재 또는 등록사항에 불구하고 사실상으로 취득한 때의 당해 물건의 현황에 의하여 부과하도록 되어 있다.

㈏ 따라서 비록 여러 부분의 증축이 하나의 허가에 의해 이루어졌다 하더라도, 각 증축 부분의 취득일(사용승인서 교부일, 사용일 또는 임시사용승인일)이 다를 경우 해당 부분과 관련된 취득세는 해당 취득일 당시의 현황을 기준으로 계산할 수 밖에 없으므로, 이미 증축허가가 되어 있다 하더라도 아직 완공되지 아니한 이상 이를 기존 건축물로서 연면적에 합산할 수는 없다 할 것이고, 이 부분 원고의 주장 역시 이유 없다.

⑶ 정당한 세액의 계산

㈎ 그런데 위와 같은 전제에서 계산하여 볼 때 이 사건 주차동 및 업무동의 증축과 관련된 정당한 취득세(가산세 포함)는 총 145,445,980원{= 53,392,624(주차동)3)3) 53,392,624원 = 토지 취득가액 6,620,000,000원 × {주차동 증축부분 연면적 20,796.75㎡/ 전체 건축물 연면적 103,141.2㎡(= 기존 부분 82,344.45㎡ + 증축 주차동 20,796.75㎡)} × 4%(중과세율 6% - 2%)

+ 78,155,696(업무동)4)4) 78,155,696원 = 토지의 총 취득가액 6,620,000,000원 × {당해 증축부분의 연면적 43,189.49㎡/ 전체 건축물 연면적 146,330.69㎡(= 기존 부분 82,344.45㎡ + 증축 업무동 43,189.49㎡ + 증축 주차동 20,796.75㎡)} × 4%(중과세율 6% - 일반세율 2%)

+ 13,897,664(가산세)5)5) 13,897,664원 = 신고불성실가산세 10,678,524원(= 53,392,624원의 20%) + 당초 납부불성실 가산세 2,803,110원{= 53,392,624원 × 1일 3/10,000 × 175일(주차동 임시사용승인일인 2006. 5. 12.부터 30일이 지난 2006. 6. 12.부터 1차 신고 납부 전날인 2006. 12. 3.까지의 미납부 기간)} + 1차 신고 이후 부분 납부불성실가산세 416,030원{= 15,758,828원(= 정당세액 53,392,624원 - 1차 납부 37,633,796원) × 1일 3/10,000 × 88일(2006. 12. 4.부터 2차 납부 전날인 2007. 3. 1.까지의 미납부 기간)}

, 십 원 미만 버림}으로서 원고가 기 납부한 145,043,100원6)6) 115,789,510원(2006. 12. 4.) + 29,253,590원(2007. 3. 2.)

을 오히려 초과하는 반면, 정당한 농어촌특별세(가산세 포함)는 총 13,688,750원{= 주차동 관련 5,339,262원 + 업무동 관련 7,815,569원 + 신고불성실 가산세 533,920원(= 5,339,262원의 10%, 십 원 미만 버림)}으로, 원고가 기 납부한 14,429,060원7)7) 11,578,950원(2006. 12. 4.) + 2,850,110원(2007. 3. 2.)

에 미치지 못한다.

㈏ 따라서 원고는 이 사건 농어촌특별세 중 정당세액 13,688,750원을 초과하는 부분을 과오납한 것이므로, 이 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중 이 사건 농어촌 특별세 부분에 대하여는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 일부 인용하기로 하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 각 주문과 같이 판결한다.