과세관청이 부동산에 대하여 일반세율을 적용하여 등록세 및 지방교육세를 부과·고지했다고 할지라도, 단지 이러한 사실만으로는 해당 부동산이 중과세율 적용 대상이 아니라는 공적인 견해를 표명한 것으로 보기 어렵기 때문에 신뢰보호의 원칙에 위배되지 않는다. 따라서 등록세 과소 납부를 원인으로 한 행정청의 등록세 및 그에 대한 가산세 부과처분은 잘못이 없다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 전자파, 광신호, 초음파, 레이저를 응용한 분석관측발생기, 계측기 및 이에 준하는 계측시스템의 연구, 개발 및 생산 등을 목적으로 2000. 6. 7. 서울 용산구

한남동 72-17 언고오피스텔 7층을 본점으로 하여 설립된 법인으로서, 2001. 5. 12. 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업으로 확인을 받았다.

나. 그 후 원고는 2002. 9. 2.

금호산업 주식회사로부터 서울 용산구

한남동 72-1 리첸시아오피스텔 에이(A)동 201호, 202호, 203호(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 분양받아 2004. 1. 28.부터 같은 해 2. 26.까지 잔금을 지급하여 대금을 청산하였고, 2004. 7. 9. 이 사건 부동산에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다.

다. 피고는 당초

조세특례제한법 제119조 제3항 제1호및

제120조 제3항의 규정에 따라 이 사건 부동산이 창업벤처중소기업이 벤처기업으로 확인받은 날부터 2년 이내에 취득한 사업용 부동산에 해당된다고 보아 등록세 등에 대한 과세를 면제하였으나, 이후 2004. 10. 6. 서울특별시 지도점검결과 원고가 벤처기업으로 확인받은 날로부터 2년이 경과한 후에 잔금을 지급한 사실을 확인하였고, 이에 따라 2005. 3. 2.

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제131조 제1항 제3호 (2)목에 따른 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 13,055,000원, 지방교육세 1,852,000원 등 합계 14,907,000원을 부과고지하였고, 원고는 2005. 5. 31. 이를 납부하였다.

라. 그 후 피고는, 원고가 대도시지역인 서울특별시에서 본점이 설립된 후 5년 이내에 취득한 이 사건 부동산이 등록세율 중과대상이라는 점을 확인하고,

법 제138조 제1항에 따른 중과된 등록세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감하여, 2007. 7. 10. 원고에게 등록세 본세 26,388,320원, 등록세 가산세 13,954,130원, 지방교육세 본세 5,277,660원, 지방교육세 가산세 2,263,050원을 각 부과하는 처분(위 각 처분 중 각 가산세 부과처분만을 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

【인정 근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5호증, 갑 제8호증의 2, 을 제2 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 신뢰보호의 원칙 위반

피고는 이 사건 부동산에 대한 면세처분을 취소한 다음 원고에게 이 사건 부동산의 과세표준에다가 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 및 지방교육세를 가산세 없이 부과고지하였는바, 이는 구체적인 세액을 확정하는 공적인 견해표명에 해당한다 할 것이고, 이에 따라 원고로서는 위 부과고지에 의한 세액만 납입하면 이 사건 부동산과 관련된 등록세 및 지방교육세를 모두 납부하게 되는 줄로만 알고 위 세금을 납부하였는데, 피고는 이를 무시하고 위 부동산에 관하여 중과세율을 적용하면서 등록세 및 지방교육세에 대한 가산세를 부과하였으니 이는 신뢰보호의 원칙에 반한다.

(2) 가산세의 정당한 사유에 해당

원고가 일반세율을 적용하여 산출된 등록세 및 이에 기초하여 산출된 지방교육세의 부과고지에 따라 이를 납부한 점 등에 비추어 보면, 원고가 등록세 중과분 및 이에 기초한 지방교육세 중과분에 대한 신고ㆍ납부의무를 불이행한 데에는 정당한 사유가 있다 할 것이므로 피고는 원고에 대하여 등록세 및 지방교육세에 대한 가산세를 부과할 수 없다.

(3) 납부불성실가산세의 기산일 산정의 부당성 등

법 제150조의2 제3항은 등록세를 과세면제받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상이 된 때에는 그 사유발생일로부터 30일 내에 산출세액을 신고, 납부하도록 규정하고 있는바, 지방세법을 해석ㆍ적용함에 있어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 합목적적으로 해석해야 한다는 점을 고려할 때, 당초에는 납부의무의 이행이 문제가 없다가 사후적으로 추징 대상이 되었다 하더라도 납세의무자의 예측할 수 없는 사유에 의한 경우까지 납부불성실가산세의 기산일을 소급하여 산정하는 것은 가혹한 결과를 초래한다 할 것이므로, 이러한 경우에는 당해 과세물건이 등록세 부과대상이 된 때로부터 신고ㆍ납부의무가 발생하는 것으로 해석하여야 한다. 따라서 이 사건에 있어서 등록세 중과분 및 지방교육세 중과분에 대한 신고ㆍ납부의무는 이 사건 처분이 이루어진 2007. 7. 10. 이후에 발생하였다고 보아야 할 것이므로, 피고가 이 사건 부동산에 관하여 등기를 경료한 다음날인 2004. 7. 10.을 기산일로 하여 위 각 중과분에 대한 납부불성실가산세를 부과한 것은 위법하다.

가사 등록세 중과분 및 지방교육세 중과분에 대한 원고의 신고ㆍ납부의무가 이 사건 처분이 이루어지기 전에 이미 발생하였다 하더라도,

법 제151조및

제1조 제1항 제6호,

제25조는 가산세를 보통징수의 방법에 의하도록 규정하면서 보통징수를 세무공무원이 납세고지서를 당해 납세의무자에게 교부하여 지방세를 징수하는 것으로 정의함과 아울러 지방세를 징수하고자 할 때에는 납세의무자에 대하여 문서로써 납부의 고지를 하되, 그 납부기한이 일정한 경우에는 납기개시 5일 전에 납부고지서를 발부하도록 규정하고 있는바, 이에 따라 피고가 원고에게 위 각 중과분에 대한 납부불성실가산세를 부과하기 위해서는 이 사건 부동산의 등기에 대한 등록세의 법정납부기한(30일)이 만료되는 2004. 8. 9.로부터 5일 이전인 2004. 8. 4.까지 그 납부고지서를 발부하였어야 할 것임에도, 2007. 7. 10.이 되어서야 등록세 중과분 및 지방교육세 중과분에 대한 가산세 부과처분을 하였던 이상, 위 각 중과분에 대한 납부불성실가산세는 이 사건 처분일인 2007. 7. 10.을 기산일로 하여 산출되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 먼저 이 사건 부동산의 등기가 중과세대상이 아님을 전제로 부과고지를 하였다가 이를 뒤집는 피고의 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배된다는 원고의 주장에 관하여 보건대,

법 제150조의2,

제151조에 의하면 등록세는 납부의무자가 정당한 세액을 산정하여 신고ㆍ납부하여야 하는 것이고, 납부의무자가 위와 같은 의무를 다하지 아니하는 경우 과세관청은 제척기간 내에는 부족세액 및 가산세를 징수할 수 있으므로, 과세관청이 당초 비과세 또는 감면 결정을 하였더라도, 추후 신고내용에 탈루 또는 오류가 있음을 발견한 경우에는 비과세 결정 등을 번복하고 다시 과세처분을 할 권한과 의무가 있고, 이러한 경우의 과세처분이 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 반한다고 할 수는 없을 것인바, 피고가 이 사건 부동산에 대하여 일반세율을 적용하여 등록세 및 지방교육세를 부과고지한 것을 들어 이 사건 부동산의 등기가 지방세법상 중과세율 적용 대상이 아니라는 공적인 견해를 표명한 것으로 보기 어려울 뿐 아니라, 이를 정당하다고 신뢰한 데 대하여 원고에게 귀책사유가 없다고 볼 수 없어 피고의 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

(2) 다음으로 원고가 등록세 중과분 및 이에 기초한 지방교육세 중과분에 대한 신고ㆍ납부의무를 불이행한 것에 정당한 사유가 있다는 주장에 관하여 보건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다고 할 것인바(

대법원 1993. 11. 23. 선고 93누15939 판결등 참조), 이 사건 부동산은 원고가 대도시지역인 서울특별시에 설립된지 5년 이내에 취득한 것이어서 위 부동산의 등기가 등록세 중과세의 대상에 해당함은

법 제138조 제1항 제3호,

법 시행령 제102조 제2항의 규정상 의문이 없다 할 것이고, 비록 원고가 피고로부터 이 사건 부동산에 대하여 일반세율을 적용하여 산출된 등록세 및 지방교육세의 부과고지를 받았다 하더라도, 이는 사실관계의 오인에서 비롯된 것이거나 관계법령에 어긋나는 것임이 명백하다는 점에 비추어 볼 때 원고가 위 부과고지에 따른 세금을 납부할 당시 이 사건 부동산에 관한 등록세 등의 납부의무가 완결되는 것으로 믿었다 하더라도 이는 등록세의 자진신고납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재하는 것으로 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 아니한다.

(3) 나아가 피고가 납부불성실가산세를 산정함에 있어 그 기산일을 잘못 산정하였다는 취지의 원고 주장에 관하여 보건대,

법 제124조,

법 시행령 제90조,

제91조,

법 제130조,

제151조의 규정을 종합하여 보면, 등록세는 신고에 의하여 일단 과세표준과 세액이 확정되는 신고납세방식의 조세로서 그 신고납부시기는 등기 또는 등록시까지이므로, 납세의무자가 등기 또는 등록시에 등록세 과세표준 및 세액을 자진하여 신고ㆍ납부하지 않았다면 과세관청은

법 제151조의 규정에 따라 등록세의 가산세를 보통징수의 방법에 의하여 징수할 수 있는 것인바,

법 제138조 제1항 제3호,

법 시행령 제102조 제2항 후단에 의하여 ‘대도시 내에서의 법인의 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기’의 경우에는 그 부동산등기를 경료한 시점에 이미 중과세요건이 충족되었음에도 납세의무자가 등기시까지 등록세 과세표준 및 세액을 같은 조의 규정에 따라 자진신고ㆍ납부하지 않았다면 과세관청은

법 제151조의 규정에 따라 등록세의 가산세를 보통징수의 방법에 의하여 징수할 수 있는 것이므로(

대법원 2006. 4. 27. 선고 2003두7620 판결,

1996. 3. 22. 선고 95다56217 판결 참조), 원고가 대도시지역인 서울특별시에 본점을 설립한 후 5년 이내에 이 사건 부동산을 취득하였음에도 중과세율에 따른 등록세를 신고ㆍ납부하지 아니한 이 사건에 있어서도 피고는 위 부동산에 관한 소유권이전등기가 경료된 익일을 기하여 원고에게 납부불성실가산세를 부과할 수 있다 할 것이다.

한편,

법 제150조의2 제3항에 의하면 등록세를 비과세ㆍ과세면제 또는 경감받은 이후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일로부터 30일 이내에 등록세를 신고ㆍ납부하도록 규정하고 있으나, 이는 당초 등록세를 적법하게 감면받았다가 사후적으로 등록세 부과 또는 추징사유가 발생한 경우에는 당초의 납부기한인 당해 과세물건의 등기ㆍ등록일을 기준으로 가산세를 산정할 것이 아니라, 등록세 부과 또는 추징의 사유가 새로이 발생한 날로부터 30일 이내에 신고ㆍ납부를 하지 아니한 때에 한하여 가산세를 부과하도록 한 취지라고 해석될 뿐, 이 사건에서와 같이 부동산등기가 경료된 시점에 이미 등록세 중과분 및 지방교육세 중과분에 관한 납부의무가 성립한 경우에 대해서까지 위 규정이 확대적용된다고는 보기 어렵다 할 것이다.

또한

법 제151조,

제1조 제1항 제6호,

제25조의 각 규정은 보통징수의 방법에 의하여 지방세의 납부고지서를 발부하는 방법 및 절차에 관한 규정에 불과하므로(원고는 2007. 7. 10. 이 사건 처분을 함에 있어 납부기한을 2007. 7. 31.로 정하여 부과고지를 하였으므로 위 각 규정의 내용을 일응 충족하였다 할 것이고, 달리 원고가 보통징수의 방법에 의하여 납부고지를 함에 있어 절차를 위반한 하자가 있다고 보기 어렵다), 이를 들어 피고가 등록세 중과분 및 지방교육세 중과분에 관한 납부불성실가산세를 산정함에 있어 그 기산일을 등록세의 당초 납부기한이 만료된 익일(2004. 7. 10.)이 아닌, 이 사건 처분일(2007. 7. 10.)을 삼아야 한다고 보기 어렵다.

따라서 이와 전제를 달리하는 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.