당해 등기는 등록세 중과규정인 지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 ‘대도시내로의 법인의 본점·주사무소․지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기에 해당하므로 등록세 중과세 대상에 해당한다.
1. 처분의 경위
다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1, 6, 7, 8, 9호증, 을1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
가. 원고는 1977. 1. 19. 양봉업의 육성을 도모하고 양봉산물 생산증대로 국민보건 향상에 이바지함을 목적으로 ‘서울 종로구
종로6가 173’에서 설립된 후, 2000. 10. 22. ‘수원시 팔달구
화서동 436-3 농민회관 6층’으로, 2006. 3. 2. ‘서울 서초구
서초동 1621-19, 20’으로 각 본점을 이전하는 내용의 등기를 하였다.
나. 원고는 2006. 2. 6. 서울 서초구
서초동 1621-19, 20 대지 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다) 중 5분의 1 지분에 관하여 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 등기’라고 한다)절차를 마친 다음, 이 사건 등기에 대하여
지방세법 제131조 제1항 제3호소정의 일반세율이 적용됨을 전제로 위 법조항에 의한 등록세와 지방교육세(이하 ‘등록세 등’이라고 한다)를 신고⋅납부하였다.
다. 이에 피고는 이 사건 등기는 등록세 중과규정인
지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 ‘대도시내로의 법인의 본점·주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’를 한 경우에 해당하므로 중과세대상에 해당한다는 이유로, 이미 신고ㆍ납부 받은 세액을 공제하고 청구취지 기재와 같은 등록세 등을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다.
라. 한편, 원고의 법인등기부에 출자의 방법으로 ‘입회비 및 회비, 찬조금, 회원의 경영부담금, 사업수수료, 기타 수입금’으로 기재되어 있다.
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
① 원고가 이 사건 부동산 소재지로 본점을 이전한 것은 원고의 필요에 따른 것이 아니라 축산농가지원을 위한 정부의 방침에 따른 것이어서 이러한 경우까지 등록세를 중과세함은 등록세 중과규정의 입법취지에 부합하지 아니하고, ② 원고는 당초 대도시인 서울 내에서 설립되어 이미 약 24년간을 동일 장소에 소재하고 있다가 원고 단체의 회원들의 경제적 어려움에 따른 경비절감 차원에서 수원시 팔달구 화서동 436-3 농민회관 6층으로 이전하게 된 것이므로, 애당초 서울 외의 지역에서 설립된 법인과는 달라 위 중과조항을 그대로 적용하기에는 무리가 있으며, ③ 원고를 비롯한 5개 축산단체가 이 사건 부동산을 구입할 당시 농림부가 이 사건 부동산의 구입비용 인 4,550,000,000원 중 약 55%인 3,000,000,000원을 지원해주었을 뿐만 아니라, 그 후에도 추가로 비용을 지원해준 것으로서, 이 사건 등기는 정부출자법인이 영위하는 사업에 따른 것이라고 볼 것이므로
지방세법 제138조 제1항 단서,
동법 시행령 제101조 제1항 제10호 소정의 중과제외업종에 해당한다(가사 이에 해당하지 않는다고 해도 정부지원부분에 대해서는 등록세 중과를 배제해야 한다).
따라서 위 중과조항이 적용되지 아니한다고 할 것임에도 이를 적용하여 한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계법령
별지 기재와 같다.
다. 판단
(1) 원고의 주장과 같이 원고가 이 사건 부동산 소재지로 본점을 이전하고 이 사건 부동산 중 일부지분을 취득한 것이 축산관련단체의 건전한 육성을 꾀하고자 하는 정부의 정책적 권고에 의한 것이라고 하더라도, 위와 같은 본점 이전에 따른 이 사건 등기가
제138조 제1항 제3호 소정의 ‘대도시내로의 법인의 본점·주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’에 해당함은 분명하고, 또 그로 인해 위 중과조항이 방지하고자 하는 ‘대도시 내로의 인구유입’ 등의 효과를 낳을 것임을 부인할 수 없으므로 이 사건 처분이 등록세 중과규정의 입법취지에 부합하지 아니하는 것이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 일단 법령에 정한 요건사실이 충족되면 일률적으로 그 법령으로 적용하여야 하는 것이 원칙이고 구체적인 사안에서 그 입법목적과의 배치 여부를 따져 그 적용 여부를 결정할 수는 없다(
대법원 1999. 3. 26. 선고 98두1673 판결 참조).
(2) 또한, 설령 설립 당시 대도시 내에 소재하였던 법인이 잠시 대도시 밖으로 이전하였다가 다시 대도시 내로 전입하여 부동산등기를 하는 경우라고 하더라도 위 중과조항의 요건에 해당함은 물론, 그에 따른 인구 등의 집중으로 인한 폐해가 당초 대도시 밖에 설립된 법인이 대도시 내로 전입하는 경우와 비교하여 결코 적다고는 할 수 없으므로 위 중과조항의 적용에 있어 원고 법인과 같은 경우를 배제하여 해석하여야 할 아무런 이유를 찾을 수 없다.
(3)
지방세법 제138조 제1항 단서의 위임에 의한
동법 시행령 제101조 제1항 제10호는 중과세의 대상에서 제외되는 정부출자법인을 ‘국가 또는 지방자치단체가 납입자본금의 100분의 20 이상을 직접 출자한 법인에 한한다’라고 정의하고 있는바, 이 때 출자란 회사설립 또는 주식인수를 위해 주주가 자본을 납입하는 것을 의미한다고 할 것인데, 원고의 법인등기부에 출자의 방법은 ‘입회비 및 회비, 찬조금, 회원의 경영부담금, 사업수수료, 기타 수입금’이라고 등재되어 있으므로, 원고는 정부출자기관에 해당하지 아니하므로 위 법 및 시행령 조항에 따른 지방세 중과제외업종이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 원고가 이 사건 부동산 중 일부 지분을 취득함에 있어 정부가 그 취득자금을 지원하여주었다고 하더라도 지방세 등 관련법령에 그 지원부분에 대해서 등록세 중과를 배제하는 조세감면규정은 존재하지 아니한다.
  (4) 따라서 원고의 주장은 모두 이유 없고, 이 사건 등기에 대하여
지방세법 제138조 제1항 제3호의 소정의 중과세율을 적용하여 한 이 사건 처분은 적법하다.
3. 결론
그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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