회사 설립 당시 순자산 가액 미만을 출자하여 회사를 설립하였다면, 구 조세특례제한법 제32조 및 제119조 제4항 등에 따른 취득세 및 등록세를 면제 받을 수 없다. 따라서 이와 같은 취지로 취득세 등을 부과한 행정청의 처분은 잘못이 없다.

1. 처분의 경위

가.

정갑출은 1995. 3. 1. 자기 소유의 김포시

대곶면 대명리 96-1 외 1필지 토지 1,850㎡ 및 그 지상 건물 388.44㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에서 ‘

영남수지’라는 상호로 개인사업체를 설립하여 운영해왔다.

나. 원고는 2010. 2. 8.

정갑출과 ‘

영남수지’에 관한 사업양도·양수 계약을 체결하고, 같은 날

정갑출로부터 ‘

영남수지’의 자산, 부채 등 사업 전부를 양수(자산평가기준일 : 2010. 1. 31.) 받았으며, 2010. 3. 12. 이 사건 부동산을 취득하였다.

다. 원고는 2010. 3. 12. 피고에게 ‘이 사건 부동산이

구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제4항,

제102조 제5항에 따른 사업양수도 방법으로 취득하는 사업용 재산에 해당 된다‘는 이유로 취득세 등의 감면신청을 하여, 피고로부터 취득세 등을 면제받았다.

라. 피고는 2010. 6.경

정갑출이 출자한 금액(15,000,000원)이 사업양수도 이전의 ‘

영남수지’의 순자산가액(122,356,456원)에 미달함을 확인하였고, 원고에 대하여, 2010. 11. 9. ‘당해 사업을 영위하던 자가 사업장의 순자산 가액 이상을 출자하지 아니하여

구 조세특례제한법 제32조,

같은 법 시행령 제29조의 요건을 충족하는 사업양수도 방식에 의한 법인전환이 아니므로 취득세 등이 감면되지 않는다’는 이유로 취득세 등의 지방세 과세예고통지를 하였으며, 2011. 3. 10. 감면한 취득세 19,344,990원, 농어촌특별세 1,934,490원, 등록세 19,344,990원, 지방교육세 3,868,990원 합계 44,493,460원(가산세 포함)을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2, 4, 8호증, 을 1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

정갑출은 원고 회사의 총발행주식 15,000주 중 13,000주(86.67%)를 인수하였는데, 자신의 간암 등의 신병이 악화됨에 따라 아들인

정진욱을 원고 회사의 대표이사로 선임하여 업무를 원활하게 집행할 수 있도록 위 총발행주식 중 10,500주(70%)를

정진욱이, 1,500주(10%)를

정갑출이 각 인수한 것으로 주주명부(이하 ‘1차 주주명부’라 한다)를 작성하였으나,

조세특례제한법 제32조 제1항,

같은 법 시행령 제29조 제2,

4항의 사업양수도 방법에 부합하지 아니하여 위 총발행주식 중 1,000주(6.67%)를

정진욱이, 13,000주(86.67%)를

정갑출이 각 인수한 것으로 주주명부(이하 ‘2차 주주명부’라 한다)를 다시 작성하였다.

그런데, 원고는 2010. 3. 12. 피고에게 이 사건 부동산에 관한 취득세 등의 감면신청을 하면서 신청대리인의 착오로 실제와 부합하는 2차 주주명부가 아닌 1차 주주명부를 잘못 제출하였다. 한편,

정갑출은 위 2010. 3. 12.경부터 현재까지 위 13,000주(86.67%)에 관한 권한을 행사해오고 있다.

따라서 피고가 원고에 대하여 위와 같이 잘못 제출된 1차 주주명부를 근거로 이 사건 부동산에 관하여 취득세 등을 부과한 이 사건 처분은 실질과세원칙에 위반되므로 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고 회사는 2010. 2. 8. 법인설립 등기를 마쳤는데, 그 당시 총 발행주식수가 15,000주(액면가 10,000원), 자본의 총액이 150,000,000원이었다.

2) 원고는 2010. 3. 12. 피고에게 취득세 등의 감면신청을 하면서 원고 회사의 2010. 2. 8.자 정관 및 1차 주주명부 등을 제출하였는데, 그 정관 및 1차 주주명부에는

정갑출,

정갑출의 처

송근임, 손자

정준혁이 각 1,500주(각 10%)를,

정갑출의 아들인

정진욱이 10,500주(70%)를 각 인수한 것으로 기재되어 있다.

3) 원고는 2010. 11.경 경기도지사에게 과세전적부심사청구를 하면서 원고 회사의 2010. 2. 8.자 정관 및 2차 주주명부 등을 제출하였는데, 그 정관에는 주주나 인수한 주식수에 관한 기재가 없고, 2차 주주명부에는

정갑출이 13,000주(86.67%)를,

정진욱이 1,000주(6.67%)를,

송근임,

정준혁이 각 500주(각 3.33%)를 각 인수한 것으로 기재되어 있다.

4) 원고는 2010. 2. 10.경 세무서장에게 사업자등록신청을 하면서 1차 주주명부에 따른 주주 및 주식수를 신고하였고,

파주세무서장은 2010. 7. 12.

정갑출에 대하여 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세 133,261,351원의 부과처분을 하였다. 이에 원고는 2010. 7. 23. 세무서장에게 ‘1차 주주명부는 착오로 잘못 제출된 것이므로 2차 주주명부로 수정되어야 한다’는 내용의 민원을 제기하였고, 세무서장은 2010. 9. 6. 착오임에 관한 사실조사나 객관적인 근거자료 없이 원고의 민원을 받아들여 2차 주주명부로 수정하였다. 이에 따라

파주세무서장은 2010. 9. 27. 원고에 대하여 이 사건 부동산에 대한 양도소득세 부과처분을 취소하였다.

5) ‘

영남수지’에서 원고에게 양도되는 사업용재산(기준일 : 2010. 1. 31.)은 자산총액이 1,338,412,366원(= 이 사건 부동산 가액 886,409,040원 + 기타자산 452,003,326원), 부채총액이 1,216,055,910원, 순자산가액이 122,356,456원(= 1,338,412,366원 - 1,216,055,910원) 이었다.

6)

정갑출은 2010. 2. 8. 주금납입계좌인

정진욱 명의의

기업은행 금융계좌(계좌번호 : 461-003382-01-023)로 150,000,000원을 송금하였고, 2010. 2. 9. 위 계좌에서 순자산가액 122,356,456원과 가지급금 27,643,544원 합계 150,000,000원을 인출하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 3, 4, 6, 7, 8호증, 을 1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1)

구 조세특례제한법 제32조,

제119조 제4항,

제120조 제5항,

구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제28조 제1항,

제29조 제2,

4항에 의하면, 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 사업장의 순자산 가액 이상을 출자하여 법인을 설립하고 그 법인 설립일로부터 3개월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 경우에는 법인이 취득하는 사업용재산에 대한 취득세 및 등록세를 면제하도록 규정하고 있다.

한편, 원고와 피고는 원고 회사를 설립함에 있어서, 1차 주주명부에 의할 경우

정갑출이

영남수지의 순자산 가액 미만(15,000,000원 ㆍ 122,356,456원)을 출자하여 이 사건 부동산에 관하여 취득세 및 등록세를 부과할 수 있으나, 2차 주주명부에 의할 경우

정갑출이

영남수지의 순자산 가액 이상(130,000,000원 ㆍ 122,356,456원)을 출자하여 이 사건 부동산에 관하여 취득세 및 등록세를 면제해야 한다는 점에 대하여 다툼이 없으므로, 과연 1, 2차 주주명부 중 어떤 주주명부가 진정하게 성립된 것인지에 관하여 보기로 한다.

2) 살피건대, 위 인정사실에서 본 바와 같은 다음의 사정, 즉 ① 원고는 2010. 3. 12. 피고에게 취득세 등의 감면신청을 하면서 1차 주주명부 및 1차 주주명부와 같은 내용이 기재된 정관을 제출하였고 그 제출에 있어서 착오로 2차 주주명부 대신 1차 주주명부를 잘못 제출하였다고 볼 만한 객관적인 자료가 없는 점, ② 2010. 3. 12. 제출된 1차 주주명부 및 정관은 그 작성일자가 제출일인 2010. 3. 12. 이전에 작성된 것으로서 원고 회사의 설립 당시 작성된 주주명부 및 정관으로 볼 수 있으나, 2010. 11.경 과세전적부심사청구 당시 제출된 2차 주주명부 및 정관은 그 작성일자(2010. 2. 8.)의 진위를 알 수 있는 객관적인 자료가 없고 소급 작성되었을 가능성을 배제하기 어려운 점, ③ 원고의 민원제기에 따라 세무서장이 기존에 제출받은 1차 주주명부를 2차 주주명부로 수정하였고, 이에 따라

파주세무서장이

정갑출에 대한 양도소득세 부과처분을 취소하기는 하였으나, 착오임에 관한 객관적인 근거자료없이 이루어진 위와 같은 수정 사실만으로 1차 주주명부가 잘못 제출된 것이라고 보기 부족한 점, ④

정갑출이 주식인수대금 150,000,000원을 전부 납입하였고 원고 회사의 주식 13,000주(86,37%)에 대한 권한을 행사하고 있다고 하더라도, 원고 회사의 주주들이 전부

정갑출,

정갑출의 배우자 및 직계비속인 점에서, 그와 같은 사정만으로 2차 주주명부가 원고 회사 설립 당시 작성된 것으로 보기 부족한 점 등을 종합해보면, 원고 회사의 설립 당시 작성된 진정한 주주명부는 1차 주주명부라고 봄이 상당하므로,

정갑출은 원고 회사 설립 당시

영남수지의 순자산 가액 미만을 출자하여 원고 회사를 설립하였다고 할 것이어서, 이 사건 부동산에 관하여 취득세 및 등록세가 면제되지 아니한다.

3) 따라서, 이와 같은 전제에서 피고가 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.