법인이 형식적으로는 수탁자로부터 아파트를 취득하였다 하더라도, 실질적으로 위탁자로부터 아파트를 취득한 것으로 볼 수 있다면, 법인은 구 지방세법 시행령 제223조의2 제3항이 규정하는 ‘사업주체로부터 미분양아파트를 직접 최초로 취득한 경우’에 해당하므로, 취득세 및 등록세 면제 대상이 된다. 따라서 이와 달리 판단하여 취득세 등을 부과한 행정청의 처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

다음의 각 사실들은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증 내지 갑 제7호증, 을 제1호증, 을 제2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 기업구조조정용 부동산(미분양 아파트)의 매입·운용 및 처분 등의 사업을 영위할 목적으로 설립된

부동산투자회사법 제2조 제1호 다목에 규정된 기업구조조정 부동산투자회사로써, 2009. 3. 3.

부동산투자회사법 제9조, 제49조의2에 따라 국토해양부로부터 영업인가를 받았다.

나. 원고는 2009. 3. 19. 주식회사

생보부동산신탁(이하 ‘

생보부동산신탁’이라 한다)과 사이에 수석산업개발 주식회사(이하 ‘수석산업개발’이라 한다)가

생보부동산신탁에 처분신탁한 공주시

금학동 389 소재

공주금학e-편한세상 아파트 중 미분양 9세대(이하 ‘이 사건 아파트’라고 한다)에 관하여 매매대금을 2,907,451,000원으로 하는 매매계약을 체결하고 이를 취득하였다.

다. 원고는 2009. 3. 20. 피고에게 이 사건 아파트에 관하여 과세표준을 2,699,032,000원으로 하여 산정한 취득세 26,990,330원, 농어촌특별세 2,699,030원, 등록세 26,990,330원, 지방교육세 5,398,060원을 신고·납부하였다(이하 원고가 위와 같이 신고·납부한 위 세금을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 그 후 원고는 2009. 6. 15. 피고에게 기업구조조정부동산투자회사 등이 대통령령에 따라 직접 취득하는 주거용 건축물 및 그 부속토지에 대하여 2011. 12. 31.까지 취득세와 등록세를 면제하도록 하는

지방세법 제269조의2 제3항이 신설되었음을 이유로 이미 납부한 위 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 전액의 감면을 신청하는 지방세감면신청서(이하 ‘이 사건 신청서’라고 한다)를 제출하였다.

마. 피고는 위 감면신청에 대하여 2009. 6. 24. 원고에게 이 사건 아파트는 사업주체인 수석산업개발로부터 신탁을 원인으로 소유권을 이전받은

생보부동산신탁으로부터 취득한 것이므로,

주택법 제38조에 따른 사업주체로부터 직접 최초로 취득하는 미분양주택이 아니어서 감면대상에 해당하지 아니한다는 취지로 회신하였다(이하 ‘이 사건 회신’이라 한다).

바. 그 후 원고는 2009. 9. 15. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2010. 5. 27. 이 사건 회신은 조세심판의 대상이 되는 처분에 해당하지 않으며, 원고는 이 사건 처분일인 2009. 3. 20.로부터 90일이 경과한 후에 심판청구를 하였다는 이유로 원고의 청구를 각하하였다.

2. 본안 전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

원고가 피고에게 제출한 이 사건 신청서는

지방세법 제292조에 의한 지방세감면신청서로써 원고의 이와 같은 감면신청을

지방세법 제73조 소정의 이의신청으로 볼 수 없으므로 이 사건 소는 이 사건 처분일인 2009. 3. 20.로부터 적법한 전치절차를 거치지도 않은 채 제소기간인 90일이 도과하여 제기된 것으로써 부적법하므로 각하되어야 한다고 주장한다.

나. 판단

(1)

지방세법 제72조,

제73조,

제74조의 규정을 종합하면, 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 할 수 있고, 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 도지사, 시장, 군수에게 이의신청을 하여야 하며, 이의신청을 거친 후에 심사청구 또는 심판청구를 하려는 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 심사청구를 하거나 심판청구를 하여야 하고, 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심사청구 또는 심판청구를 하려는 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 하도록 규정하고 있다.

(2) 행정소송의 전심절차로서 요구되는 행정심판은 위법 또는 부당한 행정처분으로 인하여 권리 또는 이익을 침해당한 자를 구제하기 위한 불복제도라는 근본취지에 비추어 볼 때 그 제기에 엄격한 형식을 요구하지 않는다 할 것이므로 과세처분에 대한 이의신청기간 내에 과세관청에 대하여 이의를 제기하였다면 이는 지방세법 소정의 이의신청서의 명칭과 서식이 아니라 하더라도 그 내용이 당초처분의 취소를 구하는 불복임이 명백하다면 그 서면의 제출은 지방세법 73조의 이의신청으로 봄이 타당하다(

대법원 1997. 11. 28. 선고 97누13627 판결 등 참조).

(3) 갑 제4호증 내지 갑 제7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고가 피고에게 제출한 이 사건 신청서의 명칭 및 서식은 지방세법 시행규칙 별지 제1호 소정의 ‘지방세감면신청서’이나, 그 내용은 과세연도란에 이 사건 처분일인 2009. 3. 20.이 기재되어 있고, 감면구분란에 100% 과세면제, 감면을 받고자 하는 세액란에 이 사건 처분의 세액이 그대로 기재되어 있으며, 감면신청사유로

지방세법 269조의2 제3항 및

부칙 제3조가 기재되어 있는 사실, ② 지방세 이의신청서의 서식인 지방세법 시행규칙 별지 제41호의4 ‘지방세 이의신청서’를 보면 신청인, 고지서 수령일, 처분청, 세목, 처분내용, 불복사유 등을 기재하도록 부동문자로 인쇄되어 있는 사실, ③ 원고는 이 사건 처분일인 2009. 3. 20.로부터 90일 이내인 2009. 6. 15. 피고에게 이 사건 처분의 전액을 감면하여 달라는 취지의 이 사건 신청서를 제출하였고, 이를 거부하는 내용의 이 사건 회신일인 2009. 6. 24.로부터 90일 이내인 2009. 9. 15. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으며, 조세심판원의 결정일인 2010. 5. 27.로부터 90일 이내에 이 사건 소를 제기한 사실을 각 인정할 수 있다.

(4) 위와 같은 법리 및 인정사실을 토대로 이 사건에서 보면, 원고는 이 사건 신청서를 제출함으로써 지방세 이의신청서 서식에 기재되는 내용과 거의 동일한 내용으로 이 사건 처분에 불복하는 의사를 표현한 것이 명백하므로, 이 사건 신청서는 그 명칭과 서식에 관계없이 이를

지방세법 제73조 소정의 이의신청으로, 이 사건 회신은 원고의 이의신청에 대한 결정으로 봄이 상당하다. 따라서 원고가 적법한 이의신청을 거쳐 그로부터 90일 이내에 조세심판원에 심판청구를 하였고, 다시 조세심판원의 결정일로부터 90일 이내에 이 사건 소를 제기하였음이 명백하므로 이 사건 소는 제소기간을 준수하였다고 할 것이다.

(5) 그러므로 피고의 본안 전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

원고는, 이 사건 아파트의 실질적인 소유자는 위탁자인

수석종합개발이고, 신탁회사에 신탁등기가 된 이후 위탁자에게 복귀하는 등기절차를 거치지 아니하고 신탁회사인

생보부동산신탁으로부터 직접 부동산투자회사인 원고에게 이 사건 아파트가 양도되었다 하더라도 그 실질에 있어서는 위탁자인

수석종합개발에서 원고에게 직접 처분된 것이므로, 피고는

지방세법 제269조의2 제3항에 따라 이 사건 아파트에 대한 취득세 등을 면제하여야 함에도 이와 다른 전제에서 행해진 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 반하여 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1)

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제269조의2 제3항,

부칙(제9669호, 2009. 5. 13.) 제3조에 의하면 2009년 1월 1일 이후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터

부동산투자회사법 제2조 제1호 다목에 따른 기업구조조정부동산투자회사가 대통령령에 따라 직접 취득하는 주거용 건축물 및 그 부속토지에 대하여는 2011년 12월 31일까지 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 그 위임을 받은

구 지방세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정되기 전의 것) 제223조의2 제3항에서는

법 제269조의2 제3항에서 "

부동산투자회사법 제2조 제1호 다목 에 따른 기업구조조정부동산투자회사가 대통령령에 따라 직접 취득하는 주거용 건축물 및 그 부속토지"란 그 기업구조조정부동산투자회사가 취득하는 부동산이

주택법 제38조에 따른 사업주체로부터 직접 최초로 취득하는 미분양 주택일 때의 그 미분양주택 및 그 부속토지를 말한다고 규정하고 있다.

(2) 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바(

대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조), 결국 이 사건의 쟁점은 조세법률주의의 원칙상 원고가

생보부동산신탁으로부터 취득한 이 사건 아파트를 사업주체인

수석산업개발로부터 직접 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부이므로 이 점에 관하여 살펴본다.

(3) 갑 제8호증 내지 갑 제10호증, 을 제5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ①

구 지방세법 제110조 제1호,

제128조 제1호,

제183조 제2항 제5호의 규정에 의하면, 신탁법에 의한 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 경우 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하여도 취득세를 부과하지 않고, 위탁자로부터 수탁자에게 이전하는 경우의 재산권 취득의 등기ㆍ등록에는 등록세를 부과하지 않으며, 수탁자 명의로 등기ㆍ등록된 신탁재산에 대하여 위탁자에게 재산세 납부 의무를 부과하는 등 신탁법에 의한 신탁재산 이전을 실질적인 소유권의 취득으로 보고 있지 아니하는 점, ② 수석산업개발과

생보부동산신탁 사이에 체결된 신탁계약서(을 제10호증)에 의하면, 이 사건 아파트의 처분대금은 신탁재산의 처분비용 및 각종공과금, 우선수익권자의 채권에 충당하고 남는 잔여금액이 있을 경우 이는 위탁자인

수석산업개발에 귀속되는 바, 수탁자는 신탁재산의 형식적인 소유 명의만 갖는 것일 뿐, 실질적인 소유권은 여전히 위탁자에게 있다고 봄이 상당한 점, ③ 소위 프로젝트 파이낸싱 방식의 주택사업에서 미분양 아파트를 신탁등기 하는 것은 주택건설사업과 무관한 사업주체의 다른 채무보다 시공사의 공사비 채권 및 대출금융기관의 대출금채권을 우선적으로 확보하기 위한 것으로써 이와 같은 방식의 주택사업에서는 일반적으로 채택되는 제도인 점, ④ 부동산투자회사 제도는 금융위기 및 건설경기의 불황으로 미분양 아파트가 증가하여 건설업체들이 시행사로부터 공사대금을 지급받지 못하여 도산될 위기에 이르자, 건설사의 유동성 부족으로 인한 흑자도산 문제를 해소하기 위하여 도입된 것인데, 원고는 위와 같은 정부의 정책에 따라 설립된 후 이 사건 아파트를 매입한 것으로 보이는 점, ⑤

구 지방세법 제269조의2 제3항은 그 입법취지가

부동산투자회사법 제2조 제1호 다목에 따른 기업구조조정부동산투자회사가 대통령령에 따라 직접 취득하는 주거용 건축물 및 그 부속토지에 대하여는 한시적으로 취득세와 등록세를 면제하여 미분양부동산으로 인한 건설사들의 유동성 위기 문제를 해결하고자 하는 데 있는 것으로써, 앞서 도입된 부동산투자회사 제도를 지방세측면에서 지원하기 위한 것으로 보이는 점, ⑥ 행정안전부의 '미분양주택 취득세·등록세 감면관련 운영기준'(을 제5호증)의 기재에 의하면, 신탁관계가 해지되지 않은 상태에서 신탁회사와 수분양자 간에 매매계약이 체결된 경우에는 감면되지 아니한다고 그 기준을 정하고 있으나, 위 운영기준은 행정기관 내부적 지침으로 대외적인 구속력을 인정하기 어렵고, 신탁회사와 일반 수분양자 사이의 매매를 전제로 한 것으로써 신탁회사와 부동산투자회사 사이의 매매가 문제되는 이 사건에 직접 적용하기에는 적절하지 아니한 점 등을 종합하면, 원고는 형식적으로는 수탁자인

생보부동산신탁으로부터 이 사건 아파트를 취득하였다 하더라도 실질적으로 위탁자인

수석산업개발로부터 이를 취득한 것으로 봄이 상당하다. 따라서 원고는

구 지방세법 시행령 제223조의2 제3항이 규정하는 ‘사업주체로부터 미분양아파트를 직접 최초로 취득한 경우’에 해당하므로 이 점을 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

(4) 그러므로 결국 이 사건 아파트에 대한 취득세, 등록세는

구 지방세법 제269조의2 제3항에 따라 면제되어야 할 것임에도 불구하고 이와 다른 전제에서 행하여진 피고의 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 반하여 위법하고, 위와 같이 취득세 및 등록세 부과가 위법한 이상, 등록세액을 과세표준으로 하는 지방교육세의 부과와 취득세 및 등록세와 함께 면제되어야 하는 농어촌특별세의 부과도 위법하다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.