1. 처분의 경위

가. 토지, 건물 취득 등

(1) 원고는 2006. 3. 2. 이창석으로부터 서울 광진구 중곡동 166-4 토지(이하 ‘제1토지’라 한다)를 2,450,000,000원에 매수하되, 매매대금 지급에 갈음하여 이창석의 주식회사 신한은행(이하 ‘신한은행’이라 한다)의 대출금 채무 1,500,000,000원을 인수하고, 나머지 매매대금 중 계약금 100,000,000원은 계약 당일, 중도금 100,000,000원은 2006. 3. 6., 잔금 750,000,000원은 2006. 3. 27. 각 지급하기로 하는 매매계약을 체결하고, 2006. 3. 30. 그 소유권이전등기를 마쳤다.

(2) 원고는 2006. 3. 23. 김성윤으로부터 같은 동 166-3 토지(이하 ‘제2토지’라 한다) 및 그 지상 건물(이하 ‘종전 건물’이라 한다)을 750,000,000원에 매수하되, 계약금 70,000,000원은 2006. 3. 31., 중도금 300,000,000원은 2006. 4. 25., 잔금 380,000,000원은 2006. 5. 31. 지급하기로 하는 매매계약을 체결하고, 2006. 6. 13. 그 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 건물철거와 신축 등

(1) 원고는 2006. 6. 30. 주언건설 주식회사에 종전 건물철거공사를 650,000원에 도급주었고, 동 회사는 같은 날 종전 건물을 철거하였다.

(2) 원고는 2006. 7. 6. 제1, 2토지상 제1종근린생활시설 건축허가를 받고, 2007. 1. 26. 주식회사 서일건설(변경 전 상호: 주식회사 한뫼건설)에 그 신축 공사를 1,290,000,000원에 도급주었다. 주식회사 서일건설은 2007. 2. 1. 착공하였고, 2007. 9. 8. 원고로부터 추가공사대금 145,000,000원을 지급받기로 약정하였다. 신축된 제1종근린생활시설(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)은 2008. 1. 31. 사용승인을 받았다.

다. 토지 매매대금지급 및 대출내역 등

(1) 제1, 2토지 매매대금과 관련된 가수금 수수내역은 아래 <표1> 기재와 같다.

＜표1＞ 가수금

(2) 원고는 제1, 2토지 매매대금을 지급하고, 아래 <표2> 기재와 같은 내용의 영수증을 교부받았다.

＜표2＞ 영수증

(3) ① 2006. 3. 31.부터 2007. 11. 22.까지 원고의 금융대출내역은 아래 <표3> 기재와 같다.

＜표3＞ 금융대출내역

② 2006. 3. 31.자 대출금 240,000,000원과 2006. 3. 31.자 가수금 60,500,000원은 제2토지 중도금에 사용되었다.

③ 2006. 4. 4.자 대출금 60,000,000원은 같은 날 지주작업비 43,900,000원에 사용되었다.

④ 2006. 4. 6.자 대출금 600,000,000원은 2006. 4. 7. 가수금 반제 87,600,000원, 2006. 4. 13. 가수금 반제 440,000,000원, 2006. 4. 13. 토지취득세 53,900,000원에 사용되었다.

⑤ 원고는 2006. 6. 29.자 대출목적으로 제1, 2토지를 감정평가하고, 2006. 6. 30. 주식회사 중앙감정평가법인에 감정평가비 2,328,000원을 지급하였다. 원고는 2006. 6. 29. 1,600,000,000원을 대출받고, 제1토지에 관하여 신한은행 명의로 근저당권을 설정하였으며, 이창석의 대출금 채무 1,600,000,000원을 상환하였다. 원고는 2006. 6. 29.자 대출수수료 10,889,120원을 지급하였다.

⑥ 원고는 2006. 11. 29. 150,166,302원을 대출받고, 제2토지에 관하여 신한은행 명의로 근저당권을 설정하였다.

라. 등록세 등 추가납부, 이 사건 처분 및 전심절차 등

(1) 원고는 피고에게 “이 사건 건물의 취득가격인 1,699,260,130원을 과세표준으로 한다. 일반세율을 적용하여 제1, 2토지와 종전 건물에 관한 등록세와 지방교육세를 산출한다.”고 신고하고, 취득세 등 53,696,610원을 납부하였다.

(2) 피고는 2006. 11. 1. 원고에 대하여 “대도시내에서의 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산에 관한 등기이므로, 등록세 중과세 대상이다”는 이유로, 등록세, 가산세, 지방교육세 합계 191,423,840원을 부과고지하였다. 원고는 2006. 11. 30. 위 등록세 등을 납부하고, 위 등록세 부과처분취소청구의 소를 제기하였는데, 피고는 2009. 7. 14. 위 등록세 등 부과처분을 직권취소하였다. 원고는 2009. 7. 17. 피고로부터 등록세 등(환급이자 포함) 214,586,920원을 환급받았다.

(3) 피고는 2010. 11. 10. 원고에 대하여 “이 사건 건물 신축 공사비 중 아래 <표4> 기재와 같이 합계 479,625,927원을 누락하였으므로, 누락된 금액을 과세표준에 산입하여야 한다”는 이유로, 주문 기재와 같이 취득세 등을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

＜표4＞ 과세표준 누락사항

마. 원고는 2010. 12. 9. 심판청구를 제기하였으나, 2012. 1. 6. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 30호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 종전 건물은 이 사건 건물 공사 착공일로부터 8개월 전에 철거된 점, 종전 건물을 철거한 회사와 이 사건 건물을 신축한 회사가 다른 점, 기업회계기준은 “새 건물을 취득하기 위하여 기존 건물이 있는 토지를 취득하고, 그 건물을 철거하는 경우 종전 건물의 철거 관련 비용에서 철거된 건물의 부산물을 판매하여 수취한 금액을 차감한 가액은 토지의 취득원가에 산입한다”고 규정하고 있는 점 등을 고려할 때, 종전 건물 철거비용은 토지의 취득가격에 산입하여야 한다.

(2) 2006. 11. 29. 이전 대출금은 이 사건 건물 공사에 지출되지 않고, 제1, 2토지 취득 및 등록세 납부에 지출되었으므로, 동 대출금 이자를 이 사건 건물 취득가격에 포함하여서는 안된다. 또한 제1토지를 취득하면서 인수한 매도인의 대출금 채무 15,000,000원 및 미지급 대출금 채무 100,000,000원을 상환하기 위하여 제1토지를 담보로 1,600,000,000원을 대출하는 과정에서 감정평가비와 대출수수료가 발생하였으므로, 감정평가와 대출수수료를 이 사건 건물의 취득가격에 포함하여서는 안된다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 지방세법(2008. 12. 31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것) 제111조 제5항 제3호는 취득세의 과세표준에 관하여, “법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격에 의한다”고 규정하고, 같은 조 제7항은 “제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가격에 관하여는 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있으며, 동 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제82조의3 제1항은 “취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다”고 규정하고 있다.

위 각 규정에서 말하는 취득가격에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다. 그러나 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세 과세표준으로 삼을 수 없다(대법원 2011. 1. 13. 선고 2009두22034 판결 참조).

(2) 종전 건물철거비용에 관하여

새 건물을 신축하기 위하여 종전 건물이 있는 토지를 취득하고 그 건물을 철거하는 사람의 목적은 토지를 취득하여 이용하려는 데 있으므로, 기존 건물의 철거비용은 토지의 취득가격에 해당한다고 봄이 상당한 점(대법원 1992. 9. 8. 선고 92누7399 판결 참조), 일반기업회계기준은 “새 건물을 신축하기 위하여 기존 건물이 있는 토지를 취득하고 그 건물을 철거하는 경우 종전 건물의 철거 관련 비용에서 철거된 건물의 부산물을 판매하여 수취한 금액을 차감한 금액은 토지의 취득원가에 포함한다”고 규정하고 있는 점 등을 고려할 때, 새 건물을 신축하기 위하여 종전 건물이 있는 토지를 취득한 경우 종전 건물철거비용은 토지의 취득가격에 포함된다.

이 사건으로 돌아와 보건대, 종전 건물철거공사 수급자와 이 사건 건물신축공사 수급자가 다른 점, 이 사건 건물 공사착공일은 종전 건물철거일로부터 8개월여 후인 점 등은 인정되나, 원고는 종전 건물철거공사일로부터 불과 6일만에 이 사건 건물 건축허가를 받은 점, 원고는 종전 건물이 있는 제2토지를 취득한 후 종전 건물을 사용하고 있지 않다가 철거하고, 제1, 2토지 위에 이 사건 건물을 신축한 점 등을 고려할 때, 원고는 이 사건 건물을 신축하기 위하여 제2토지를 취득한 것으로 봄이 상당하므로, 종전 건물철거비용은 제2토지의 취득가격에 포함된다 할 것이니, 원고의 위 주장은 이유 있다.

(3) 공사착공일전 대출금 이자 등에 관하여

① 대출금; 2006. 3. 31.자 대출금은 제2토지 중도금에 사용된 점, 2006. 4. 4.자 대출금은 지주작업비에 사용된 점, 2006. 4. 6.자 대출금은 토지 취득에 지출된 가수금을 상환하고, 토지 취득세를 납부하는데 사용된 점, 2006. 6. 29.자 대출금은 제1토지를 매수할 때 매도인의 대출금 채무를 인수하기로 한 약정에 따라 매도인이 대출금 채무를 상환하는데 사용된 점, 2006. 11. 29.자 대출금은 추가 등록세 등 납부시기 및 금액 등에 비추어 추가 등록세 납부에 사용된 것으로 보이는 점, ② 등록세 등 환급액; 환급일은 2009. 7. 17.이고, 이 사건 건물 사용승인일은 2008. 1. 31.이므로, 등록세 등 환급액은 이 사건 건물 취득에 사용된 것으로 볼 수 없는 점, ③ 감정평가비; 담보목적으로 제1, 2토지를 평가받은 후 제1토지에 관하여 2006. 6. 29., 제2토지에 관하여 2006. 11. 29. 각 대출을 받은 점, ④ 총지출액과 총수령액; 제1, 2토지의 총 매매대금, 2006 사업연도 가수금 반제액, 취득세 납부액, 감정평가비, 대출수수료의 합계가 4,029,837,570원(= 매매대금 3,200,000,000원 + 가수금 반제액 527,600,000원 + 취득세 납부액 53,696,610원 + 지주작업비 43,900,000원 + 감정평가비 2,328,000원 + 대출수수료 10,889,120원 + 추가 등록세 등 납부액 191,423,840원), 이 사건 건물 착공 전까지의 총 대출금, 2006 사업연도 가수금 수령액의 합계가 3,880,816,302원(= 대출금 2,650,166,302 + 가수금 수령액 1,230,650,000원)이므로, 이 사건 건물 착공 전까지 지출된 비용이 모두 토지의 취득에 지급된 것으로 추단할 수 있는 점 등을 고려할 때, 동 대출금에 대한 이자, 2006. 6. 29.자 대출을 위한 제1, 2토지에 관한 감정평가비, 대출수수료는 제1, 2토지를 취득하기 위하여 지급한 비용으로 봄이 타당하므로, 이 사건 건물 취득가격에 포함되지 않는다 할 것이니, 원고의 위 주장은 이유 있다.

(4) 정당한 세액

종전 건물 철거비용 6,500,000원, 2006. 11. 29. 이전 대출금 이자 283,477,050원, 감정평가비 2,328,000원, 대출수수료 10,889,120원을 이 사건 건물의 취득가격에 포함하여서는 아니되므로, 정당한 세액은 아래 계산과 같이 취득세 5,273,880원(가산세 1,745,250원 포함), 농어촌특별세 388,140원(가산세 35,280원 포함), 등록세 2,600,590원(가산세 1,189,140원 포함), 지방교육세 394,850원(가산세 112,560원 포함)이다.

① 과세표준; 176,431,757원(= 479,625,927원 - 6,500,000원 - 283,477,050원 - 2,328,000원 - 10,889,120원)

② 취득세; 3,528,630원(= 176,431,757원 × 0.02)

③ 취득세 가산세; 1,745,250원[= 신고불성실가산세 705,720원(= 3,528,630원 × 0.2) + 납부불성실가산세 1,039,530원(= 3,528,630원 × 982일 × 0.0003)]

④ 농어촌특별세; 352,860원(= 3,528,630원 × 0.1)

⑤ 농어촌특별세 가산세; 35,280원(= 352,860원 × 0.1)

⑥ 등록세; 1,411,450원(= 176,431,757원 × 0.008)

⑦ 등록세 가산세; 1,189,140원[= 신고불성실 가산세 767,400원(= 1,411,450원 × 0.2) + 납부불성실 가산세 421,740원(= 1,411,450원 × 996일 × 0.0003)]

⑧ 지방교육세; 282,290원(= 1,411,450원 × 0.2)

⑨ 지방교육세 가산세; 112,560원[= 신고불성실 가산세 28,220원(= 282,290원 × 0.1) + 납부불성실 가산세 84,340원(= 282,290원 × 996일 × 0.0003)]

따라서 취득세, 지방교육세 및 각 가산세는 위 각 정당한 세액을 초과하는 범위 내에서 취소되어야 한다. 농어촌특별세 및 가산세는 원고의 주장세액이 527,380원이고, 정당한 세액이 388,140원이므로, 원고의 주장세액을 초과하는 범위 내에서 취소되어야 한다. 등록세 및 가산세는 원고의 주장세액이 2,115,480원이고, 정당한 세액이 2,600,590원이므로, 정당한 세액을 초과하는 범위 내에서 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.