1. 처분의 경위

가. 원고는 토지거래허가구역 내에 위치한 별지 토지 목록 기재 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’이라고 하고, 그 각각의 토지를 지칭할 때에는 그 순번에 따라 이 사건 1, 2, 3토지라고 한다)을 매수하였는바, 그 잔금지급일 및 이 사건 각 토지의 토지거래허가구역 해제일은 아래 ㆍ표ㆍ 기재와 같다. 이후 원고는 피고에게 이 사건 각 토지의 취득 사실을 신고하였고, 이에 따른 취득세를 납부하였는바, 취득 신고일과 취득세 납부일은 아래 ㆍ표ㆍ 기재와 같다.

나. 피고는 2010. 12. 16. 원고에 대한 세무조사를 실시하여 원고가 이 사건 각 토지의 잔금을 이미 지급하여 이 사건 각 토지를 사실상 취득하였음에도 취득세 등을 신고 · 납부하지 않은 것으로 판단하고, 2011. 5. 11. 원고에게 이 사건 1토지에 대하여 취득세 109,037,010원(가산세 100,350,430원 포함), 농어촌특별세 2,863,170원(가산세 2,293,200원 포함), 이 사건 2토지에 대하여 취득세 4,539,520원(가산세 4,232,290원 포함), 농어촌특별세 122,350원(가산세 98,540원 포함), 이 사건 3토지에 대하여 취득세 39,446,190원(가산세 37,318,140원 포함), 농어촌특별세 3,944,590원(가산세 3,731,810원 포함)를 부과하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).

다. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2011. 6. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2012. 4. 4. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

토지거래허가구역 내 토지의 취득시기는 토지거래계약의 허가를 받거나 토지거래허가구역에서 해제된 때라고 보아야 하고, 원고는 이 사건 각 토지들이 토지거래허가구역에서 해제된 후 30일 이내에 그 취득 사실을 신고하였으므로 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 처분의 적법 여부

1) 토지거래허가구역내 토지의 취득시기 및 취득세 신고 · 납부의무 발생시기

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제2항은 부동산의 취득에 관하여 민법 등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 여기서 ‘사실상 취득’이란 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말한다. 한편 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 토지거래허가구역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 지급한 경우, 비록 그 매매계약이 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 효력이 발생하지 않지만, 그 후 허가를 받거나 그 토지가 토지거래허가구역에서 해제되었다면 그 매매계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로, 취득세 부과에 있어서의 토지의 취득시기는 잔금지급일로 보아야 할 것이다(대법원 2012. 12. 27. 선고 2012두19229 판결 참조).

구 지방세법 제120조 제1항은 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일 이내에 그 세액을 신고하고 납부하도록 규정하고 있다. 위 규정 내용과 입법 취지에 비추어 볼 때, 토지거래허가구역지역 내의 토지에 관한 매매계약이 토지거래 허가를 받지 아니하여 유동적 무효 상태에 있다면, 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것) 제73조 제1항 각 호에서 취득 시기로 정한 사실상 또는 계약상 잔금지급일이 도래하였다고 하더라도 그 매매계약이 확정적으로 유효하게 되었다고 할 수 없으므로 취득세 신고ㆍ납부의무가 있다고 할 수 없고, 그 후 토지거래 허가를 받거나 토지거래허가구역 지정이 해제되는 등의 사유로 그 매매계약이 확정적으로 유효하게 되었을 때 비로소 취득세 신고ㆍ납부의무가 있다고 할 것이므로, 구 지방세법 제120조 제1항에 따른 취득세 신고ㆍ납부는 그때부터 30일 이내에 하면 된다고 해석함이 타당하다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2012두16695 판결 참조).

2) 판단

살피건대, 앞에서 본 법리에 비추어 보면 매수인이 토지거래허가구역 내 토지를 취득하는 시기는 매수인이 매도인에게 토지의 매매잔금을 지급한 시기라고 볼 수 있지만 그 취득세 신고 · 납부의무의 발생시기는 토지거래 허가를 받거나 토지거래허가구역 지정이 해제되는 때라고 할 것이어서 토지거래허가구역 내의 토지에 있어서는 그 취득시기와 취득세 신고 · 납부의무 발생시기가 동일하지 않게 된다.

원고가 이 사건 각 토지에 관한 취득세 등의 신고 · 납부를 그 토지거래허가구역 해제일부터 30일 이내에 적법하게 한 사실은 앞에서 본 바와 같으므로, 원고로서는 지방세법 상의 신고·납부의무를 기한 내에 이행하였다고 할 것이어서 이 사건 처분 중 취득세와 농어촌 특별세의 각 본세를 제외한 가산세 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.