학술연구단체가 고유목적에 사용할 목적으로 취득한 부동산을 다른 법인에게 사용대차했다면, 이는 단체 자신의 고유목적에 사용한 것으로 볼 수 없으므로 구 지방세법 제288조 제2항에 따른 재산세 비과세 혜택을 받지 못한다. 따라서 부동산에 대한 행정청의 재산세 및 지방교육세의 부과처분은 잘못이 없다.

1. 인정사실

가. 원고는 구 한국교육과정평가원법(1999. 1. 29. 법률 제5733호 ‘정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률’ 제정으로 폐지되기 전의 것)에 근거하여 1997. 12. 16. 고등학교 이하 각급 학교의 교육과정을 연구·개발하고 각종 학력평가를 실시함으로서 학교교육의 질 적 향상 및 국가교육의 발전에 이바지하게 함을 목적으로 설립되었고, 원고의

정관 제4조(사업)에 따르면 원고가 수행하는 사업은 다음과 같다.

정관 제4조(사업)

1. 고등학교 이하 각급 학교 교육과정의 연구·개발 및 교육평가의 연구·실시

2. 고등학교 이하 각급 학교 교과용 도서의 개발 및 검·인정 업무 지원

3. 고등학교 이하 각급 학교 학생을 대상으로 하는 학업성취기준의 연구·개발

4. 학업성취도 평가도구의 개발 및 문제은행 체제의 구축

5. 각종 교육 및 심리검사 연구·개발

6. 전국적으로 실시하는 학력평가시험의 출제·시행·채점

7. 교육과정 및 학력평가제도 발전 방안 연구

8. 교육과정 및 학력 평가에 관한 정보 제공 및 자료발간과 이에 따른 수익사업

9. 교육과정 및 교육평가에 관한 교육·연수·홍보

10. 교육과정 및 교육평가에 관한 국제 협력 연구

11. 정부 및 국내·외 공공기관과 민간단체로부터의 수탁사업

12. 제1호 내지 제11호의 사업과 관련된 부대사업

13. 기타 평가원 설립 목적 달성을 위하여 필요한 사업

나. 한국직업능력개발원은 구 한국직업능력개발원법(1999. 1. 29. 법률 제5733호 ‘정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률’ 제정으로 폐지되기 전의 것)에 근거하여 1997. 9. 10. 직업교육 훈련정책 및 자격제도의 연구·개발, 직업교육 훈련 프로그램의 개발·보급 등의 업무를 효율적으로 수행하게 함으로써 직업교육훈련의 활성화 및 국민의 직업능력 향상에 이바지함을 목적으로 설립된 정부출연연구기관이고, 1999. 1. 29. ‘정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률’ 제정으로 원고와 한국직업능력개발원은 국무총리실 인문사회연구회(2005. 7. 1. ‘경제·인문사회연구회’로 그 명칭이 변경되었다)에 소속되었다.

다. 원고는 1998. 6. 23. 서울 강남구

청담동 15-1 토지 2,713.2㎡ 및 건축물 5,721.5㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)를

교육부 장관(2001. 1. 29.

교육인적자원부장관으로 명칭이 변경되었다)으로부터 무상으로 소유권을 이전받아 사용하던 중, 1998. 9. 21. 위 장관은 이 사건 부동산에 한국직업능력개발원이 입주하도록 하고 원고는 서울 종로구

삼청동 25-1에 있는 구 교육행정연수원 청사에 입주하도록 지시하였다.

이에 따라, 원고는 이 사건 부동산을 1999. 6. 13.부터 2002. 5. 31.까지 한국직업능력개발원이 무상으로 사용하게 하였고, 그 후 2002. 5. 21. 사용기간을 2005. 5. 31.까지 연장하였고, 2005. 5. 31.에는 사용기간을 2008. 5. 31.까지 다시 연장하였다.

라. 행정자치부장관은 2006. 4. 피고에 대한 감사를 실시한 후, 이 사건 부동산을 원고가 한국직업능력개발원에 무상으로 임대하는 것은 원고의 고유업무에 직접 사용한 것이 아니라는 이유로, 면제한 2001년도부터 2005년도까지의 재산세 등을 추징하도록 요구하였고, 피고는 2006. 6. 12. 원고에게 2001년도부터 2005년도까지의 재산세 37,912,760원, 도시계획세 33,068,180원, 공동시설세 23,241,520원, 지방교육세 13,654,230원, 2001년도부터 2004년도까지의 종합토지세 30,358,580원, 2002년도부터 2004년도까지의 농어촌특별세 1,180,480원, 합계 139,415,750원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).

[인정근거] 갑1~7, 을1~4의 각 기재(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 감독기관인

교육인적자원부장관의 지시로 이 사건 부동산을 원고와 같은 법률에 의해 설립되고 같은 목적의 국책연구를 수행하는 기관인 한국직업능력개발원에 무상으로 사용하게 한 것이고, 한국직업능력개발원은 조세감면의 대상이 되는 사회단체에 해당함에도, 피고가 이 사건 부동산을 원고의 고유업무에 직접 사용하지 않는 것으로 본 것은

지방세법 제288조 제2항의 감면요건에 관한 법리를 오해한 위법이 있으므로, 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

나. 관련 규정

■ 구 지방세법 (2006. 12. 30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것)

제5절 지방교육세

제260조의2 (납세의무자) 지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세

제260조의3 (과세표준과 세율)

① 지방교육세는 다음 각 호의 1의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

구분

과세표준

표준세율

4

이 법의 규정에 의하여 납부하여야 할 재산세액

100분의 20

제260조의4 (신고 및 납부와 부과징수)

② 지방자치단체의 장이 이 법에 의하여 납세의무자에게 주민세균등할·재산세 및 자동차세를 부과징수하는 때에는 그에 대한 지방교육세를 부과징수한다.

제5장 과세면제 및 경감

제288조 (사회단체 등에 대한 감면)

① 다음 각 호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산을 제외한다. 이하

이 조 제1항 내지

제4항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

1. 「대한적십자사 조직법」에 의한 대한적십자사

2. 「법률구조법」에 의한 대한법률구조공단 및 법률구조법인

3. 「소비자보호법」에 의한 한국소비자보호원

4. 「스카우트활동 육성에 관한 법률」에 의한 스카우트주관 단체

5. 「한국청소년연맹 육성에 관한 법률」에 의한 한국청소년연맹

6. 「한국해양소년단연맹 육성에 관한 법률」에 의한 한국해양소년단연맹

7. 「한국자유총연맹 육성에 관한 법률」에 의한 한국자유총연맹

8. 「대한민국재향군인회법」에 의한 대한민국재향군인회

② 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 「민법」 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

③「청소년기본법」에 의하여 청소년수련시설의 설치허가를 받은 비영리법인이 청소년수련시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 시설에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 시설에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 시설에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

④「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 의하여 설립된 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제한 취득세 및 등록세를 추징한다.

⑤「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용부동산에 대하여는 취득세 및 등록세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 임대용으로 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 그 용도에 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감받은 취득세와 등록세를 추징한다.

■ 구 지방세법 (2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)

제7절 종합토지세

제234조의8(과세대상) 종합토지세의 과세대상은 모든 토지로 한다.

제234조의9(납세의무자)

① 종합토지세 과세기준일 현재

제234조의8의 규정에 의한 토지를 사실상으로 소유하고 있는 자는 종합토지세를 납부할 의무가 있다. 다만, 공유토지인 경우에는 그 지분에 해당하는 면적(지분의 표시가 없는 경우에는 지분이 균등한 것으로 본다)에 대하여 그 지분권자를 납세의무자로 본다.

제234조의10 (납세지) 종합토지세의 납세지는 당해 토지의 소재지를 관할하는 시·군으로 한다.

제234조의11 (국가등에 대한 비과세)

① 국가·지방자치단체·지방자치단체조합·외국정부 및 주한국제기구의 소유에 속하는 토지에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 토지에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대한민국 정부기관의 토지에 대하여 과세하는 외국정부의 토지

2.

제234조의9 제2항 제4호의 규정에 의하여 매수계약자에게 납세의무가 있는 토지

② 국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합이 1년 이상 공용 또는 공공용에 사용하는 토지에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니한다. 다만, 유료로 사용하는 토지의 경우에는 그러하지 아니하다.

제234조의12 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호에 규정하는 토지(

제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 토지가 유료로 사용되는 경우의 그 토지 및 당해 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 토지에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리 사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지. 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축중인 경우와 건축허가후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다.

제234조의15 (과세표준)

① 종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준·별도합산과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다.

② 종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지 중 별도합산 또는 분리과세의 대상이 되는 건축물의 부속토지로서 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 한다. 다만, 다음 각호에 해당하는 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다.

1. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 종합토지세가 비과세 또는 면제되는 토지의 가액

2. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 종합토지세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지가액

3. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지의 가액

4. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야의 가액

5.

제112조 제2항의 규정에 의한 골프장(동조 동항 본문 후단의 규정을 적용하지 아니한다)용 토지의 가액과 동조 동항의 규정에 의한 별장·고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는

토지의 가액 및 제188조 제1항 제2호 (1)의 규정에 의한 주택의 부속토지로서 대통령령이 정하는 기준면적을 초과하는 토지의 가액

6.

제3호 내지

제5호의 규정에 의한 토지와 유사한 토지 및 종합토지세를 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지의 가액

③ 별도합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 건축물의 부속토지 중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합산한 금액으로 한다. 다만, 제2항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다.

④ 분리과세표준은

제2항 제3호 내지

제6호의 가액으로 한다.

⑤

제2항 내지

제4항의 규정에 의한 토지의 가액은 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가(개별공시지가가 없는 토지의 경우에는 시장·군수가

동법 제10조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 산정한 지가를 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

⑥

제5항의 규정에 의한 과세표준액 적용비율의 결정에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하되, 제5항의 규정에 의한 토지의 가액이 개별공시지가를 초과하지 아니하도록 하여야 한다.

제288조 (사회단체 등에 대한 감면)

② 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

■ 구 농어촌특별세법 (2005. 1. 5. 법률 제7330호로 개정되기 전의 것)

제2조 (정의)

② 이 법에서 "본세"라 함은 다음 각 호의 것을 말한다.

8.

제5조 제1항 제8호의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 종합토지세

③

제1항 및

제2항에 규정된 용어 외의 용어에 대한 정의는 본세에 관한 법률이 정하는 바에 따른다.

제3조 (납세의무자) 다음 각 호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

6. 지방세법에 의한 종합토지세의 납세의무자로서 납부세액이 500만 원을 초과하는 자

제5조 (과세표준과 세율)

① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

구분

과세표준

표준세율

8

지방세법에 의하여 납부하여야 할 종합토지세액

가. 세액이 500만 원 초과 1천 만 원 이하인 경우

나. 세액이 1천 만 원을 초과하는 경우

500만 원을 초과하는 금액의 100분의 10

50만 원+1천 만 원을 초과하는 금액의 100분의 15

■ 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률

제2조 (정의) 이 법에서 "정부출연연구기관"이라 함은 정부가 출연하고 연구를 주된 목적으로 하는 기관을 말한다.

제3조 (연구기관의 설립제한) 이 법에 의하지 아니하고는 정부출연연구기관(이하 "연구기관"이라 한다)을 설립하지 못한다. 다만, 과학기술분야 연구기관의 설립에 관하여는 따로 법률로 정한다.

제4조 (법인격) 이 법에 의하여 설립되는 연구기관 및 경제·인문사회연구회(이하 "연구회"라 한다)는 법인으로 한다.

부칙 (1999. 1. 29. 법률 제5733호)

제4조 (다른 법률의 폐지) 다음 각 호의 법률은 이를 폐지한다.

8. 한국교육과정평가원법

15. 한국직업능력개발원법

다. 판단

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제288조 제2항의 규정에 의하면 학술연구단체 등의 부동산 중 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 한하여 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제하는 것으로 되어 있고(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되면서 종합토지세는 삭제되었다),

구 지방세법(2006. 12. 30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제260조의3의 규정에 의하면 지방교육세는 재산세액을 과세표준으로 하여 산출되고,

구 농어촌특별세법(2005. 1. 5. 법률 제7330호로 개정되기 전의 것) 제5조의 규정에 의하면 농어촌특별세는 종합토지세액을 과세표준으로 하여 산출되는바, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(

대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결, 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).

이 사건에서 원고는 이 사건 부동산을 한국직업능력개발원에게 사용대차하여 이 사건 각 과세기간 현재 원고의 고유업무에 직접 사용하지 않고 있음이 명백하고, 한국직업능력개발원이 원고와 동일한 성격의 국책연구를 수행하는 정부출연연구기관이고 사용료가 무상이란 것만으로는 구 지방세법 소정의 감면요건에 해당하지 아니하므로, 이에 반하는 원고의 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.