학교법인이 토지를 고유목적에 사용하기 위해 취득하였으나 행정청의 개발계획 등으로 토지를 사용하지 못했다고 할지라도, 도시계획시설로 지정되지 않은 것에 법인의 귀책사유가 있다면, 토지를 취득일로부터 3년 이내에 고유목적에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 해당 토지는 비영리법인이 고유목적에 직접사용하지 않는 토지로서 취득세 과세대상이 된다.ㅁ

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 강서구

내발산동 169-1 일대에서

명덕고등학교,

명덕외국어고등학교,

명덕여자고등학교,

영일여자중학교를 운영하는 학교법인이다.

나. 원고는 1999. 4. 10.부터 2002. 4. 16.까지 기존의 학교부지 인근의 서울 강서구

내발산동 173-1번지 외 23필지 면적 합계 44,093㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매매로 취득하였다.

다. 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 취득일로부터 3년 이내에 학교부지로 사용하지 아니하자, 피고는 2006. 7. 6. 원고에게 취득세 205,803,200원, 취득세 가산세 41,160,640원, 농어촌특별세(가산세 포함) 22,638,350원을 부과 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5-1 내지 5-4, 5-11 내지 5-30호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 학교장기발전계획(인근 지역개발시 학생수 급증 및 학생편익시설 확충 등) 및 교육인적자원부의 교육여건개선계획(학급수 35명 이하로 교실확충) 등에 따라 교육목적에 사용하고자 부득이 이 사건 토지를 매입하였고, 매입 이후 학교부지로 사용하기 위하여 도시계획시설변경절차를 부단히 수행하여 실제로 학교부지로 도시계획입안이 결정되기도 하였으나, 마곡ㆍ발산지구개발계획 등으로 더 이상 절차가 진행되지 않은 탓에 고유목적에 사용하지 못한 것으로, 이는 원고가 고유목적에 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

아래 사실들은 위 인정증거와 갑 제4-1, 4-2, 5-5 내지 5-10, 5-31 내지 5-36, 6-1 내지 6-25, 8 내지 30호증의 각 기재에 의하여 인정할 수 있다.

(1) 서울특별시장은 1995. 2. 24. 서울특별시 고시 제1995-41호로 이 사건 토지 일원을

구 도시계획법(2002. 2. 4. 법률 제6655호로 폐지되기 전의 것으로서 2000. 1. 28. 법률 제6243호로 개정되기 전의 것) 제12조 등에 의거 마곡지구(강서구 마곡동, 방화동, 공항동, 발산동, 가양동 일대) 시가지조성사업구역(도시계획사업)으로 지정하고, 1997. 4. 18. ‘2011년 서울도시기본계획’에서 대규모미개발지역(상암, 마곡, 장지ㆍ문정지역)을 장기적인 안목에서 계획적으로 관리한다는 원칙에 따라 자연환경의 보존과 토지의 효율적 이용을 위해 도시기능의 보완 등이 필요한 시점까지 개발을 유보한다고 규정하였다.

(2) 원고는 1999. 2. 12. 이사회를 개최하여

명덕학원 장기발전계획(1999. 2. 1.)을 추인하면서 그에 따른 학교확장지역이 마곡지구에 있어 개발계획 확정시에는 지가상승 및 토지소유자의 거부 등으로 매입하기가 곤란하므로 미리 교지확보 후 관련 절차를 진행할 것 등을 의결하고, 그에 따라 이 사건 토지를 취득하였다.

(3) 원고는 2001. 10. 30. 피고에게 교육인적자원부의 2001. 7. 20.자 교육여건개선계획에 따라 2001년부터 2003년까지 학급당 학생수를 35명 이하로 감축하라는 지침에 의거 학급 증설이 불가피하여 학급 증설용 부지를 매입하여 가등기한 상태에 있고, 또한 학급 증설 외에도 필수부대시설(기숙사, 도서관, 체육관 등)의 설립부지도 매입할 예정이라고 하면서 도시계획시설(학교) 변경결정 및 지적승인을 신청하였다.

(4) 이에 피고는 원고로부터 보완 및 협의서류를 제출받은 후, 2002. 1. 8. 강서구 공고 제2002-5호로 도시계획 변경결정을 위한 도시계획(안) 공람공고를 하였는데, 위 도시계획안은 기존에 도시계획시설(학교)로 되어 있던 강서구

내발산동 169-1 일대는 44,030㎡에서 91,506㎡으로 면적을 변경하면서(47,476㎡ 증가), 시가지조성사업으로 도시계획사업이 결정되어 있던 강서구

외발산동 75 일대는 3,928,807㎡에서 3,881,021㎡으로 규모를 변경하는(47,786㎡ 감소) 것으로 작성되었다.

(5) 서울특별시장은 2002. 1. 29. 위 공람공고에 대하여 피고에게 “확대예정 학교부지는 서울시 도시기본계획상 유보지로 책정된 마곡지구 내 토지를 잠식하는 것이므로 학교부지 확대사유 및 대체토지 활용 방안을 제시하라”는 의견을 통보하였고, 이에 원고는 2002. 4. 23. 피고에게 도시계획시설 변경결정 공람공고(안)에 대한 학교규모 및 긴요성, 유사지역과의 형평성, 토지정형화 계획, 학생수용계획의 적정성 등에 관한 보완서류를 제출하였다.

(6) 피고는 2002. 5. 22. 강서구 공고 제2002-172호로 서울 강서구 내ㆍ외발산동 일원 583,130㎡에 관하여 택지개발촉진법에 의한 택지개발예정지구(발산택지개발예정지구) 지정을 위한 공람공고를 하였는데, 택지개발예정지구에 이 사건 토지 중 일부(강서구

내발산동 177, 178-1, 179-1, 180 등 4필지)가 편입되자, 원고는 2002. 6. 3. 피고에게 이 사건 토지가 택지개발사업의 실시계획수립시 학교시설로 용도지정이 가능하다면 이 사건 토지 전체를 택지개발지구에 편입해 주거나, 용도지정이 불가능하다면 편입에서 제외해 달라는 의견서를 제출하였다.

(7) 서울특별시장은 2003. 3. 11. 원고의 확장계획 청원사항에 대한 민원회신에서, 원고의 추가확보 계획지역은 개발유보지로 계획된 마곡지구와 사업착수 예정에 있는 발산택지개발지구 내에 위치한 부지이므로 개별적인 학교부지 확보는 서울시 도시기본계획에 부합되지 않고, 원고가 계획한 부지는 교지기준면적보다 과다하게 계획된 것으로 보이며, 서울특별시에서는 생산녹지지역에서도 학교시설의 용적율을 50%에서 100%까지 완화할 수 있도록 조례개정을 추진 중에 있다고 통보하였다.

(8) 피고는 2003. 3. 21. 원고에게

명덕외고 학교부지를 발산택지개발지구내에 확보될 수 있도록 서울특별시도시개발공사와 협의하라는 취지의 공문을 발송하였고, 이에 원고는 2003. 5. 21. 및 2003. 5. 27. 서울특별시도시개발공사와 서울특별시장에게 택지개발사업지구지정에 편입된 이 사건 토지 중 강서구

내발산동 177, 178-1, 179-1, 180 등 4필지에 대하여 제척을 요청하였다.

(9) 원고가 2004. 6. 4. 서울특별시장에게 마곡지구기본계획수립시 이 사건 토지 일원(같은 동 164-4번지외 32필지)을 학교용지로 지정해 줄 것을 요청하자, 서울특별시장은 2004. 6. 7. “현재 마곡지구에 대한 종합개발구상 수립용역 중에 있으므로 위 요구사항을 용역사에게 검토요구 하였다”는 취지로 회신하였다.

(10) 서울특별시장은 2005. 12. 20. 마곡 R&D 조성사업계획을 발표하였는데, 2006. 11. 10. 원고에게 “조성사업계획에 따른 실시기본계획은 설계 중이고, 건축허가 등의 제한 및 학교용지의 위치 등은 확정되지 않았다”는 취지로 통보하였다.

(11) 한편, 이 사건 토지의 도시계획현황은 생산녹지지역, 학교입안지, 개발행위허가제한지역, 시가지조성사업지역, 시가지조성사업지역(해제입안지)으로 되어 있다.

라. 판단

(1) 판단의 기준

지방세법 제107조에서 말하는 '정당한 사유'라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다.

그러나, 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리법인이라고 할지라도 토지를 취득할 당시 3년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황 하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 3년 이내에 당해 토지를 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다(

대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 등 참조).

(2) 이 사건의 경우

앞서 인정한 바와 같이, 원고가 이 사건 토지를 취득한 것은 기존 학교부지의 협소를 해소하기 위한 것이고, 위와 같이 이 사건 토지를 학교부지에 사용하려는 것은 2003년까지 학급당 학생수를 35명 이하로 감축하라는 교육인적자원부의 2001. 7. 20.자 교육여건개선계획에 부합되는 것이기도 하다.

그러나, 위 인정사실에 나타난 바와 같이, ① 이 사건 토지는 이미 1995. 2. 24. 시가지조성사업구역(도시계획사업)으로 지정되어 있었고, 1997. 4. 18. 도시기본계획에 의하여 개발이 유보되는 것으로 규정되어 있었으므로 원고가 공익 목적을 위하여 도시계획시설(학교) 변경결정을 신청하더라도 그것이 적어도 단기간 내에 변경되기는 어려웠던 점, ② 위와 같은 점은 원고의 1999. 2. 12. 이사회에서도 이미 논의가 되어 원고 스스로도 잘 알고 있었던 것으로 보이는 점, ③ 원고는 위와 같이 이 사건 토지가 시가지조성사업구역으로 지정되어 있었던 것을 알고 있었을 뿐 아니라 이 사건 토지를 구입하기로 한 이유 자체가 위와 같은 불확실한 도시계획사업이 확정됨에 따라 토지 확보가 어려워질 수도 있다는 데 있었던바, 고도의 계획재량인 도시계획사업의 수립권자가 토지 이용 당사자인 원고의 의도에 맞추어 도시계획을 수립해야할 의무가 있다고 볼 수는 없는 점, ④ 이 사건 토지의 구입은 교육인적자원부의 2001. 7. 20.자 교육여건개선계획이 시달되기 전부터 이루어졌던 것으로서 그 토지의 규모도 단순히 학급 증설을 위해 필요한 범위에 한정된 것이었다고 보기 어렵고, 원고와 서울특별시장과의 여러 차례의 의견표명 과정에서도 원고는 애당초 계획했던 규모의 도시계획 변경안에서 조금도 양보를 하지 않는 등 이 사건 토지가 도시계획시설(학교)로 지정되지 않은 것이 오로지 관할관청의 귀책사유만에 기인한 것이라고 볼 수도 없는 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 토지를 취득일로부터 3년 이내에 고유목적에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.