1. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 10. 14. 설립되어 2007. 2. 28. 주택법 제9조 등에 의하여 주택건설사업자로 등록을 마친 회사이다.

나. (1) 원고는 2007. 1. 2. 오순복과 서울 동작구 상도동 159-473 대 132㎡ 및 그 지상 단층 주택 59.58㎡에 관하여 420,000,000원의 매매계약을 체결하여 2007. 2. 1.(매매계약서상의 잔금지급일과 같다) 잔금 240,000,000원을 지급하고 2007. 2. 12. 자진신고를 한 후, 2007. 3. 15. 취득세 4,200,000원, 등록세 12,600,000원, 교육세 2,520,000원을 납부하고 등기를 마쳤다.

(2) 원고는 2007. 1. 5. 함현숙과 ① 서울 동작구 상도동 159-460 대 146㎡, 같은 동 159-163 지상 단층주택 64.17㎡와 ② 같은 동 159-466 도로 46㎡ 중 46분의 3.9지분, 같은 동 159-467 도로 12㎡ 중 12분의 1.0지분, 같은 동 159-468 대 8㎡ 중 8분의 0.7지분, 같은 동 159-469 도로 75㎡ 중 75분의 6.3지분에 관하여 매매대금 517,000,000원의 매매계약을 체결하여 2007. 2. 14.(매매계약서상의 잔금지급일과 같다) 잔금 307,000,000원을 지급하고 2007. 3. 7. 자진신고를 한 후, 2007. 3. 15. 위 ① 부동산에 관하여 취득세 4,820,000원, 등록세 14,460,000원, 교육세 2,892,000원을, ② 부동산에 관하여 취득세 700,000원, 등록세 1,050,000원, 교육세 210,000원을 각 납부하고 등기를 마쳤다{위 (1), (2)항의 각 부동산을 이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 하고, 위 (1), (2)항의 각 등록세, 지방세 부과처분을 통칭하여 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다}.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1, 2-각 1, 2, 갑3, 4, 갑5-1, 2, 을1～7, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 지방세법 제138조 제1항 단서, 같은 법 시행령 제101조 제1항 제5호는 그 문언상 등록세 중과 예외사유로 ‘당해 부동산의 잔금지급일까지 주택건설사업자등록을 마칠 것’을 요구하지 않고, 오히려 지방세법 시행령 제101조 제1항 제5호는 ‘주택건설용으로 취득등기하는 부동산’이라고 규정함으로써 주택건설사업자가 당해 부동산의 등기일 현재 주택건설사업용으로 등기하는 부동산의 경우를 등록세 중과의 예외사유에 해당됨을 명백히 하고 있으므로 이 사건 처분은 위와 같은 관련 규정에 정면으로 위배되는 것일 뿐 아니라 법문 어디에도 근거가 없는 자의적인 해석에 기한 것이어서 위법하다.

(2) 지방세법 제29조는 납세의무의 성립시기에 관하여 ‘등록세를 납부할 의무는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때에 성립한다’고 규정하고 있고, 제150조의2 제1항은 ‘등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다’고 규정하고 있으므로 이 사건 처분은 등록세납부의무가 성립하기 이전에, 그리고 등록세납부시기의 도래 이전에 이미 등록세 중과의 예외사유를 갖출 것을 요구하는 것이어서 지방세법 제29조, 제150조의2의 각 규정에 반하여 등록세 중과 예외사유의 충족시기를 부당하게 단축하는 것에 다름 아니므로 역시 위법하다.

(3) 지방세법 제138조에 규정된 등록세 중과 제도는 대도시 내의 인구증가 억제, 대도시에의 경제력 집중 방지, 지역경제 활성화를 위하여 도입된 규정으로 이와 같은 등록세 중과 제도를 주택건설사업자가 주택건설사업을 영위하기 위하여 매입하는 부동산에까지 적용할 경우에는 주택건설사업의 위축 및 그에 따른 경기침체의 우려가 심각하게 예상된다. 그리하여 지방세법 시행령 제101조 제1항 제5호는 ‘주택법 제9조에 의거 등록한 주택건설사업자가 주택건설사업용으로 등기하는 부동산의 경우 등록세 중과의 대상에서 제외’하도록 예외를 두고 있는 것인데 이를 ‘당해 부동산의 잔금 지급일까지 주택건설사업등록을 필하여야 한다’고 해석하는 것은 오히려 주택건설사업자를 불리하게 하는 것으로서 그 입법취지에도 반하므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) ㈎ 지방세법 제138조 제1항 본문, 제3호의 규정은 과밀억제권역인 대도시 내에서의 법인의 설립설치전입 이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세율을 당해 세율의 100분의 300으로 하도록 하고 있고, 다만 지방세법 제138조 제1항 단서 규정은 대도시 안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 관한 부동산등기에 대하여는 이를 배제하고 있으며, 이에 같은 법 시행령 제101조 제1항 제5호의 규정은 주택법 제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)을 그 중 하나로 들고 있다.

이와 같이 지방세법 제138조, 같은법 시행령 제101조 제1항 제5호가 대도시 내에서의 인구집중이나 공해를 방지하기 위하여 대도시 내의 법인설립, 부동산취득 등을 억제하기 위한 조세정책적인 이유에서 일정한 경우 등록세를 중과하면서 그 예외의 하나로 주택법 제9조 소정의 건설교통부에 등록된 주택건설사업자에 대하여는 그 등록세의 중과를 배제하도록 규정하고 있는바, 그 예외의 취지는 일정한 자격요건을 갖추고 연간 일정한 호수 이상의 주택건설실적이 있는 자에 대하여 건설교통부에 등록을 하게 한 다음 그 등록된 주택건설사업자로 하여금 주택의 건설기준이나 규모, 주택의 공급조건, 방법 및 절차에 관하여 엄격한 기준을 설정하여 이를 준수하게 하는 등의 규제를 함과 아울러 주택건설을 촉진함으로써 대도시 내의 주택이 없는 국민의 주거생활의 안정을 도모하고 그 주거수준의 향상을 기하는 데 있다(대법원 1995. 6. 16. 선고 95누2395 판결 등 참조).

㈏ 나아가 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

㈐ 따라서 위와 같은 지방세법령의 등록세 중과의 예외 규정은 그 입법취지와 각 규정의 문언 등에 비추어 건설교통부에 등록된 주택건설사업자가 그 이후에 비로소 주택건설용으로 부동산을 취득하고 등기를 하는 경우에 한하여 적용되는 것이라 할 것이다.

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 지방세법 시행령 제73조 제1항은 유상승계취득의 경우에는 실제잔금지급일(제1호) 또는 계약상의 잔금지급일(제2호)을 그 취득시기로 규정하고 있는데 앞서 인정한 바에 의하면, 원고가 이 사건 각 부동산을 취득한 시기는 계약상의 잔금지급일이나 실제 잔금지급일 어느 것에 의하더라도 2007. 2. 1.{위 1.의 나. (1) 부동산} 또는 2007. 2. 14.{위 1.의 나. (2) 부동산}이고, 원고가 주택법 제9조 등에 의하여 주택건설사업자로 등록을 마친 것은 2007. 2. 28.이므로 이 사건의 각 부동산에 대한 등기는 지방세법 제138조 제1항 본문, 제3호의 규정에 따른 등록세 중과대상일 뿐 지방세법 제138조 제1항 단서, 같은 법 시행령 제101조 제1항 제5호의 규정에 따른 등록세 중과대상의 예외가 적용될 수 없다 할 것이고, 나아가 위와 같이 부동산의 취득과 등기 이전에 당해 부동산을 취득한 사업자가 주택법 제9조 등에 의하여 주택건설사업자로 등록을 마쳤을 것을 요구하는 것은 위와 같이 관련 규정의 정당한 해석에 따른 것일 뿐 이를 두고 등록세의 납부의무 성립이나 납부시기 도래 이전에 이미 등록세 중과의 예외사유를 갖출 것을 부당하게 요구하는 것이라고 할 수는 없으며, 또한 등록세 중과의 예외사유를 갖출 시기를 등록세납부의무의 성립시기에 맞추어서 정하여야만 하는 것은 아니므로 위와 같이 해석할 경우 지방세법 시행령 제101조 제1항 제5호가 지방세법 제29조, 제150조의2의 각 규정에 위반되게 되는 것이라고도 할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 하는 원고의 위 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.