법인이 증자에 따른 등기를 하고 이에 대한 등록세를 신고·납부한 경우로서, 비록 행정청이 신고 당시 아무런 제재를 가하지 않고 있다가 추후 해당 등기가 중과세 대상임을 근거로 등록세 중과 처분했더라도, 이러한 수인 행위는 과세관청의 공적인 견해표명으로 볼 수 없으므로, 행정청의 등록세 및 지방교육세 중과 처분은 여전히 정당하다.

1. 처분의 경위

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1 내지 4호증, 갑6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고 회사는 1999. 8. 10. ‘주식회사

넷포츠’라는 상호로 ‘

서울 강서구 등촌동 365-35’에서 설립된 후, 1999. 8. 26. ‘

서울 서초구 서초동 1570-6 4층’으로, 2000. 2. 7. ‘

서울 서초구 1709-5, 6, 7 우송빌딩 5층’으로, 2003. 10. 8. ‘

서울 구로구 구로동 197-48 에이스테크노타워3차 1층 108호’로, 2004. 2. 6. ‘

서울 서초구 잠원동 26-11 6층’으로 각 본점을 이전하는 내용의 등기를 하였고, 2004. 3. 31. 회사의 자본금을 1,300,000,000원 증자하는 내용의 등기를 하였다.

나. 원고 회사는 본점을 ‘

서울 구로구 구로동 197-48 에이스테크노타워3차 1층 108호’에서 ‘

서울 서초구 잠원동 26-11 6층’으로 이전등기한 것에 대하여

지방세법 제137조 제1항 제4호의 일반세율이 적용됨을 전제로 위 법조항 등에 의한 등록세 75,000원 및 지방교육세 15,000원을 신고납부하였고, 회사 자본금 1,300,000,000원을 증자등기한 것에 대하여

지방세법 제137조 제1항 제1호의 일반세율이 적용됨을 전제로 위 법조항 등에 의한 등록세 5,200,000원 및 지방교육세 1,040,000원을 신고납부하였다.

다. 피고는 2006. 1. 28. 원고 회사가 본점을 ‘

서울 구로구 구로동 197-48 에이스테크노타워3차 1층 108호’에서 ‘

서울 서초구 잠원동 26-11 6층’으로 이전등기한 것(이하 ‘①과세대상사실’이라고 한다)은 등록세 중과규정인

지방세법 제138조 제1항 제2호소정의 ‘대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점의 전입에 따른 등기’를 한 경우에 해당하므로 중과세대상에 해당한다는 이유로 위 법조항 등에 의해 산출된 등록세 36,000,000원(= 과세표준액 3,000,000,000원 x 4/1000 x 300/100) 및 지방교육세 7,200,000원(= 등록세 36,000,000원 x 20/100)에서 원고 회사가 이미 신고납부한 세액을 공제한 등록세 35,925,000원(= 36,000,000원-75,000원) 및 지방교육세 7,185,000원(= 7,200,000원-15,000원)을 부과하고, 회사 자본금 1,300,000,000원을 증자등기한 것(이하 ‘②과세대상사실’이라고 한다)은 등록세 중과규정인

지방세법 제138조 제1항 제2호 소정의 ‘대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점의 전입후 5년이내의 증자에 따른 등기’를 한 경우에 해당하므로 중과세대상에 해당한다는 이유로 위 법조항 등에 의해 산출된 등록세 15,600,000원(= 과세표준액 1,300,000,000원 x 4/1000 x 300/100) 및 지방교육세 3,120,000원(= 등록세 15,600,000원 x 20/100)에서 원고 회사가 이미 신고납부한 세액을 공제한 등록세 10,400,000원(= 15,600,000원-5,200,000원) 및 지방교육세 2,080,000원(= 3,120,000원-1,040,000원)을 부과하겠다는 취지의 과세예고를 하였다.

라. 이에 원고 회사는 2007. 1. 15. 서울특별시에 과세전적부심사청구를 제기하였으나 2007. 1. 26. 불채택결정을 받았고, 피고는 2007. 2. 8. 원고 회사에게 ①. ②과세대상사실과 관련하여 위 과세예고 통지대로 등록세 46,325,000원(= ①과세대상사실에 대한 등록세 35,925,000원 + ②과세대상사실에 대한 등록세 10,400,000원), 지방교육세 9,265,000원(= ①과세대상사실에 대한 지방교육세 7,185,000 + ②과세대상사실에 대한 지방교육세 2,080,000원)을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

마. 한편, ‘서울특별시’는

수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호,

같은 법 시행령 제9조 별표 1에 의해 과밀억제권역으로 정해져 있고, 원고 회사가 소재했던 ‘

서울 구로구 구로동 197-48 에이스테크노타워3차 1층 108호’는 산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지(산업입지및개발에관한법률 제6조 내지 제7조의 3에 의해 지정고시된다)에 속해 있다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장

(1)

지방세법 제138조의 등록세중과규정의 입법취지에 비추어 볼 때,

같은 조 제1항 제2호가 적용되는 범위는 법인이 대도시에서 신설되거나 당초 대도시외의 법인이 새로이 대도시 내로 전입하는 경우에 한정된다고 할 것인바, 원고 회사는 설립 당초 이미 ‘

서울 강서구 등촌동 365-35’에서 설립된 법인으로서 계속 서울 시내에 위치하다가 2003. 10. 8. 서울지역산업단지에 해당하는 ‘

서울 구로구 구로동 197-48 에이스테크노타워3차 1층 108호’에 전입하였고 불과 4개월 후인 2004. 2. 6. ‘

서울 서초구 잠원동 26-11 6층’으로 이주한 것이므로 위 규정의 중과취지인 대도시에 새로이 법인의 집중이나 인구 및 산업의 과밀을 유발하였다고는 결코 할 수 없고, 따라서 위 규정이 적용되지 아니한다고 할 것임에도 이를 적용하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 위 규정은 법인이 대도시에서 신설되거나 대도시 내로 전입하는 경우에도 산업단지에 해당하는 경우 중과를 면제하여 특례를 주는 특례규정일 뿐이지, 반대해석으로 산업단지에 위치한 법인이 대도시 내로 전입하는 경우 중과한다는 것을 규정한 것이 아니며 이러한 해석을 하여 중과를 하는 것은 형평의 원칙에도 반하고 조세법률주의(과세요건법정주의)에 명백히 반하는 것임에도 불구하고 이와 같이 한 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 원고 회사는 위 1의 나.항 기재와 같이 ①, ②과세대상사실과 관련하여 세금을 성실히 신고납부하였고, 이에 대해 피고는 이를 납부받음에 있어 어떠한 이의 등을 제기한 바 없음에도 이를 뒤집고 한 이 사건 처분은 신의칙에 위반하여 위법하다.

(4)

지방세법 제138조에 의한 중과여부는

지방세법 시행령 제102조 제8항에 의거하여 중과제외업종과 중과대상업을 겸업하는 경우 총매출에서 그 매출액이 차지하는 비율에 따라 안분하여 과세하도록 규정하고 있는데, 원고 회사의 목적사업으로 하고 있는 소프트웨어사업이나 소프트웨어 등의 유통업 등에 대한 매출에 대한 고려 없이 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 판단

(1)

지방세법 제138조 제1항 제2호는 ‘대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점의 전입에 따른 등기를 하는 경우’와 ‘전입후 5년이내에 자본을 증가하는 경우’에 법인의 설립으로 보아 설립등기에 따른 중과세를 한다고 규정하고 있는바, 여기서 전입등기 등록세 중과대상의 지역적 범위인 “대도시”가 무엇을 의미하는지 문제되는데, 이에 관하여

지방세법 제138조 제1항단서에서는

수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호에 규정된 과밀억제권역을 의미한다고 하면서 다만 산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다고 규정하고 있다.

(2) 위 규정내용에 따르면, 지방세법상 대도시는

수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호에 규정된 과밀억제권역에서 산업단지를 제외한 지역을 의미하여 산업단지가 과밀억제권역 내에 있다고 해도 산업단지 자체는 지방세법상 ‘대도시’에 해당한다고 볼 수 없고, 따라서 과밀억제권역 내에 있는 산업단지에서 산업단지 밖의 과밀억제권역으로 본점을 이전하는 경우에는

지방세법 제138조 제1항 제2호 소정의 ‘대도시내에로의 전입’으로 간주된다.

(3)

지방세법 제138조 제1항단서는 ‘대도시’의 내포적 의미를 위와 같이 정의하면서 이를 ‘이하 이 조에서 대도시’로 약칭한다고 규정하고 있고, 이에 따라 같은 항 제1호에서 4호까지 ‘대도시’라는 용어를 별다른 제한 없이 사용하고 있으므로 같은 항 제2호 소정의 ‘대도시’를 위 단서 소정의 ‘대도시’의 의미와 달리 보아야 할 법적 근거가 없고, 이러한 해석은 과세요건법정주의에 반하는 반대해석이라기보다는 같은 조항 내에서의 용어의 의미를 체계적통일적으로 해석하는 것으로서 오히려 과세요건법정주의에 합치한다고 할 수 있을 뿐만 아니라, 대도시 내에 있는 산업단지에서 산업단지 밖의 대도시 지역으로 본점 등을 전입하는 경우에도 그에 따른 인구와 산업의 집중으로 인한 폐해가 없다고 볼 수 없고 이는 설립당시 대도시 내에 소재하였던 법인이 잠시 대도시 밖의 산업단지로 이전하였다가 다시 대도시 내로 전입한 경우에도 마찬가지라고 할 것이므로 대도시 내로의 본점 등의 전입을 억제하여 인구집중, 경제집중 등을 막고 지역경제의 활성화를 꾀하고자 하는 조세정책적 차원에 비추어 볼 때, 위 규정의 적용을 원고 회사와 같은 경우에는 배제해야할 실질적인 이유를 찾아볼 수 없고 이를 전제로 한 피고의 이 사건 처분이 형평의 원칙에 반한다고도 할 수 없다.

(4) 한편, 일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 적어도 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 명시적 또는 묵시적으로 표명하여야 하는바(대법원2002. 9. 4.선고2001두9370판결등 참조), 피고가 원고 회사의 등록세 등 신고납부행위에 대해 별다른 이의 등을 제기한 바 없다는 사유만으로는 과세관청이 납세의무자에게 그가 신고납부한 세액 외에는 등록세 등을 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것이라 할 수 없다.

(5) 또한, 원고 회사가 원고 주장의 유통산업을 영위하고 있다는 사실을 인정할 증거가 없으므로 중과제외업종과 중과대상업을 겸업하는 경우에 해당한다고도 볼 수 없다.

(6) 따라서 이와 같은 전제에서 ①과세대상사실에 관하여 대도시내에로의 본점의 전입으로 보고, ②과세대상사실에 관하여 전입후 5년이내의 증자로 보아

지방세법 제138조 제1항 제2호 소정의 중과세율을 적용하여 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.