다. 판 단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 대한 판단

지방세법 제138조 제1항 제3호에서는, 등록세를 중과하는 대도시 내 법인등기 중의 하나로 그 전단에서 ‘대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’를, 그 후단에서 ‘그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’를 각 규정하고 있는바, 같은 조 제3항 및 같은 법 시행령 제102조 제2항에 의하면, 위 전단의 ‘대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’라 함은 ‘당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산 등기’로서 반드시 그 부동산의 전부가 법인 또는 지점 등의 업무에 사용되어야 하는 것은 아니라 하더라도 그 설립·설치·전입과 관련이 있어야 하고 이와 아무런 관련 없이 취득한 부동산등기는 포함되지 아니한다고 할 것이나, 위 후단의 ‘대도시 내 법인 또는 지점 등의 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’라 함은 ‘법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기’로서 당해 법인(본점) 또는 지점 등과 관계되어 그 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기를 의미한다고 할 것이다.

살피건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 2003. 3. 3.

(2) 원고의 두 번째 주장에 대한 판단

살피건대, 을 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 토지를 구입하여 2002. 11. 12. 그 소유권이전등기를 경료하고 이에 대하여 표준세율을 적용한 등록세를 신고납부한 다음 2003. 3. 3. 본점을 이전하였고, 피고가 원고에게 위 소유권이전등기에 대하여 중과세율을 적용한 등록세를 부과할 것을 예고하였다가 위 토지가 본점의 사업장으로 사용되지 아니하여 본점의 전입과 관련이 없다고 보고 이를 철회한 사실이 인정되나, 이는 위 소유권이전등기가 위 본점 전입 이전에 취득한 부동산의 등기로서 위 본점의 전입과 아무런 관련이 없기 때문에 지방세법 제138조 제1항 제3호 전단의 등록세 중과대상이 되지 않는다고 본 것일 뿐이므로 이를 두고 피고가 위 소유권이전등기와 달리 이 사건 등기에 대하여 중과세율을 적용하는 것이 신뢰보호의 원칙에 반하는 것이라고 할 수는 없고, 또한 피고가 이 사건 등기에 대하여 처음에는 표준세율을 적용한 등록세를 부과한 적이 있었다고 하여 그 후 중과세 적용대상에 대한 견해를 수정하여 이 사건 등기에 대하여 다시 중과세율을 적용하는 것이 신뢰보호의 원칙에 반하는 것이라고 할 수 없으며, 달리 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반한다고 볼 만한 자료가 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.