응용 소프트웨어의 제조·판매를 목적으로 창업된 회사가 구 조세특례법 제6조 제3항이 정한 창업벤처중소기업의 업종 범위 내의 사업을 영위한다면, 비록 다른 회사와 합병했다고 할지라도 합병을 통하여 소프트웨어 사업을 비로소 영위하게 된 것이 아니므로 조세특례제한법 제6조 제4항 제1호 및 제4호의 조세 취득세 등의 감면 배제사유에 해당하지 않는다. 따라서 이와 달리 판단한 행정청의 처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 영어전문 교육사업, 교육서비스업, 사설학원 운영업, 도서출판 및 인쇄업 등을 목적으로 하여 2000. 10. 24. 설립된 회사로서, 2002. 9. 27. 서울지방중소기업청장으로부터

구 벤처기업육성에관한특별조치법{2002. 8. 26. 법률 제6723호(2002. 11. 1. 시행)로 개정되기 전의 것, 이하 ‘벤처기업법’이라 한다} 제25조의 규정에 의하여

같은 법 제2조 제1항 규정에 의한 벤처기업(유효기간 : 2002. 9. 27. ~ 2002. 10. 31.) 확인을 받았다.

나. 원고는

서울 강남구 대치동 968-1 건물 1,708.92㎡ 및 부속 토지 441.1㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하고 2002. 10. 10. 피고에게

구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례법’이라 한다) 제 119조 제3항 제1호 및

같은 법 제120조 제3항에 기한 취득세 등의 면제신청을 하였으며, 피고는 이 사건 토지 등 및 건물이 창업벤처중소기업인 원고가 사업을 영위하기 위하여 취득한 사업용 재산에 해당한다는 이유로 2002. 10. 11. 취득세, 등록세 등을 면제하는 결정을 하였다.

다. 그 후 피고는 원고가 벤처기업으로 확인 받기 이전인 2002. 2. 23.

소외 (주)디지털밸리(이하 ‘소외 회사’라 한다)와 사이에 합병 계약을 체결한 사실을 확인하였고, 이에 원고가 위 합병을 통하여 소외 회사의 사업을 승계하거나 자산을 인수하여 동종의 사업을 영위한 것이고, 이는

구 조세특례법 제6조 제4항 제1호에 해당한다는 이유로 2006. 8. 10. 이 사건 부동산의 취득가액 3,800,000,000원을 과세표준으로 하여 취득세 91,200,000원(가산세 15,200,000원 포함), 농어촌 특별세 8,360,000원(가산세 760,000원), 등록세 410,400,000원(가산세 68,400,000원 포함), 지방교육세 75,240,000원(가산세 6,840,000원 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2 내지 4호증, 을 제6호증, 을 제7호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

(1) 피고 : 원고는 당초 영어전문교육사업, 교육서비스업, 사설학원 운영업, 도서출판 및 인쇄업 등을 영위하던 회사이고, 위 업종들은

구 조세특례법 제6조 제3항이 정한 창업벤처중소기업의 범위에 해당하지 않는다. 그런데 원고는 2002. 2. 23.경 인터넷 서비스업, 전자 상거래업, 인터넷 소프트웨어 개발 및 서비스업을 영위하던 소외 회사와 합병하면서 소외 회사가 영위하던 위 사업을 법인등기부상 목적사업으로 추가하고, 이후 추가된 업종인 응용소프트웨어의 개발 및 제작기술 등과 관련하여 벤처기업 확인을 받았던 것이므로, 이는

구 조세특례법 제6조 제4항의 조세감면 배제사유 중 1호 ‘합병을 통하여 사업을 승계하거나 자산을 인수하여 동종의 사업을 영위한 경우’에 해당하고, 또한 원고는 창업 이후 다른 업종을 추가하였는데, 이는 위

조세특례법 제6조 제4항 4호 ‘사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우’에 해당한다. 결국 원고에 대하여 창업벤처기업에 대한 조세 감면을 배제하기로 한 이 사건 부과처분은 적법하다.

(2) 원고 : 원고는 당초부터 이 사건 벤처기업 확인을 받은 기술{‘생각단위와 연결질문을 이용한 언어학습 시스템 및 방법’과 관련된 ‘응용소프트웨어(S/W)의 개발 및 제작기술, 전자상거래 응용 S/W기술’}을 응용한 소프트웨어 및 학습교재를 제조판매하는 것을 목적으로 하여 창업된 회사이고, 위 사업은

구 조세특례법 제6조 제3항이 정한 창업벤처중소기업의 업종 범위내에 해당한다. 원고는 소외 회사와의 합병을 통하여 이 사건 사업을 비로소 영위하게 된 것도 아니고, 창업 이후에 사업을 확장하거나 추가로 영위하게 되었던 것도 아니므로, 이를 들어

조세특례법 제6조 제4항 제1호, 제4호의 조세 감면 배제사유에 해당한다고 본 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2000. 10. 24. 설립된 이래 ‘생각단위와 연결질문을 이용한 언어학습 시스템’ 및 ‘음성인식 기술’을 이용한 영어학습교재(소프트웨어가 장착된 CD-ROM와 그 부속교재)를 개발하여 이를 제작, 판매하는 것을 주된 사업으로 영위하여 왔고, 2002. 9. 27. 서울지방중소기업청장으로부터 위 기술{‘생각단위와 연결질문을 이용한 언어학습 시스템 및 방법’과 관련된 ‘응용소프트웨어(S/W)의 개발 및 제작기술, 전자상거래 응용 S/W기술’, 이하 ‘이 사건 기술’이라 한다}에 대하여 벤처기업확인을 받았다.

(2) 원고가 판매한 영어학습교재는 원고가 개발한 [생각단위]와 [연결질문]을 이용한 언어학습방법에 음성인식, 캡션, 프로그램 개발을 접목한 디지털 영어학습 멀티미디어 신제품으로서 CD-ROM과 부속교재로 구성되어 있는바, 학습자가 CD-ROM을 컴퓨터에 탑재하면 별도의 조작행위 없이 자동으로 프로그램이 다운로드되고, 제품의 설정모드에 본인의 음성을 인식하기 위한 기본입력내용을 제시된 순서에 따라 입력한 뒤 학습을 시작하게 되는데, 학습자의 발음을 음성인식으로 받아들여 평가하고 ‘다시 해보세요’ 라는 명령어가 나가게 되는 등 제품 자체가 영어선생님의 역할을 하도록 하는 것이다.

(3) 한편 원고는 2002. 2. 23. 홈페이지 제작, 인터넷 광고 및 광고물 제작 등을 하여 오던 소외 회사를 흡수, 합병하는 계약을 체결하였으나, 합병 후에는 홈페이지 제작, 인터넷 광고 등의 사업을 영위하지 않고 있다.

(4) 원고의 설립 당시 법인등기부상 목적사업은 ‘1. 영어전문교육사업, 2. 교육서비스업, 3. 사설학원 운영업, 4. 도서출판 및 인쇄업’이었는데, 원고는 소외 회사와 합병하기 얼마 전인 2002. 1. 18. 여기에 ‘5. 학습용 씨디, 브이씨디, 디브이디 제작 및 판매업, 6. 광고물서비스업, 7. 소프트웨어 개발 및 공급업, 8. 인터넷소프트웨어 개발 및 서비스업, 9. 데이터베이스 디자인 및 공급업, 10. 웹 제작 및 기획업’을 추가하였고, 2002. 3. 30.에는 기존 목적사업을 모두 삭제하고 ‘1. 영어전문 교육사업 및 교육서비스업, 2. 사설학원 운영업, 3. 도서출판 및 인쇄 및 도소매업, 4. 판촉물, 광고물, 학습용씨디, 디브이디, 브이티알, 브이-씨디 제작 및 도소매업, 5. 소프트웨어개발 및 공급업, 6. 인터넷소프트웨어 개발 및 서비스업’으로 변경한 뒤 여기에 2002. 10. 21. 부동산임대업, 2003, 11, 1, 멀티미디어 피씨방 서비스를 각 추가하였다.

【인정근거】갑 제5호증의 1 내지 3, 갑 제8 내지 10호증의 각 1, 2, 갑 제11호증, 갑 제12 내지 14호증의 각 1, 2, 을 제1 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

살피건대, 창업벤처중소기업이라 함은 ‘

벤처기업법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서,

구 조세특례법 제6조 제3항의 업종을 영위하고, 창업 후 2년 이내에

벤처기업법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인 받은 기업’을 말하는 것인데, 구 조세특례법에서 창업벤처중소기업에 대하여 세금 감면 혜택을 부여하고 있는 취지는 기술력이 있는 중소기업의 창업을 촉진시켜 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 그 경쟁력을 높이고자 하는 것이므로, 위와 같은 취지에 비추어 볼 때 창업벤처중소기업에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 법인등기부나 사업자등록증 상의 형식적 기재만을 가지고 판단할 것이 아니라 실제 영위하는 사업의 실질적인 내용에 따라 판단하여야 할 것이다.

그런데 위에서 본 바와 같이 원고는 창업 후 2년 이내에 벤처기업 확인을 신청하였고, 창업 이래 계속하여 이 사건 기술과 관련된 제품의 제조판매업을 영위하여 왔으며, 원고가 영위하여 온 사업의 내용이 실질적으로

구 조세특례법 제6조 제3항이 정하고 있는 업종 중 제조업 내지 정보처리 및 컴퓨터 운용 관련업에 해당하므로, 결국 원고는 창업벤처중소기업에 해당한다 할 것이다.

한편 피고는 이 사건 기술과 관련된 원고의 사업이 창업벤처기업 범위 내에 속한다 하더라도, 원고는 합병으로 인하여 비로소 위 업종을 영위하게 된 것이고, 또한 이는 회사 창업 이후에 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가한 것이므로

구 조세특례법 제6조 제4항 제1호 또는 제4호의 조세감면 배제사유에 해당한다고 주장한다. 그러나

구 조세특례법 제6조 제4항은 외형상 창업의 형태를 갖추고 있더라도 실질적으로 창업을 하였다고 보기 어려운 경우, 즉 합병이나 사업의 양수 등을 통하여 종전 사업을 승계하거나 종전 사업에 사용되던 자산을 인수하여 동종 사업을 영위하는 경우(1호), 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 다시 영위하는 경우(2호), 폐업 후 동종의 사업을 다시 개시하는 경우(3호), 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 등 새로운 사업을 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우(4호) 이를 창업으로 보지 않고 세금 감면 혜택에서 배제하기 위한 것인데, 위에서 본 바와 같이 원고는 창업 당시부터 직접 개발한 이 사건 기술과 관련된 사업을 영위하여 왔으므로, 단지 창업 이후에 다른 회사를 흡수 합병하였다거나, 법인등기부 기재 상 목적사업이 추가되었다는 사정만으로는 바로 위 조세감면 배제사유인

구 조세특례법 제6조 제4항 제1호 또는 제4호에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이 점을 인정할 만한 증거가 없다.

3. 결론

결국 피고의 이 사건 부과처분은 위법하므로, 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.