법인의 지점으로서의 실질을 갖추지 못한 부동산에 관한 취득등기는 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 동법 시행령 제102조 제2항에 따른 대도시지역 내 법인등기에 대한 중과세 대상에 해당하지 않으므로, 행정청의 등록세 및 지방교육세 중과처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 부동산 개발 및 분양대행업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서, 2005. 7. 6.부터 2005. 9. 7.까지 사이에

부천시 원미구 상동 461 토지 7,212.2㎡상의 지하 7층부터 지상 12층의 건물 86,136.9㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다) 중 지하 2층, 지하 1층(일부), 2층(일부), 3층, 4층(일부), 5층, 6층, 8층 면적 합계 36,582.34㎡ 및 부속토지 3,063.02㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득한 후 취득가액 32,111,377,591원을 과세표준으로 하여 지방세법에서 정하는 세율을 적용하여 산출한 등록세 642,227,550원 및 지방교육세 128,445,510원 합계 770,673,060원을 신고, 납부하였다.

나. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2005. 12. 29. 이 사건 부동산 중 5, 6층과 8층(이하 ‘이 사건 쟁점부동산’이라 한다)에 각 지점을 설치하고, 5, 6층의 지점은 2005. 12. 29., 8층 지점은 2006. 2. 16. 각 사업자등록을 하였으며, 위 각 지점에서 지점 명의로 각 유통업을 영위하다가 등기한 날로부터 2년 이내인 2006. 1. 20. 6층을, 2006. 11. 28. 5층과 8층을 각

주식회사 국민은행에 매각한 사실을 확인하고, 이 사건 쟁점부동산의 등기를 대도시 내 지점설치에 따른 부동산 등기로서 중과세 대상으로 보아 이 사건 부동산의 취득가액에서 쟁점부동산 부분을 안분하여 산출한 16,222,030,885원을 과세표준으로 하고,

지방세법 제138조 제1항 제3호의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 원고가 기신고납부한 세액을 차감하여 2007. 6. 11. 원고에 대하여 별지 목록 기재 내역과 같이 등록세 867,744,730원, 지방교육세 160,571,280원 합계 1,028,316,010원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 부동산을 매입하여 리모델링을 한 후 재분양을 할 목적으로 이를 취득하였으나, 개별분양이 여의치 않게 되자 이 사건 건물 중 5, 6, 8층을 부동산 펀드에 일괄 매각하기로 하고, 부동산 펀드를 운용하는 자산운용사의 투자 결정을 위하여 5, 6, 8층의 층별 손익상황에 관한 정확한 자료를 제공할 필요가 있어 형식적으로 5, 6층과 8층에 지점을 설치하고 사업자등록을 마쳤던 것에 불과하므로 원고의 이 사건 부동산의 취득과 지점의 설치는 관련성이 없고, 원고가 위 지점에서 인적, 물적 설비를 갖추고 영업을 한 바도 없어 지점으로서의 실질을 갖추지 못하였으므로, 이 사건 부동산의 등기는

지방세법 제138조 제1항 제3호에서 규정하는 등록세 중과세 대상인 대도시 내에서의 법인 지점 설치에 따른 등기에 해당한다고 볼 수 없다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 1999. 7. 14. 부동산 중개업 등을 목적으로 서울 영등포구 영등포동에서 설립되어, 2002. 9. 17. 본점을

부천시 상동 461 소재 상가건물(투나쇼핑몰)인 이 사건 건물 11층으로 이전하였고, 이후 원고는 위

투나쇼핑몰 상가를 매입하여 내, 외부를 단장하고 층별 사업구성을 재배치하는 등으로 리모델링을 한 후 재분양할 목적으로 이 사건 부동산을 취득하기로 하고, 2005. 6. 28.

주식회사 우리은행,

주식회사 세종디앤씨,

주식회사 텐커뮤니티와 ‘부천 상동 투나 쇼핑몰 개발분양사업’ 관련 프로젝트 파이낸싱 업무협약을 체결하였다.

(2) 이에 따라 원고는 2005. 7. 6.부터 2005. 9. 7.까지 사이에 이 사건 부동산을 일부씩 순차로 취득하고,

투나쇼핑몰의 내부 인테리어 및 층별 사업구조 재배치작업을 마친 뒤 일간신문, 지역신문 등에 광고를 게재하는 등 이 사건 부동산의 분양사업을 진행하였으나, 당초 계획한 대로 개별분양이 원활하게 이루어지지 않았다.

(3) 이에 원고는 2005. 11. 30. 대출기관인 주식회사 우리은행과 협의하여 이 사건 부동산 중 5, 6, 8층을 개별분양하는 대신 이를 부동산 펀드를 운용하는 자산운용사에 일괄매각하는 방안을 추진하기로 하여 이를 위한 금융자문용역계약을 체결하고, 자산운용사들의 투자결정을 위한 각 층별 손익상황에 관한 자료제공을 위하여 2005. 12. 29. 5, 6층과 8층에 각 지점을 설치하고, 5, 6층의 지점은 2005. 12. 29., 8층 지점은 2006. 2. 16. 각 사업자등록을 마쳤으며, 원고는 2006. 1. 20. 6층을, 2006. 11. 27. 5층, 8층을 각

주식회사 국민은행에 일괄매각하였다.

(4) 이 사건 건물은 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률에 의하여 구분소유자 전원이 관리단을 구성하고 있고, 이 사건 건물의 관리를 위하여 2003. 1. 1. 이 사건 건물 관리단과

일공이공관리 주식회사와 사이에 관리용역계약이 체결되어 그때부터 2006. 10.경까지는

일공이공관리 주식회사에서 이 사건 건물의 각 층마다 관리사무실을 두어 관리업무를 수행하였으며, 원고의 지점이 설치되어 있는 5, 6층 및 8층의 각 지점사무실도 실제로는

일공이공관리 주식회사의 소속 직원들이 이 사건 건물의 관리업무를 위하여 사용하고 있었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 13호증(가지번호 포함), 갑 제15, 16호증, 갑 제18호증의 1 내지 12, 갑 제19, 20, 21호증의 각 기재 및 영상, 증인 허도욱의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1)

지방세법 제138조 제1항 제3호는 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점, 주사무소, 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기에 대하여는 등록세를 중과세하도록 규정하고,

동법 시행령 제102조 제2항은

법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점 주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 등기”라고 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말한다고 규정하고 있으며, 동법 시행규칙 제55조의 2에서는, 위 조항에서 규정하는 지점이라 함은, 법인세법, 부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적, 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있는바, 위 관계법령에서 규정하는 등록세 중과세의 요건인 지점의 설치에 따른 등기에 있어서 해당 사업장을 지점으로 볼 수 있으려면, 형식적으로 위 각 규정에 의한 사업장으로 등록된 것만으로는 부족하고, 실질적으로 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고 이에 필요한 물적 시설을 갖추었으며, 실제로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소에 해당하여야 한다고 할 것이다.

(2) 원고가 설치한 이 사건 5, 6층 및 8층 지점이 등록세 중과세 대상으로서의 지점에 해당하는지에 관하여 살피건대, 을 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재만으로는 원고가 이 사건 부동산의 5, 6층 및 8층 지점 사무실에서 실질적으로 원고의 직원을 상주시키는 등의 인적, 물적 설비를 갖추고 사업을 행하였음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 위에서 든 증거에 의하면, 원고가 이 사건 부동산을 리모델링하여 재분양할 목적으로 이 사건 부동산을 취득하였으나 리모델링 작업 및 분양홍보에도 불구하고 개별분양이 제대로 이루어지지 않자 위 5, 6, 8층을 부동산 펀드를 운용하는 자산운용사에 일괄 매각하기로 하고, 자산운용사들의 투자결정을 위한 자료로서 각 층별 손익상황의 정확한 자료를 제공할 목적으로 형식적으로 5, 6층 및 8층에 각 지점을 설치한 뒤 사업자등록을 하고 각 사업장별로 세금을 납부한 사실, 원고의 5, 6층 및 8층 지점 사무실은 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 이전부터 이 사건 건물을 관리하고 있던

일공이공관리 주식회사의 직원들이 층별 관리사무실로서 사용하고 있었던 사실이 인정되고, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 5, 6층 및 8층 지점 사무실은 원고가 실질적으로 인적, 물적 설비를 갖추고 계속적으로 사무 또는 사업을 행한 장소라고 볼 수는 없다고 할 것이어서, 지점으로서의 실질을 갖추지 못한 이 사건 쟁점부동산에 관한 취득등기는

지방세법 제138조 제1항 제3호,

동법 시행령 제102조 제2항,

동법 시행규칙 제55조의 2에 의한 대도시지역 내 법인등기에 대한 중과세 대상에 해당하지 아니한다고 할 것이므로, 피고가 원고에게 이 사건 쟁점부동산의 등기에 관하여 중과세율을 적용하여 등록세 등을 부과한 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.