다가구주택이 각 가구별로 독립된 주거생활을 영위할 수 있는 구조를 취하고 있어서 그 실질에 있어 다세대주택과 별다른 차이가 없음에도, 행정청이 다가구주택 등에 대하여 지방세법 제269조 제1항에 따른 등록세 및 지방교육세 면제 혜택을 박탈하였다면, 이는 실질과세의 원칙에 위배되어 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 기초생활수급자 등 저소득층에 대한 임대를 목적으로 2005. 11. 2.부터 2007. 1. 5. 사이에 별지 1 과세대상 부동산 내역 기재내용과 같이 다가구주택과 그 부속 토지(이하 통틀어 ‘이 사건 다가구주택 등’이라 하고, 각 부동산은 위 부동산 내역의 각 순번으로 약칭한다)를 취득하여 소유하고 있다.

나. 등록세 등 부과처분

(1) 원고는 2006. 12. 27. 순번 1 기재 부동산에 관하여 매매가액 전체를 과세표준으로 하여 피고에게 등록세 3,468,890원, 지방교육세 693,770원을 신고 납부하였다(이하 ‘제1 등록세 등 부과처분’이라 한다).

(2) 원고는 순번 2, 3 기재 부동산 중 전용면적 60㎡ 이하인 가구의 등록에 관하여는 등록세 면제조항인 지방세법 제269조 제1항 전단이 적용됨을 전제로, 위 부동산에 대한 등록세의 과세표준(매매대금 상당액) 중 전용면적 60㎡ 이하의 가구가 차지하는 비율에 해당하는 금액(이하 ‘면세과표’라고 한다)에 관하여는 위 법에 따른 등록세 및 지방교육세(이하 ’등록세등‘이라고 한다)를 신고ㆍ납부하지 아니하였고(등록세가 면제되면 등록세액을 과세표준으로 삼는 지방교육세도 함께 면제된다), 위 과세표준 중 전용면적 60㎡를 초과하는 가구가 차지하는 비율에 해당하는 금액(이하 ’비면세과표‘라고 한다)에 관하여만 위 법에 따른 등록세 등을 산정하여 피고에게 신고ㆍ납부하였다1)1) 등록세 과세표준에 대해 다가구주택 전체의 바닥면적 중에서 60㎡ 이하인 가구들의 바닥 면적이 차지하는 비율을 곱하여 면세과표를 산정하고, 위 과세표준에 대해 다가구주택 전체의 바닥면적 중에서 60㎡를 초과하는 가구의 바닥 면적이 차지하는 비율을 곱하여 비면세과표를 산정함.

.

(3) 피고는 이 사건 다가구주택 등이 위 면제조항의 적용대상인 공동주택에 해당하지 않으므로 그 중 전용면적 60㎡ 이하의 가구의 등록에 관하여도 위 면제조항이 적용되지 아니한다는 해석을 전제로, 순번 2, 3 기재 부동산에 대한 등록세의 과세표준 중 면세과표 부분의 등록세 등을 산정한 다음, 2007. 2. 12. 원고에게 별지 2 과세대상별 지방세 부과내역 순번 2, 3 기재와 같이 등록세 등을 부과하였다(이하 ‘제2 등록세 등 부과처분’이라 한다).

(4) 순번 1 기재 부동산 중 전용면적 60㎡이하의 가구는 2가구(전체 가구 중 면적비율 29.16%)이고, 이 부분에 등록세 면제조항인

지방세법 제269조 제1항 전단이 적용되는 경우 위 부동산 전체에 관한 등록세의 과세표준 중 위 가구가 차지하는 비율에 해당하는 금액에 대한 등록세와 지방교육세는 각 1,010,450원과 202,090원이다.

다. 재산세 등 부과처분

(1) 피고는 순번 4 내지 18 기재 부동산 중 전용면적 60㎡ 이하인 가구의 재산세에 관하여 재산세 감세조항인

지방세법 제269조 제1항 후단이 적용됨을 전제로, 위 부동산에 대한 재산세의 과세표준 중 전용면적 60㎡ 이하의 가구가 차지하는 비율에 해당하는 금액에 관하여는 세액을 100분의 50 감경하여 원고에게 2006년분 재산세 및 지방교육세(이하 ‘재산세 등’이라 한다, 재산세가 감경되면 재산세액을 과세표준으로 삼는 지방교육세도 함께 감경된다)를 부과하였다.

(2) 그 후 피고는 위 나.(3)항에서와 같은 이유로 이 사건 다가구주택 등에 위 감경조항이 적용되지 아니한다는 해석을 전제로, 2007. 1. 10. 원고에게 별지 2 과세대상별 지방세 부과내역 순번 4 내지 18 기재와 같이 2006년도에 일부 면제되었던 재산세, 지방교육세와 일부 다가구주택에 대한 공동시설세를 부과하였다(이하 재산세와 지방교육세 부과처분을 ‘재산세 등 부과처분’이라 하고, 공동시설세 부분은 ‘공동시설세 부과처분’으로 구분하여 부른다).

라. 이에 대해 원고는 이 사건 다가구주택 등 중 60㎡ 이하인 가구의 등록세와 재산세에 관하여 위 면제 내지는 감경조항이 적용된다는 이유로, 이의신청을 거쳐 2007. 7. 23. 행정자치부장관에게 심사청구를 하였으나, 2007. 10. 1. 기각되었다.

마. 한편, 원고는 이 사건 다가구주택 등을 취득하기 전인 2004. 6. 18. 행정자치부장관에게 ‘국민임대주택으로 공급할 목적으로 다가구주택을 취득하여 소유할 경우 위 면제조항이 적용되어 지방세가 면제되는지 여부’에 관한 질의를 하였고, 이에 대해 행정자치부장관은 2004. 7. 1. 원고에게 ‘다가구주택 내 가구별 전용면적이 60㎡ 이하인 다가구용 단독주택을 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 경우라면 취득세 등이 면제 된다’는 취지의 회신을 하였다.

바. 이 사건 다가구주택 등의 개괄적 구조는 별지 1 과세대상 부동산내역 기재와 같고, 다가구주택 내 각 가구는 상하 또는 옆으로 두터운 벽체에 의해 차단되어 있으며, 각 가구마다 독립적인 생활이 가능하게 되어 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1~6호증, 을 1~7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1)

국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법 제3조 제2항이 ‘국가 또는 지방자치단체의 장이 저소득층의 주거안정을 위하여 국민임대주택의 건설ㆍ취득 또는 관리와 관련한 국세 또는 지방세를 감면할 수 있다’고 규정하고 있는 점, 국민임대주택용으로 제공된다는 점에서는 차이가 없음에도 불구하고 가구당 전용면적 60㎡ 이하인 다세대주택의 경우와 달리 가구당 전용면적 60㎡ 이하인 다가구주택에 관하여 위 면제 내지 감경조항을 적용하지 않는 것은 조세공평의 원칙에 부합하지 아니하는 점 등을 감안할 때, 이 사건 다가구주택 등 중에서 가구당 전용면적 60㎡ 이하인 주택 및 그 부속 토지는 등록세 면제 및 재산세 감경 대상인

지방세법 제269조 제1항,

같은 법 시행령 제223조 소정의 ‘1구당 건축면적이 60제곱미터 이하의 공동주택 및 그 부속 토지’에 해당하는 것으로 보아 위 면제 내지 감경조항에 따라 등록세를 면제하고, 재산세를 감경하여야 한다.

(2) 원고는 위 1의 마.항 기재 회신을 믿고 이 사건 다가구주택 등을 취득하였으므로, 그런 신뢰에 반하여 등록세와 재산세를 부과하는 것은 허용될 수 없다.

(3) 따라서 제1 등록세 등 부과처분 중 면세과표에 대한 등록세 등 부과부분과 제2 등록세 등 부과처분 및 재산세 등 부과처분은 모두 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1)

지방세법 제269조 제1항은 ‘대한주택공사법에 의하여 설립된 대한주택공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령이 정하는 소규모주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다’고 규정하고 있고(이하 ‘면제 등 조항’이라 한다),

같은 법 시행령 제223조 제1항에서는 ‘

법 제269조 제1항에서 "대통령령이 정하는 소규모 주택용 부동산"이라 함은 1가구당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터 이하의 공동주택(당해 공동주택의 입주자가 공동으로 사용하는 부대시설 및 공공용에 사용하는 토지와 영구임대주택단지 안의 복리시설 중 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 시설을 포함한다) 및 그 부속 토지(관계법령의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설용지를 포함한다)를 말한다’고 규정하고 있으므로, 위 면제 등 조항 소정의 ‘공동주택’에 세대별로 독립된 주거의 형태를 갖추고 있는 다가구주택이 포함하는지 여부가 이 사건의 핵심 쟁점이다.

(2)

지방세법 제180조 제3호에 의하면 재산세에서 사용하는 ‘주택’이라는 용어는

주택법 제2조 제1호의 규정에 의한 주택을 의미하고, 주택법 제2조 제1호에서는 ‘주택이라 함은 세대의 세대원이 장기간 독립된 주거생활을 영위할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속 토지를 말하며, 이를 단독주택과 공동주택으로 구분한다’고 규정하고, 같은 조 제2호에서 ‘공동주택이라 함은 건축물의 벽·복도·계단 그 밖의 설비 등의 전부 또는 일부를 공동으로 사용하는 각 세대가 하나의 건축물 안에서 각각 독립된 주거생활을 영위할 수 있는 구조로 된 주택을 말하며, 그 종류와 범위는 대통령령으로 정한다’고 규정하며,

주택법시행령 제2조 제1항에서는 ‘

주택법 제2조 제2호의 규정에 의한 공동주택의 종류와 범위는 건축법 시행령 별표 1 제2호 가목 내지 다목의 규정이 정하는 바에 의한다’고 규정한다.

구 건축법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19920호로 개정되기 전의 것) 제3조의 4의 별표 1에 따르면, 단독주택은 단독주택, 다중주택, 다가구주택, 공관으로 구분되는데(제1호의 가 내지 라목), 이 중 다가구주택은 ① 주택으로 쓰이는 층수(지하층을 제외한다)가 3개층 이하일 것(다만, 1층 전부를 피로티 구조로 하여 주차장으로 사용하는 경우에는 피로티 부분을 층수에서 제외한다), ② 1개동의 주택으로 쓰이는 바닥면적(지하주차장 면적을 제외한다)의 합계가 660㎡ 이하일 것, ③ 19세대 이하가 거주할 수 있을 것을 그 요건으로 하고{제1호의 나목 (1), (2), (3)}, 이에 대하여 공동주택은 아파트, 연립주택, 다세대주택, 기숙사로 구분되는데(제2호의 가 내지 라목), 이 중 다세대주택은 ① 주택으로 쓰이는 1개 동의 연면적(지하주차장 면적을 제외한다)이 660㎡ 이하일 것, ② 층수가 4개층 이하일 것을 그 요건으로 하고 있다(제2호의 다목).

(3) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하므로(2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결), 위 면제 등 조항 소정의 ‘공동주택’은 건축법에 정한 공동주택, 즉 아파트, 연립주택, 다세대주택을 의미한다고 보는 것이 건축법 등 관련 법체계와의 관계에서 자연스러운 문언해석이라 할 것이나, 다음과 같은 점들을 고려해 볼 때 이와 같이 엄격한 문언해석을 고수하여 이 사건 다가구주택 등을 위 면제 등 조항 소정의 ‘공동주택’에서 제외하는 것은 우리 조세법체계의 또 하나의 지도 원리인 실질과세의 원칙이나 공평과세의 원칙에 비추어 지극히 불합리한 것으로 보인다.

㈎

헌법 제35조 제3항은 ‘국가는 주택개발정책 등을 통하여 모든 국민이 쾌적한 주거생활을 할 수 있도록 노력하여야 한다’고 규정하고, 이에 따른 구체적인 입법조치 중 하나로서 국민임대주택사업의 효율적 추진을 통한 저소득층의 주거안정과 국민의 주거수준 향상을 목적으로 하는 ‘국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법’을 제정하여 같은 법 제3조 제1항에서 ‘국가 또는 지방자치단체의 장은 매년 예산편성연도의 국민임대주택 건설 또는 매입에 소요되는 자금을 세출예산에 반영하도록 노력하여야 한다’고 규정하고, 같은 조 제2항에서 ‘국가 또는 지방자치단체의 장은 저소득층의 주거안정을 위하여 국민임대주택의 건설·취득 또는 관리와 관련한 국세 또는 지방세를 감면할 수 있다’고 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 위 면제 등 조항은 ‘대한주택공사가 임대 목적으로 취득하여 소유하는 소규모주택의 취득과 등록에 관하여 국가나 지방자치단체가 조세를 감면해줌으로써 임대주택사업이 원활히 이루어질 수 있도록 지원하고 저소득층 국민의 건강한 주거생활환경을 조성하려는’ 입법 목적을 갖고 있다고 할 것이다.

㈏ 그런데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 다가구주택 등은 각 가구별로 독립된 주거생활을 영위할 수 있는 구조를 취하고 있어서 건축물의 규모 외에 그 실질에 있어 다세대주택과 별다른 차이가 없음에도, 이 사건 다가구주택 등에 대하여 위 면제 등 조항이 적용되지 아니한다고 해석하는 것은, 세금은 법형식보다 실질관계에 따라 부과되어야 한다(동일한 경제적 실질에 대해서는 동일하게 과세한다)는 실질과세의 원칙(

국세기본법 제14조 제2항은 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다’고 규정하여 이를 채택하고 있다)에 위배될 뿐만 아니라, 다세대주택보다 영세하고 소규모인 건축물로서 위 면제 등 조항의 입법취지상 더욱 보호받아야 할 다가구주택에 대해서 오히려 엄격한 태도를 취하고 차별하여 조세를 부과하는 셈이 되어 과세의 형평 원칙(

국세기본법 제18조 제1항은 ‘세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다’고 규정하여 이를 채택하고 있다)에도 어긋난다.

㈐ 대법원 1993.8.24. 선고 92누15994 전원합의체 판결은 “

지방세법 시행령 제77조의 규정에 의하면 ‘공부상의 등재 또는 등록사항에 불구하고 사실상으로 취득한 때의 당해 물건의 현황에 의하여 취득세를 부과한다’는 취지이고,

같은 법 시행령 제73조 제4항에 의하면 ‘건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 준공검사일(준공검사일전에 사실상 사용하거나 가사용 승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 가사용 승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다’고 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 위 현황부과의 원칙은 준공검사일 등 그 취득시기에 있어 부동산등기부나 건축물관리대장 등의 기재에 불구하고 이에 우선하여 당시의 객관적 현황에 의하여 단독주택인지 공동주택인지를 판가름하겠다는 의지를 천명한 것이므로, 단지 공부인 건축물관리대장이나 부동산등기부상에 단독주택으로 기재되어 있다 하여 그 취득 당시의 객관적 현황이 다가구의 독립된 주거생활단위로 제공되게끔 건축되어 그 실질에 있어 앞서 본 바와 같은 공동주택에 해당됨에도 이를 단독주택으로 보아 판단하는 것은 위 현황부과의 원칙에도 반한다 할 것이다.”고 판시하고 있다.

㈑

국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법 제2조 제1항은 ‘국민임대주택이라 함은 국가 또는 지방자치단체의 재정 및

주택법 제60조의 규정에 의한 국민주택기금을 지원받아 30년 이상 임대할 목적으로 건설 또는 매입되는 주택을 말한다’고 규정하고,

같은 법 제3조 제2항은 ‘국가 또는 지방자치단체의 장은 저소득층의 주거안정을 위하여 국민임대주택의 건설·취득 또는 관리와 관련한 국세 또는 지방세를 감면할 수 있다’고 규정하고 있으며,

같은 법 제4조 제1항은 ‘국민임대주택 건설 사업은 국가·지방자치단체·대한주택공사 또는

지방공기업법 제49조의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사가 시행한다’고 규정하고 있고,

같은 법 제5조에서

제22조에 이르기까지 국민임대주택단지의 조성절차와 행위제한, 다른 법령에 의한 인ㆍ허가 절차에 대한 특례 등을 규정하고 있으며,

같은 법 제23조에서

제26조에 이르기까지 국민임대주택건설사업계획의 승인 등의 절차를 규정하고 있고,

같은 법 제27조에서

제29조까지는 국민주택기금융자금미상환임대주택, 부도임대주택, 기존주택 등을 매입하여 국민임대주택으로 공급하는 절차 및 기준 등에 대해 규정하고 있다. 특히

같은 법 제28조 제1항(2008. 3. 21. 법률 제8975호로 개정되기 전의 것)은 ‘주택사업시행자는

주택법 제29조의 규정에 의한 사용검사 또는

건축법 제18조의 규정에 의한 사용승인을 받은 주택으로서 대통령령이 정하는 규모 및 기준의 주택(이하 “기존주택’이라 한다)을 매입하여 국민임대주택으로 공급할 수 있다’고 규정하면서,

같은 법 시행령 제22조는 매입할 수 있는 기존주택으로 ‘건축법 시행령 별표 1 제1호의 다중주택 및 다가구주택’과 ‘건축법 시행령 별표 1 제2호의 공동주택(

주택법 제2조제3호의 규정에 의한 국민주택규모 이하에 한한다)’을 들고 있으며,

같은 법 제28조 제2항은 ‘국가 또는 지방자치단체는 주택사업시행자가 제1항의 규정에 의하여 기존주택을 매입하는 경우 재정 및 국민주택기금에 의한 국민임대주택 건설자금지원 수준을 감안하여 주택사업시행자를 지원할 수 있다’고 규정하고 있다. 위 규정들을 종합하면, 국민임대주택사업의 시행자인 원고로서는 국민임대주택을 건설하거나 매입하는 방식으로 국민임대주택을 공급할 수 있고, 위와 같이 매입하여 공급할 수 있는 기존주택으로는 건축법 시행령 별표상의 다중주택 및 다가구주택과 공동주택이 있으며, 이러한 기존주택들의 매입에 대하여 국가나 지방자치단체가 국세 또는 지방세를 감면할 수 있거나 재정적인 지원을 할 수 있다 할 것인데, 위 면제 등 조항의 문언적 의미에 얽매여 위 면제 등 조항이 공동주택인 다세대주택에 적용될 뿐 다가구주택에 대해서는 적용되지 아니한다고 해석하는 것은 다가구주택과 다세대주택을 모두 국민임대주택 매입대상으로 삼고 그에 따라 다가구주택과 다세대주택에 대해 별다른 차등을 두지 않고 조세특례 및 재정적인 지원을 인정한 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법의 전체적인 취지에도 부합되지 아니한다.

(4) 소결

등록세 면제와 재산세 감경대상이 되는

지방세법 제269조 제1항 및

같은 법 시행령 제223조 제1항 소정의 ‘1구당 건축면적이 60제곱미터 이하의 공동주택’에는 ‘여러 가구가 한 건물에 거주할 수 있도록 건축된 다가구용 주택 중 1구당 건축면적 60제곱미터 이하의 주택’이 포함된다고 봄이 상당하다.

따라서, 피고가 이와 다른 전제에서 한 제1 등록세 등 부과처분 중 면세과표에 대한 등록세 및 지방교육세 부과부분[즉, 등록세 중 2,458,440원(=3,468,890원 - 1,010,450원) 초과부분과 지방교육세 중 491,680원(=693,770원 - 202,090원) 초과부분]과 제2 등록세 등 부과처분 및 재산세 등 부과처분은 모두 위법하다.

다만 원고는 이 사건 공동시설세 부과처분도 위법하다고 주장하나, 공동시설세는 재산세액을 과세표준으로 삼는 것이 아니어서 재산세의 감경에 따라 당연히 감경되는 것이 아니고, 달리 이를 면제 또는 감경할 수 있는 다른 사유에 대한 주장, 입증도 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결 론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 일부 인용한다.