법인이 사료 등의 제조 및 판매 등을 목적으로 설립되어 사업을 영위하기 시작한 이후, 그로부터 상당 기간이 지난이 지나서야 다른 법인으로부터 그 법인의 종전 사업과 동일한 용도로 부동산을 사용하고 있는 것이라면, 이는 여전히 중소기업의 창업으로 보아야 한다. 따라서 이와 달리 판단하여 취득세 등을 추징한 행정청의 처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고(최초의 설립 당시 상호는 ‘

주식회사 브랜바이오’였는데, 그 상호가 2006. 6. 15. ‘

주식회사 에이티사료’로, 2006. 7. 20. 현재의 ‘

주식회사 에이티생명과학’으로 각 변경되었다)는 2002. 3. 30. 충북

청원군 오창면 오창과학산업단지 369-3 블럭에서 사료 등의 제조 및 판매 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. 원고는 2003. 10. 31.

주식회사 에이티엔씨로부터 사료 보관창고로 사용되고 있던 강원

철원군 갈말읍 군탄리 505-3 공장용지 4,636㎡ 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매수하고, 같은 해 12. 3. 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의로 소유권이전등기를 마친 다음, 그 시경부터 현재까지 이 사건 부동산을 사료 보관창고의 용도로 사용하고 있다.

다. 피고는, 처음에는 원고를

구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7030호로 개정되기 전의 것) 제6조 소정의 ‘창업중소기업’으로, 원고가 매수한 이 사건 부동산을

같은 법 제119조 제3항,

제120조 제3항 소정의 ‘창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산’으로 본 다음, 위 각 규정에 따라 원고에게 이 사건 부동산 매수에 대한 등록세, 취득세 등을 면제하여 주었다.

라. 그 후 피고는 강원도 정기종합감사에서 ‘원고가 종전에 사료 보관창고로 사용되던 이 사건 부동산을 매입하여 동종의 사료 보관창고로 사용하고 있고, 이러한 경우

같은 법 제6조 제4항 제1호에 따라 이 사건 부동산 매수에 대한 취득세, 등록세 등은 면제되지 아니한다’는 지적을 받은 다음, 2007. 5. 29. 원고에게 2007년 수시분 취득세 1,920만 원과 농어촌특별세 176만 원을, 2007년 수시분 등록세 1,920만 원과 지방교육세 352만 원을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1 내지 7, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8호증의 1, 2, 갑 제10호증, 을 제2호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2002. 3. 30. 설립된 창업중소기업으로서, 그 창업일로부터 2년 이내인 2003. 12. 3.

주식회사 에이티엔씨로부터 이 사건 부동산을 취득한 후 동일한 용도인 사료 보관창고로 사용하고 있는데, 이는

같은 법 제6조 제4항 제1호 소정의 ‘종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우’에 해당하는 것은 아니므로, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

같은 법 제6조 제4항 제1호가 ‘합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다’고 규정하고 있는바, 이러한 규정의 취지에 의하면, 위 ‘종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우’는 위 ‘합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우’와 동일한 정도의 ‘종전 사업의 계속’에 해당하는 경우를 의미하는 것으로 보인다.

또한, 창업중소기업 등에 대한 지방세감면요령(을 제1호증)에도

같은 법 제6조 제4항 제1호 소정의 ‘종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우’로 ‘상속이나 양도에 의해 사업체를 취득하여 동종의 사업을 계속하는 경우’, ‘기존 공장을 매수하여 동종의 사업을 계속하는 경우’, ‘기존 공장을 법원의 경락에 의해 취득하여 동종의 사업을 계속하는 경우’, ‘폐업한 타인의 공장을 인수하여 동종의 사업을 계속하는 경우’, ‘기존 공장을 임차하여 기존 법인의 사업과 동종의 사업을 개시하는 경우 등’이 예시되어 있다.

그런데, 본건의 경우는 원고가

주식회사 에이티엔씨로부터 사료 보관창고로 사용되고 있던 이 사건 부동산을 매수하여 사료 등의 제조 및 판매 사업을 영위하기 시작한 경우가 아니라, 2002. 3. 30. 이미 사료 등의 제조 및 판매 등을 목적으로 설립되어 사업을 영위하기 시작한 이후 그로부터 상당 기간이 지난 2003. 10. 31. 이 사건 부동산을 매수하여 종전 사업과 동일한 용도로 사용하고 있는 것일 뿐이어서,

같은 법 제6조 제4항 제1호 소정의 ‘종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우’에 해당한다고 할 수는 없다.

따라서, 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 종전과 동일한 용도인 사료 보관창고로 사용하고 있는 것이

같은 법 제6조 제4항 제1호 소정의 ‘종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우’에 해당함을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다(한편, 원고가 거시한

대법원 2004. 9. 3. 선고 2004두7412호 판결은, 종전의 사업에 사용되던 자산을 매입하고 근로자들의 고용을 승계한 이후 동종의 사업을 영위하기 시작한 경우에 해당하는 것이어서, 본건과 그 사안을 달리한다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하고, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.