납세의무자가 신규로 사업장을 설립함으로서 창업중소기업의 지위를 취득한 후에야 비로소 사업상 필요에 따라 부동산을 취득하였다면, 이는 구 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항에 따라 등록세 및 취득세가 면제된다. 따라서 이와 달리 판단하여 중소기업에게 취득세 등을 부과한 행정청의 처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고(최초 설립시 상호는 ‘주식회사

브랜바이오’였으나 2005. 6. 15. ‘주식회사

에이티사료’로, 2006. 7. 10. 현재의 상호인 ‘주식회사

에이티생명과학’으로 상호변경 등기가 마쳐졌다)는 2002. 3. 30. 본점 소재지를

충북 청원군 오창면 송대리 313-2,목적사업을 건강보조식품의 개발, 제조 및 판매 등으로 하여 설립된 법인으로서, 2003. 10. 31. 주식회사

에이티엔씨로부터

강원도 철원군 갈말읍 군탄리 505-3공장용지 4,636㎡ 및 그 지상 건물(이하, 이 사건 부동산이라고 한다)을 매수하고, 같은 해 12. 3. 소유권이전등기를 마친 이후로 위 부동산을 원고가 생산한 사료 보관창고 용도로 사용해 오고 있다.

나. 한편 피고는 이 사건 부동산을 ‘창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산’으로 보아

구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7030호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제119조 제3항, 제120조 제3항에 의하여 원고의 위 부동산 매수에 대한 취득세, 등록세 등을 면제하였으나, ‘이 사건 부동산이 종전의 사업에 사용되던 자산을 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에 해당하여 취득세 등의 면제대상에 해당하지 않는다’는 강원도의 정기종합감사 지적에 따라, 2007. 5. 29. 원고에게 2007년도 수시분 취득세 14,880,000원과 농어촌특별세 1,364,000원을 부과함과 동시에, 등록세 5,952,000원과 교육세 1,091,200원을 부과하였다(이하, ‘이 사건 처분’이라고 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2007. 6. 8. 심사청구를 제기하였으나 같은 해 7. 30. 기각결정을 받고, 같은 해 10. 29. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 1, 5, 6, 7호증, 을 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

원고는 2002. 3. 30. 중소기업을 창업하였고, 창업일로부터 2년 이내인 2003. 12. 3. 이 사건 부동산을 취득하여 사료 하치장으로 사용해 왔으며, 이 사건 부동산이 원고 의 창업 당시에 취득한 자산에 해당하지 않는데도, 피고가

법 제6조 제4항 제1호에 의해 이 사건 처분을 내린 것은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1)

법 제119 제3항,

제120조 제3항은 ‘창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대한 등록세 및 취득세는 면제된다’고 규정하고 있는바, 법에서 정한 등록세, 취득세의 면제 혜택을 누리기 위해서는 해당법인이 ‘창업중소기업’일 것이 요구된다. 한편 법 제6조 제4항은 아래와 같이 예외적으로 ‘창업’의 범위에서 제외되는 경우를 각호로 열거하고 있다.

1. 합병분할현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우

2. 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

2) 피고는 원고의 이 사건 부동산 취득이 1호 사유 즉, ‘종전의 사업에 사용되던 자산을 매입하여 사업을 영위하는 경우’에 해당한다는 이유로 이 사건 처분을 내린 것으로 보인다. 그러나 창업중소기업에 대한 각종 세금의 면제 내지 감액을 정한 법상의 규정은 새롭게 창업한 중소기업에게 세제상의 혜택을 부여함으로써 신규 중소기업의 창업을 장려하기 위한 것인바, 법 제6호 제4항은, 위 네 가지 경우는 형식상으로는 창업에 해당한다고 하더라도, 종전의 본인 또는 제3자의 사업을 승계하거나 종전의 사업용 자산을 이용하여 사업을 영위하는 것으로서 실질적으로는 ‘종전 사업의 계속’에 해당하므로 법에서 정한 세재상의 혜택을 부여할 수 없다는 취지의 규정으로 봄이 상당하다.

3) 그런데 2002. 3. 30. 신규로 설립됨으로써 ‘창업중소기업’의 지위를 취득한 원고가 그 후에 사업상 필요에 따라 이 사건 부동산을 취득하였으므로, 이 사건 부동산의 등기 및 취득에 대한 등록세 및 취득세는 면제된다 할 것이다(종전 소유자인 주식회사 에이티엔씨도 원고와 마찬가지로 사료 보관창고 용도로 사용하였다는 사정은 원고가 ‘창업중소기업’에 해당하는지 여부와는 아무런 상관이 없다).

따라서 피고가 이 사건 부동산이 ‘종전의 사업에 사용되던 자산’에 해당한다는 이유로 내린 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.