1. 처분의 경위

가. 원고는 종교사업을 목적으로 하는 비영리사업자로서 2005. 6. 7. 별지 1 목록 제1항 기재 토지 및 건물을 228,000,000원에, 같은 목록 제2항 기재 토지 및 건물을 31,000,000원에, 같은 목록 제3항 기재 토지 및 건물을 147,000,000원에 각 매수하여 2005. 7. 13. 그에 관한 각 소유권이전등기를 마친 후, 피고에 대하여 위 각 부동산(‘이 사건 각 부동산’이라고 한다)을 기도실 및 어린이 주일학교교실로 사용하고자 한다면서 지방세 감면신청을 하였고, 이에 따라 피고는 이 사건 각 부동산에 관하여 지방세를 부과하지 않았다.

나. 그런데, 피고는 2006. 11. 10. 원고가 2005. 9. 15.부터 이 사건 각 부동산의 일부에 유료주차장을 설치하여 영업을 하고 있음을 이유로 지방세법 제107조에 의하여 이 사건 각 부동산 중 유료주차장으로 사용되고 있는 부분에 해당하는 취득금액 227,878,770원을 과세표준으로 하여, 원고에게 2005년도 귀속 취득세 6,011,890원, 등록세 6,011,890원, 지방교육세 1,111,220원(모두 가산세가 포함된 금액이다)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증, 갑 3호증의 1, 2, 을 1호증의 1 내지 4, 을 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 사유로 이 사건 처분은 위법하다.

(1) 원고는 교회부속건물을 신축해 기도실 및 어린이 주일학교교실로 사용하기 위하여 이 사건 각 부동산을 매수한 후 건물신축비용을 마련할 때까지 인근에 거주하는 차량소유자들의 편의를 위하여 임시로 주차장으로 사용하기로 하고 주차관리원의 급료 충당을 위하여 필요한 범위 내에서 주차료를 징수하였을 뿐이므로 이 사건 각 부동산을 수익사업에 사용한 것은 아니다.

(2) 피고는 원고가 주차장 설치사실을 통보할 당시 비과세된 취득세 등이 부과된다는 점을 고지하지 않다가 이후에 감면된 취득세 등을 가산세와 함께 부과한 것은 신의성실의무에 반한다.

(3)　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 가사, 원고에게 취득세 등이 부과되어야 한다고 보더라도 과세처분을 할 수 있는 토지는 실질적으로 주차장 부지로 사용되는 토지의 면적에 한하므로, 피고가 책정한 과세표준액 및 그에 따른 취득세 등은 절반 이상 감액되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2005. 9. 15. 피고에게 주차장 설치신고를 한 후 차량 1대당 월주차비 4만 원을 받으면서 이 사건 각 부동산의 일부에서 주차장 영업을 하였고, 주차장의 운영과 관련하여 2006년도 1기분 부가가치세 258,000원, 2006년도 2기분 부가가치세 130,586원을 각 납부하였다.

(2) 피고가 2006. 10. 30. 이 사건 각 부동산에 대한 현장조사를 할 당시 별지 1 목록 제2항 기재 토지 위에 존재하던 무허가 건물과 같은 목록 제3항 기재 토지 위에 존재하던 건물은 모두 철거되어 주차장으로 사용되고 있었고, 별지 1 목록 제1항 기재 토지 위에 있는 총 연면적 151.12㎡(등기부상 기재와 실제 현황 사이에 다소 차이가 있는 것으로 보인다)인 2층 짜리 건물의 1층 중 33.06㎡은 주차관리소로 나머지 부분은 청년회 회의실로 사용되고 있었으며, 2층은 원고의 부목사 사택 및 교회 기도실로 사용되고 있었다.

(3) 원고는 이 사건 처분이 있은 후인 2007. 1. 17. 이 사건 각 부동산 위의 주차장을 폐업하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 5, 6호증, 을 3호증의 1, 2, 을 4, 5호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 원고의 (1) 주장에 대한 판단

(가) 지방세법 제107조, 제127조는 ‘종교를 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과한다’고 규정하고 있는바, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에 해당하는지 여부는 그 행위가 수익을 목적으로 함은 물론, 그 규모횟수태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도로 계속성과 반복성이 있는지 여부를 고려하여 사회통념에 비추어 가려야 하고(대법원 1995. 6. 30. 선고 94누14575 판결 참조), 또한 위 법률의 규정은 종교 등을 목적으로 하는 비영리사업자가 ‘대통령령이 정하는 수익사업에 사용하기 위한 목적으로 부동산을 취득한 경우’에 취득세 및 등록세를 부과하도록 하고 있는 것이 아니라 ‘대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우’ 취득세 및 등록세를 과세하도록 규정하고 있으므로, 애초에 비영리사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득하였더라도 후에 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 과세대상이 되는 것으로 해석하여야 할 것이다.

(나) 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 이 사건 각 부동산을 취득한 이후 주차장 영업신고를 하고 약 1년 4개월 동안 그 일부에서 유료주차장 영업을 하여 온 사실(2006년도 1, 2기 부가가치세까지 납부하였다)은 앞서 인장한 바와 같고, 비록 원고는 이 사건 처분이 있은 후에 위 주차장 영업을 폐지하였으나, 이 사건 처분 당시 이 사건 각 부동산 중 일부가 주차장 영업에 사용되고 있었던 이상 그러한 사정은 이 사건 처분의 적법 여부에 영향을 미칠 수 없는 점, 여기에 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 비롯된 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 점(대법원 2007. 7. 12. 선고 2005두15021 판결 등 참조) 등을 더하여 보면, 원고가 기도실 및 어린이 주일학교교실 건물을 신축할 목적으로 이 사건 각 부동산을 취득하였다고 하더라도 이 사건 각 부동산 중 일부(전체 토지 면적의 1/2을 초과한다)를 수익을 목적으로 약 1년 4개월이나 계속적, 반복적으로 주차장 영업에 사용한 이상 지방세법 제107조, 제127조의 ‘대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우’에 해당한다고 볼 것이므로, 이를 이유로 원고에 대하여 취득세, 등록세 및 지방교육세를 부과한 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 (2) 주장에 대한 판단

살피건대, 원고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 처분이 신의성실의 원칙에 반하는 위법한 것이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 원고의 (3) 주장에 대한 판단

이 사건 각 부동산의 취득세 및 등록세의 과세표준은 별지 1 목록 제2항, 제3항기재 각 토지 및 그 지상 건물의 취득가액 합계 178,000,000원(= 31,000,000원 + 147,000,000원)에 같은 목록 제1항 기재 토지 및 건물 중 주차장으로 이용되는 면적에 해당하는 가액 49,878,770원(= 별지 1 목록 제1항 기재 토지 및 건물의 전체 취득가액 228,000,000원 × 위 토지 위에 존재하는 건물의 연면적 151.12㎡ 중 주차장으로 사용된 33.06㎡가 차지하는 비율, 원 이하는 버림)을 더한 227,878,770원이 되므로, 이를 과세표준으로 하여 등록세, 취득세 및 지방교육세 등을 산정한 이 사건 처분은 적법하고, 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.