중소기업이 창업 후 2년 이내의 토지에 대해 구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항에 따라 취득세 및 등록세 등을 면제하였으나, 추후 사전약정에 따라 매매계약을 해제하고 소유권이전등기를 말소했다면, 해당 이전등기는 토지를 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보아 추징대상이 되지 않는다. 따라서 행정청의 취득세 등의 추징행위는 부당하다.

1. 이 사건 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증의 1, 2, 갑2호증, 갑9호증, 갑11호증, 갑12호증의 1, 2의 각 기재에 의하여 인정된다.

가. 자동차부품 등 제조판매업체인 원고는 2006. 8. 30.

김해시 진영읍 진영리 319-912 전 625㎡와

같은 리 319-1106 전 1,690㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 공장용지로 사용하기 위하여 그 소유자인

김재현으로부터 매수하여 2006. 9. 29. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 그 당시 피고는 원고의 위 가.항 이 사건 토지 취득을 창업중소기업으로서 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 사업용재산으로 취득한 경우에 해당한다고 하여

구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항에 따라 그 취득세 및 등록세 등을 면제하였다.

다. 그런데 원고는 2006. 12. 26. 이 사건 토지에 관하여 2006. 12. 22.자 합의해제를 원인으로 하여 위 가.항의 소유권이전등기의 말소등기를 마쳤다.

라. 이에 피고는 2007. 6. 15. 원고에 대하여, 원고의 위 다.항 소유권이전등기의 말소등기 행위는 이 사건 토지의 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 처분한 경우에 해당한다고 하여 당초 면제된 취득세 11,925,200원, 농어촌특별세 1,057,700원, 등록세 11,925,200원, 지방교육세 2,192,720원을 추징, 부과하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고의 이 사건 토지에 관한 위 1.다.항의 소유권이전등기 말소는

김재현의 매매계약상 약정해제권 행사에 따라 부득이하게 이루어진 것으로, 이로 인하여 원고가 이 사건 토지를 당해 사업에 직접 사용하지 못한 데에는

법 제119조 제3항 단서 및 제120조 제3항 단서 소정의 ‘정당한 사유’가 있으므로, 면제된 취득세 및 등록세 등의 추징대상에 해당하지 않음에도, 이와 달리 보아 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑5호증, 갑6호증, 갑7호증, 갑8호증의 1, 2, 갑9호증, 갑11호증, 갑12호증의 1, 2, 을1호증의 1, 2의 각 기재 또는 영상, 증인 김재현의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

(1) 원고는 위 1.가.항의 이 사건 토지 매수 당시

김재현과 사이에 이 사건 토지에 관하여 아래와 같은 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다.

(가) 이 사건 토지의 매매대금은 840,000,000원으로 하고, 계약금 84,000,000원은 계약 당일에, 잔금 756,000,000원은 2006. 11. 20.에 각 지급한다.

(나) 양도소득세 신고는 공시지가로 하되, 신고 후 관할세무서로부터 실거래가신고로 재신고 통지가 있을 시에는 매매계약을 해제하기로 한다.

(다) 잔금은 은행융자 후 즉시 지급하기로 하되, 소유권이전등기는 매수인의 요청이 있을 경우 지체없이 소유권이전등기에 필요한 서류를 교부하기로 한다.

(라) 이 사건 토지의 명도(사용)는 계약과 동시에 이행하기로 한다.

(마) 계약해제로 인하여 발생되는 세금, 기타 문제는 매수인이 책임지기로 한다.

(2) 원고는 이 사건 매매계약에 따라 김재현에게 계약금 84,000,000원을 지급하고, 잔금은 지급하지 않은 상태에서 2006. 9. 29. 그 소유권이전등기를 마쳤다.

(3) 그 후 관할 세무서에서는 김재현에게 이 사건 토지의 양도에 관하여 실거래가를 기준으로 양도소득세를 산정, 부과할 예정임을 통보하였다.

(4) 이에

김재현은 2006. 12. 22. 위 (3)항의 사정을 들어 이 사건 매매계약상의 위 (1).(나)항의 약정해제권을 행사함으로써 원고와 사이에 위 매매계약을 합의해제하고, 이에 따라 2006. 12. 26. 그 소유권이전등기의 말소등기를 마쳤다.

(5) 한편, 원고는 이 사건 매매계약 해제 후 김재현으로부터 이 사건 토지를 임차하는 형식을 취하여 그 지상에 공장을 건축하여 위 토지를 공장부지로 사용하고 있다.

라. 판단

(1)

법 제119조 제3항 제1호,

제120조 제3항의 규정내용 및 취지에 따르면, 창업중소기업이 해당 사업용재산을 그 취득 후 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하지 않거나 다른 목적으로 처분하더라도 거기에 정당한 사유가 있으면 등록세, 취득세, 농어촌특별세 및 지방교육세를 추징, 부과할 수는 없다.

(2) 위 (1)항의 관계 규정의 내용 및 취지에다가 위 다.항 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 원고가 이 사건 토지 매수 당시 매도인 김재현과 사이에 그 매매에 대하여 실거래가를 기준으로 양도소득세가 부과될 경우에는 매매계약을 해제하기로 약정한 점, 원고 및 김재현이 당초 예상과 달리 실거래가를 기준으로 양도소득세가 부과되려고 하자, 위 약정해제권 행사에 의하여 위 매매계약을 해제하고 소유권이전등기를 말소한 점 등 이 사건 매매계약의 해제 및 이에 따른 위 소유권이전등기의 말소 경위 등에 비추어 보면, 원고의 위 1.다.항의 소유권이전등기 말소가 비록 다른 목적으로 처분한 경우에 해당하더라도 거기에는 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하다(

대법원 2006. 2. 9. 선고 2005두4212 판결 참조).

(3) 따라서, 원고의 위 소유권이전등기 말소는 정당한 사유 없이 사업용재산을 당해 사업에 직접 사용하지 않거나 다른 목적으로 처분한 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이와 달리 보아 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.