행정자치부장관이 기업회계를 존중하는 취지로 건설자금이자를 법인의 회계처리방법에 따라 취득세와 등록세의 과세표준에 포함되는지의 여부에 대해 일관된 유권해석을 했으며 법인이 자신의 회계정책에 따라 건설자금이자를 비용으로 회계처리한 경우라면, 해당 유권해석은 신뢰의 대상이 되므로 비과세관행이 성립한다. 따라서 해당 부동산에 취득세를 소급하여 과세한 행정청의 처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

[증거] 갑1의 1·2, 11, 12의 1ㆍ2, 13의 1ㆍ2ㆍ3, 14, 을1, 2의 1·2, 4의 각 기재

가. 원고는 주택건설사업 등을 목적으로 설립된 회사로서 2003년 무렵 전주시 완산구

효자동 2가 100-1 외 61필지 58,780㎡(이하, ‘이 사건 제1토지’라 한다)를 매수하고 그 지상에 888세대의 더ㅤㅅㅑㅍ1차아파트를 신축하여 2005. 10. 21. 사용승인을 받았고, 2005. 11. 21. 피고에게 이 사건 제1토지의 매수와 아파트 신축에 관련된 취득세 등을 신고납부하였다.

나. 또한 원고는 2003. 12. 10.

이보일과 사이에 전주시 완산구

효자동 2가 93-6 답 215㎡와 같은 동 2가 93-7 답 2,517㎡(이하, ‘이 사건 제2토지’라 한다)를 매매대금 1,817,200,000원에 매수하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하면서 이보일에게 계약금 4억원을 계약 당일에, 1차 중도금 5억원을 2003. 12. 17.에, 2차 중도금 5억원을 2003. 12. 29.에, 잔금 417,200,000원을 2004. 12. 10.에 지급하기로 약정하였고, 이에 따라 원고는 계약당일부터 2003. 12. 17.까지

이보일에게 매매대금 중 계약금과 1ㆍ2차 중도금 합계 14억원을 지급하였다.

그런데

이보일은 위와 같이 원고로부터 중도금을 받은 상태에서 이 사건 제2토지 중 93-6 지번의 토지에 관하여 2004. 6. 9.자 매매를 원인으로 같은 날

유한회사 옥성산업개발 앞으로 소유권이전등기를 하였고, 이 사건 제2토지 중 93-7 지번의 토지에서 일부 분할된 93-9 지번의 토지에 관하여 2004. 6. 18. 매매를 원인으로 그 분할일자인 2004. 6. 23. 유한회사 옥성산업개발 앞으로 소유권이전등기를 하였다.

그 후 원고는 2004. 9. 23.

이보일로부터 14억원을 회수하였고, 이 사건 제2토지 중 위와 같이 유한회사 옥성산업개발로 소유권이 이전된 토지를 제외한 나머지 93-7 지번의 토지는 2005. 5. 24.

이보일로부터

황우영 외 2인 앞으로 2005. 5. 9.자 매매를 원인으로 소유권이전등기가 마쳐진 상태이다.

다. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 원고가 이 사건 제1토지 및 아파트의 취득과 관련하여 신고한 과세표준에서 그 취득가액의 일부와 건설자금이자(토지매수와 아파트 건설자금에 충당한 차입금의 이자, 이하 같다)가 누락되었고, 원고가 이 사건 제2토지와 전주시 효자동 3가 115-2 토지(이하, ‘소외 토지’라 한다)를 사실상 취득한 후 미등기전매하였으면서도 그 취득세 등을 신고납부하지 않았음을 확인하였다는 이유로 2007. 3. 13. 원고에 대하여 총 누락금액 12,419,672,400원을 과세표준으로 하여 취득세 348,808,520원, 농어촌특별세 27,690,020원, 등록세 126,530,350원, 지방교육세 23,374,710원 합계 526,403,600원을 부과ㆍ고지하였다.

라. 원고는 2007. 4. 23. 위 부과처분에 불복하여 행정자치부장관에게 심사청구를 하였고 그 결과 2007. 6. 25. 위 부과처분의 내용을 취득세 167,288,420원, 농어촌특별세 12,813,540원, 등록세 53,922,310원, 지방교육세 9,935,030원 합계 243,959,300원(신고불성실가산세 내지 납부불성실가산세 포함)으로 경정한다는 내용의 결정을 받았으며, 이에 따라 피고는 2007. 3. 13.자 부과처분을 위 심사결정에서 정한대로 감액경정하였고 그 구체적 내용은 별지 1. 부과내역표 기재(다툼이 없음)와 같다(이하, ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 이 사건 제1토지 및 아파트 취득부분

(1) 원고의 주장

지방자치단체는 취득세와 등록세의 부과에 있어 행정자치부의 일관된 유권해석의 내용에 따라 건설자금이자와 관련하여 법인장부상으로 기업회계기준에 따라 자산계정으로 회계처리된 경우에는 취득세와 등록세의 과세표준에 산입하는 반면, 비용(지급이자)계정으로 회계처리된 경우에는 취득세와 등록세의 과세표준에 산입하지 않아 왔고 이로써 기업회계상 비용처리된 건설자금이자에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 않는 비과세관행이 성립하였다. 그런데 피고는 행정자치부가 건설자금이자의 취득세 및 등록세의 과세표준 산입여부가 쟁점이 되었던 2006. 1. 23.자 심사결정에서 건설자금이자를 법인의 회계처리와 관계없이 취득세와 등록세의 과세표준에 포함하여야 한다고 결정하자 이 사건 제1토지와 아파트에 관한 취득세와 등록세에 과세요건이 2006. 1. 23. 이전에 성립하였는데도 종전의 비과세관행에 반하여 위 심사결정내용에 따라 과세표준에 건설자금이자를 포함시켜 과세하였으므로, 이 사건 처분 중 이 사건 제1토지와 아파트의 건설자금이자에 대한 부분은 소급과세금지의 원칙에 반하여 위법하다.

(2) 관계법령

별지 3. 기재와 같다.

(3) 판단

(가) 일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고,

국세기본법 제18조 제3항(세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

지방세법 제82조에서 준용)에서 말하는 비과세 관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 한다(

대법원 1995. 11. 14. 선고 95누10181 판결 참조). 여기에서 공적 견해표명의 주체인 과세관청이라 함은 당해 사항에 대한 과세권을 행사하는 특정 관청뿐 아니라 그 과세업무에 관한 지휘권한이 있는 상급관청도 포함된다 할 것이고, 과세관청이 구체적 사안과 관련하여 대외적으로 조세법령의 해석을 내놓고 유사한 사안을 통해 지속적으로 일관된 유권해석을 하여 왔다면 이는 과세관청의 공적인 견해표명에 해당될 수 있다.

따라서 지방자치단체의 지방세 과세에 있어 행정자치부장관이 실질적으로 지방자치단체의 지휘관청으로서 관련 조세법령에 관한 일관된 유권해석을 하여 왔고 지방자치단체의 과세실무상 그 유권해석을 토대로 상당기간 동안 과세를 하지 않았다면 이는 납세자의 신뢰의 대상이 되는 과세관청의 공적인 견해표명을 기초로 비과세의 관행이 성립되었다고 보아야 할 것이다.

(나) 이 사건에 관하여 보건대, 갑3, 4의 1 내지 8, 5, 18의 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

① 행정자치부장관은 2004. 9. 10. 세정-2994호를 비롯하여 2006. 12. 11. 세정-6181호에 이르기까지,

지방세법 시행령 제82조의3 제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가액은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접ㆍ간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다고 규정하고 있는데도 건설자금이자에 관하여 법인이 기업회계기준에 따라 자산으로 회계처리한 경우에는 취득세의 과세표준에 포함되고 지급이자 등 비용으로 회계처리한 경우에는 취득세의 과세표준에 포함되지 않으나 그 해당여부는 과세권자가 법인장부 등을 사실조사하여 판단할 사항이라는 내용의 유권해석을 일관되게 하여 왔다.

② 위와 같이

지방세법 시행령 제82조의3 제1항에서 건설자금이자를 취득가격에 포함되는 것으로 규정하고 있는데도 불구하고 행정자치부장관이 그 과세표준 산입여부를 기업의 회계처리방법에 따라 달리 판단한 것은, 기업회계기준서 제7호(금융비용자본화)에서 금융비용을 기간비용(당기비용)으로 처리함을 원칙으로 하되 자본화대상자산의 취득을 위한 자금에 차입금이 포함된 경우 이러한 차입금에 대한 금융비용은 자본화대상자산의 취득에 소요되는 비용으로 볼 수 있기 때문에 자산의 취득원가에 산입할 수 있다고 규정하고 있는데, 위 금융비용의 자본화에 관한 규정은 법인에게 강제적으로 적용되는 것은 아니고 그 적용여부를 법인이 선택할 수 있는 것이어서 건설자금이자가 발생한 경우 법인의 회계정책에 따라 그 건설자금이자를 자산의 취득원가에 포함하지 않고 당기비용으로 회계처리할 수 있는 것이므로,

국세기본법 제20조 본문(국세의 과세표준을 조사·결정함에 있어서 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하여야 한다)에 따라 기업회계를 존중하는 취지에서 비롯된 것이다.

③ 지방자치단체들은 취득세와 등록세(지방자치단체는 등록세의 경우 법인장부에 의해 사실상 취득가격이 입증되는 경우 그 취득가격을 과세표준으로 삼으므로 실질적으로 취득세와 동일한 기준을 가지고 처리)를 과세함에 있어 행정자치부장관의 위와 같은 유권해석을 기초로 하여 2004년 무렵부터 2006년 무렵까지 취득세와 등록세의 납세의무자인 법인이 자신의 회계정책에 따라 건설자금이자를 비용계정으로 회계처리한 경우 그 건설자금이자를 취득세와 등록세의 과세표준에 포함시키지 않았다.

④ 원고는 위와 같은 행정자치부장관의 유권해석과 지방자치단체들의 과세실무를 신뢰하고 이 사건 제1토지와 아파트에 관한 건설자금이자를 비용계정으로 회계처리하고 취득세와 등록세의 과세표준에서 제외하여 신고납부하였다.

⑤ 그런데 행정자치부장관은 2006. 1. 23.자 제2006-16호 심사결정에서

지방세법 시행령 제82조의3 제1항에 따라 건설자금이자에 대하여 기업의 회계처리방법의 차이에 상관없이 취득세의 과세표준에 포함하여야 한다는 내용의 결정을 하였고, 위 결정을 기점으로 그 결정내용에 따라 지방세 부과에 관한 실무지침을 변경하면서 다만

국세기본법 제18조 제3항에서 규정한 소급과세금지의 원칙에 따라 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하여야 하므로 건설자금이자의 경우 위 심사결정일인 2006. 1. 23. 이후 발생한 부분부터 취득세 과세표준에 포함하여야 한다는 내용의 유권해석을 하였다(2007. 9. 5. 지방세정팀-3608호).

⑥ 피고는 원고의 이 사건 제1토지와 아파트의 취득일이 2005. 10. 21.로서 2006. 1. 23. 이전의 기간에 취득세 등의 납세의무가 성립하였으므로 위와 같이 변경된 행정자치부의 취득세 부과지침에 따르더라도 원고가 비용으로 회계처리한 건설자금이자가 취득세와 등록세의 과세표준에 포함되지 않는데도 그 건설자금이자를 과세표준에 포함시켜 이 사건 처분을 하였다.

(다) 위 인정사실에 의하면, 지방자치단체의 지방세부과에 관한 지휘관청인 행정자치부장관이 기업회계를 존중하는 취지로 건설자금이자를 법인의 회계처리방법에 따라 취득세와 등록세(농어촌특별세는 취득세 납세의무자에게, 지방교육세는 등록세 납세의무자에게 부가하여 부과되는 세목이므로, 이하 따로 살피지 않는다,

농어촌특별세법 제3조 제5호,

지방세법 제260조의2 참조)의 과세표준에의 포함여부를 결정하는 내용의 일관된 유권해석을 하여왔고 실제로 지방자치단체들이 그 유권해석을 기초로 과세실무를 운영하여 왔으므로, 건설자금이자의 과세표준 산입에 관한 과세관청의 공적인 견해표명에 대하여 납세의무자의 신뢰가 형성되었고, 법인이 자신의 회계정책에 따라 건설자금이자를 비용으로 회계처리한 경우 그 건설자금이자를 취득세와 등록세의 과세표준에 포함시키지 않는 비과세관행이 성립하였다고 봄이 상당하다.

따라서 과세관청인 피고는 그 지휘관청인 행정자치부장관의 유권해석이 2006. 1. 23.자로 변경되었다고 하더라도 그 변경 전에 납세의무가 성립한 부분에 해당하는 이 사건 제1토지와 아파트의 건설자금이자에 관하여는 그 변경된 새로운 해석에 따라 소급과세하여서는 아니되므로 위와 같은 비과세관행에 따라 취득세와 등록세의 과세표준에 포함하여서는 아니되는데도 과세표준에 포함하여 과세하였으므로, 이 사건 처분 중 이 사건 제1토지와 아파트의 건설자금이자에 해당하는 부분(가산세 포함)은

국세기본법 제18조 제3항(

지방세법 제82조에서 준용) 소급과세금지의 원칙에 반하여 위법하고, 그 위법하게 부과된 취득세 등의 구체적인 액수는 별지 1. 부과내역표 중 제1토지 및 아파트의 건설자금이자란에 기재된 취득세 등과 같다.

나. 이 사건 제2토지의 취득부분

(1) 원고의 주장

원고는

이보일로부터 이 사건 제2토지를 매수한 후 계약금과 중도금 합계 14억원만을 지급하고 잔금을 미지급한 상태에서

이보일과 사이에 매매계약을 합의해제하여 14억원을 되돌려받음으로써 이 사건 제2토지를 취득하지 않았다. 그러므로 취득세의 과세요건인 원고의 이 사건 제2토지의 취득행위가 존재하지 않는데도 피고는 원고가 이 사건 제2토지를 사실상 취득하였으면서도 소유권이전등기를 마치지 않은 상태에서 전매하였다고 보고 이 사건 제2토지에 관하여 취득세를 부과하였으므로, 이 사건 처분 중 이 사건 제2토지에 관한 부분은 위법하다.

(2) 관계법령

별지 3. 기재와 같다.

(3) 판단

(가) 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용ㆍ수익ㆍ처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것이다. 이에 따라

지방세법 제105조 제2항에서는 부동산의 취득에 있어서 민법 등 관계법령의 규정에 의한 등기ㆍ등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 당해 물건을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 양수인이 아직 공시방법을 갖추지 않았더라도 대금을 완제하는 등 실질적으로 당해 재산에 대한 소유권을 행사할 수 있는 단계에 이르러 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우에는 그 부동산을 취득한 것으로 보아야 할 것이다. 또한

지방세법 시행령 제73조 제1항에서 유상승계취득의 경우에 그 취득시기를 사실상의 잔금지급일(제1호) 또는 계약상의 잔금 지급일(제2호)로 규정하고 있는 것은

지방세법 제105조 제2항에서 말하는 사실상의 취득시기가 불분명하거나 사실상의 취득이 계약상의 잔금지급기일과 견련되었을 때 그 취득시기에 대한 의제일 뿐 명백한 사실상의 취득시기를 배제하는 것은 아니므로 그 취득시기를 판단함에 있어 계약서의 형식적 기재사항에 구애받지 않는다 할 것이다. 나아가 부동산을 사실상 취득함으로써 취득세의 납세의무가 성립된 다음에는 그 후 합의에 의하여 계약을 해제하고 그 부동산을 반환하더라도 이미 성립한 조세채권의 행사에 영향을 줄 수 없다(

대법원 1994. 5. 24. 선고 93누23527 판결,

1998. 12. 8. 선고 98두14228 판결,

2007. 5. 11. 선고 2005두13360 판결 참조).

(나) 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 이 사건 제2토지에 관하여 매도인인

이보일에게 14억원을 지급한 상태에서 매매계약서상 잔금지급일이 도래하기 이전인 2004. 9. 23. 14억원을 회수하였는데, 그 이전에 이미 원고와

이보일사이의 매매계약이 유효하게 유지되고 있는 상황에서 2004. 6. 무렵 이 사건 제2토지 중 93-6 지번과 93-9 지번의 토지가

이보일에게서

유한회사 옥성산업개발 앞으로 소유권이 이전된 사실은 앞서 본 바와 같고, 위 각 증거에 의하면, 원고는 위와 같이

이보일이 원고로부터 중도금을 수령한 후

유한회사 옥성산업개발에게 위 토지를 이중매매하였는데도 그에 대한 아무런 이의를 제기하지 않았고 그로부터 3개월 가량 지나서야

이보일로부터 매매대금의 반환 명목으로 14억원을 받았을 뿐 그 손해보전조치를 전혀 취하지 않은 사실, 원고는 이보일과의 매매계약 당시 특약사항으로 원고가 공동주택을 건축하고자 매수하는 것임을 명시하고

이보일로 하여금 원고가 지정하는 자에게 당해 토지의 인도에 필요한 제반서류를 교부하도록 정해 둔 사실, 매도인

이보일은 물론이고 원고의 대표이사인

이종휘도 원고와 유사한 업종의

유한회사 옥성산업개발의 이사로 재직 중인 사실, 원고가 이보일에게 지급한 14억원만 해도 원고와 이보일 사이의 매매계약 당시를 기준으로 한 이 사건 제2토지의 공시지가를 훨씬 초과하는 사실을 인정할 수 있다.

(다) 위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 제2토지의 시가 상당액인 14억원을

이보일에게 지급함으로써 위 토지의 소유자로서의 실질적 권리를 행사할 수 있는 지위를 취득한 후 사실상 계열회사의 관계에 있는 원고와

유한회사 옥성산업개발의 내부적 필요에 따라 이보일이 원고를 거치지 않고 직접

유한회사 옥성산업개발 앞으로 이 사건 제2토지의 소유권을 이전하는 것을 용인한 것으로 보이는바, 이에 비추어 보면 원고는 이보일에게 14억원을 지급한 시기에 이 사건 제2토지에 대한 소유권을 사실상 행사할 수 있는 단계에 이르러 그 부동산을 취득하였다고 봄이 상당하다 할 것이다.

그렇다면 위와 같이 원고가 이 사건 제2토지를 사실상 취득한 다음에는 원고와 이보일 사이에 그 매매계약을 합의해제하였더라도 이미 성립한 피고의 취득세채권의 행사에 아무런 영향을 미칠 수 없으므로, 이와 같은 견지에서 한 이 사건 처분 중 이 사건 제2토지에 대한 부분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분 중 이 사건 제1토지와 아파트의 건설자금이자 해당 부분만이 위법하므로, 이 사건 처분 중 별지 부과내역표 기재 제1토지 건설용지원장차액에 대한 부분, 제2토지 미등기전매가액에 대한 부분 및 소외 토지에 대한 부분(각 세목별 합계액은 별지 2 이 사건 처분 중 적법한 부분 기재와 같다)을 초과하는 부분을 취소하여야 할 것이다.

따라서 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.