(3) 원고는 2005. 5. 10. 피고에게 이 사건 신축건물에 대하여 225,137,589,952원을 과세표준으로 하여 산출한 등록세 1,640,719,920원 및 지방교육세 328,143,980원을 신고하였고, 2005. 5. 20. 위 금액을 납부하였다(“이 사건 3차 처분”, 계산내역은 아래 [표 4]의 기납부세액 기재와 같음).

[인정 근거] 다툼 없는 사실

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 각 처분 중 부가세인 농어촌특별세와 지방교육세를 제외한 나머지를 보면, 이 사건 1차 처분은 이 사건 신축건물 중 본점용 건물의 부속토지에 대한 취득세 중과분이고, 이 사건 2차 처분은 이 사건 신축건물에 대한 취득세 일반세 및 본점용 건물에 대한 취득세 중과분이며, 이 사건 3차 처분은 이 사건 신축건물에 대한 등록세이다.

(2) 이 사건 신축건물에 대한 취득세 일반세와 등록세

(가) 원고는 구 도시재개발법상 도심지 재개발사업의 시행자로서 재개발사업을 위하여 이 사건 신축건물을 취득하였고, 비록 이 사건 신축건물을 취득할 당시에는 서울특별시 재개발구역 내 건축물에 대한 시세과세 면제에 관한 조례의 개정으로 취득세, 등록세의 면제규정이 없어졌지만 신뢰보호의 원칙상 주식회사 선경이 재개발사업시행 인가를 받을 때에 시행 중이던 서울특별시 재개발구역 내 건축물에 대한 시세과세 면제에 관한 조례(제2394호, “구 시세감면조례”) 제2조에 의해 이 사건 신축건물에 대한 취득세와 등록세를 면제받아야 한다.

(나) 만일 구 시세감면조례가 적용되지 않아 취득세와 등록세가 면제되지 않더라도, 원고는 도시환경 정비사업 대상 부동산의 단독 소유자로서 관리처분계획에 의해 이 사건 신축건물을 취득하였으므로 종전건물의 취득가액의 범위에서 취득세와 등록세가 비과세되어야 한다.

(3) 본점용 건물과 그 부속토지에 대한 취득세 중과부분

(가) 이 사건 신축건물과 그 부속토지에 대하여 구 시세감면조례에 의해 취득세와 등록세가 면제된 이상 과밀억제권역 내 본점용 부동산취득이라는 이유로 취득세를 중과할 수는 없다.

(나) 이 사건 신축 건물의 대지에 대하여 취득세가 비과세된 이상 과밀억제권역 내 본점용 건물의 부속토지라는 이유로 중과세할 수는 없다.

(다) 과밀억제권역 내 본점용 부동산 취득에 대하여 중과세하는 지방세법의 취지는 과밀억제권역 내에 인구유입과 산업의 집중을 막고자 하는 데 있는데, 원고가 동일한 과밀억제권역 내에서 이 사건 신축 건물 중 본점용 건물과 그 부속토지를 취득하였다고 하여 새로이 인구 유입과 산업집중의 효과를 일으키지 않으므로 취득세 중과세 대상에 해당하지 않는다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 신축건물에 대한 취득세 일반세와 등록세의 적법 여부에 관한 판단

(가) 구 시세감면조례의 적용여부

1) 원고 주장과 같이 이 사건 신축건물의 취득에 대하여 구 시세감면조례가 적용된다면 이 사건 신축건물의 취득에 따른 취득세 일반세(이 사건 2차 처분 중 위에서 본 [표 1]의 일반건축물에 대한 취득세)와 등록세(이 사건 3차 처분 중 등록세)가 면제되고, 그에 따라 부가세의 성격을 지니고 있는 농어촌특별세(이 사건 2차 처분 중 위에서 본 [표 1]의 일반건축물에 대한 농어촌특별세)와 지방교육세(이 사건 3차 처분 중 지방교육세)의 납세의무가 발생하지 않으므로, 구 시세감면조례가 적용되어야 하는지 아니면 과세요건 성립당시의 조례가 적용되어야 하는지에 관하여 살펴본다.

2) 구 시세감면조례와 그 개정경과

주식회사 선경이 재개발사업시행 인가를 받을 당시에 시행 중이던 구 시세감면조례 제2조에 의하면, 도시재개발법의 규정에 의한 시행자(시행자로부터 지정받은 자를 포함한다)와 도시재개발법의 규정에 의한 시행자로부터 최초로 분양받아 취득하는 당해 재개발사업시행인가 당시의 토지 및 건축물 소유자는 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역내에서 재개발사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세, 등록세 및 면허세가 면제되었다. 그러나 구 시세감면조례는 1989. 12. 30.(제2552호), 1990. 12. 31.(제2687호) 개정되었고, 1991. 12. 31. 개정된 조례(제2843호, “개정된 조례 제2843호”)에 의하면, 시세의 혜택을 받는 대상 사업을 도시재개발사업 중 주택개량재개발사업으로 한정하였으며, 이에 따라 도심지 도시재개발사업은 위 감면대상에서 제외되었다. 다만, 개정된 조례 제2843호는 부칙 제2조를 신설하여 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 경과규정을 두었고, 종전 조례 부칙 제2항을 개정하여 적용시한을 1994. 12. 31.까지로 정하였다(종전에 1년 단위로 시행기간을 연장하던 예에 의하지 않고 시행기간을 3년으로 정함). 그후 개정된 조례 제2843호는 1994. 12. 31.로 그 시행기간이 경과되었고, 위 조례에서 규정하고 있던 도시재개발법에 의한 주택개량개개발사업에 대한 시세 감면에 관한 규정은 서울특별시세의 과세면제 및 불균일과세에 관한 사항을 통합적으로 규정하여 과세의 공평을 기하고 지방세정책을 효율적으로 수행하기 위하여 1994. 12. 31. 제정된 ‘서울특별시세감면조례 제3145호’ 제19호로 편입되어 다음과 같이 규정되었다.

제19조(주택개량사업에 대한 감면) 도시재개발법에 의한 주택개량재개발사업으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호의 1에 정하는 바에 의하여 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 취득일부터 5년 이내에

1. 도시재개발법에 의한 사업시행자가

2. 재개발사업계획의 최초고시일 현재 부동산을 소유한 자가 당해 사업의 시행으로 인하여 취득하는 전용면적 85제곱미터 이하의 주거용 부동산으로서