1. 제1심 판결 이유의 인용

이 사건에 관하여 당원이 설시할 이유는, 제1심 판결 제3면 제18행의 ‘구 지방세법 시행령’ 다음에 ‘(2000. 12. 29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것)’을 추가하고, 제6면 제11행의 ‘삼선동지점’을 ‘삼선교지점’으로 고치며, 제6면 제16행 이하 및 제8면 제17행 이하를 아래와 같이 각 고쳐 쓰는 이외에는, 제1심 판결의 이유와 같으므로 행정소송법 제8조, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 모두 그대로 인용한다.

[고쳐 쓰는 부분]

<제1심 판결 제6면 제16행>

(8) 한편, 원고는 2004. 10.경부터 이 사건 분할전 토지 중 원고 지분에 대하여만 건축허가를 받으려고 하였으나, 당시 원고 지분만의 단독개발을 하기 위하여는 지구단위계획이 변경이 선행되어야 했다. 이에 피고의 담당직원들은 "이 사건 분할전 토지가 타 지번과 함께 서울특별시가 수립한 신촌지역 지구단위계획재정비구역에 편입되어 있는 상태에서 서울특별시가 지구단위계획재정비계획을 새롭게 수립하여 입안절차가 진행 중인데, 2005. 1.경까지는 지구단위계획의 변경이 확정될 것이고, 원고 지분만 구분하여 지구단위계획을 변경하는 것도 비슷한 기간이 소요될 것이며 변경 여부도 불확실하므로 그 때까지 기다리는 것이 낫겠다"고 권고하였고, 이에 원고는 지구단위계획재정비계획이 변경되기만을 기다렸으나, 2005. 9. 29.이 되어서야 지구단위계획재정비계획이 변경고시되었다. 그 후 원고는 2005. 10. 14. 피고에게 이 사건 토지 위에 지상 5층, 지하 1층, 연면적 925.17㎡의 제2종 근린생활시설에 대한 건축허가신청서를 제출하였고, 같은 달 25. 건축허가를 받아 착공하여 2006. 9. 4.경 완공한 후 피고로부터 사용승인을 받았다.

<제1심 판결 제8면 제17행>

…(전략) 건축허가를 추진하였으나, 피고의 담당직원들이 서울특별시가 지구단위계획재정비계획을 새롭게 수립하여 입안절차가 진행 중인데, 2005. 1.경까지는 지구단위계획의 변경이 확정될 것이고 원고 지분만에 대하여 지구단위계획변경을 받는 것도 비슷한 기간이 소요되며 변경 여부도 불확실하므로 그 때까지 기다리라고 권고함에 따라 그 변경을 기다리고 있던 중 2005. 9. 29.이 되어서야 …(후략)

2. 결 론

그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2006. 5. 24. 선고 2006구합5052 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2005. 9. 12. 원고에 대하여 한 등록세 51,241,270원 및 교육세 9,394,230원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 피고는 2005. 9. 12. 원고가 서울 ○○○ 45-7 대지 1,314.4㎡(이하 ‘이 사건 분할전 토지’라 한다)의 공유지분 661분의 208.08(이하 ‘이 사건 공유지분’이라 한다)을 등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 업종에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 중과세율로 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 51,241,270원 및 교육세 9,394,230원을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

나. 이에 원고는 2005. 10. 13. 행정자치부에 심사청구를 하였으나, 2005. 11. 28. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1호증, 갑5호증의 2, 을2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고가 위 처분사유와 관계 법령을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 공유물인 이 사건 분할전 토지 위에 건물을 신축하여 그 임대수입으로 원고의 고유목적사업을 수행하려고 하였으나, 공유자들의 비협조와 반대로 재산권 행사가 불가능하게 됨에 따라 공유물분할소송 제기 및 그 확정판결, 피고에 대한 토지분할신청 및 그 거부, 법원에 대한 판결경정 신청 및 판결경정 등의 절차를 거쳐 이 사건 공유지분이 분할등기되었으나, 그 이후 서울특별시의 지구단위계획이 확정되지 아니하여 건축허가를 신청하지 못한 것이어서 원고가 이 사건 공유지분을 유예기간 내에 당해 업종에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분은 위법, 부당하다고 주장한다.

나. 관계 법령

구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것)

제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과)

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 대도시안에서 2001년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인 투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다. 제290조 (공공법인에 대한 과세면제) ① 다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 취득일부터 1년이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

구 지방세법 시행령

제101조 (대도시내 법인 중과세의 예외)

① 법 제138조제1항 단서의 규정에서 "대통령령으로 정하는 업종"이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다.

31. 법 제290조 제1항 제18호의 규정에 의한 단체가 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업

② 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항 제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우와 다른 업종을 겸용하는 경우의 그 겸용부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다. (단서생략)

제102조 (대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

다. 인정사실

(1) 원고는, ○○○대학교 ○○○과 오00 교수가 2000. 1. 31. 사망한 후 유가족인 차00, 오00, 오00, 오00이 그 상속재산인 이 사건 공유지분을 장학사업을 위하여 출연함에 따라, 서울 서대문구 00동 54-16을 주사무소로 하여 2000. 8. 2. 서울특별시 교육감으로부터 법인설립허가를 받은 재단법인이고, 이 사건 공유지분에 관하여 서울서부지방법원 서대문등기소 2000. 9. 7. 접수 제28538호로 2000. 9. 5. 증여를 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전등기가 경료되었다.

(2) 신촌로타리에 인접한 이 사건 분할전 토지는 1950년대 당시 국·공유지였으나 일반인에게 불하되면서 분할등기가 번거롭다는 이유로 수불하자에게 구분하여 이전등기를 해 주지 않고 면적비율대로 공유지분등기를 해 두었고, 이러한 공유지분상태로 특정면적을 구분하여 소유하는 구분소유적 공유관계가 50년 이상 계속되어 왔다. 이러한 사유로 각 공유자의 등기부상 면적과 실제 점유·사용면적이 모두 다른 상황이고, 최초의 수불하자가 그 이후 여러 차례 공유지분을 전전매도하여 그 소유관계가 매우 복잡한 양상을 띠게 되었다. 이 사건 공유지분에 관한 원고 명의의 소유권이전등기가 경료될 무렵 이 사건 분할전 토지는 유원국 외 14인의 공유로 등기되어 있었다.

(3) 원고는 이 사건 분할전 토지 위에 건물을 신축하여 그 임대수입으로 고유목적사업인 장학사업을 하기 위하여 등기부상의 공유지분권자들을 상대로 건물신축에 대한 동의를 받거나 공유자들 상호간 협의 하에 이 사건 토지 위에 건물 일체를 재건축하기로 하고 공유물의 관리방법에 관하여 나머지 공유자들과의 협의를 시도하였으나, 공유자들의 의견이 일치하지 않았고, 특히 공유자 중 심00의 주민등록이 말소되어 있어 그 소재를 확인해 본 결과 해외로 출국하여 연락이 되지 않았다.

(4) 1년간에 걸친 원고와 나머지 공유자들과의 협의가 원만하게 이루어지지 않자, 원고 등의 일부 공유자들은 2001. 10. 4. 나머지 공유자들을 상대로 하여 서울서부지방법원 2001가합6305호로 공유물분할청구의 소를 제기하였다. 한편, 위 소송의 계속 중 2건의 반소가 제기되어 병합되었고, 새로 공유지분을 매수한 이영희가 인수참가를 하였다. 위 법원은 감정인으로 하여금 측량감정을 실시하게 하여 그 측량성과도에 따라 2002. 11. 22. 심노미를 제외한 원, 피고들 사이에 이 사건 분할전 토지를 분할하는 내용의 강제조정결정을 하였고, 그 무렵 위 결정이 확정되었으며, 심노미에 대하여는 2003. 3. 19. 판결을 선고하여 같은 해 4. 5. 위 판결이 확정되었다.

(5) 원고는 피고에게 이 사건 분할전 토지에 관하여 위 확정판결 등에 첨부된 측량성과도에 따른 분할을 신청하였으나, 피고는 "위 측량성과도가 대법원예규인 ‘측량감정에 있어서 감정방법과 감정인의 선정 등에 관한 예규’에 따른 측량감정이 아니라는 이유 등을 들어 이를 수리할 수 없다"고 하였다. 이에 원고가 대법원에 질의를 하였고, 대법원은 2003. 6. 10. "위 대법원예규에 정한 감정방법과 상이하다는 이유만으로 확정된 판결의 효력에 어떠한 효력을 미치게 되는 것은 아니라 할 것이고, 피고가 확정판결에 기한 분할신청을 대한지적공사의 측량성과도가 첨부되어 있지 않다는 이유로 접수를 거부한다면, 이는 지적법 제41조 제1항에 근거한 것으로 보이는바, 위 규정은 2002. 5. 30.자 헌법재판소의 결정에 의하여 위헌이라는 취지로 불합치결정을 받았다"고 회신하였다. 그러나 피고는 2003. 10. 18. 원고에 대한 민원회신에서, "원고가 법원의 확정판결내용에 의거하여 대한지적공사에 분할측량을 의뢰하면 그 측량성과의 정확성에 대한 검사를 거쳐 토지분할에 따른 지적공부 정리가 가능하다"는 입장을 밝혔다.

(6) 이에 원고는 대한지적공사에 감정신청을 하였으나, 대한지적공사에서는 법원의 지시가 없어 개인의 측량요청에 따른 감정을 할 수 없다고 하였고, 원고는 수차례에 걸친 요청을 하여 대한지적공사로부터 측량성과도를 받아 2003. 12. 29. 위 강제조정결정 및 판결에 대한 경정결정을 받았다.

(7) 원고는 2004. 2. 7. 피고에게 이 사건 분할전 토지의 분할신청을 하였으나, 공유자 중 상당수의 공유지분에 대하여 근저당권이 설정되어 있어서 그대로 구분등기를 할 경우 분할된 각개의 토지 전체에 위 근저당권이 전부 전사되어야 하는 상황이 되어 이를 방지하기 위하여 원고의 임원들은 근저당권자들을 찾아다니며 근저당권의 말소를 요구하였는데, 근저당권자 중 1인인 ○○○은행 ○○○지점이 근저당권의 말소를 거부하여 원고의 임원들이 수차례에 걸쳐 항의방문을 하였으나, 위 은행의 담당직원은 내부결재를 받아야 한다는 이유로 말소 요청을 거부하다가 채무자가 그 피담보채무를 변제하자 2005. 3. 22. 근저당권말소등기가 경료됨으로써 이 사건 공유지분은 서울 ○○○동 45-41 대 323㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)로 분할등기되었다.

(8) 한편, 원고는 2004. 10.경부터 이 사건 분할전 토지 위에 건축허가를 받고자 하였으나, 피고는 "위 토지가 타 지번과 함께 서울특별시가 수립한 신촌지역 지구단위계획재정비구역에 편입되어 있는 상태에서 서울특별시가 지구단위계획재정비계획을 새롭게 수립하여 입안절차가 진행 중이고, 이 사건 분할전 토지 일대는 용도지역상향계획(제3종 일반주거지역에서 준주거지역으로)되어 있는데, 용도지역이 변경되지 않은 상황에서 준주거지역에 의한 건축계획은 수용할 수 없다"는 입장을 밝혔다. 피고의 담당직원들은 늦어도 2005. 1.경에는 지구단위계획의 변경이 확정될 것이라고 하였으나, 2005. 9. 29.이 되어서야 지구단위계획재정비계획이 변경고시되었다. 이에 따라 원고는 2005. 10. 14. 피고에게 이 사건 토지 위에 지상 5층, 지하 1층, 연면적 925.17㎡의 제2종 근린생활시설에 대한 건축허가신청서를 제출하였고, 같은 달 25. 건축허가를 받아 착공하여 이 사건 변론종결일 현재 골조공사를 끝내고 외장공사를 진행하고 있다.

[인정근거] 갑2호증의 1 내지 3, 갑3호증의 1 내지 6, 갑6호증의 1, 2, 갑7호증 내지 갑10호증, 갑11호증의 1 내지 4, 갑14호증의 1 내지 11, 갑15호증의 1 내지 12, 갑16호증의 1 내지 54, 갑19호증, 을1호증의 1, 2, 을3호증의 1, 2, 을4호증의 1, 2의 각 기재 및 영상, 증인 차배영의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 구 「지방세법 시행령」제101조 제2항 소정의 "정당한 사유"라 함은 법령에 의한 금지 및 제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하고, 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 등 참조). 장기간에 걸친 소송사건과 신청사건에 대한 법적 분쟁, 법인의 이사의 결원과 법인의 감독청이 법인에 대하여 내린 적극적인 고유목적 사업실시의 잠정적인 금지 지시 등으로 말미암아 대지를 그 고유목적사업에 공여하지 못한 것은 정당한 사유에 기인한 것이라 할 것이다(대법원 1980. 4. 8. 선고 78누360 판결 참조).

(2) 이 사건에 돌아와 보건대, 원고가 그 취득일로부터 1년 이내에 이 사건 분할전 토지의 공유지분을 그 고유업무에 사용하지 못한 것은, 위 토지의 공유지분의 과반수를 소유하지 못한 원고로서 공유물의 사용방법에 관한 합의가 이루어져야만 이 사건 토지의 관리에 관한 사항을 결정할 수 있을 것인데, 근 1년간에 걸친 원고의 노력에도 불구하고 공유자들 사이의 이해가 엇갈려 합의가 이루어지지 않아 원고 단독으로는 이 사건 분할전 토지 위에 건축을 할 수 없었던 사정에 기인하고, 그 이후에도 원고가 위 공유지분을 그 고유업무에 사용하지 못한 것은, 2001. 10.경 공유물분할소송을 제기하여 2002. 11.경 강제조정결정 및 2003. 3.경 판결을 받고서 피고에게 토지분할을 신청하였으나, 피고가 행정자치부 지침을 근거로 분할 신청을 거부함에 따라 대한지적공사가 작성한 측량성과도에 대하여 관할 법원으로부터 경정판결을 받는 절차 및 공유자 중 상당수의 공유지분에 대하여 설정된 근저당권을 말소하는 절차를 거쳐 2004. 3. 25.이 되어서야 이 사건 토지로 분할등기되었고, 그 후 이 사건 토지 위에 건물을 신축하여 그 임대수입으로 원고의 고유목적사업을 수행하고자 관할 서울시교육청과의 협의를 거쳐 건물신축을 위한 건축허가를 추진하였으나 서울특별시가 지구단위계획재정비계획을 새롭게 수립하여 입안절차가 진행 중이므로 준주거지역에 의한 건축계획은 수용할 수 없다는 피고측 입장으로 인하여 건축허가를 신청하지 못하고 있다가 2005. 9. 29.이 되어서야 지구단위계획재정비계획이 변경고시되었으며, 이에 원고가 2005. 10. 14. 건축허가를 신청하여 같은 달 25. 건축허가를 받아 공사에 착공할 수 있게 된 사정 등에 기인한 것으로 볼 수 있다.

따라서 나머지 공유자들과의 협의로부터 건축허가 및 공사착공에 이르기까지의 일련의 과정을 전체적으로 파악할 때, 비영리사업자인 원고가 투기의 목적 없이 오로지 이 사건 토지 위에 건물을 신축하여 그 임대수입으로 고유목적사업인 장학사업을 하기 위하여 이 사건 토지 위의 건물신축에 필요한 일련의 절차들을 진지하고 꾸준하게 밟아 나갔고 정상적인 노력을 다하였으나, 위에서 본 바와 같이 원고의 의사 또는 귀책사유에 기하지 아니한 장기간에 걸친 공유물분할청구소송, 강제조정결정 및 판결 경정절차, 토지분할신청, 근저당권등기말소, 분할등기, 지구단위계획재정비계획에 따른 건축계획의 불수용 등 법령상, 사실상의 여러 장애사유 때문에 이 사건 토지를 그 취득일로부터 1년 이내에 그 고유업무에 사용하지 못한 이상 구 「지방세법 시행령」제101조 제2항 소정의 정당한 사유가 있다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【행심2005-491, 2005. 11. 28.】

【주문】 기각

청구인의 심사청구를 기각한다.

【이유】

1. 원처분의 요지

처분청은 서울특별시 서대문구 ○○동 45-7번지 토지 1,314.4㎡(이하 "이 사건 토지"라 한다)의 공유자 지분 661분지 208.08(토지면적: 413.76㎡, 이하 "이 사건 쟁점 토지"라 한다)을 청구외 차○순 외 3인으로부터 2000.9.5. 증여를 원인으로 청구인이 취득하면서 중과제외대상인 장학단체 사업용이라는 취지로 등록세를 일반세율로 신고납부하였으나, 등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 업종에 직접 사용하지 아니하므로 중과대상에 해당한다고 보아 중과세율로 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 등록세 51,241,270원, 지방교육세 9,394,230원, 합계 60,635,500원(가산세 포함)을 2005.9.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 정당한 사유라 함은 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론이고 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다 할 것이며, 이 사건 쟁점 토지는 취득 후 공유자들의 비협조로 건축이 불가하여 공유물분할소송을 제기하여 확정판결을 받았으나 처분청이 사설감정기관이 측량한 것으로는 지적분할을 할 수 없다고 거부하므로 법원의 경정판결을 받아 이 사건 쟁점 토지를 분할등기를 마치고 2004.10. 쟁점 토지에 건물을 신축하고자 하였으나 서울특별시 지구단위계획이 새롭게 수립중이어서 지구단위계획이 확정된 이후인 2005.10.14. 건축허가를 신청하였는바, 청구인은 이 사건 쟁점 토지를 당해 업종에 사용하기 위하여 최선의 노력을 다하고 있으므로 정당한 사유에 해당하는 것임에도 처분청에서 이 사건 쟁점 토지에 대해 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 비영리사업자가 취득한 부동산을 유예기간 내에 당해 업종에 직접 사용하지 아니하여 등록세 등을 중과세한 처분이 정당한지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 구지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다라고 규정하고 있고, 동법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항 제31호에서 법 제290조 제1항 제18호의 규정에 의한 단체가 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업을 중과제외 업종으로 규정하면서, 그 제2항에서 중과제외 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우와 다른 업종을 겸용하는 경우의 그 겸용부분에 대하여는 등록세 중과세율을 적용한다라고 규정하고 있으며, 동법 제290조 제1항 제18호에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체ㆍ문화예술단체ㆍ체육진흥단체ㆍ청소년단체라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 장학사업 등을 목적으로 서울특별시 서대문구 ○○동 54-16번지를 주사무소로 하여 2000.8.2. 설립된 재단법인으로서 2000.8.2. 서울특별시 교육감으로부터 법인설립허가를 받았으며, 유○국 외 14인이 공유로 소유하고 있던 이 사건 토지 중에서 차○순 외 3인의 공유자 지분인 이 사건 쟁점 토지를 2000.9.5. 증여를 원인으로 취득하면서 등록세 등을 일반세율로 신고납부하였고, 이후 청구인은 이 사건 토지의 공유자들을 상대로 서울지방법원에 공유물분할소송(사건번호: 2001가합6305)을 2001.10.4. 제소하여 2003.3.19. 공유자들이 각각 점유하고 있는 특정부분의 소유권을 인정하고 소유권이전절차를 이행하라는 법원판결을 받았으며, 2004.2.11. 이 사건 토지는 쟁점 토지(지번: 서울특별시 서대문구 ○○동 45-41번지)와 서울특별시 서대문구 ○○동 45-38번지 외 17필지로 지적분할되었음이 토지이동 연혁에서 확인되고 있으며, 청구인은 이 사건 등록세 등 부과일인 2005.9.10. 이후인 2005.10.14. 처분청에 건축허가를 신청하였음이 제출된 관계증빙자료로 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 쟁점 토지는 취득 후 공유자들의 비협조로 건축이 불가하여 공유물분할소송을 제기하여 확정판결을 받았으나 처분청이 사설감정기관이 측량한 것으로는 지적분할을 할 수 없다고 거부하므로 법원의 경정판결을 받아 이 사건 쟁점 토지를 분할등기를 마치고 2004.10. 쟁점 토지에 건물을 신축하고자 하였으나 서울특별시 지구단위계획이 새롭게 수립중이어서 지구단위계획이 확정된 이후인 2005.10.14. 건축허가를 신청하였는바, 청구인은 이 사건 쟁점 토지를 당해 업종에 사용하기 위하여 최선의 노력을 다하고 있으므로 정당한 사유에 해당하는 것이라고 주장하고 있으나, 구「지방세법」제138조 제1항 제3호 및 동법 시행령 제101조 제1항과 제2항에서 대도시 내에서 법인설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산에 대하여 등록세를 중과세한다고 규정하면서, 그 예외의 하나로 장학단체가 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업용부동산은 중과세를 배제하되 등기일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 등록세를 중과세한다고 규정하고 있으며, "정당한 사유"라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하고, 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리법인이라고 할지라도 토지를 취득할 당시 유예기간 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 유예기간 이내에 당해 토지를 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없는 것(대법원2001두229 판결, 2002.9.4. 선고)이므로, 청구인의 경우 이 사건 쟁점 토지상에 건물을 신축하기 위한 공유물 분할과정은 토지소유자 집단내부의 문제로서 당해 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵고, 공유물분할소송 또한 유예기간이 경과된 2001.10.4. 제소하였다는 점에서 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 할 것이며, 더욱이 2004.2.11. 이 사건 쟁점 토지의 지적분할 이후에도 서울특별시 지구단위계획의 기본계획에 적합하게 건축허가 등 건축공사에 착수할 수 있음에도 불구하고 지구단위계획이 변경될 예정이라는 사유만으로 지적분할 이후 1년8개월이 경과한 2005.10.14. 건축허가를 신청하였다는 점에서 청구인이 비록 장학사업 등을 수행하는 공익법인이라 할지라도 유예기간 내에 당해 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 없어 유예기간 내에 장학단체 설립목적을 위해 수행하는 사업용으로 직접 사용하지 아니한 이 사건 쟁점 토지는 등록세 중과대상에 해당된다 할 것이므로, 처분청에서 이 사건 쟁점 토지에 대해 등록세 등을 중과세한 처분은 잘못이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 「지방세법」제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.