KILF 한국지방세연구원-지방세 법령정보시스템

2006누5207(20061020)

대도시지역 내 법인등기 등의 중과

답변요지

원고가 공사대금 채권을 보전하거나 행사하기 위하여 이 사건 건물을 취득함에 있어서, 이 사건 토지 및 기존 건물에 설정된 근저당권 채무를 승계하는 것과 건축주에게 정산금을 지급하는 것은 공사대금 채권의 보전과 밀접 불가분의 관계에 있으므로, 이를 일체로 보아 이 사건 건물 취득액 전부가 등록세 중과대상에서 제외된다고 하여야 할 것이다. 결국 원고의 이 사건 건물 등기를 등록세 등의 중과대상이라고 본 이 사건 처분은 위법하다.

본문

1. 이 사건 처분의 경위

가. 원고는 주택건설업 등을 영위하는 주식회사로서 1997. 5. 2. 성남시 분당구 00동 120-3에 본점을 설립하였다가 2002. 3. 26. 서울 서초구 00동 755-12로 본점 전입등기를 마치고 현재는 서울 마포구 00동 35-1 현대빌딩 510호에 본점을 두고 있다.

나. 원고는 서울 양천구 0동 794-6 지상 별지 목록 기재 각 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 관하여 2002. 11. 28. 원고 명의로 같은 달 16. 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 소유권이전등기’라 한다)를 마치면서 등록세 2,400만 원 및 지방교육세 480만 원을 납부하였다.

다. 그런데 피고는 2005. 3. 9. 이 사건 소유권이전등기가 대도시(과밀억제권역) 내 법인 전입 후 5년 이내에 이루어진 부동산등기에 해당함을 이유로, 구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6842호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 및 구 지방세법 제260조의3의 표준세율을 적용하여 산출한 지방교육세 중 원고가 이미 일반세율에 의하여 납부한 위 각 세액을 차감한 등록세 4,800만 원과 이에 대한 가산세 960만 원 및 지방교육세 1,056만 원을 부과하는 내용의 이 사건 처분을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 건축주와 도급공사계약에 따라 이 사건 건물을 건축하였으나 건축주가 도급공사대금 4억 2,000만 원을 지급하지 아니하여 그 공사대금채권에 대한 대물변제로 이 사건 소유권이전등기를 마치게 된 것이므로, 이는 지방세법 시행령에서 등록세 중과세 대상에서 제외하고 있는 ‘채권을 회수하거나 행사할 목적으로 마친 부동산등기’에 해당한다.

따라서 중과세율을 적용하여 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6842호로 개정되기 전의 것)

제138조(대도시지역 내 법인등기 등의 중과)

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 단서 생략

3. 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정은 제137조 제1항 제6호의 경우에는 적용하지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

제260조의2 (납세의무자)

지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세(국가 또는 지방자치단체를 제외한다), 담배소비세 및 종합토지세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.

제260조의3 (과세표준과 세율)

① 지방교육세는 다음 각호의 1의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

구분과세표준표준세율1이 법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액100분의 20

지방세법 시행령

제102조(대도시 내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시 내로의 전입은 대도시 내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시 내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

다. 인정사실

(1) 원고(변경 전 상호 ‘주식회사 00산업개발’)는 2002. 4. 11. 서울 양천구 0동 794-6 대 201.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 소유자이던 강0와 사이에 공사대금을 4억 2,000만 원으로 정하여 이 사건 토지 위에 다세대주택을 신축하기로 하는 공사도급계약을 체결하면서, 공사비(설계비 및 감리비 제외)는 원고가 부담하되 신축된 다세대주택에서 발생되는 융자금, 분양금 및 전세금 등 일체의 수익금으로부터 우선적으로 지급받기로 하고, 공사대금을 완불받을 때까지 원고와 강0가 다세대주택의 세대별 분양·임대 및 관리를 공동으로 하기로 약정하였다.

(2) 그런데 강0는 이 사건 토지 및 그 위에 건립되어 있던 기존 건물을 공동담보로 제공하여 2002. 3. 8. 근저당권자 주식회사 00은행, 채무자 00리모델링 주식회사, 채권최고액 2억 4,000만 원의 근저당권설정등기를 마친 다음 00은행으로부터 2억 원을 대출받았고, 2002. 10. 2. 원고 몰래 근저당권자 주식회사 00은행, 채무자 강0, 채권최고액 1억 3,000만 원의 근저당권설정등기를 마친 다음 00은행으로부터 1억 원을 대출받는 등 합계 3억 원 상당을 대출받았음에도 원고에게 공사대금을 전혀 지급하지 않았다.

(3) 원고는 강0의 2002. 10. 2.자 담보대출 사실을 알지 못하고 있던 중, 2002. 10. 7. 이 사건 토지 위에 건립하는 다세대 주택의 건축주가 박00으로 변경된 것을 뒤늦게 확인하고, 같은 달 23. 강0 및 박00과 사이에 강0가 가지는 위 공사도급계약상 일체의 권리와 의무를 박00이 인수하기로 하는 내용의 약정을 하였는데, 이때 강0는 박00의 위 약정상 채무를 연대보증하였다.

(4) 그 후 원고는 2002. 10. 25. 이 사건 건물에 관한 사용승인을 받았으나, 박00이나 강호가 공사대금을 지급하지 아니할 뿐 아니라 이 사건 토지 외에 별다른 재산을 소유하고 있지 않은 것으로 밝혀진데다가 공사인부들로부터 계속하여 체불노임 등의 지급을 요구받자, 같은 달 26.경부터 이 사건 건물을 점유하며 유치권을 행사하는 한편, 2002. 11. 9. 청구금액을 4억 2,000만 원으로 하여 이 사건 토지를 가압류하기도 하였다.

(5) 그러던 중 원고는 박00 등이 이 사건 건물을 담보로 추가대출을 받아 공사대금을 변제하지 아니한 채 임의로 사용할 기미를 보이자, 2002. 11. 16. 박00과 사이에 원고가 공사대금채권 대신 이 사건 건물을 대물로 변제받되, 8억 원으로 평가하여 위 금원 중 주식회사 00은행 및 00은행에 대한 대출금채무 합계 3억 원 상당을 원고가 승계하고, 여기에 공사대금 채권 4억 2,000만 원을 합한 합계 7억 2,000만 원을 위 건물평가액에서 차감하며, 그 나머지 8,000만 원(800,000,000원 - 720,000,000원)을 원고가 이 사건 건물을 담보로 하여 받은 대출금과 그 분양수입금으로 박00에게 지급하기로 하는 내용의 약정을 하였고(이하 ‘대물변제약정’이라 한다), 강0는 박00의 위 약정상 채무를 연대보증하였다.

(6) 원고는 대물변제 약정에 따라 이 사건 건물에 관하여 앞서 본 바와 같이 2002. 11. 28. 이 사건 소유권이전등기를 마친 다음, 2003. 9. 6. 인00에게 1억 원에 이 사건 건물 중 별지 목록 제2항 기재 건물을, 2003. 4. 26. 양00에게 9,000만 원에 제4항 기재 건물을, 2004. 5. 12. 조00에게 9,000만 원에 제5항 기재 건물을, 2003. 10. 27. 김00에게 1억 원에 제6항 기재 건물을, 2003. 4. 15. 김00에게 1억 5,000만 원에 제7항 기재 건물을 각 분양하는 한편, 2003. 9. 19. 박00에게 보증금 1억 원에 제3항 기재 건물을 임대하는 등 처분하여 공사대금 채권에 충당하였다.

라. 판단

(1) 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호에서 대도시 내에서의 법인 또는 지점의 설립·설치와 대도시 내로의 법인 본점 등의 전입 이후의 부동산등기를 등록세 중과대상의 하나로 규정하고, 「지방세법 시행령」제102조 제2항은 법 제138조 제1항 제3호에서 "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말하나, 채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다고 규정하고 있으며, 여기서 중과세 대상이 되는 ‘일체의 부동산등기’라 함은 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등과 관계되어 그 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기를 의미한다(대법원 2006. 4. 27. 선고 2003두7620 판결 등 참조).

(2) 앞서 본 바와 같이 원고는 건설회사로서 이 사건 건물을 포함한 다세대주택을 건축한 다음 건축주가 공사대금을 지급하지 아니하자, 그 공사대금채권 회수의 일환으로 이 사건 건물을 대물변제 받아 소유권이전등기를 마친 다음 분양 등을 통해 그 공사대금을 회수하였다.

따라서 원고는 공사대금 채권을 보전하거나 행사할 목적으로 이 사건 건물을 취득한 것일 뿐 원고회사 본점이 성남시에서 서울특별시로 전입한 것과 관련하여 이 사건 건물을 취득한 것이 아니므로, 원고의 이 사건 건물에 관한 등기는 「지방세법 시행령」제102조 제1항에서 등록세 중과세의 범위에서 제외하고 있는 ‘채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 등기’에 해당한다고 할 것이다.

(3) 한편 피고는, 원고의 이 사건 건물 취득이 채권을 보전하거나 행사할 목적으로 이루어졌다 하더라도, 중과세 취소의 범위는 이 사건 건물 취득액 전부가 아니라 원고의 공사대금 채권액의 범위로 한정되어야 한다고 주장한다.

그러나 원고가 공사대금 채권을 보전하거나 행사하기 위하여 이 사건 건물을 취득함에 있어서, 이 사건 토지 및 기존 건물에 설정된 근저당권 채무를 승계하는 것과 건축주에게 정산금을 지급하는 것은 공사대금 채권의 보전과 밀접 불가분의 관계에 있으므로, 이를 일체로 보아 이 사건 건물 취득액 전부가 등록세 중과대상에서 제외된다고 하여야 할 것이다.

(4) 결국 원고의 이 사건 건물 등기를 등록세 등의 중과대상이라고 본 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2006. 1. 17. 선고 2005구합28928 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2005. 3. 9. 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 각 건물에 관한 등록세 48,000,000원과 이에 대한 가산세 9,600,000원 및 지방교육세 10,560,000원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 이 사건 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1 내지 7의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 주택건설업 등을 영위하는 주식회사로서 1997. 5. 2. 성남시 분당구 00동 120-3에 본점을 설립하였다가 2002. 3. 26. 서울 서초구 00동 755-12로 본점 전입등기를 마치고 현재는 서울 양천구 00동 904-5에 본점을 두고 있다.

나. 그 후 원고는 서울 양천구 0동 794-6 지상 별지 목록 기재 각 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 관하여 2002. 11. 28. 원고 명의로 같은 달 16. 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 소유권이전등기’라 한다)를 마치면서 등록세 24,000,000원 및 지방교육세 4,800,000원을 납부하였다.

다. 그런데 피고는 2005. 3. 9. 원고 명의의 위 각 소유권이전등기가 대도시(과밀억제권역) 내 법인 전입 후 5년 이내에 이루어진 부동산등기에 해당함을 이유로, 구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6842호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘ 구 지방세법’이라 한다) 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 및 구 지방세법 제260조의3의 표준세율을 적용하여 산출한 지방교육세 중 원고가 이미 일반세율에 의하여 납부한 위 각 세액을 차감한 등록세 48,000,000원과 이에 대한 가산세 9,600,000원 및 지방교육세 10,560,000원을 각 부과·고지하는 내용의 이 사건 처분을 하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 서울특별시장에 대한 이의절차를 거쳐 2005. 7. 5. 행정자치부장관에게 심사를 청구하였으나, 같은 해 8. 29. 위 심사청구가 기각되자 이 사건 소를 제기하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 건축주와 도급공사계약에 따라 이 사건 건물을 건축하였으나 건축주가 도급공사대금 420,000,000원을 지급하지 아니하여 그 공사대금채권에 대한 대물변제 명목으로 이 사건 소유권이전등기를 마치게 된 것이므로, 이는 지방세법 시행령에서 등록세 중과 대상에서 제외하고 있는 ‘채권을 회수하거나 행사할 목적으로 마친 부동산등기’에 해당한다.

그럼에도, 피고는 이러한 사정을 고려하지 아니하고 중과세율을 적용한 등록세 등을 추가로 부과하는 이 사건 처분을 하였으니 이는 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계법령

구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6842호로 개정되기 전의 것)

제138조(대도시지역 내 법인등기등의 중과)

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다.

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정은 제137조 제1항 제6호의 경우에는 적용하지 아니한다.

제260조의2 (납세의무자) 지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세(국가 또는 지방자치단체를 제외한다), 담배소비세 및 종합토지세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.

제260조의3 (과세표준과 세율)

① 지방교육세는 다음 각호의 1의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

구분과세표준표준세율1이 법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액100분의 20

지방세법 시행령

제102조(대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)

다. 인정사실

앞서 든 증거와 갑 제4호증 내지 갑 제21호증, 갑 제22호증의 1 내지 5의 각 기재 및 증인 고00의 증언에 변론의 전취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

⑴ 원고(당시 원고의 상호는 ‘주식회사 00산업개발’이었다)는 2002. 4. 11. 서울 양천구 0동 794-6 대 201.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 소유자이던 강0와 사이에 공사대금을 420,000,000원으로 정하여 다세대주택을 신축하기로 하는 공사도급계약을 체결하면서, 공사비(설계비 및 감리비 제외)는 원고가 부담하되 신축된 다세대주택에서 발생되는 융자금, 분양금 및 전세금 등 일체의 수익금으로부터 우선적으로 지급받기로 하고, 공사대금 완불시까지 원고와 강0가 공동으로 다세대주택의 세대별 분양 및 임대관리를 하기로 특약을 정하였다.

⑵ 그런데 강0는 원고와 상의 없이 이 사건 토지 및 이 사건 토지상에 건립되어 있던 기존 건물을 공동담보로 제공하여 2002. 3. 8. 근저당권자 주식회사 00은행, 채무자 00리모델링 주식회사, 채권최고액 240,000,000원인 근저당권설정등기를 마친 다음 위 은행으로부터 200,000,000원을 대출받고, 2002. 10. 2.에도 근저당권자 주식회사 00은행, 채무자 강0, 채권최고액 130,000,000원인 근저당권설정등기를 마친 다음 위 은행으로부터 100,000,000원을 대출받는 등 합계 300,000,000원 상당을 대출받았음에도 원고에게 공사대금을 전혀 지급하지 않았다.

⑶ 원고는 강0의 위와 같은 담보대출사실을 알지 못하고 있던 중 2002. 10. 7. 이 사건 토지에 관하여 박00 명의로 소유권이전등기가 마쳐진 것을 뒤늦게 확인하고, 같은 달 23. 강호 및 박00과 사이에 위 공사도급계약상 일체의 권리와 의무를 박00이 인수하기로 하는 내용의 약정을 하였는데, 이때 강호는 박정순의 위 약정상 채무의 연대보증이 되었다.

⑷ 그 후 원고는 공사를 완료하고 2002. 10. 25. 이 사건 건물에 관한 사용승인을 받았으나, 박00이나 강0가 공사대금을 지급하지 아니하고 이들이 이 사건 토지 외에 별다른 재산을 소유하고 있지 않은 것으로 밝혀진데다가 공사인부들로부터 계속하여 체불노임 등의 지급을 요구받게 되자, 같은 달 26.경부터 이 사건 건물을 점유하며 유치권을 행사하는 한편, 2002. 11. 11. 청구금액을 420,000,000원으로 하여 이 사건 토지를 가압류하기도 하였다.

⑸ 그러던 중 원고는 박00 등이 이 사건 건물을 담보로 추가대출을 받아 공사대금을 변제하지 아니한 채 임의로 사용할 기미를 보이자 2002. 11. 16. 박00과 사이에 원고가 공사대금채권 대신 이 사건 토지와 건물을 대물로 변제받되, 이 사건 토지와 이 사건 건물을 800,000,000원으로 평가하여 위 금원 중 주식회사 00은행 및 주식회사 00은행에 대한 대출채무 합계 300,000,000원 상당을 원고가 승계하고, 여기에 공사대금 채권 420,000,000원을 합한 합계 720,000,000원을 위 건물평가액에서 차감하며, 그 나머지 80,000,000원(800,000,000원 - 720,000,000원)을 원고가 이 사건 건물을 담보로 한 대출금과 그 분양수입금으로 박00에게 지급하기로 하는 내용의 합의를 하였고(이하 ‘이 사건 대물변제 약정’이라 한다), 강0는 박00의 위 약정상 채무의 연대보증인이 되었다.

⑹ 원고는 위 대물변제 약정에 따라 이 사건 건물에 관하여 앞서 본 바와 같이 2002. 11. 28. 이 사건 소유권이전등기를 마친 다음, 2003. 9. 6. 인00에게 100,000,000원에 이 사건 건물 중 별지 목록 제2항 기재 건물을, 2003. 4. 26. 양00에게 90,000,000원에 위 목록 제4항 기재 건물을, 2004. 5. 12. 조00에게 90,000,000원에 위 목록 제5항 기재 건물을, 2003. 10. 27. 김00에게 100,000,000원에 위 목록 제6항 기재 건물을, 2003. 4. 15. 김00에게 150,000,000원에 위 목록 제7항 기재 건물을 각 분양하는 한편, 2003. 9. 19. 박00에게 보증금 100,000,000원에 위 목록 3항 기재건물을 임대하는 등 처분하여 공사대금 채권에 충당하였다.

라. 판단

등록세 중과세 대상이 되는 법인의 대도시 내에로의 전입 이후 그 법인이 취득하는 부동산등기는 법인이 그 업무수행을 위하여 필요적으로 소요되는 사무소 또는 공장, 창고 등 시설물로서 계속적이고 고정적으로 직접 그 업무에 사용되는 고정 재산적 성질을 가지는 부동산취득에 관한 등기를 말한다고 할 것인바(대법원 1983. 11. 22. 선고 82누418 판결 등), 위 인정사실에 의하면 원고는 건설회사로서 이 사건 건물을 포함한 다세대주택을 건축한 다음 건축주가 공사대금을 변제하지 아니하자 그 공사대금채권 회수의 일환으로 이 사건 건물을 대물변제 받아 이 사건 소유권이전등기를 마친 다음 분양 등을 통해 그 공사대금을 회수한 점을 알 수 있으므로, 사정이 이러하다면 원고의 이 사건 부동산 등기는 원고의 업무인 건설행위와 관련하여 발생한 공사대금채권 회수를 위한 방편으로 일시 행하여진 것이지 원고의 업무에 직접 사용하기 위한 부동산취득에 관한 등기라고 볼 수는 없고, 이는 「지방세법 시행령」제102조 제1항에서 등록세 중과세의 범위에서 제외하고 있는 ‘채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 등기’에 해당한다고 할 것이다.

따라서 이와 다른 취지에서 원고의 이 사건 부동산등기를 등록세 등의 중과대상이라고 본 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.