대지권 취득을 새로운 취득행위로 보고 그 대지권 취득 신고시점을 기준으로 취득세를 부과할 수는 없다고 할 것이므로, 조합의 신고에 따라 대지권 취득을 취득세 과세대상으로 삼아 취득세 및 농어촌특별세를 부과한 처분은 위법하다

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증 내지 갑 제3호증, 을 제1호증 내지 을 제11호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 재건축아파트 건축 경위

원고는 서울 노원구

상계동 1024 외 2필지 7,938㎡(이하 ‘이 사건 구 토지’라 한다) 지상에 건립되어 있던 진한빌라를 재건축할 목적으로 설립되어 2001. 10. 26. 피고로부터 인가받은 재건축조합으로서(이하 ‘원고 조합’이라 한다), 2002. 3.경부터 2003. 1.경까지 사이에 조합원들로부터 이 사건 구 토지 각 지분을 신탁받아 원고 조합 명의로 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 신탁등기’라 한다)를 마치고 재건축사업을 진행한 다음, 건축된 재건축아파트 일반분양분 89세대와 조합원분양분 86세대에 관하여 피고로부터 2004. 9. 8. 임시사용승인을, 같은 해 11. 17. 준공인가를 받은 한편, 조합원들은 2004. 7. 5.경 이 사건 구 토지에 관한 신탁을 해지하였다.

나. 취득세 부과 경위

원고 조합은 피고에게, 2004. 10. 1. 이 사건 구 토지 중 조합원용 아파트 부속토지를 제외한 나머지 토지로서 일반분양용 아파트 부속토지 3,904.033㎡(이하 ‘이 사건 일반분양용 토지’라 한다)에 관하여 취득원인을 2004. 9. 8.자 소유권이전으로 하고 과세표준을 6,051,251,150원으로 산정한 다음, 위 과세표준에 관계법령에 따른 세율을 적용하여 취득세 121,025,020원 및 농어촌특별세 901,600원을 각 산출하여 신고한 후 신고납부서를 교부받아, 2004. 10. 7. 이를 자진 납부하였다(신고납부방식의 조세에 있어서 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고하고, 과세관청이 신고납부서를 교부함으로써 확정되는 것이므로, 이하 위 2004. 10. 1.자 취득세 신고를 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 대지권등기 경료 경위

그 후 이 사건 구 토지에 관하여 2004. 12. 3. 새로이 지번이 부여되어 서울 노원구

상계동 1306 대 7,779.7㎡(사업시행과정에서 158.3㎡ 정도 감소하였다. 이하 ‘이 사건 신 토지’라 한다)가 되었고, 원고 조합은 같은 날 이 사건 신 토지 중 조합원분양분 지분에 관하여는 2004. 7. 5.자 신탁재산 귀속을 원인으로 하여 각 조합원들 명의로 지분이전등기를 마쳐주는 한편, 일반분양분 지분에 관하여 2004. 11. 17.자 대지권 취득을 등기원인으로 하여 원고 조합 명의로 대지권등기를 마침과 동시에 일반분양용 아파트에 관하여 역시 원고 조합 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.

라. 전심절차

원고 조합은 이 사건 처분에 관하여 2004. 11. 11. 서울특별시장에게 이의를 신청하였다가 같은 해 12. 13. 위 이의신청이 기각되자, 2005. 3. 7. 행정자치부장관에게 심사를 청구하였고, 2005. 5. 2. 위 심사청구 또한 기각되자 이 사건 소를 제기하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

⑴ 원고 조합의 주장

원고 조합은 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 취소되어야 한다고 주장한다.

첫째, 이 사건 처분의 근거법률인

구 지방세법(2003. 5. 29. 법률 제6916호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조 제1호에서는 신탁재산의 취득에 관하여 이를 비과세대상으로 정하면서도 그 단서에서 주택조합과 조합원 사이의 신탁재산 취득은 이를 비과세대상에서 제외하고 있는바, 위 규정은 주택건축사업의 진행을 위하여 재산권의 이전 없이 형식적으로 토지를 취득함에 불과한 주택조합에 대하여 합리적 이유 없이 동일한 취득구조인 부동산 개발업자와 차별하여 헌법상 평등권을 침해하고 있으므로 이 사건 처분은 위와 같이 위헌인 법률규정에 근거하였다.

둘째, 이 사건 처분은 원고 조합의 신탁에 의한 토지취득이 아닌 재건축아파트에 관한 사용승인 또는 보존등기를 취득으로 보거나, 일반분양분 토지에 대한 원고 명의의 대지권 등기 경료를 별도의 새로운 취득으로 보아 과세처분의 대상으로 삼은 것인데, 이는 취득세 부과 대상인 별도의 새로운 취득행위가 될 수 없으므로 결국 이 사건 처분은 취득행위가 아닌 것에 대하여 취득세 등을 부과한 것으로 위법하다.

⑵ 피고의 주장

먼저, 원고 조합은 조합원분양분이 아닌 일반분양분 토지를 사실상 취득하여 제3자에게 매각하여 단순히 형식상 취득하는 지위에 있지 아니하므로, 이에 대하여 취득세 납세의무를 부과하는 원고 주장의 관계규정은 위헌이라고 할 수 없을 뿐만 아니라, 위 규정은 원고 조합의 조합원들의 신탁에 의한 취득행위를 과세대상으로 하는 것인데 아래에서 보는 바와 같이 피고가 이 사건 취득세 과세대상으로 본 취득행위인 위와 같은 신탁에 의한 취득행위가 아니므로 위 규정은 이 사건 재판의 전제가 되지 아니한다.

또한, 이 사건 처분은 원고 조합이 재건축사업을 시작할 무렵 조합원들로부터 이 사건 구 토지를 신탁 목적으로 취득한 것을 대상으로 한 것이 아니라, 원고가 재건축사업이 종료될 무렵 이 사건 구 토지에 대한 신탁관계를 종료하고 이 사건 신 토지 중 일반분양용 토지에 관한 대지권 취득이라는 새로운 취득행위를 그 대상으로 한 것이므로, 이는 적법하다.

나. 관계법령

별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 이 사건 처분대상이 된 원고 조합의 취득행위

위 인정사실에 의하면, 원고 조합은 취득세 신고시 취득원인인 법률행위를 ‘2004. 9. 8.자 소유권이전’으로 기재하였고, 한편 피고가 위 날짜에 재건축아파트에 관하여 임시사용승인처분을 하였으며, 그 이전인 2004. 7.경 조합원들이 이 사건 구 토지에 관한 신탁관계를 해지한 점을 알 수 있기는 하다.

그러나 앞서 본 다른 사실관계에 의하면 원고 조합이 2004. 9. 8.경 이 사건 일반분양용 토지에 관하여 소유권이전등기의 원인행위가 될만한 어떠한 법률행위를 하지 아니하였음이 분명할 뿐만 아니라, 같은 날 이루어진 임시사용승인은 건물에 대한 것으로

지방세법 시행령 제73조 제4항에 따라 신축건물에 대한 취득일 간주요건에 해당할 뿐 토지에 대한 독립된 취득원인이 될 수 없다(만일 당사자의 의사가 위 임시사용승인처분을 독립한 취득원인으로 보고 있는 것이라면, 이 사건 처분은 위와 같은 이유로 위법하여 그 자체로 취소를 면할 수 없다). 그리고 신탁관계 해지로 이 사건 구 토지에 관하여 당초 신탁등기가 마쳐졌던 원고 조합 명의 중 조합원분양분에 관하여 조합원들에게 그 소유권이전등기 명의가 다시 돌아가고, 그 나머지인 이 사건 일반분양용 토지에 관하여 원고 조합 명의가 그대로 남아 있게 되는 것에 불과하여 조합원들의 신탁관계 해지 또는 신탁관계의 종료로 인하여 원고 조합이 이 사건 일반분양용 토지를 새롭게 취득한다고 보기 어렵다.

반면, 이 사건 일반분양용 토지에 관한 대지권 등기에 ‘2004. 11. 17. 대지권 취득’을 등기원인으로 기재한 점 및 당사자들의 주장과 당시의 정황 등에 비추어 볼 때, 원고 조합은 편의상 취득세 신고시 취득원인을 ‘소유권이전’으로 기재하였을 뿐 사실상 위 일시경 조만간 취득하는 것으로 예정된 대지권 취득을 취득원인으로 삼았고, 이에 따라 피고의 이 사건 처분이 이루어졌다고 봄이 상당하다(실제 대지권 취득일은 2004. 11. 17.이나 2004. 10. 1. 신고 당시 위 취득은 거의 예정된 것으로 보인다).

⑵ 원고 조합의 관계법률 위헌 주장에 관한 판단

원고 조합이 주장하는 바와 같이,

구 지방세법 제110조 제1호 단서는 주택조합과 조합원 사이의 신탁재산 취득에 관하여 이를 취득세 비과세대상에서 제외하는 것이고, 피고가 원고 조합의 신고에 의하여 이 사건 처분의 대상으로 삼은 것은 재건축 후 신탁이 종료되면서 조합원용 토지가 조합원에게 반환되고 남은 나머지 이 사건 일반분양용 토지에 관한 원고 조합의 그 시경 대지권 취득임은 앞서 본 바와 같다.

따라서, 이 사건 재판의 대상은 원고 조합의 ‘2002. 3.경부터 2003. 1.경까지 이루어진 신탁에 의한 토지취득’에 대하여 취득세를 과세하는 것이 적법한지 여부가 아니고, 원고 조합의 신고 당시 예정된 대지권 취득을 취득세 과세대상으로 할 수 있는지 여부라 할 것이므로 원고 조합의 위헌주장은 재판의 전제가 되지 않은 법률조항에 대한 것이어서 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.

⑶ 원고 조합의 대지권 취득을 취득세 과세대상으로 볼 수 있는지 여부에 관한 판단

부동산등기법 제42조 제4항은 대지권은 ‘

집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 제2조 제6호의 대지사용권으로서 건물과 분리하여 처분할 수 없는 것’을 가리킨다고 규정하고,

집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 제2조 제6호는 대지사용권은 ‘집합건물의 구분소유자가 전유부분을 소유하기 위하여 건물의 대지에 대하여 가지는 권리’를 가리킨다고 규정하고,

같은 법률 제20조 제1항은 “구분소유자의 대지사용권은 그가 가지는 전유부분의 처분에 따른다.”고 규정하고 있다.

한편, 대지권 등기에 관한 부동산등기법의 규정을 보면,

부동산등기법 제57조 제1항은 “표시란에 등기를 함에는 신청서접수의 연월일, 신청서에 기재된 사항으로서 부동산의 표시에 관한 사항을 기재하여야 하며 구분건물에 대지권이 있을 때에는 그 권리의 표시에 관한 사항을 기재하고 등기관이 날인하여야 한다.”고 규정하고 있으며,

제57조의2 제1항은 “건물의 등기용지에 대지권의 등기를 한 때에는 그 권리의 목적인 토지의 등기용지 중 해당 구 사항 란에 대지권인 취지를 등기하여야 한다.”고 규정하고 있다(어떤 토지가 대지권의 목적이 된다고 하여 토지 등기부가 폐쇄되거나 건물과 토지가 합체되어 1개의 부동산이 되는 것이 아니며, 여전히 토지와 건물이 별개의 물건으로서 각각 권리의 객체가 된다).

위와 같은 법 규정 등에 비추어 볼 때, 대지권은 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 혹은 부동산등기법에 의하여 창설된 별개의 물권이 아니고 집합건물의 대지에 관하여 구분소유자들이 갖고 있는 소유권, 지상권, 전세권, 임차권 등 권리를 가리키는 것이되, 어떤 토지가 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 소정의 대지권 성립 요건을 갖추면 그 때부터는 그 권리의 처분을 전유부분과 분리하여 할 수 없도록 하고 이를 등기부에 공시하기 위하여 대지권이라는 별도의 이름으로 부르는 것이라고 보아야 한다.

따라서, 토지상에 집합건물이 존재하고 구분소유자가 당해 토지를 사용할 수 있는 권리가 있으며 건물과 분리하여 처분할 수 없다는 일체불가분성(구분소유자들 사이에 별다른 규약이 없으면

집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 제20조 제2항에 의하여 당연히 일체불가분성은 갖추어 진다고 본다)을 갖추면 토지 소유권 등이 대지권으로서 성립하는 것이지, 대지권 취득이나 그 등기에 의하여 종전 토지 소유권 등과 별개의 권리로서 대지권이 창설되는 것이 아니라 할 것이다.

그 뿐만 아니라,

지방세법 제110조 제1호에 의하면 주택조합이 조합원으로부터 토지를 신탁받은 경우 일반분양용 토지에 관하여 취득세 납세의무가 성립하게 되는데, 이때 일반분양용과 조합원용 토지의 구별이 곤란하여 토지 신탁취득에 대한 과세가 사실상 어렵다면, 조합원용 토지와 일반분양용 토지의 구별이 가능해진 이후에 그 구분이 명확해지는 것을 해제조건으로 하여 구체적인 신탁등기일을 과세기준 시점으로 삼아, 해당 토지에 관하여 신탁등기로 인한 취득에 대하여 취득세를 부과하는 것이 가능하다고 할 것인바, 이와 달리 이 사건처럼 예상되는 대지권 취득을 새로운 취득행위로 보고 그 대지권 취득 신고시점을 기준으로 취득세를 부과할 수는 없으므로, 결국 피고가 원고 조합의 신고에 따라 그 대지권 취득을 취득세 과세대상으로 삼아 취득세 및 이에 대한 부가세인 농어촌특별세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 피고의 이 사건 처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고 조합의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.