행정청이 건축계획심의를 반려하면서 도로의 용도 폐지를 위해서는 사전절차인 도시관리계획(변경)결정을 거쳐야 한다는 점을 고지하지 않은 점 등을 종합해 보면, 토지를 취득한 후 법 시행령 제101조 제2항에서 정한 1년의 유예기간 내에 당해 업종에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다. 따라서 중과세율을 적용한 등록세 등의 부과처분은 부당하다.

이 유

1. 처분의 경위

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제44호증의 5, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 하이퍼마켓 상점의 개발과 운영 등 하이퍼마켓 사업 등에 종사하는 것을 목적으로 하는 법인으로서 대형할인점(건축 연면적 59,449.83㎡, 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축할 목적으로 2002. 11. 29.부터 2003. 9. 8.까지 사이에 서울

강서구 등촌동 639-11, 같은 동 12, 같은 동 16, 같은 동 17, 같은 동 18, 같은 동 24, 같은 동 25 등 총 7필지의 토지 7,376.7㎡ 및 그 지상 건물 2,732.99㎡(이하 위 토지를 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 취득하여 그 소유권이전등기를 마쳤다. 원고는 이 사건 토지의 취득ㆍ등기에 따른 등록세 등으로 825,844,650원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 피고는, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 업종에 직접 사용하지 않았다는 이유로,

구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제138조 제1항 및

제3항,

구 지방세법 시행령(2005. 10. 7. 대통령령 제19082호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법 시행령’이라 한다) 제101조 제1항 제8호 및

제2항에 의한 중과세율에 따라 이 사건 토지에 대한 등록세 등을 산출한 다음 그 세액에서 원고가 이미 납부한 금액을 공제하여 2005. 5. 25. 원고에게 등록세 1,651,689,310원, 지방교육세 302,809,700원 합계 1,954,499,010원(가산세 포함)을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

다. 원고는 2005. 8. 23. 감사원에 이 사건 처분에 대한 심사청구를 하였으나 2006. 10. 10. 기각되었다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

① 원고는 이 사건 토지를 취득한 후 이 사건 건물을 신축하기 위한 업무추진에 정상적인 노력을 다했음에도 불구하고 이 사건 건물의 신축을 위한 건축심의, 도로폐지, 교통영향평가심의, 건축허가 등 많은 행정절차를 거치는데 불가피하게 오랜 시간이 소요되는 바람에 이 사건 토지를 취득ㆍ등기한 때부터 1년이 경과할 때까지 이 사건 건물을 완성하지 못했을 뿐이므로, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후

법 시행령 제101조 제2항에서 정한 1년의 유예기간 내에 당해 업종에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다.

② 설사 위와 같은 정당한 사유가 인정되지 않더라도, 원고가 피고로부터 조건부로 건축허가를 받은 2004. 7. 19.부터 이 사건 건물의 착공을 신고한 2004. 8. 19.까지 사이에 도로를 매수하고 이 사건 건물의 지하주차장 개방과 관련한 이행확약서를 제출하는 등 위 건축허가의 조건을 이행하기 위해서 불가피하게 소요된 기간은 위 ‘1년의 유예기간’에서 제외되어야 한다.

나. 관계법령

지방세법(2005.12.31 법률 제7843호로 개정되기 전의 것)

제138조 (대도시 지역 내 법인등기 등의 중과)

① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을

제131조 및

제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,

수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시 안에서의 법인의 설립(설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

4. 대도시(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기

③

제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고,

제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

지방세법 시행령(2005.10.7 대통령령 제19082호로 개정되기 전의 것)

제101조 (대도시내 법인 중과세의 예외)

①

법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

8. 「유통산업발전법」에 의한 유통산업, 「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」에 의한 농수산물도매시장·농수산물공판장·농수산물종합유통센터·유통자회사 및 축산법에 의한 가축시장. 이 경우 「유통산업발전법」 등 관계법령에 의하여 임대가 허용되는 매장 등의 전부 또는 일부를 임대하는 경우에는 임대하는 부분도 당해 업종에 직접 사용하는 것으로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유 없이 1년(제1항 제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는

법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다. 다만,

제1항 제6호의 규정에 의한 전기통신사업자가

전기통신사업법 제34조의3의 규정에 의하여 전기통신설비 또는 시설을 다른 전기통신사업자와 공동으로 사용하기 위하여 임대하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다.

다. 판단

먼저 원고가 이 사건 토지를 취득한 후

법 시행령 제101조 제2항에서 정한 1년의 유예기간 내에 당해 업종에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지에 관하여 본다.

갑 제1호증 내지 갑 제43호증, 을 제1호증, 을 제3호증, 을 제4호증, 을 제7호증, 을 제8호증의 1, 2, 3, 4, 을 제9호증의 1, 2, 3의 각 기재와 당심 증인

오상근의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 2002. 9. 30. 피고에게 이 사건 건물의 신축을 위한 건축계획심의를 신청했으나 피고는 2002. 10. 22. 이 사건 건물 부지의 중앙을 통과하는 피고 소유의 행정재산인 서울 강서구

등촌동 639-15 도로 904㎡ 중 706㎡(4m 도로, 이하 ‘이 사건 도로’라 한다)가 인근 학교 학생과 주민의 통행로로 이용되고 있어서 용도폐지를 할 수 없다는 이유로 위 신청을 반려했고, 원고가 2002. 11. 13. 이 사건 도로의 용도폐지를 전제로 다시 건축계획심의를 신청하자 서울특별시 건축위원회에서 2002. 12. 18. ‘조건부 동의’로 심의한 사실, ② 원고는 2002. 11. 29.부터 2003. 9. 8.까지 사이에 이 사건 토지를 취득하여 그 소유권이전등기를 마친 사실, ③ 원고는 2002. 12. 20. 피고에게 이 사건 도로의 용도폐지를 신청했는데, 2003. 2. 25. 피고로부터 위 신청의 사전 절차인 이 사건 도로에 대한 도시계획시설변경 및 사용폐지를 이행하지 않았으므로 이 사건 도로에 대한 도시관리계획(변경) 입안의 제안 등을 신청하라는 통보를 받았고, 2003. 3. 4.경 외국인투자센터에 이 사건 도로의 폐지 지연으로 이 사건 건물에 대한 건축허가가 지연된다는 고충을 제기한 사실, ④ 원고는 2003. 3. 25. 피고에게 이 사건 도로에 대한 도시관리계획(변경) 입안(도시계획시설 폐지)을 제안하였고, 피고는 위 도시관리계획(변경) 입안 제안에 대하여 공람ㆍ공고 후 도시계획위원회의 심의를 거쳐 2003. 8. 26. 도시관리계획(변경)결정을 한 다음 이를 고시한 사실, ⑤ 이에 따라 원고는 2003. 8. 28. 다시 이 사건 도로의 용도폐지를 신청했고, 공유재산심의위원회는 2003. 10. 28. 이 사건 도로의 용도를 폐지하기로 심의했으며, 아래에서 보는 바와 같이 원고가 2004. 7. 19. 이 사건 건물에 대한 건축허가를 받자 피고는 이 사건 도로의 용도를 폐지했고, 원고는 2004. 8. 19. 피고로부터 이 사건 도로를 매수하여 그 소유권이전등기를 마친 사실, ⑥ 한편 원고는 2003. 1. 3. 피고에게 교통영향평가서를 제출했다가 2003. 2. 5. 피고로부터 도시계획절차 및 공유재산에 대한 심의를 마친 후 교통영향심의를 개최한다는 통보를 받았고, 2003. 6. 17. 피고에게 교통영향평가서를 다시 제출하여 2003. 8. 22., 2003. 9. 26., 2003. 10. 24. 3차례에 걸쳐 서울특별시 교통영향심의위원회로부터 간선도로인 화곡로에서 이 사건 건물로 진ㆍ출입을 지양하라는 내용을 포함하는 교통영향심의를 받았으며, 그 후 화곡로에서 이 사건 건물로 진ㆍ출입하지 않는 안을 제출하여 2003. 11. 7.과 2003. 11. 21. 주차장 진ㆍ출입 계획을 추가로 검토하라는 심의를 받은 다음 2003. 12. 5. 원고 제출안을 승인하는 교통영향심의를 받았고, 2003. 12. 18. 서울특별시장으로부터 원고가 의뢰한 교통영향평가서가 심의ㆍ의결되었다는 통보를 받은 사실, ⑦ 원고는 위와 같은 도시계획시설 변경과 교통영향심의 등으로 이 사건 건물의 건축계획이 일부 변경되자 2004. 1. 13. 피고에게 이 사건 건물의 신축을 위한 건축계획(변경)심의신청서를 제출하였는데, 2004. 1. 20. 피고로부터 건축주와 토지소유자 사이의 상관관계 확인을 위한 건축 대지의 범위 및 그 대지의 소유권을 증명하는 서류를 보완하라는 통보를 받고 2004. 1. 28. 보완자료를 제출했고, 2004. 2. 18. 피고로부터 공공시설 용지, 감속 차로 및 인도를 확보하라는 통보를 받고 2004. 2. 19.과 2004. 3. 10. 피고에게 보완자료 및 추가보완자료를 제출했으며, 2004. 3. 16.과 2004. 4. 14. 피고로부터 주차 및 도시계획 방안에 대하여 추가로 보완하라는 통보를 받고 2004. 4. 29.과 2004. 5. 4. 피고에게 보완 대안을 제시한 사실, ⑧ 원고는 2004. 5. 27. 피고로부터 주민용 지하주차장의 24시간 개방 등을 조건으로 하는 서울특별시 건축위원회의 건축계획(변경)심의 결과를 통보받은 후, 2004. 6. 17. 피고에게 이를 반영하여 건축허가신청을 하여 2004. 7. 19. 피고로부터 조건부로 건축허가를 받은 사실, ⑨ 원고는 건축허가 조건을 이행하기 위해서 이 사건 건물의 지하주차장 개방과 관련한 이행확약서 제출 등의 절차를 거친 다음, 2004. 9. 17. 피고로부터 이 사건 건물에 대한 착공신고필증을 교부받고 이 사건 건물 신축공사에 착공한 사실, ⑩ 원고는 2005. 8. 19. 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받고 그 무렵부터 이 사건 건물에서 대형할인점을 운영하고 있으며, 2005. 10. 13. 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 마친 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 나타난 바와 같이 ㉮ 원고가 이 사건 토지를 취득하는데 10개월 정도 소요된 점, ㉯ 원고가 이 사건 도로의 용도폐지를 신청하기 전에 사전절차인 도시관리계획(변경) 입안 제안을 먼저 신청하지 않은 점, ㉰ 교통영향심의와 관련하여 원고가 화곡로에서 이 사건 건물로 진ㆍ출입하는 안을 3회에 걸쳐 제출한 점, ㉱ 원고가 건축계획(변경)심의와 관련하여 수차례에 걸쳐 보완서류를 제출한 점 등 원고의 사정으로 원고가 이 사건 건물에서 대형할인점을 운영하는 것이 지체된 면은 있다.

그러나 ① 피고가 2002. 10. 22. 이 사건 도로의 용도를 폐지할 수 없다는 이유로 원고의 건축계획심의를 반려하면서 이 사건 도로의 용도 폐지를 위해서는 사전절차인 도시관리계획(변경)결정을 거쳐야 한다는 점을 고지하지 않은 점, ② 원고가 2003. 1. 3. 피고에게 교통영향평가서를 제출했으나 피고가 도시계획절차 및 공유재산에 대한 심의를 마친 후 교통영향심의를 하기로 결정함에 따라 2003. 8. 22.이 되어서야 제1차 교통영향심의가 이루어진 점, ③ 원고의 건축계획(변경)심의 신청과 관련하여 피고가 한꺼번에 보완 요청을 하지 않고 여러 번에 걸쳐서 관련 서류의 보완을 요청한 점, ④ 원고는 피고의 각종 통보나 보완 요청을 받은 후 신속하게 관련 절차를 밟거나 보완 서류를 제출함으로써 최초로 이 사건 토지를 취득한 이후 이 사건 건물의 신축과 대형할인점 운영에 필요한 절차를 꾸준하게 밟아 나간 점, ⑤ 원고가 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받은 다음 곧바로 대형할인점을 운영함으로써 결국 이 사건 토지를 당해 업종에 직접 사용한 점 등을 종합해 보면, 전체적으로 보아 원고가 이 사건 토지를 취득한 후

법 시행령 제101조 제2항에서 정한 1년의 유예기간 내에 당해 업종에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다.

결국 원고가 이 사건 토지를 취득한 후

법 시행령 제101조 제2항에서 정한 1년의 유예기간 내에 당해 업종에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 없음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하므로 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 취소되어야 한다.

3. 결론

따라서 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다.