2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 차량들은 자동차등록원부상 소외 회사 명의로 등록되어 있으나 실제로는 지입차주들이 지입한 것이어서 원고가 소외 회사의 과점주주라 하더라도 취득세 과세대상 물건이 존재하지 않으므로 취득세 납세의무가 없다고 보는 것이 실질과세의 원칙에 부합하고, 가사 과점주주의 취득세 과세대상에 해당한다 하더라도 피고가 이 사건 차량들의 취득세, 등록세 및 기타 비용을 합한 금액이 모두 포함된 장부상 가액을 기준으로 이 사건 부과처분을 한 것은 위법할 뿐만 아니라 이미 소외 회사 명의로 취득세를 납부하였음에도 과점주주라고 하여 원고에게 다시 취득세를 부과하는 것은 이중과세금지 원칙에 저촉된다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1)

(2) 그러므로 자동차등록원부상 소외 회사의 명의로 되어 있는 이 사건 차량들의 실제 소유자가 따로 있는지 여부에 관하여 보건대, 갑6호증의 1 내지 갑12호증의 4, 갑15호증의 1 내지 갑26호증의 7, 을1호증의 1 내지 을2호증의 6, 을5호증의 1 내지 을22호증의 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 소외 회사는 2002. 3. 29.경 원고 등이 설립한 회사인데, 2001. 1.경부터 2004. 11.경까지 사이에 고영진을 비롯한 이 사건 차량 22대의 차주들(이하 ‘이 사건 차주들’이라 한다)이 이 사건 차량들을 각 취득하였으나, 여객자동차운수사업법상 사업용 자동차의 지입이 금지되어 있는 관계로 자신들이 소유한 이 사건 차량들의 소유자를 소외 회사로 하여 자동차등록원부에 등록하였고, 그 취득세 또한 소외 회사 명의로 신고 납부한 사실, 이 사건 차주들은 월 관리비(지입료) 200,000원 내지 250,000원, 보험료, 자동차세 및 환경개선부담금을 소외 회사 명의의 계좌 또는 대표이사인 원고 명의의 계좌에 송금하면서 어학원, 입시학원 등에서 각자 차량을 운행해 온 사실, 소외 회사에서는 이 사건 차량들의 번호, 그 차주들의 이름, 그들의 주주금, 운영비, 4대 보험료, 전세버스 조합비 등의 미수금 내역이 기재된 미수금 현황 장부를 작성하여 관리해 온 사실, 이 사건 차주들은 당초 소외 회사와의 사이에 차량지입계약서를 별도로 작성하지 않았다가 원고가 이 사건 취득세의 과세적부심사청구 제기 당시에 차량지입계약서를 작성하면서 지입 일자를 소급해서 기재한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 차량들은 자동차등록원부상 등록 명의만 소외 회사로 되어 있을 뿐 그 실질적 소유자는 이 사건 차주들이고 그들의 계산과 책임 아래 실질적으로 관리되어 온 차량이라고 할 것이다.

따라서 이 사건 차량들이 소외 회사 소유의 차량임을 전제로 한 이 사건 과점주주 취득세 부과처분은 나머지 점을 판단할 필요 없이 위법하다고 할 것이다.